R Markdown

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see http://rmarkdown.rstudio.com.

##The following is written by Savanna van Mesdag, going through the relevant coding and analyses for the biodiversity analyses for the six anthropogenic substrate study sites.

#setwd#

#To run the following code to carry out the analyses, the following packages must be installed#

install.packages("vegan", repos = " https://github.com/vegandevs/vegan")
## Installing package into 'C:/Users/Savanna/AppData/Local/R/win-library/4.3'
## (as 'lib' is unspecified)
## Warning: unable to access index for repository   https://github.com/vegandevs/vegan/src/contrib:
##   cannot open URL '  https://github.com/vegandevs/vegan/src/contrib/PACKAGES'
## Warning: package 'vegan' is not available for this version of R
## 
## A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
## see the ideas at
## https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages
## Warning: unable to access index for repository   https://github.com/vegandevs/vegan/bin/windows/contrib/4.3:
##   cannot open URL '  https://github.com/vegandevs/vegan/bin/windows/contrib/4.3/PACKAGES'
install.packages("labdsv", repos = "https://github.com/cran/labdsv")
## Installing package into 'C:/Users/Savanna/AppData/Local/R/win-library/4.3'
## (as 'lib' is unspecified)
## Warning: unable to access index for repository https://github.com/cran/labdsv/src/contrib:
##   cannot open URL 'https://github.com/cran/labdsv/src/contrib/PACKAGES'
## Warning: package 'labdsv' is not available for this version of R
## 
## A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
## see the ideas at
## https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages
## Warning: unable to access index for repository https://github.com/cran/labdsv/bin/windows/contrib/4.3:
##   cannot open URL 'https://github.com/cran/labdsv/bin/windows/contrib/4.3/PACKAGES'

##The packages also need to be loaded prior to running the analyses#

library(vegan)
## Loading required package: permute
## Loading required package: lattice
## This is vegan 2.6-4
library(labdsv)
## Warning: package 'labdsv' was built under R version 4.3.1
## Loading required package: mgcv
## Loading required package: nlme
## This is mgcv 1.8-42. For overview type 'help("mgcv-package")'.
## This is labdsv 2.1-0
## convert existing ordinations with as.dsvord()
## 
## Attaching package: 'labdsv'
## The following objects are masked from 'package:vegan':
## 
##     calibrate, scores
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     density, loadings

#Loading the datasets for the six study sites…

urlfile1 <- 'https://raw.githubusercontent.com/Savannankvm/Indval-analyses-for-PhD-data-for-six-study-sites/PhD-files/Plant_Species_with_site_names.csv'

PlantSpecies <-read.csv(urlfile1 , row.names = 1)

urlfile2 <- 'https://raw.githubusercontent.com/Savannankvm/Indval-analyses-for-PhD-data-for-six-study-sites/PhD-files/Plant_Chemistry_with_site_names.csv'

PlantChemistry <-read.csv(urlfile2 , row.names = 1)

#Turning the datasets into dataframes to make them suitable for the Indval analyses

PlantSpecies1 <- data.frame(PlantSpecies)

PlantChemistry1 <- data.frame(PlantChemistry)

#Doing my first analysis, looking into indicator species for quartz. #Much of the code relates to developing a tidy summary with p values for the most #statistically significant indicator species.

clustQuartz <- cut(PlantChemistry1$Quartz, 5, labels=FALSE)
QuartzIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustQuartz, type = "long")
summary(QuartzIndval)
##                    cluster indicator_value probability
## Taraxacum.agg.           1          0.6872       0.004
## Urtica.diocia            1          0.3534       0.036
## Festuca.ovina            1          0.3462       0.049
## Potentilla.reptans       1          0.2128       0.044
## 
## Sum of probabilities                 =  112.204 
## 
## Sum of Indicator Values              =  15.2 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  1.6 
## 
## Number of Significant Indicators     =  4 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 1 
## 4
gr <- QuartzIndval$maxcls[QuartzIndval$pval<=0.05]
iv <- QuartzIndval$indcls[QuartzIndval$pval<=0.05]
pv <- QuartzIndval$pval[QuartzIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[QuartzIndval$pval<=0.05]
Quartzindvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
Quartzindvalsummary <- Quartzindvalsummary[order(Quartzindvalsummary$group, 
                                                 -Quartzindvalsummary$indval),]
print(Quartzindvalsummary)
##                    group    indval pvalue freq
## Taraxacum.agg.         1 0.6872017  0.004    3
## Urtica.diocia          1 0.3534110  0.036    1
## Festuca.ovina          1 0.3462254  0.049   15
## Potentilla.reptans     1 0.2128079  0.044    5
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustQuartz, type= "long"))
##                    cluster indicator_value probability
## Taraxacum.agg.           1          0.6872       0.004
## Urtica.diocia            1          0.3534       0.032
## Festuca.ovina            1          0.3462       0.037
## Potentilla.reptans       1          0.2128       0.044
## 
## Sum of probabilities                 =  112.178 
## 
## Sum of Indicator Values              =  15.2 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  1.6 
## 
## Number of Significant Indicators     =  4 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 1 
## 4
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustQuartz, type= "long"))
## $relfrq
##                               1          5
## Agrostis.spp.               0.2 0.19444444
## Agrostis.canina             0.0 0.02777778
## Alchemilla.mollis           0.0 0.02777778
## Alopercus.pratensis         0.0 0.02777778
## Angelica.sylvestris         0.0 0.05555556
## Anthoxanthum.odoratum       0.0 0.16666667
## Anthyllis.vulneraria        0.2 0.11111111
## Aphanes.arvensis            0.2 0.05555556
## Arrhenatherum.elatius       0.0 0.22222222
## Atrichum.undulatum          0.0 0.05555556
## Avenula.pratensis           0.0 0.02777778
## Bellis.perennis             0.4 0.27777778
## Betula.pubescens            0.0 0.02777778
## Blackstonia.perfoliata      0.0 0.02777778
## Brachythecium.albicans      0.0 0.02777778
## Brachythecium.glareosum     0.0 0.02777778
## Brachythecium.mildeanum     0.2 0.08333333
## Brachythecium.rutabulum     0.2 0.13888889
## Briza.media                 0.0 0.08333333
## Bromus.hordeaceus           0.0 0.02777778
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0 0.02777778
## Bryum.c.f..pallescens       0.0 0.08333333
## Bryum.capillare             0.0 0.02777778
## Bryum.spp.                  0.0 0.08333333
## Calliergonella.cupsidata    0.0 0.41666667
## Calypogeia.arguta           0.2 0.19444444
## Campanula.rotundifolia      0.0 0.02777778
## Carex.distans               0.0 0.05555556
## Carex.flacca                0.2 0.16666667
## Carex.panicea               0.0 0.02777778
## Carlina.vulgaris            0.4 0.22222222
## Centaurea.nigra             0.0 0.05555556
## Centaurium.erythraea        0.0 0.05555556
## Centaurium.littorale        0.0 0.11111111
## Centaurium.pulchellum       0.0 0.02777778
## Cerastium.fontanum          0.0 0.19444444
## Chamaenerion.angustifolium  0.0 0.02777778
## Cirriphyllum.piliferum      0.0 0.02777778
## Cirsium.arvense             0.0 0.08333333
## Cirsium.palustre            0.0 0.05555556
## Crepis.capillaris           0.0 0.05555556
## Cynosurus.cristatus         0.2 0.05555556
## Dactylis.glomerata          0.2 0.13888889
## Dactylorhiza.fuchsii        0.2 0.02777778
## Danthonia.decumbens         0.2 0.00000000
## Daucus.carrota              0.0 0.05555556
## Dicranella.spp.             0.0 0.02777778
## Dicranum.scoparium          0.0 0.13888889
## Epilobium.montanum          0.0 0.08333333
## Equisetum.arvense           0.0 0.08333333
## Equisteum.variegatum        0.0 0.02777778
## Erigeron.acer               0.2 0.02777778
## Euphrasia.agg               0.2 0.27777778
## Festuca.ovina               0.4 0.13888889
## Festuca.rubra               0.2 0.38888889
## Festuca.rubra.agg.          0.0 0.02777778
## Filipendula.ulmaria         0.0 0.08333333
## Fissidens.adianthoides      0.0 0.02777778
## Fissidens.dubius            0.0 0.05555556
## Fissidens.exilis            0.0 0.02777778
## Fragaria.vesca              0.0 0.16666667
## Galium.aparine              0.0 0.02777778
## Galium.arvense              0.0 0.02777778
## Galium.saxatile             0.2 0.00000000
## Galium.verum                0.0 0.11111111
## Geum.urbanum                0.0 0.02777778
## Glechoma.hederacea          0.0 0.02777778
## Helicotrichon.spp.          0.0 0.02777778
## Heracleum.sphondylium       0.2 0.05555556
## Hieracium.spp.              0.0 0.02777778
## Holcus.spp.                 0.6 0.50000000
## Holcus.lanatus              0.0 0.33333333
## Holcus.mollis               0.2 0.13888889
## Homalothecium.lutescens     0.2 0.02777778
## Hylocomium.splendens        0.0 0.19444444
## Hypericum.perforatum        0.2 0.13888889
## Hypnum.cupressiforme        0.2 0.25000000
## Hypnum.imponens             0.0 0.02777778
## Hypnum.jutlandicum          0.2 0.05555556
## Hypochaeris.radicata        0.0 0.02777778
## Kindbergia.praelonga        0.2 0.13888889
## Lathyrus.pratensis          0.2 0.05555556
## Leontodon.hispidus          0.4 0.08333333
## Leontodon.saxatilis         0.2 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.2 0.36111111
## Linum.catharticum           0.2 0.11111111
## Lolium.perenne              0.0 0.11111111
## Lophocolea.semiteres        0.0 0.02777778
## Lotus.corniculatus          0.2 0.47222222
## Luzula.multiflora           0.0 0.02777778
## Lysimachia.maritima         0.0 0.05555556
## Medicago.lupulina           0.2 0.11111111
## Myosotis.arvensis           0.2 0.11111111
## Ononis.repens               0.4 0.16666667
## Oxalis.acetosella           0.0 0.02777778
## Pastinaca.sativa            0.0 0.02777778
## Pentaglottis.sempervirens   0.0 0.02777778
## Pillosella.officinarum      0.6 0.25000000
## Plantago.coronopus          0.2 0.08333333
## Plantago.lanceolata         0.4 0.30555556
## Pleurozium.schreberi        0.0 0.11111111
## Poa.annua                   0.0 0.08333333
## Poa.spp.                    0.0 0.02777778
## Polytrichum.commune         0.0 0.02777778
## Polytrichum.commune.agg.    0.0 0.02777778
## Polytrichum.formosum        0.0 0.02777778
## Potentilla.reptans          0.4 0.05555556
## Prunella.vulgaris           0.0 0.13888889
## Pseudoscleropidum.purum     0.2 0.19444444
## Pteridium.aquilinum         0.0 0.08333333
## Ranunculus.acris            0.0 0.02777778
## Ranunculus.repens           0.0 0.08333333
## Reseda.lutea                0.0 0.02777778
## Rhinanthus.minor            0.2 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0 0.02777778
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.2 0.33333333
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0 0.05555556
## Rubus.fruticosus            0.0 0.05555556
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0 0.05555556
## Saniona.uncinata            0.0 0.05555556
## Sedum.anglicum              0.0 0.02777778
## Senecio.jacobaea            0.0 0.05555556
## Senecio.vulgaris            0.2 0.00000000
## Sonchus.arvensis            0.0 0.02777778
## Stachys.sylvatica           0.0 0.05555556
## Stellaria.apetala           0.0 0.02777778
## Taraxacum.agg.              0.8 0.19444444
## Thuidium.tamariscinum       0.0 0.08333333
## Thymus.polytrichus          0.2 0.19444444
## Trichostomum.crispulum      0.0 0.16666667
## Trifolium.campestre         0.2 0.16666667
## Trifolium.dubium            0.0 0.05555556
## Trifolium.pratense          0.2 0.08333333
## Trifolium.repens            0.0 0.13888889
## Trisetum.flavescens         0.0 0.11111111
## Tussilago.farfara           0.0 0.08333333
## Urtica.diocia               0.4 0.05555556
## Veronica.officinalis        0.0 0.02777778
## Vicia.sativa                0.0 0.02777778
## Viola.riviniana             0.0 0.02777778
## Weissia.controversa         0.0 0.02777778
## Zygodon.stirtonii           0.2 0.00000000
## 
## $relabu
##                                      1           5
## Agrostis.spp.               0.52830189 0.471698113
## Agrostis.canina             0.00000000 1.000000000
## Alchemilla.mollis           0.00000000 1.000000000
## Alopercus.pratensis         0.00000000 1.000000000
## Angelica.sylvestris         0.00000000 1.000000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.00000000 1.000000000
## Anthyllis.vulneraria        0.06445837 0.935541629
## Aphanes.arvensis            0.92957746 0.070422535
## Arrhenatherum.elatius       0.00000000 1.000000000
## Atrichum.undulatum          0.00000000 1.000000000
## Avenula.pratensis           0.00000000 1.000000000
## Bellis.perennis             0.48160535 0.518394649
## Betula.pubescens            0.00000000 1.000000000
## Blackstonia.perfoliata      0.00000000 1.000000000
## Brachythecium.albicans      0.00000000 1.000000000
## Brachythecium.glareosum     0.00000000 1.000000000
## Brachythecium.mildeanum     0.90756303 0.092436975
## Brachythecium.rutabulum     0.50704225 0.492957746
## Briza.media                 0.00000000 1.000000000
## Bromus.hordeaceus           0.00000000 1.000000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.00000000 1.000000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.00000000 1.000000000
## Bryum.capillare             0.00000000 1.000000000
## Bryum.spp.                  0.00000000 1.000000000
## Calliergonella.cupsidata    0.00000000 1.000000000
## Calypogeia.arguta           0.13533835 0.864661654
## Campanula.rotundifolia      0.00000000 1.000000000
## Carex.distans               0.00000000 1.000000000
## Carex.flacca                0.25431711 0.745682889
## Carex.panicea               0.00000000 1.000000000
## Carlina.vulgaris            0.53865337 0.461346633
## Centaurea.nigra             0.00000000 1.000000000
## Centaurium.erythraea        0.00000000 1.000000000
## Centaurium.littorale        0.00000000 1.000000000
## Centaurium.pulchellum       0.00000000 1.000000000
## Cerastium.fontanum          0.00000000 1.000000000
## Chamaenerion.angustifolium  0.00000000 1.000000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.00000000 1.000000000
## Cirsium.arvense             0.00000000 1.000000000
## Cirsium.palustre            0.00000000 1.000000000
## Crepis.capillaris           0.00000000 1.000000000
## Cynosurus.cristatus         0.62540717 0.374592834
## Dactylis.glomerata          0.55242967 0.447570332
## Dactylorhiza.fuchsii        0.24657534 0.753424658
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.000000000
## Daucus.carrota              0.00000000 1.000000000
## Dicranella.spp.             0.00000000 1.000000000
## Dicranum.scoparium          0.00000000 1.000000000
## Epilobium.montanum          0.00000000 1.000000000
## Equisetum.arvense           0.00000000 1.000000000
## Equisteum.variegatum        0.00000000 1.000000000
## Erigeron.acer               0.63343109 0.366568915
## Euphrasia.agg               0.19753086 0.802469136
## Festuca.ovina               0.86556360 0.134436401
## Festuca.rubra               0.48828607 0.511713933
## Festuca.rubra.agg.          0.00000000 1.000000000
## Filipendula.ulmaria         0.00000000 1.000000000
## Fissidens.adianthoides      0.00000000 1.000000000
## Fissidens.dubius            0.00000000 1.000000000
## Fissidens.exilis            0.00000000 1.000000000
## Fragaria.vesca              0.00000000 1.000000000
## Galium.aparine              0.00000000 1.000000000
## Galium.arvense              0.00000000 1.000000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.000000000
## Galium.verum                0.00000000 1.000000000
## Geum.urbanum                0.00000000 1.000000000
## Glechoma.hederacea          0.00000000 1.000000000
## Helicotrichon.spp.          0.00000000 1.000000000
## Heracleum.sphondylium       0.44444444 0.555555556
## Hieracium.spp.              0.00000000 1.000000000
## Holcus.spp.                 0.60651740 0.393482598
## Holcus.lanatus              0.00000000 1.000000000
## Holcus.mollis               0.03035413 0.969645868
## Homalothecium.lutescens     0.99139415 0.008605852
## Hylocomium.splendens        0.00000000 1.000000000
## Hypericum.perforatum        0.79041916 0.209580838
## Hypnum.cupressiforme        0.39560440 0.604395604
## Hypnum.imponens             0.00000000 1.000000000
## Hypnum.jutlandicum          0.33962264 0.660377358
## Hypochaeris.radicata        0.00000000 1.000000000
## Kindbergia.praelonga        0.26470588 0.735294118
## Lathyrus.pratensis          0.64285714 0.357142857
## Leontodon.hispidus          0.61802575 0.381974249
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.000000000
## Leucanthemum.vulgare        0.70016207 0.299837925
## Linum.catharticum           0.75524476 0.244755245
## Lolium.perenne              0.00000000 1.000000000
## Lophocolea.semiteres        0.00000000 1.000000000
## Lotus.corniculatus          0.10983489 0.890165111
## Luzula.multiflora           0.00000000 1.000000000
## Lysimachia.maritima         0.00000000 1.000000000
## Medicago.lupulina           0.17475728 0.825242718
## Myosotis.arvensis           0.81203008 0.187969925
## Ononis.repens               0.07916438 0.920835624
## Oxalis.acetosella           0.00000000 1.000000000
## Pastinaca.sativa            0.00000000 1.000000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.00000000 1.000000000
## Pillosella.officinarum      0.58431019 0.415689811
## Plantago.coronopus          0.45328032 0.546719682
## Plantago.lanceolata         0.37148218 0.628517824
## Pleurozium.schreberi        0.00000000 1.000000000
## Poa.annua                   0.00000000 1.000000000
## Poa.spp.                    0.00000000 1.000000000
## Polytrichum.commune         0.00000000 1.000000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.00000000 1.000000000
## Polytrichum.formosum        0.00000000 1.000000000
## Potentilla.reptans          0.53201970 0.467980296
## Prunella.vulgaris           0.00000000 1.000000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.25837321 0.741626794
## Pteridium.aquilinum         0.00000000 1.000000000
## Ranunculus.acris            0.00000000 1.000000000
## Ranunculus.repens           0.00000000 1.000000000
## Reseda.lutea                0.00000000 1.000000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.000000000
## Rhizomnium.punctatum        0.00000000 1.000000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.47368421 0.526315789
## Rhytidadelphus.triquetris   0.00000000 1.000000000
## Rubus.fruticosus            0.00000000 1.000000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.00000000 1.000000000
## Saniona.uncinata            0.00000000 1.000000000
## Sedum.anglicum              0.00000000 1.000000000
## Senecio.jacobaea            0.00000000 1.000000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.000000000
## Sonchus.arvensis            0.00000000 1.000000000
## Stachys.sylvatica           0.00000000 1.000000000
## Stellaria.apetala           0.00000000 1.000000000
## Taraxacum.agg.              0.85900217 0.140997831
## Thuidium.tamariscinum       0.00000000 1.000000000
## Thymus.polytrichus          0.04877105 0.951228953
## Trichostomum.crispulum      0.00000000 1.000000000
## Trifolium.campestre         0.34573830 0.654261705
## Trifolium.dubium            0.00000000 1.000000000
## Trifolium.pratense          0.20454545 0.795454545
## Trifolium.repens            0.00000000 1.000000000
## Trisetum.flavescens         0.00000000 1.000000000
## Tussilago.farfara           0.00000000 1.000000000
## Urtica.diocia               0.88352745 0.116472546
## Veronica.officinalis        0.00000000 1.000000000
## Vicia.sativa                0.00000000 1.000000000
## Viola.riviniana             0.00000000 1.000000000
## Weissia.controversa         0.00000000 1.000000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.000000000
## 
## $indval
##                                       1            5
## Agrostis.spp.               0.105660377 0.0917190776
## Agrostis.canina             0.000000000 0.0277777778
## Alchemilla.mollis           0.000000000 0.0277777778
## Alopercus.pratensis         0.000000000 0.0277777778
## Angelica.sylvestris         0.000000000 0.0555555556
## Anthoxanthum.odoratum       0.000000000 0.1666666667
## Anthyllis.vulneraria        0.012891674 0.1039490699
## Aphanes.arvensis            0.185915493 0.0039123631
## Arrhenatherum.elatius       0.000000000 0.2222222222
## Atrichum.undulatum          0.000000000 0.0555555556
## Avenula.pratensis           0.000000000 0.0277777778
## Bellis.perennis             0.192642140 0.1439985136
## Betula.pubescens            0.000000000 0.0277777778
## Blackstonia.perfoliata      0.000000000 0.0277777778
## Brachythecium.albicans      0.000000000 0.0277777778
## Brachythecium.glareosum     0.000000000 0.0277777778
## Brachythecium.mildeanum     0.181512605 0.0077030812
## Brachythecium.rutabulum     0.101408451 0.0684663537
## Briza.media                 0.000000000 0.0833333333
## Bromus.hordeaceus           0.000000000 0.0277777778
## Bryum.c.f..caespiticium     0.000000000 0.0277777778
## Bryum.c.f..pallescens       0.000000000 0.0833333333
## Bryum.capillare             0.000000000 0.0277777778
## Bryum.spp.                  0.000000000 0.0833333333
## Calliergonella.cupsidata    0.000000000 0.4166666667
## Calypogeia.arguta           0.027067669 0.1681286550
## Campanula.rotundifolia      0.000000000 0.0277777778
## Carex.distans               0.000000000 0.0555555556
## Carex.flacca                0.050863422 0.1242804814
## Carex.panicea               0.000000000 0.0277777778
## Carlina.vulgaris            0.215461347 0.1025214741
## Centaurea.nigra             0.000000000 0.0555555556
## Centaurium.erythraea        0.000000000 0.0555555556
## Centaurium.littorale        0.000000000 0.1111111111
## Centaurium.pulchellum       0.000000000 0.0277777778
## Cerastium.fontanum          0.000000000 0.1944444444
## Chamaenerion.angustifolium  0.000000000 0.0277777778
## Cirriphyllum.piliferum      0.000000000 0.0277777778
## Cirsium.arvense             0.000000000 0.0833333333
## Cirsium.palustre            0.000000000 0.0555555556
## Crepis.capillaris           0.000000000 0.0555555556
## Cynosurus.cristatus         0.125081433 0.0208107130
## Dactylis.glomerata          0.110485934 0.0621625462
## Dactylorhiza.fuchsii        0.049315068 0.0209284627
## Danthonia.decumbens         0.200000000 0.0000000000
## Daucus.carrota              0.000000000 0.0555555556
## Dicranella.spp.             0.000000000 0.0277777778
## Dicranum.scoparium          0.000000000 0.1388888889
## Epilobium.montanum          0.000000000 0.0833333333
## Equisetum.arvense           0.000000000 0.0833333333
## Equisteum.variegatum        0.000000000 0.0277777778
## Erigeron.acer               0.126686217 0.0101824699
## Euphrasia.agg               0.039506173 0.2229080933
## Festuca.ovina               0.346225440 0.0186717224
## Festuca.rubra               0.097657213 0.1989998630
## Festuca.rubra.agg.          0.000000000 0.0277777778
## Filipendula.ulmaria         0.000000000 0.0833333333
## Fissidens.adianthoides      0.000000000 0.0277777778
## Fissidens.dubius            0.000000000 0.0555555556
## Fissidens.exilis            0.000000000 0.0277777778
## Fragaria.vesca              0.000000000 0.1666666667
## Galium.aparine              0.000000000 0.0277777778
## Galium.arvense              0.000000000 0.0277777778
## Galium.saxatile             0.200000000 0.0000000000
## Galium.verum                0.000000000 0.1111111111
## Geum.urbanum                0.000000000 0.0277777778
## Glechoma.hederacea          0.000000000 0.0277777778
## Helicotrichon.spp.          0.000000000 0.0277777778
## Heracleum.sphondylium       0.088888889 0.0308641975
## Hieracium.spp.              0.000000000 0.0277777778
## Holcus.spp.                 0.363910441 0.1967412990
## Holcus.lanatus              0.000000000 0.3333333333
## Holcus.mollis               0.006070826 0.1346730373
## Homalothecium.lutescens     0.198278830 0.0002390514
## Hylocomium.splendens        0.000000000 0.1944444444
## Hypericum.perforatum        0.158083832 0.0291084498
## Hypnum.cupressiforme        0.079120879 0.1510989011
## Hypnum.imponens             0.000000000 0.0277777778
## Hypnum.jutlandicum          0.067924528 0.0366876310
## Hypochaeris.radicata        0.000000000 0.0277777778
## Kindbergia.praelonga        0.052941176 0.1021241830
## Lathyrus.pratensis          0.128571429 0.0198412698
## Leontodon.hispidus          0.247210300 0.0318311874
## Leontodon.saxatilis         0.200000000 0.0000000000
## Leucanthemum.vulgare        0.140032415 0.1082748064
## Linum.catharticum           0.151048951 0.0271950272
## Lolium.perenne              0.000000000 0.1111111111
## Lophocolea.semiteres        0.000000000 0.0277777778
## Lotus.corniculatus          0.021966978 0.4203557470
## Luzula.multiflora           0.000000000 0.0277777778
## Lysimachia.maritima         0.000000000 0.0555555556
## Medicago.lupulina           0.034951456 0.0916936354
## Myosotis.arvensis           0.162406015 0.0208855472
## Ononis.repens               0.031665750 0.1534726040
## Oxalis.acetosella           0.000000000 0.0277777778
## Pastinaca.sativa            0.000000000 0.0277777778
## Pentaglottis.sempervirens   0.000000000 0.0277777778
## Pillosella.officinarum      0.350586114 0.1039224527
## Plantago.coronopus          0.090656064 0.0455599735
## Plantago.lanceolata         0.148592871 0.1920471128
## Pleurozium.schreberi        0.000000000 0.1111111111
## Poa.annua                   0.000000000 0.0833333333
## Poa.spp.                    0.000000000 0.0277777778
## Polytrichum.commune         0.000000000 0.0277777778
## Polytrichum.commune.agg.    0.000000000 0.0277777778
## Polytrichum.formosum        0.000000000 0.0277777778
## Potentilla.reptans          0.212807882 0.0259989053
## Prunella.vulgaris           0.000000000 0.1388888889
## Pseudoscleropidum.purum     0.051674641 0.1442052100
## Pteridium.aquilinum         0.000000000 0.0833333333
## Ranunculus.acris            0.000000000 0.0277777778
## Ranunculus.repens           0.000000000 0.0833333333
## Reseda.lutea                0.000000000 0.0277777778
## Rhinanthus.minor            0.200000000 0.0000000000
## Rhizomnium.punctatum        0.000000000 0.0277777778
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.094736842 0.1754385965
## Rhytidadelphus.triquetris   0.000000000 0.0555555556
## Rubus.fruticosus            0.000000000 0.0555555556
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.000000000 0.0555555556
## Saniona.uncinata            0.000000000 0.0555555556
## Sedum.anglicum              0.000000000 0.0277777778
## Senecio.jacobaea            0.000000000 0.0555555556
## Senecio.vulgaris            0.200000000 0.0000000000
## Sonchus.arvensis            0.000000000 0.0277777778
## Stachys.sylvatica           0.000000000 0.0555555556
## Stellaria.apetala           0.000000000 0.0277777778
## Taraxacum.agg.              0.687201735 0.0274162449
## Thuidium.tamariscinum       0.000000000 0.0833333333
## Thymus.polytrichus          0.009754209 0.1849611853
## Trichostomum.crispulum      0.000000000 0.1666666667
## Trifolium.campestre         0.069147659 0.1090436174
## Trifolium.dubium            0.000000000 0.0555555556
## Trifolium.pratense          0.040909091 0.0662878788
## Trifolium.repens            0.000000000 0.1388888889
## Trisetum.flavescens         0.000000000 0.1111111111
## Tussilago.farfara           0.000000000 0.0833333333
## Urtica.diocia               0.353410982 0.0064706970
## Veronica.officinalis        0.000000000 0.0277777778
## Vicia.sativa                0.000000000 0.0277777778
## Viola.riviniana             0.000000000 0.0277777778
## Weissia.controversa         0.000000000 0.0277777778
## Zygodon.stirtonii           0.200000000 0.0000000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           2 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           2                           2 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           2                           2 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           2                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           2                           2 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           2                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           2                           2 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           2                           2 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           2                           2 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           2                           2 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           2                           2 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           2                           2 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           2                           2 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           2                           2 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           2 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           2                           2 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           2                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           2                           2 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           2                           2 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           2                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           2 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           2                           2 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           2                           2 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           2                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           2                           2 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           2                           2 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           2                           2 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           2                           2 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           2                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           2                           2 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           2                           2 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           2 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           2                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           2                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           2 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           2 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           2                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           2                           2 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           2                           2 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           2                           2 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           2 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           2                           2 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           2                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           2 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           2                           2 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           2                           2 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           2                           2 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           2 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           2                           2 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           2                           2 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           2                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           2                           2 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           2                           2 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           2                           2 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           2                           2 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           2 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           2                           2 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           2 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           2                           2 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           2                           2 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           2                           2 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           2                           2 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           2 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           2                           2 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           2                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.10566038                  0.02777778 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.05555556                  0.16666667 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.10394907                  0.18591549 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.22222222                  0.05555556 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.02777778                  0.19264214 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.18151261                  0.10140845 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.08333333                  0.02777778 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.02777778                  0.08333333 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.02777778                  0.08333333 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.41666667                  0.16812865 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.02777778                  0.05555556 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.12428048                  0.02777778 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.21546135                  0.05555556 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.05555556                  0.11111111 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.02777778                  0.19444444 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.08333333                  0.05555556 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.05555556                  0.12508143 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.11048593                  0.04931507 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.20000000                  0.05555556 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.02777778                  0.13888889 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.08333333                  0.08333333 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.02777778                  0.12668622 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.22290809                  0.34622544 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.19899986                  0.02777778 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.08333333                  0.02777778 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.05555556                  0.02777778 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.16666667                  0.02777778 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.02777778                  0.20000000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.11111111                  0.02777778 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.08888889                  0.02777778 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.36391044                  0.33333333 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.13467304                  0.19827883 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.19444444                  0.15808383 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.15109890                  0.02777778 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.06792453                  0.02777778 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.10212418                  0.12857143 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.24721030                  0.20000000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.14003241                  0.15104895 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.11111111                  0.02777778 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.42035575                  0.02777778 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.05555556                  0.09169364 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.16240602                  0.15347260 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.02777778                  0.35058611 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.09065606                  0.19204711 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.11111111                  0.08333333 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.21280788                  0.13888889 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.14420521                  0.08333333 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.02777778                  0.08333333 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.02777778                  0.20000000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.02777778                  0.17543860 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.05555556                  0.05555556 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.05555556                  0.05555556 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.02777778                  0.05555556 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.20000000                  0.02777778 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.05555556                  0.02777778 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.68720174                  0.08333333 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.18496119                  0.16666667 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.10904362                  0.05555556 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.06628788                  0.13888889 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.11111111                  0.08333333 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.35341098                  0.02777778 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.02777778                  0.20000000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       1.000                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       0.540 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.930                       0.137 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.446                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.732 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       0.137                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       0.829                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       0.907 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.220                       0.600 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.906                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.508                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       0.914 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.560 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       0.240 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.847                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       0.118                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       0.683 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       0.903                       0.904 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       0.252 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.629                       0.044 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.940                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.594                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       0.117 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.805                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       0.322                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.489                       0.264 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.752                       0.122 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.563                       0.663 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.783                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       0.335 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       0.082                       0.108 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.979                       0.245 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       0.722                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.248                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       0.880                       0.914 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       0.184                       0.910 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.125 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.919                       0.849 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.912                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.042                       0.706 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.716                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       0.890 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       0.130 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.924 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       0.126                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.003                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.627                       0.582 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.946                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       0.743 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.700                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.041                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       0.131 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#From the Quartzindvalsummary and from the automatic summary, Taraxacum agg. is the #reported indicator species with the highest indval score, of 0.687 and the lowest p value, #of 0.003. This is the indicator species for quartz on the six study sites.

#Now to do the same for calcite…

clustCalcite <-cut(PlantChemistry1$Calcite, 5, labels=FALSE)
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustCalcite))
##                           cluster indicator_value probability
## Rhytidadelphus.squarrosus       1          0.3896       0.021
## Agrostis.spp.                   1          0.3810       0.004
## Calypogeia.arguta               1          0.3810       0.003
## Hylocomium.splendens            1          0.3333       0.010
## Arrhenatherum.elatius           1          0.3280       0.016
## Anthoxanthum.odoratum           1          0.2857       0.028
## Fragaria.vesca                  1          0.2857       0.021
## Holcus.mollis                   1          0.2857       0.018
## Kindbergia.praelonga            1          0.2857       0.012
## Dicranum.scoparium              1          0.2381       0.046
## Taraxacum.agg.                  2          0.4801       0.001
## Pillosella.officinarum          2          0.4628       0.006
## Carlina.vulgaris                2          0.4200       0.001
## Festuca.ovina                   2          0.2635       0.037
## Leontodon.hispidus              2          0.2500       0.021
## 
## Sum of probabilities                 =  80.781 
## 
## Sum of Indicator Values              =  17.21 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  5.07 
## 
## Number of Significant Indicators     =  15 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
##  1  2 
## 10  5
CalciteIndval <- indval(PlantSpecies1, clustCalcite, type= "long")
gr <- CalciteIndval$maxcls[CalciteIndval$pval<=0.05]
iv <- CalciteIndval$indcls[CalciteIndval$pval<=0.05]
pv <- CalciteIndval$pval[CalciteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[CalciteIndval$pval<=0.05]
CalciteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
CalciteIndvalsummary <- CalciteIndvalsummary[order(CalciteIndvalsummary$group, 
                                            -CalciteIndvalsummary$indval),]
print(CalciteIndvalsummary)
##                           group    indval pvalue freq
## Rhytidadelphus.squarrosus     1 0.3896444  0.025    2
## Agrostis.spp.                 1 0.3809524  0.001    1
## Calypogeia.arguta             1 0.3809524  0.005    1
## Hylocomium.splendens          1 0.3333333  0.004    6
## Arrhenatherum.elatius         1 0.3280343  0.018    2
## Anthoxanthum.odoratum         1 0.2857143  0.025    5
## Fragaria.vesca                1 0.2857143  0.019    1
## Holcus.mollis                 1 0.2857143  0.016    2
## Kindbergia.praelonga          1 0.2857143  0.022    3
## Dicranum.scoparium            1 0.2380952  0.039    3
## Taraxacum.agg.                2 0.4801193  0.002    3
## Pillosella.officinarum        2 0.4628049  0.007    4
## Carlina.vulgaris              2 0.4200000  0.003    2
## Festuca.ovina                 2 0.2635214  0.040   15
## Leontodon.hispidus            2 0.2500000  0.027    1
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustCalcite))
## $relfrq
##                                      1    5
## Agrostis.spp.               0.38095238 0.00
## Agrostis.canina             0.04761905 0.00
## Alchemilla.mollis           0.04761905 0.00
## Alopercus.pratensis         0.00000000 0.05
## Angelica.sylvestris         0.09523810 0.00
## Anthoxanthum.odoratum       0.28571429 0.00
## Anthyllis.vulneraria        0.09523810 0.15
## Aphanes.arvensis            0.09523810 0.05
## Arrhenatherum.elatius       0.33333333 0.05
## Atrichum.undulatum          0.09523810 0.00
## Avenula.pratensis           0.00000000 0.05
## Bellis.perennis             0.19047619 0.40
## Betula.pubescens            0.04761905 0.00
## Blackstonia.perfoliata      0.00000000 0.05
## Brachythecium.albicans      0.00000000 0.05
## Brachythecium.glareosum     0.04761905 0.00
## Brachythecium.mildeanum     0.19047619 0.00
## Brachythecium.rutabulum     0.23809524 0.05
## Briza.media                 0.00000000 0.15
## Bromus.hordeaceus           0.04761905 0.00
## Bryum.c.f..caespiticium     0.04761905 0.00
## Bryum.c.f..pallescens       0.04761905 0.10
## Bryum.capillare             0.04761905 0.00
## Bryum.spp.                  0.09523810 0.05
## Calliergonella.cupsidata    0.47619048 0.25
## Calypogeia.arguta           0.38095238 0.00
## Campanula.rotundifolia      0.04761905 0.00
## Carex.distans               0.04761905 0.05
## Carex.flacca                0.14285714 0.20
## Carex.panicea               0.04761905 0.00
## Carlina.vulgaris            0.04761905 0.45
## Centaurea.nigra             0.04761905 0.05
## Centaurium.erythraea        0.00000000 0.10
## Centaurium.littorale        0.09523810 0.10
## Centaurium.pulchellum       0.04761905 0.00
## Cerastium.fontanum          0.14285714 0.20
## Chamaenerion.angustifolium  0.04761905 0.00
## Cirriphyllum.piliferum      0.04761905 0.00
## Cirsium.arvense             0.14285714 0.00
## Cirsium.palustre            0.09523810 0.00
## Crepis.capillaris           0.09523810 0.00
## Cynosurus.cristatus         0.09523810 0.05
## Dactylis.glomerata          0.23809524 0.05
## Dactylorhiza.fuchsii        0.09523810 0.00
## Danthonia.decumbens         0.04761905 0.00
## Daucus.carrota              0.04761905 0.05
## Dicranella.spp.             0.00000000 0.05
## Dicranum.scoparium          0.23809524 0.00
## Epilobium.montanum          0.14285714 0.00
## Equisetum.arvense           0.14285714 0.00
## Equisteum.variegatum        0.04761905 0.00
## Erigeron.acer               0.00000000 0.10
## Euphrasia.agg               0.19047619 0.35
## Festuca.ovina               0.04761905 0.30
## Festuca.rubra               0.23809524 0.50
## Festuca.rubra.agg.          0.04761905 0.00
## Filipendula.ulmaria         0.14285714 0.00
## Fissidens.adianthoides      0.04761905 0.00
## Fissidens.dubius            0.04761905 0.05
## Fissidens.exilis            0.00000000 0.05
## Fragaria.vesca              0.28571429 0.00
## Galium.aparine              0.00000000 0.05
## Galium.arvense              0.04761905 0.00
## Galium.saxatile             0.00000000 0.05
## Galium.verum                0.04761905 0.15
## Geum.urbanum                0.04761905 0.00
## Glechoma.hederacea          0.04761905 0.00
## Helicotrichon.spp.          0.04761905 0.00
## Heracleum.sphondylium       0.09523810 0.05
## Hieracium.spp.              0.00000000 0.05
## Holcus.spp.                 0.33333333 0.70
## Holcus.lanatus              0.28571429 0.30
## Holcus.mollis               0.28571429 0.00
## Homalothecium.lutescens     0.00000000 0.10
## Hylocomium.splendens        0.33333333 0.00
## Hypericum.perforatum        0.23809524 0.05
## Hypnum.cupressiforme        0.33333333 0.15
## Hypnum.imponens             0.04761905 0.00
## Hypnum.jutlandicum          0.14285714 0.00
## Hypochaeris.radicata        0.00000000 0.05
## Kindbergia.praelonga        0.28571429 0.00
## Lathyrus.pratensis          0.14285714 0.00
## Leontodon.hispidus          0.00000000 0.25
## Leontodon.saxatilis         0.00000000 0.05
## Leucanthemum.vulgare        0.33333333 0.35
## Linum.catharticum           0.04761905 0.20
## Lolium.perenne              0.14285714 0.05
## Lophocolea.semiteres        0.04761905 0.00
## Lotus.corniculatus          0.33333333 0.55
## Luzula.multiflora           0.04761905 0.00
## Lysimachia.maritima         0.04761905 0.05
## Medicago.lupulina           0.04761905 0.20
## Myosotis.arvensis           0.04761905 0.20
## Ononis.repens               0.19047619 0.20
## Oxalis.acetosella           0.04761905 0.00
## Pastinaca.sativa            0.00000000 0.05
## Pentaglottis.sempervirens   0.00000000 0.05
## Pillosella.officinarum      0.04761905 0.55
## Plantago.coronopus          0.04761905 0.15
## Plantago.lanceolata         0.28571429 0.35
## Pleurozium.schreberi        0.19047619 0.00
## Poa.annua                   0.09523810 0.05
## Poa.spp.                    0.04761905 0.00
## Polytrichum.commune         0.04761905 0.00
## Polytrichum.commune.agg.    0.04761905 0.00
## Polytrichum.formosum        0.04761905 0.00
## Potentilla.reptans          0.09523810 0.10
## Prunella.vulgaris           0.14285714 0.10
## Pseudoscleropidum.purum     0.28571429 0.10
## Pteridium.aquilinum         0.14285714 0.00
## Ranunculus.acris            0.04761905 0.00
## Ranunculus.repens           0.09523810 0.05
## Reseda.lutea                0.00000000 0.05
## Rhinanthus.minor            0.04761905 0.00
## Rhizomnium.punctatum        0.04761905 0.00
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.47619048 0.15
## Rhytidadelphus.triquetris   0.09523810 0.00
## Rubus.fruticosus            0.09523810 0.00
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.00000000 0.10
## Saniona.uncinata            0.09523810 0.00
## Sedum.anglicum              0.00000000 0.05
## Senecio.jacobaea            0.09523810 0.00
## Senecio.vulgaris            0.00000000 0.05
## Sonchus.arvensis            0.04761905 0.00
## Stachys.sylvatica           0.09523810 0.00
## Stellaria.apetala           0.04761905 0.00
## Taraxacum.agg.              0.04761905 0.50
## Thuidium.tamariscinum       0.14285714 0.00
## Thymus.polytrichus          0.09523810 0.30
## Trichostomum.crispulum      0.09523810 0.20
## Trifolium.campestre         0.09523810 0.25
## Trifolium.dubium            0.00000000 0.10
## Trifolium.pratense          0.09523810 0.10
## Trifolium.repens            0.09523810 0.15
## Trisetum.flavescens         0.04761905 0.15
## Tussilago.farfara           0.09523810 0.05
## Urtica.diocia               0.09523810 0.10
## Veronica.officinalis        0.04761905 0.00
## Vicia.sativa                0.04761905 0.00
## Viola.riviniana             0.04761905 0.00
## Weissia.controversa         0.04761905 0.00
## Zygodon.stirtonii           0.00000000 0.05
## 
## $relabu
##                                       1          5
## Agrostis.spp.               1.000000000 0.00000000
## Agrostis.canina             1.000000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           1.000000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         0.000000000 1.00000000
## Angelica.sylvestris         1.000000000 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.000000000 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        0.602115541 0.39788446
## Aphanes.arvensis            0.695652174 0.30434783
## Arrhenatherum.elatius       0.984102952 0.01589705
## Atrichum.undulatum          1.000000000 0.00000000
## Avenula.pratensis           0.000000000 1.00000000
## Bellis.perennis             0.360110803 0.63988920
## Betula.pubescens            1.000000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      0.000000000 1.00000000
## Brachythecium.albicans      0.000000000 1.00000000
## Brachythecium.glareosum     1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.613496933 0.38650307
## Briza.media                 0.000000000 1.00000000
## Bromus.hordeaceus           1.000000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.000000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.079681275 0.92031873
## Bryum.capillare             1.000000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  0.769230769 0.23076923
## Calliergonella.cupsidata    0.667031165 0.33296884
## Calypogeia.arguta           1.000000000 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      1.000000000 0.00000000
## Carex.distans               0.682862771 0.31713723
## Carex.flacca                0.642133860 0.35786614
## Carex.panicea               1.000000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.066666667 0.93333333
## Centaurea.nigra             0.655737705 0.34426230
## Centaurium.erythraea        0.000000000 1.00000000
## Centaurium.littorale        0.559440559 0.44055944
## Centaurium.pulchellum       1.000000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.603773585 0.39622642
## Chamaenerion.angustifolium  1.000000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.000000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             1.000000000 0.00000000
## Cirsium.palustre            1.000000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           1.000000000 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         0.816326531 0.18367347
## Dactylis.glomerata          0.872727273 0.12727273
## Dactylorhiza.fuchsii        1.000000000 0.00000000
## Danthonia.decumbens         1.000000000 0.00000000
## Daucus.carrota              0.322580645 0.67741935
## Dicranella.spp.             0.000000000 1.00000000
## Dicranum.scoparium          1.000000000 0.00000000
## Epilobium.montanum          1.000000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           1.000000000 0.00000000
## Equisteum.variegatum        1.000000000 0.00000000
## Erigeron.acer               0.000000000 1.00000000
## Euphrasia.agg               0.086956522 0.91304348
## Festuca.ovina               0.121595331 0.87840467
## Festuca.rubra               0.368889462 0.63111054
## Festuca.rubra.agg.          1.000000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         1.000000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      1.000000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            0.322580645 0.67741935
## Fissidens.exilis            0.000000000 1.00000000
## Fragaria.vesca              1.000000000 0.00000000
## Galium.aparine              0.000000000 1.00000000
## Galium.arvense              1.000000000 0.00000000
## Galium.saxatile             0.000000000 1.00000000
## Galium.verum                0.010706638 0.98929336
## Geum.urbanum                1.000000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          1.000000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          1.000000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       0.895522388 0.10447761
## Hieracium.spp.              0.000000000 1.00000000
## Holcus.spp.                 0.370224498 0.62977550
## Holcus.lanatus              0.810032895 0.18996711
## Holcus.mollis               1.000000000 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     0.000000000 1.00000000
## Hylocomium.splendens        1.000000000 0.00000000
## Hypericum.perforatum        0.645161290 0.35483871
## Hypnum.cupressiforme        0.537897311 0.46210269
## Hypnum.imponens             1.000000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          1.000000000 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        0.000000000 1.00000000
## Kindbergia.praelonga        1.000000000 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          1.000000000 0.00000000
## Leontodon.hispidus          0.000000000 1.00000000
## Leontodon.saxatilis         0.000000000 1.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.477611940 0.52238806
## Linum.catharticum           0.095693780 0.90430622
## Lolium.perenne              0.977683316 0.02231668
## Lophocolea.semiteres        1.000000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.515079634 0.48492037
## Luzula.multiflora           1.000000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.974421437 0.02557856
## Medicago.lupulina           0.860927152 0.13907285
## Myosotis.arvensis           0.119760479 0.88023952
## Ononis.repens               0.340000000 0.66000000
## Oxalis.acetosella           1.000000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            0.000000000 1.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.000000000 1.00000000
## Pillosella.officinarum      0.158536585 0.84146341
## Plantago.coronopus          0.608000000 0.39200000
## Plantago.lanceolata         0.574324324 0.42567568
## Pleurozium.schreberi        1.000000000 0.00000000
## Poa.annua                   0.665701881 0.33429812
## Poa.spp.                    1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        1.000000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.928652322 0.07134768
## Prunella.vulgaris           0.404858300 0.59514170
## Pseudoscleropidum.purum     0.697498105 0.30250190
## Pteridium.aquilinum         1.000000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            1.000000000 0.00000000
## Ranunculus.repens           0.963855422 0.03614458
## Reseda.lutea                0.000000000 1.00000000
## Rhinanthus.minor            1.000000000 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        1.000000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.818253344 0.18174666
## Rhytidadelphus.triquetris   1.000000000 0.00000000
## Rubus.fruticosus            1.000000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.000000000 1.00000000
## Saniona.uncinata            1.000000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              0.000000000 1.00000000
## Senecio.jacobaea            1.000000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            0.000000000 1.00000000
## Sonchus.arvensis            1.000000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           1.000000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           1.000000000 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.039761431 0.96023857
## Thuidium.tamariscinum       1.000000000 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.461591457 0.53840854
## Trichostomum.crispulum      0.180180180 0.81981982
## Trifolium.campestre         0.106382979 0.89361702
## Trifolium.dubium            0.000000000 1.00000000
## Trifolium.pratense          0.199004975 0.80099502
## Trifolium.repens            0.605069501 0.39493050
## Trisetum.flavescens         0.007443245 0.99255675
## Tussilago.farfara           0.857787810 0.14221219
## Urtica.diocia               0.448772227 0.55122777
## Veronica.officinalis        1.000000000 0.00000000
## Vicia.sativa                1.000000000 0.00000000
## Viola.riviniana             1.000000000 0.00000000
## Weissia.controversa         1.000000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           0.000000000 1.00000000
## 
## $indval
##                                        1            5
## Agrostis.spp.               0.3809523810 0.0000000000
## Agrostis.canina             0.0476190476 0.0000000000
## Alchemilla.mollis           0.0476190476 0.0000000000
## Alopercus.pratensis         0.0000000000 0.0500000000
## Angelica.sylvestris         0.0952380952 0.0000000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.2857142857 0.0000000000
## Anthyllis.vulneraria        0.0573443372 0.0596826688
## Aphanes.arvensis            0.0662525880 0.0152173913
## Arrhenatherum.elatius       0.3280343174 0.0007948524
## Atrichum.undulatum          0.0952380952 0.0000000000
## Avenula.pratensis           0.0000000000 0.0500000000
## Bellis.perennis             0.0685925340 0.2559556787
## Betula.pubescens            0.0476190476 0.0000000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0000000000 0.0500000000
## Brachythecium.albicans      0.0000000000 0.0500000000
## Brachythecium.glareosum     0.0476190476 0.0000000000
## Brachythecium.mildeanum     0.1904761905 0.0000000000
## Brachythecium.rutabulum     0.1460706982 0.0193251534
## Briza.media                 0.0000000000 0.1500000000
## Bromus.hordeaceus           0.0476190476 0.0000000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0476190476 0.0000000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0037943464 0.0920318725
## Bryum.capillare             0.0476190476 0.0000000000
## Bryum.spp.                  0.0732600733 0.0115384615
## Calliergonella.cupsidata    0.3176338879 0.0832422089
## Calypogeia.arguta           0.3809523810 0.0000000000
## Campanula.rotundifolia      0.0476190476 0.0000000000
## Carex.distans               0.0325172748 0.0158568615
## Carex.flacca                0.0917334086 0.0715732280
## Carex.panicea               0.0476190476 0.0000000000
## Carlina.vulgaris            0.0031746032 0.4200000000
## Centaurea.nigra             0.0312256050 0.0172131148
## Centaurium.erythraea        0.0000000000 0.1000000000
## Centaurium.littorale        0.0532800533 0.0440559441
## Centaurium.pulchellum       0.0476190476 0.0000000000
## Cerastium.fontanum          0.0862533693 0.0792452830
## Chamaenerion.angustifolium  0.0476190476 0.0000000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0476190476 0.0000000000
## Cirsium.arvense             0.1428571429 0.0000000000
## Cirsium.palustre            0.0952380952 0.0000000000
## Crepis.capillaris           0.0952380952 0.0000000000
## Cynosurus.cristatus         0.0777453839 0.0091836735
## Dactylis.glomerata          0.2077922078 0.0063636364
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0952380952 0.0000000000
## Danthonia.decumbens         0.0476190476 0.0000000000
## Daucus.carrota              0.0153609831 0.0338709677
## Dicranella.spp.             0.0000000000 0.0500000000
## Dicranum.scoparium          0.2380952381 0.0000000000
## Epilobium.montanum          0.1428571429 0.0000000000
## Equisetum.arvense           0.1428571429 0.0000000000
## Equisteum.variegatum        0.0476190476 0.0000000000
## Erigeron.acer               0.0000000000 0.1000000000
## Euphrasia.agg               0.0165631470 0.3195652174
## Festuca.ovina               0.0057902538 0.2635214008
## Festuca.rubra               0.0878308243 0.3155552689
## Festuca.rubra.agg.          0.0476190476 0.0000000000
## Filipendula.ulmaria         0.1428571429 0.0000000000
## Fissidens.adianthoides      0.0476190476 0.0000000000
## Fissidens.dubius            0.0153609831 0.0338709677
## Fissidens.exilis            0.0000000000 0.0500000000
## Fragaria.vesca              0.2857142857 0.0000000000
## Galium.aparine              0.0000000000 0.0500000000
## Galium.arvense              0.0476190476 0.0000000000
## Galium.saxatile             0.0000000000 0.0500000000
## Galium.verum                0.0005098399 0.1483940043
## Geum.urbanum                0.0476190476 0.0000000000
## Glechoma.hederacea          0.0476190476 0.0000000000
## Helicotrichon.spp.          0.0476190476 0.0000000000
## Heracleum.sphondylium       0.0852878465 0.0052238806
## Hieracium.spp.              0.0000000000 0.0500000000
## Holcus.spp.                 0.1234081659 0.4408428515
## Holcus.lanatus              0.2314379699 0.0569901316
## Holcus.mollis               0.2857142857 0.0000000000
## Homalothecium.lutescens     0.0000000000 0.1000000000
## Hylocomium.splendens        0.3333333333 0.0000000000
## Hypericum.perforatum        0.1536098310 0.0177419355
## Hypnum.cupressiforme        0.1792991035 0.0693154034
## Hypnum.imponens             0.0476190476 0.0000000000
## Hypnum.jutlandicum          0.1428571429 0.0000000000
## Hypochaeris.radicata        0.0000000000 0.0500000000
## Kindbergia.praelonga        0.2857142857 0.0000000000
## Lathyrus.pratensis          0.1428571429 0.0000000000
## Leontodon.hispidus          0.0000000000 0.2500000000
## Leontodon.saxatilis         0.0000000000 0.0500000000
## Leucanthemum.vulgare        0.1592039801 0.1828358209
## Linum.catharticum           0.0045568467 0.1808612440
## Lolium.perenne              0.1396690451 0.0011158342
## Lophocolea.semiteres        0.0476190476 0.0000000000
## Lotus.corniculatus          0.1716932113 0.2667062013
## Luzula.multiflora           0.0476190476 0.0000000000
## Lysimachia.maritima         0.0464010208 0.0012789281
## Medicago.lupulina           0.0409965311 0.0278145695
## Myosotis.arvensis           0.0057028800 0.1760479042
## Ononis.repens               0.0647619048 0.1320000000
## Oxalis.acetosella           0.0476190476 0.0000000000
## Pastinaca.sativa            0.0000000000 0.0500000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0000000000 0.0500000000
## Pillosella.officinarum      0.0075493612 0.4628048780
## Plantago.coronopus          0.0289523810 0.0588000000
## Plantago.lanceolata         0.1640926641 0.1489864865
## Pleurozium.schreberi        0.1904761905 0.0000000000
## Poa.annua                   0.0634001792 0.0167149059
## Poa.spp.                    0.0476190476 0.0000000000
## Polytrichum.commune         0.0476190476 0.0000000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0476190476 0.0000000000
## Polytrichum.formosum        0.0476190476 0.0000000000
## Potentilla.reptans          0.0884430783 0.0071347678
## Prunella.vulgaris           0.0578368999 0.0595141700
## Pseudoscleropidum.purum     0.1992851727 0.0302501895
## Pteridium.aquilinum         0.1428571429 0.0000000000
## Ranunculus.acris            0.0476190476 0.0000000000
## Ranunculus.repens           0.0917957544 0.0018072289
## Reseda.lutea                0.0000000000 0.0500000000
## Rhinanthus.minor            0.0476190476 0.0000000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0476190476 0.0000000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.3896444494 0.0272619984
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0952380952 0.0000000000
## Rubus.fruticosus            0.0952380952 0.0000000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0000000000 0.1000000000
## Saniona.uncinata            0.0952380952 0.0000000000
## Sedum.anglicum              0.0000000000 0.0500000000
## Senecio.jacobaea            0.0952380952 0.0000000000
## Senecio.vulgaris            0.0000000000 0.0500000000
## Sonchus.arvensis            0.0476190476 0.0000000000
## Stachys.sylvatica           0.0952380952 0.0000000000
## Stellaria.apetala           0.0476190476 0.0000000000
## Taraxacum.agg.              0.0018934015 0.4801192843
## Thuidium.tamariscinum       0.1428571429 0.0000000000
## Thymus.polytrichus          0.0439610912 0.1615225629
## Trichostomum.crispulum      0.0171600172 0.1639639640
## Trifolium.campestre         0.0101317123 0.2234042553
## Trifolium.dubium            0.0000000000 0.1000000000
## Trifolium.pratense          0.0189528548 0.0800995025
## Trifolium.repens            0.0576256668 0.0592395748
## Trisetum.flavescens         0.0003544403 0.1488835132
## Tussilago.farfara           0.0816940772 0.0071106095
## Urtica.diocia               0.0427402121 0.0551227773
## Veronica.officinalis        0.0476190476 0.0000000000
## Vicia.sativa                0.0476190476 0.0000000000
## Viola.riviniana             0.0476190476 0.0000000000
## Weissia.controversa         0.0476190476 0.0000000000
## Zygodon.stirtonii           0.0000000000 0.0500000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           2 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           2                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           2                           2 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           2 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           2                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           2                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           2 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           2                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           2                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           2 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           2                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           2 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           2 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           2                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           2                           2 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           2 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           2 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           2                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           2 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           2                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           2 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           2 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           2                           2 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           2                           2 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           2                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           2                           2 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           2 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           2                           2 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           2                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           2 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           2                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           2                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           2                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           2                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           2                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           2                           2 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           2                           2 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           2                           2 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           2                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           2                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           2 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.38095238                  0.04761905 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.04761905                  0.05000000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.09523810                  0.28571429 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.05968267                  0.06625259 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.32803432                  0.09523810 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.05000000                  0.25595568 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.04761905                  0.05000000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.05000000                  0.04761905 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.19047619                  0.14607070 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.15000000                  0.04761905 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.04761905                  0.09203187 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.04761905                  0.07326007 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.31763389                  0.38095238 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.04761905                  0.03251727 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.09173341                  0.04761905 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.42000000                  0.03122560 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.10000000                  0.05328005 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.04761905                  0.08625337 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.04761905                  0.04761905 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.14285714                  0.09523810 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.09523810                  0.07774538 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.20779221                  0.09523810 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.04761905                  0.03387097 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.05000000                  0.23809524 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.14285714                  0.14285714 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.04761905                  0.10000000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.31956522                  0.26352140 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.31555527                  0.04761905 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.14285714                  0.04761905 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.03387097                  0.05000000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.28571429                  0.05000000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.04761905                  0.05000000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.14839400                  0.04761905 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.04761905                  0.04761905 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.08528785                  0.05000000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.44084285                  0.23143797 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.28571429                  0.10000000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.33333333                  0.15360983 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.17929910                  0.04761905 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.14285714                  0.05000000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.28571429                  0.14285714 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.25000000                  0.05000000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.18283582                  0.18086124 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.13966905                  0.04761905 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.26670620                  0.04761905 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.04640102                  0.04099653 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.17604790                  0.13200000 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.04761905                  0.05000000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.05000000                  0.46280488 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.05880000                  0.16409266 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.19047619                  0.06340018 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.04761905                  0.04761905 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.04761905                  0.04761905 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.08844308                  0.05951417 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.19928517                  0.14285714 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.04761905                  0.09179575 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.05000000                  0.04761905 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.04761905                  0.38964445 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.09523810                  0.09523810 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.10000000                  0.09523810 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.05000000                  0.09523810 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.05000000                  0.04761905 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.09523810                  0.04761905 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.48011928                  0.14285714 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.16152256                  0.16396396 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.22340426                  0.10000000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.08009950                  0.05923957 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.14888351                  0.08169408 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.05512278                  0.04761905 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.04761905                  0.04761905 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.04761905                  0.05000000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.010                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       0.469 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       0.470                       0.021 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       1.000                       0.759 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.024                       0.509 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       0.516                       0.229 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       0.487 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       0.450                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       0.120                       0.331 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       0.112                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       0.372 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       0.758 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.178                       0.010 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.913                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.005                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       0.229                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       1.000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       0.236                       0.502 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       0.466                       0.625 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.141                       0.482 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       0.759 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       0.512                       0.053 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       0.238                       0.253 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       0.212 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.069                       0.049 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.165                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       0.243                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       0.755                       0.477 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.024                       0.492 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       0.457 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.219                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       0.769                       0.468 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.085                       0.405 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.018                       0.218 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.009                       0.333 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.486                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       0.238                       0.464 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       0.022                       0.246 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       0.016                       0.484 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.877                       0.109 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       0.428                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.626                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       0.132                       0.685 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       0.444 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       0.480                       0.004 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.863                       0.931 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.095                       0.744 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.674                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.244                       0.237 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       0.501 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       0.479                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.014 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       0.488                       0.501 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       0.247                       0.512 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       0.472                       0.457 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       0.492                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       0.489                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.001                       0.240 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.416                       0.192 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.144                       0.221 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       0.684                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.212                       0.608 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.802                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       0.477 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#There are many indicator species reported for calcite, as demonstrated in the #CalciteIndvalsummary. The species with the highest indval score, 0.480, is Taraxacum agg. It #also has a low p value of 0.002 So, Taraxacum agg. is reported again, as the indicator #species for calcite.

#Now to do an indval analysis for Gehlenite…

clustGehlenite <-cut(PlantChemistry1$Gehlenite, 5, labels=FALSE)
GehleniteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustGehlenite, type= "long")
gr <- GehleniteIndval$maxcls[GehleniteIndval$pval<=0.05]
iv <- GehleniteIndval$indcls[GehleniteIndval$pval<=0.05]
pv <- GehleniteIndval$pval[GehleniteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[GehleniteIndval$pval<=0.05]
GehleniteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
GehleniteIndvalsummary <- GehleniteIndvalsummary[order(GehleniteIndvalsummary$group, 
                                              -GehleniteIndvalsummary$indval),]
print(GehleniteIndvalsummary)
##                        group    indval pvalue freq
## Pillosella.officinarum     2 0.7813828  0.001    4
## Taraxacum.agg.             2 0.4626188  0.015    3
## Carlina.vulgaris           2 0.4099245  0.017    2
## Festuca.ovina              2 0.3987805  0.019   15
## Trichostomum.crispulum     2 0.2955500  0.021    7
## Leontodon.hispidus         2 0.2782987  0.034    1
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustGehlenite))
##                        cluster indicator_value probability
## Pillosella.officinarum       2          0.7814       0.001
## Taraxacum.agg.               2          0.4626       0.014
## Carlina.vulgaris             2          0.4099       0.019
## Festuca.ovina                2          0.3988       0.014
## Trichostomum.crispulum       2          0.2955       0.022
## Leontodon.hispidus           2          0.2783       0.038
## 
## Sum of probabilities                 =  102.4 
## 
## Sum of Indicator Values              =  15.25 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  2.63 
## 
## Number of Significant Indicators     =  6 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 6
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustGehlenite))
## $relfrq
##                                   1         5
## Agrostis.spp.               0.25000 0.0000000
## Agrostis.canina             0.03125 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.03125 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.03125 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.06250 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.18750 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.09375 0.2222222
## Aphanes.arvensis            0.09375 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.25000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          0.06250 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.03125 0.0000000
## Bellis.perennis             0.25000 0.4444444
## Betula.pubescens            0.03125 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.03125 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.03125 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.03125 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.12500 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.18750 0.0000000
## Briza.media                 0.06250 0.1111111
## Bromus.hordeaceus           0.03125 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.03125 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.06250 0.1111111
## Bryum.capillare             0.03125 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.06250 0.1111111
## Calliergonella.cupsidata    0.43750 0.1111111
## Calypogeia.arguta           0.25000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.03125 0.0000000
## Carex.distans               0.03125 0.1111111
## Carex.flacca                0.15625 0.2222222
## Carex.panicea               0.03125 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.15625 0.5555556
## Centaurea.nigra             0.03125 0.1111111
## Centaurium.erythraea        0.06250 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.09375 0.1111111
## Centaurium.pulchellum       0.03125 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.18750 0.1111111
## Chamaenerion.angustifolium  0.03125 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.03125 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.09375 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.06250 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.06250 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.09375 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.18750 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.06250 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.03125 0.0000000
## Daucus.carrota              0.03125 0.1111111
## Dicranella.spp.             0.00000 0.1111111
## Dicranum.scoparium          0.15625 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.09375 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.09375 0.0000000
## Equisteum.variegatum        0.03125 0.0000000
## Erigeron.acer               0.03125 0.1111111
## Euphrasia.agg               0.28125 0.2222222
## Festuca.ovina               0.09375 0.4444444
## Festuca.rubra               0.34375 0.4444444
## Festuca.rubra.agg.          0.03125 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.09375 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.03125 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.03125 0.1111111
## Fissidens.exilis            0.00000 0.1111111
## Fragaria.vesca              0.18750 0.0000000
## Galium.aparine              0.03125 0.0000000
## Galium.arvense              0.03125 0.0000000
## Galium.saxatile             0.03125 0.0000000
## Galium.verum                0.09375 0.1111111
## Geum.urbanum                0.03125 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.03125 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.03125 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.09375 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.00000 0.1111111
## Holcus.spp.                 0.46875 0.6666667
## Holcus.lanatus              0.28125 0.3333333
## Holcus.mollis               0.18750 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.06250 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.21875 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.15625 0.1111111
## Hypnum.cupressiforme        0.25000 0.2222222
## Hypnum.imponens             0.03125 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.09375 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.03125 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.18750 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.09375 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.06250 0.3333333
## Leontodon.saxatilis         0.00000 0.1111111
## Leucanthemum.vulgare        0.31250 0.4444444
## Linum.catharticum           0.12500 0.1111111
## Lolium.perenne              0.12500 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.03125 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.40625 0.5555556
## Luzula.multiflora           0.03125 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.03125 0.1111111
## Medicago.lupulina           0.09375 0.2222222
## Myosotis.arvensis           0.12500 0.1111111
## Ononis.repens               0.21875 0.1111111
## Oxalis.acetosella           0.03125 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.03125 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.03125 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.12500 0.8888889
## Plantago.coronopus          0.06250 0.2222222
## Plantago.lanceolata         0.31250 0.3333333
## Pleurozium.schreberi        0.12500 0.0000000
## Poa.annua                   0.06250 0.1111111
## Poa.spp.                    0.03125 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.03125 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.03125 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.03125 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.09375 0.1111111
## Prunella.vulgaris           0.15625 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.21875 0.1111111
## Pteridium.aquilinum         0.09375 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.03125 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.09375 0.0000000
## Reseda.lutea                0.03125 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.03125 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.03125 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.40625 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   0.06250 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.06250 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.06250 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.06250 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.03125 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.06250 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.00000 0.1111111
## Sonchus.arvensis            0.03125 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.06250 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.03125 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.18750 0.5555556
## Thuidium.tamariscinum       0.09375 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.15625 0.3333333
## Trichostomum.crispulum      0.09375 0.3333333
## Trifolium.campestre         0.15625 0.2222222
## Trifolium.dubium            0.03125 0.1111111
## Trifolium.pratense          0.12500 0.0000000
## Trifolium.repens            0.15625 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.09375 0.1111111
## Tussilago.farfara           0.06250 0.1111111
## Urtica.diocia               0.12500 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.03125 0.0000000
## Vicia.sativa                0.03125 0.0000000
## Viola.riviniana             0.03125 0.0000000
## Weissia.controversa         0.03125 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.03125 0.0000000
## 
## $relabu
##                                     1          5
## Agrostis.spp.               1.0000000 0.00000000
## Agrostis.canina             1.0000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           1.0000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         1.0000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         1.0000000 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.0000000 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        0.7509728 0.24902724
## Aphanes.arvensis            1.0000000 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       1.0000000 0.00000000
## Atrichum.undulatum          1.0000000 0.00000000
## Avenula.pratensis           1.0000000 0.00000000
## Bellis.perennis             0.3360996 0.66390041
## Betula.pubescens            1.0000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      1.0000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      1.0000000 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     1.0000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     1.0000000 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     1.0000000 0.00000000
## Briza.media                 0.8378721 0.16212793
## Bromus.hordeaceus           1.0000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.0000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.2825112 0.71748879
## Bryum.capillare             1.0000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  0.4960630 0.50393701
## Calliergonella.cupsidata    0.6464088 0.35359116
## Calypogeia.arguta           1.0000000 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      1.0000000 0.00000000
## Carex.distans               0.3887043 0.61129568
## Carex.flacca                0.6417910 0.35820896
## Carex.panicea               1.0000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.2621359 0.73786408
## Centaurea.nigra             0.3600000 0.64000000
## Centaurium.erythraea        1.0000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.3360996 0.66390041
## Centaurium.pulchellum       1.0000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.7714286 0.22857143
## Chamaenerion.angustifolium  1.0000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.0000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             1.0000000 0.00000000
## Cirsium.palustre            1.0000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           1.0000000 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         1.0000000 0.00000000
## Dactylis.glomerata          1.0000000 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.0000000 0.00000000
## Danthonia.decumbens         1.0000000 0.00000000
## Daucus.carrota              0.1232877 0.87671233
## Dicranella.spp.             0.0000000 1.00000000
## Dicranum.scoparium          1.0000000 0.00000000
## Epilobium.montanum          1.0000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           1.0000000 0.00000000
## Equisteum.variegatum        1.0000000 0.00000000
## Erigeron.acer               0.5395683 0.46043165
## Euphrasia.agg               0.3628671 0.63713290
## Festuca.ovina               0.1027438 0.89725616
## Festuca.rubra               0.4370162 0.56298381
## Festuca.rubra.agg.          1.0000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         1.0000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      1.0000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            0.1232877 0.87671233
## Fissidens.exilis            0.0000000 1.00000000
## Fragaria.vesca              1.0000000 0.00000000
## Galium.aparine              1.0000000 0.00000000
## Galium.arvense              1.0000000 0.00000000
## Galium.saxatile             1.0000000 0.00000000
## Galium.verum                0.9803077 0.01969231
## Geum.urbanum                1.0000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          1.0000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          1.0000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       1.0000000 0.00000000
## Hieracium.spp.              0.0000000 1.00000000
## Holcus.spp.                 0.5247390 0.47526097
## Holcus.lanatus              0.8314425 0.16855754
## Holcus.mollis               1.0000000 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     1.0000000 0.00000000
## Hylocomium.splendens        1.0000000 0.00000000
## Hypericum.perforatum        0.3493530 0.65064695
## Hypnum.cupressiforme        0.3431085 0.65689150
## Hypnum.imponens             1.0000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          1.0000000 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        1.0000000 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        1.0000000 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          1.0000000 0.00000000
## Leontodon.hispidus          0.1651040 0.83489605
## Leontodon.saxatilis         0.0000000 1.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.3360996 0.66390041
## Linum.catharticum           0.8423645 0.15763547
## Lolium.perenne              1.0000000 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        1.0000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.3718289 0.62817106
## Luzula.multiflora           1.0000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.9183673 0.08163265
## Medicago.lupulina           0.7732507 0.22674934
## Myosotis.arvensis           0.8083832 0.19161677
## Ononis.repens               0.9793348 0.02066516
## Oxalis.acetosella           1.0000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            1.0000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.0000000 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.1209444 0.87905561
## Plantago.coronopus          0.4231177 0.57688229
## Plantago.lanceolata         0.5627956 0.43720441
## Pleurozium.schreberi        1.0000000 0.00000000
## Poa.annua                   0.3703041 0.62969589
## Poa.spp.                    1.0000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         1.0000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.0000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        1.0000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.8552036 0.14479638
## Prunella.vulgaris           1.0000000 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.4627492 0.53725079
## Pteridium.aquilinum         1.0000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            1.0000000 0.00000000
## Ranunculus.repens           1.0000000 0.00000000
## Reseda.lutea                1.0000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            1.0000000 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        1.0000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   1.0000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.triquetris   1.0000000 0.00000000
## Rubus.fruticosus            1.0000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.0000000 0.00000000
## Saniona.uncinata            1.0000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              1.0000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            1.0000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            0.0000000 1.00000000
## Sonchus.arvensis            1.0000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           1.0000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           1.0000000 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.1672862 0.83271375
## Thuidium.tamariscinum       1.0000000 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.5094093 0.49059071
## Trichostomum.crispulum      0.1133501 0.88664987
## Trifolium.campestre         0.7505846 0.24941543
## Trifolium.dubium            0.2785632 0.72143676
## Trifolium.pratense          1.0000000 0.00000000
## Trifolium.repens            1.0000000 0.00000000
## Trisetum.flavescens         0.9213759 0.07862408
## Tussilago.farfara           0.6404494 0.35955056
## Urtica.diocia               1.0000000 0.00000000
## Veronica.officinalis        1.0000000 0.00000000
## Vicia.sativa                1.0000000 0.00000000
## Viola.riviniana             1.0000000 0.00000000
## Weissia.controversa         1.0000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           1.0000000 0.00000000
## 
## $indval
##                                       1           5
## Agrostis.spp.               0.250000000 0.000000000
## Agrostis.canina             0.031250000 0.000000000
## Alchemilla.mollis           0.031250000 0.000000000
## Alopercus.pratensis         0.031250000 0.000000000
## Angelica.sylvestris         0.062500000 0.000000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.187500000 0.000000000
## Anthyllis.vulneraria        0.070403696 0.055339386
## Aphanes.arvensis            0.093750000 0.000000000
## Arrhenatherum.elatius       0.250000000 0.000000000
## Atrichum.undulatum          0.062500000 0.000000000
## Avenula.pratensis           0.031250000 0.000000000
## Bellis.perennis             0.084024896 0.295066851
## Betula.pubescens            0.031250000 0.000000000
## Blackstonia.perfoliata      0.031250000 0.000000000
## Brachythecium.albicans      0.031250000 0.000000000
## Brachythecium.glareosum     0.031250000 0.000000000
## Brachythecium.mildeanum     0.125000000 0.000000000
## Brachythecium.rutabulum     0.187500000 0.000000000
## Briza.media                 0.052367004 0.018014214
## Bromus.hordeaceus           0.031250000 0.000000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.031250000 0.000000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.017656951 0.079720977
## Bryum.capillare             0.031250000 0.000000000
## Bryum.spp.                  0.031003937 0.055993001
## Calliergonella.cupsidata    0.282803867 0.039287907
## Calypogeia.arguta           0.250000000 0.000000000
## Campanula.rotundifolia      0.031250000 0.000000000
## Carex.distans               0.012147010 0.067921742
## Carex.flacca                0.100279851 0.079601990
## Carex.panicea               0.031250000 0.000000000
## Carlina.vulgaris            0.040958738 0.409924488
## Centaurea.nigra             0.011250000 0.071111111
## Centaurium.erythraea        0.062500000 0.000000000
## Centaurium.littorale        0.031509336 0.073766713
## Centaurium.pulchellum       0.031250000 0.000000000
## Cerastium.fontanum          0.144642857 0.025396825
## Chamaenerion.angustifolium  0.031250000 0.000000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.031250000 0.000000000
## Cirsium.arvense             0.093750000 0.000000000
## Cirsium.palustre            0.062500000 0.000000000
## Crepis.capillaris           0.062500000 0.000000000
## Cynosurus.cristatus         0.093750000 0.000000000
## Dactylis.glomerata          0.187500000 0.000000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.062500000 0.000000000
## Danthonia.decumbens         0.031250000 0.000000000
## Daucus.carrota              0.003852740 0.097412481
## Dicranella.spp.             0.000000000 0.111111111
## Dicranum.scoparium          0.156250000 0.000000000
## Epilobium.montanum          0.093750000 0.000000000
## Equisetum.arvense           0.093750000 0.000000000
## Equisteum.variegatum        0.031250000 0.000000000
## Erigeron.acer               0.016861511 0.051159073
## Euphrasia.agg               0.102056371 0.141585089
## Festuca.ovina               0.009632235 0.398780515
## Festuca.rubra               0.150224314 0.250215029
## Festuca.rubra.agg.          0.031250000 0.000000000
## Filipendula.ulmaria         0.093750000 0.000000000
## Fissidens.adianthoides      0.031250000 0.000000000
## Fissidens.dubius            0.003852740 0.097412481
## Fissidens.exilis            0.000000000 0.111111111
## Fragaria.vesca              0.187500000 0.000000000
## Galium.aparine              0.031250000 0.000000000
## Galium.arvense              0.031250000 0.000000000
## Galium.saxatile             0.031250000 0.000000000
## Galium.verum                0.091903846 0.002188034
## Geum.urbanum                0.031250000 0.000000000
## Glechoma.hederacea          0.031250000 0.000000000
## Helicotrichon.spp.          0.031250000 0.000000000
## Heracleum.sphondylium       0.093750000 0.000000000
## Hieracium.spp.              0.000000000 0.111111111
## Holcus.spp.                 0.245971421 0.316840646
## Holcus.lanatus              0.233843193 0.056185845
## Holcus.mollis               0.187500000 0.000000000
## Homalothecium.lutescens     0.062500000 0.000000000
## Hylocomium.splendens        0.218750000 0.000000000
## Hypericum.perforatum        0.054586414 0.072294106
## Hypnum.cupressiforme        0.085777126 0.145975888
## Hypnum.imponens             0.031250000 0.000000000
## Hypnum.jutlandicum          0.093750000 0.000000000
## Hypochaeris.radicata        0.031250000 0.000000000
## Kindbergia.praelonga        0.187500000 0.000000000
## Lathyrus.pratensis          0.093750000 0.000000000
## Leontodon.hispidus          0.010318997 0.278298682
## Leontodon.saxatilis         0.000000000 0.111111111
## Leucanthemum.vulgare        0.105031120 0.295066851
## Linum.catharticum           0.105295567 0.017515052
## Lolium.perenne              0.125000000 0.000000000
## Lophocolea.semiteres        0.031250000 0.000000000
## Lotus.corniculatus          0.151055509 0.348983920
## Luzula.multiflora           0.031250000 0.000000000
## Lysimachia.maritima         0.028698980 0.009070295
## Medicago.lupulina           0.072492250 0.050388741
## Myosotis.arvensis           0.101047904 0.021290752
## Ononis.repens               0.214229496 0.002296129
## Oxalis.acetosella           0.031250000 0.000000000
## Pastinaca.sativa            0.031250000 0.000000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.031250000 0.000000000
## Pillosella.officinarum      0.015118049 0.781382764
## Plantago.coronopus          0.026444857 0.128196065
## Plantago.lanceolata         0.175873621 0.145734805
## Pleurozium.schreberi        0.125000000 0.000000000
## Poa.annua                   0.023144007 0.069966210
## Poa.spp.                    0.031250000 0.000000000
## Polytrichum.commune         0.031250000 0.000000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.031250000 0.000000000
## Polytrichum.formosum        0.031250000 0.000000000
## Potentilla.reptans          0.080175339 0.016088487
## Prunella.vulgaris           0.156250000 0.000000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.101226390 0.059694532
## Pteridium.aquilinum         0.093750000 0.000000000
## Ranunculus.acris            0.031250000 0.000000000
## Ranunculus.repens           0.093750000 0.000000000
## Reseda.lutea                0.031250000 0.000000000
## Rhinanthus.minor            0.031250000 0.000000000
## Rhizomnium.punctatum        0.031250000 0.000000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.406250000 0.000000000
## Rhytidadelphus.triquetris   0.062500000 0.000000000
## Rubus.fruticosus            0.062500000 0.000000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.062500000 0.000000000
## Saniona.uncinata            0.062500000 0.000000000
## Sedum.anglicum              0.031250000 0.000000000
## Senecio.jacobaea            0.062500000 0.000000000
## Senecio.vulgaris            0.000000000 0.111111111
## Sonchus.arvensis            0.031250000 0.000000000
## Stachys.sylvatica           0.062500000 0.000000000
## Stellaria.apetala           0.031250000 0.000000000
## Taraxacum.agg.              0.031366171 0.462618753
## Thuidium.tamariscinum       0.093750000 0.000000000
## Thymus.polytrichus          0.079595201 0.163530238
## Trichostomum.crispulum      0.010626574 0.295549958
## Trifolium.campestre         0.117278839 0.055425652
## Trifolium.dubium            0.008705101 0.080159640
## Trifolium.pratense          0.125000000 0.000000000
## Trifolium.repens            0.156250000 0.000000000
## Trisetum.flavescens         0.086378993 0.008736009
## Tussilago.farfara           0.040028090 0.039950062
## Urtica.diocia               0.125000000 0.000000000
## Veronica.officinalis        0.031250000 0.000000000
## Vicia.sativa                0.031250000 0.000000000
## Viola.riviniana             0.031250000 0.000000000
## Weissia.controversa         0.031250000 0.000000000
## Zygodon.stirtonii           0.031250000 0.000000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           2 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           2 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           2 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           2 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           2                           2 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           2 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           2 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           2                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           2 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           2 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           2                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           2                           2 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           2 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           2                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           2 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           2                           2 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           2                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           2                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           2 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           2                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           2 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           2                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           2                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           2                           2 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           2 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.25000000                  0.03125000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.03125000                  0.03125000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.06250000                  0.18750000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.07040370                  0.09375000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.25000000                  0.06250000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.03125000                  0.29506685 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.03125000                  0.03125000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.03125000                  0.03125000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.12500000                  0.18750000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.05236700                  0.03125000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.03125000                  0.07972098 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.03125000                  0.05599300 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.28280387                  0.25000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.03125000                  0.06792174 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.10027985                  0.03125000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.40992449                  0.07111111 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.06250000                  0.07376671 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.03125000                  0.14464286 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.03125000                  0.03125000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.09375000                  0.06250000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.06250000                  0.09375000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.18750000                  0.06250000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.03125000                  0.09741248 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.11111111                  0.15625000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.09375000                  0.09375000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.03125000                  0.05115907 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.14158509                  0.39878051 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.25021503                  0.03125000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.09375000                  0.03125000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.09741248                  0.11111111 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.18750000                  0.03125000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.03125000                  0.03125000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.09190385                  0.03125000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.03125000                  0.03125000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.09375000                  0.11111111 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.31684065                  0.23384319 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.18750000                  0.06250000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.21875000                  0.07229411 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.14597589                  0.03125000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.09375000                  0.03125000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.18750000                  0.09375000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.27829868                  0.11111111 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.29506685                  0.10529557 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.12500000                  0.03125000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.34898392                  0.03125000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.02869898                  0.07249225 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.10104790                  0.21422950 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.03125000                  0.03125000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.03125000                  0.78138276 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.12819606                  0.17587362 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.12500000                  0.06996621 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.03125000                  0.03125000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.03125000                  0.03125000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.08017534                  0.15625000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.10122639                  0.09375000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.03125000                  0.09375000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.03125000                  0.03125000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.03125000                  0.40625000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.06250000                  0.06250000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.06250000                  0.06250000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.03125000                  0.06250000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.11111111                  0.03125000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.06250000                  0.03125000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.46261875                  0.09375000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.16353024                  0.29554996 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.11727884                  0.08015964 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.12500000                  0.15625000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.08637899                  0.04002809 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.12500000                  0.03125000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.03125000                  0.03125000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.03125000                  0.03125000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.214                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       0.330 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.919                       0.729 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.217                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.222 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       0.514                       0.329 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       0.874                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       0.882 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       0.874 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.408                       0.220 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       0.393 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.889                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.018                       0.369 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       0.824                       0.669 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.681 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       0.583                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       0.824                       0.742 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.363                       0.841 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       0.260 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       0.214                       0.445 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       0.720                       0.727 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.878                       0.010 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.550                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       0.722                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       0.236                       0.198 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.296                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.632                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       0.695                       0.239 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.611                       0.482 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.377                       0.823 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.241                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.800                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       0.707                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       0.286                       0.619 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       0.038                       0.222 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.362                       0.627 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       0.469                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.332                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       0.639                       0.423 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.001 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.176                       0.865 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.552                       0.860 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.798                       0.418 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       1.000                       0.570 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       0.697 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.057 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       0.806 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       0.810                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       0.226                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.009                       0.578 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.580                       0.021 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.768                       0.386 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       0.472                       0.389 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.908                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.532                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#This time, for Gehlenite, the Pilosella officinarum has a high indval value of 0.781 and a #low p value, of 0.002. Therefore, Pilosella officinarum is reported as the indicator species #for Gehlenite.

#Doing an indval analysis for Albite…

clustAlbite <-cut(PlantChemistry1$Albite, 5, labels=FALSE)
AlbiteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAlbite, type= "long")
gr <- AlbiteIndval$maxcls[AlbiteIndval$pval<=0.05]
iv <- AlbiteIndval$indcls[AlbiteIndval$pval<=0.05]
pv <- AlbiteIndval$pval[AlbiteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[AlbiteIndval$pval<=0.05]
AlbiteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
AlbiteIndvalsummary <- AlbiteIndvalsummary[order(AlbiteIndvalsummary$group, 
                                           -AlbiteIndvalsummary$indval),]
print(AlbiteIndvalsummary)
##                     group    indval pvalue freq
## Trifolium.campestre     2 0.5551129  0.025    2
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAlbite))
##                     cluster indicator_value probability
## Trifolium.campestre       2          0.5551       0.029
## 
## Sum of probabilities                 =  117.368 
## 
## Sum of Indicator Values              =  17.01 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  0.56 
## 
## Number of Significant Indicators     =  1 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 1
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAlbite))
## $relfrq
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               0.21052632 0.0000000
## Agrostis.canina             0.02631579 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.02631579 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.02631579 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.05263158 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.13157895 0.3333333
## Anthyllis.vulneraria        0.10526316 0.3333333
## Aphanes.arvensis            0.07894737 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.21052632 0.0000000
## Atrichum.undulatum          0.05263158 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.02631579 0.0000000
## Bellis.perennis             0.28947368 0.3333333
## Betula.pubescens            0.02631579 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.02631579 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.02631579 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.02631579 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.07894737 0.3333333
## Brachythecium.rutabulum     0.15789474 0.0000000
## Briza.media                 0.05263158 0.3333333
## Bromus.hordeaceus           0.02631579 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.02631579 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.07894737 0.0000000
## Bryum.capillare             0.02631579 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.07894737 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.36842105 0.3333333
## Calypogeia.arguta           0.21052632 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.00000000 0.3333333
## Carex.distans               0.02631579 0.3333333
## Carex.flacca                0.18421053 0.0000000
## Carex.panicea               0.02631579 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.23684211 0.3333333
## Centaurea.nigra             0.05263158 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.05263158 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.07894737 0.3333333
## Centaurium.pulchellum       0.00000000 0.3333333
## Cerastium.fontanum          0.13157895 0.6666667
## Chamaenerion.angustifolium  0.02631579 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.02631579 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.07894737 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.05263158 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.05263158 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.07894737 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.15789474 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.05263158 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.02631579 0.0000000
## Daucus.carrota              0.05263158 0.0000000
## Dicranella.spp.             0.02631579 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.13157895 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.07894737 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.05263158 0.3333333
## Equisteum.variegatum        0.00000000 0.3333333
## Erigeron.acer               0.05263158 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.26315789 0.3333333
## Festuca.ovina               0.15789474 0.3333333
## Festuca.rubra               0.34210526 0.6666667
## Festuca.rubra.agg.          0.02631579 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.07894737 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.02631579 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.05263158 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.02631579 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.15789474 0.0000000
## Galium.aparine              0.02631579 0.0000000
## Galium.arvense              0.02631579 0.0000000
## Galium.saxatile             0.02631579 0.0000000
## Galium.verum                0.07894737 0.3333333
## Geum.urbanum                0.02631579 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.02631579 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.02631579 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.07894737 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.02631579 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.52631579 0.3333333
## Holcus.lanatus              0.26315789 0.6666667
## Holcus.mollis               0.15789474 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.05263158 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.18421053 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.15789474 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.23684211 0.3333333
## Hypnum.imponens             0.02631579 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.07894737 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.02631579 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.15789474 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.07894737 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.13157895 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         0.02631579 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.34210526 0.3333333
## Linum.catharticum           0.13157895 0.0000000
## Lolium.perenne              0.10526316 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.02631579 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.44736842 0.3333333
## Luzula.multiflora           0.02631579 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.02631579 0.3333333
## Medicago.lupulina           0.10526316 0.3333333
## Myosotis.arvensis           0.13157895 0.0000000
## Ononis.repens               0.18421053 0.3333333
## Oxalis.acetosella           0.02631579 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.02631579 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.02631579 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.28947368 0.3333333
## Plantago.coronopus          0.07894737 0.3333333
## Plantago.lanceolata         0.31578947 0.3333333
## Pleurozium.schreberi        0.10526316 0.0000000
## Poa.annua                   0.07894737 0.0000000
## Poa.spp.                    0.02631579 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.02631579 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.02631579 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.02631579 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.10526316 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.13157895 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.18421053 0.3333333
## Pteridium.aquilinum         0.07894737 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.02631579 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.07894737 0.0000000
## Reseda.lutea                0.02631579 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.02631579 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.02631579 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.34210526 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   0.05263158 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.05263158 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.02631579 0.3333333
## Saniona.uncinata            0.05263158 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.02631579 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.05263158 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.02631579 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.02631579 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.05263158 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.02631579 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.26315789 0.3333333
## Thuidium.tamariscinum       0.07894737 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.21052632 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      0.15789474 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.13157895 0.6666667
## Trifolium.dubium            0.05263158 0.0000000
## Trifolium.pratense          0.10526316 0.0000000
## Trifolium.repens            0.10526316 0.3333333
## Trisetum.flavescens         0.10526316 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.07894737 0.0000000
## Urtica.diocia               0.10526316 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.02631579 0.0000000
## Vicia.sativa                0.02631579 0.0000000
## Viola.riviniana             0.02631579 0.0000000
## Weissia.controversa         0.02631579 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.02631579 0.0000000
## 
## $relabu
##                                       1          5
## Agrostis.spp.               1.000000000 0.00000000
## Agrostis.canina             1.000000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           1.000000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         1.000000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         1.000000000 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.733466934 0.26653307
## Anthyllis.vulneraria        0.154964104 0.84503590
## Aphanes.arvensis            1.000000000 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       1.000000000 0.00000000
## Atrichum.undulatum          1.000000000 0.00000000
## Avenula.pratensis           1.000000000 0.00000000
## Bellis.perennis             0.844897959 0.15510204
## Betula.pubescens            1.000000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     0.486486486 0.51351351
## Brachythecium.rutabulum     1.000000000 0.00000000
## Briza.media                 0.009631728 0.99036827
## Bromus.hordeaceus           1.000000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.000000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.000000000 0.00000000
## Bryum.capillare             1.000000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  1.000000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.776470588 0.22352941
## Calypogeia.arguta           1.000000000 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      0.000000000 1.00000000
## Carex.distans               0.033740831 0.96625917
## Carex.flacca                1.000000000 0.00000000
## Carex.panicea               1.000000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.512820513 0.48717949
## Centaurea.nigra             1.000000000 0.00000000
## Centaurium.erythraea        1.000000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.164835165 0.83516484
## Centaurium.pulchellum       0.000000000 1.00000000
## Cerastium.fontanum          0.302752294 0.69724771
## Chamaenerion.angustifolium  1.000000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.000000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             1.000000000 0.00000000
## Cirsium.palustre            1.000000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           1.000000000 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         1.000000000 0.00000000
## Dactylis.glomerata          1.000000000 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.000000000 0.00000000
## Danthonia.decumbens         1.000000000 0.00000000
## Daucus.carrota              1.000000000 0.00000000
## Dicranella.spp.             1.000000000 0.00000000
## Dicranum.scoparium          1.000000000 0.00000000
## Epilobium.montanum          1.000000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           0.294990724 0.70500928
## Equisteum.variegatum        0.000000000 1.00000000
## Erigeron.acer               1.000000000 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.376318875 0.62368113
## Festuca.ovina               0.351978172 0.64802183
## Festuca.rubra               0.907542579 0.09245742
## Festuca.rubra.agg.          1.000000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         1.000000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      1.000000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            1.000000000 0.00000000
## Fissidens.exilis            1.000000000 0.00000000
## Fragaria.vesca              1.000000000 0.00000000
## Galium.aparine              1.000000000 0.00000000
## Galium.arvense              1.000000000 0.00000000
## Galium.saxatile             1.000000000 0.00000000
## Galium.verum                0.074709463 0.92529054
## Geum.urbanum                1.000000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          1.000000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          1.000000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       1.000000000 0.00000000
## Hieracium.spp.              1.000000000 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.837553436 0.16244656
## Holcus.lanatus              0.479827089 0.52017291
## Holcus.mollis               1.000000000 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     1.000000000 0.00000000
## Hylocomium.splendens        1.000000000 0.00000000
## Hypericum.perforatum        1.000000000 0.00000000
## Hypnum.cupressiforme        0.178378378 0.82162162
## Hypnum.imponens             1.000000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          1.000000000 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        1.000000000 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        1.000000000 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          1.000000000 0.00000000
## Leontodon.hispidus          1.000000000 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         1.000000000 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.884498480 0.11550152
## Linum.catharticum           1.000000000 0.00000000
## Lolium.perenne              1.000000000 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        1.000000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.812961444 0.18703856
## Luzula.multiflora           1.000000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.001969796 0.99803020
## Medicago.lupulina           0.012000000 0.98800000
## Myosotis.arvensis           1.000000000 0.00000000
## Ononis.repens               0.139534884 0.86046512
## Oxalis.acetosella           1.000000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            1.000000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.000000000 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.285241835 0.71475816
## Plantago.coronopus          0.046235139 0.95376486
## Plantago.lanceolata         0.688524590 0.31147541
## Pleurozium.schreberi        1.000000000 0.00000000
## Poa.annua                   1.000000000 0.00000000
## Poa.spp.                    1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        1.000000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          1.000000000 0.00000000
## Prunella.vulgaris           1.000000000 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.713207547 0.28679245
## Pteridium.aquilinum         1.000000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            1.000000000 0.00000000
## Ranunculus.repens           1.000000000 0.00000000
## Reseda.lutea                1.000000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            1.000000000 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        1.000000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   1.000000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.triquetris   1.000000000 0.00000000
## Rubus.fruticosus            1.000000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.211618257 0.78838174
## Saniona.uncinata            1.000000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              1.000000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            1.000000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            1.000000000 0.00000000
## Sonchus.arvensis            1.000000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           1.000000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           1.000000000 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.644859813 0.35514019
## Thuidium.tamariscinum       1.000000000 0.00000000
## Thymus.polytrichus          1.000000000 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      1.000000000 0.00000000
## Trifolium.campestre         0.167330677 0.83266932
## Trifolium.dubium            1.000000000 0.00000000
## Trifolium.pratense          1.000000000 0.00000000
## Trifolium.repens            0.525000000 0.47500000
## Trisetum.flavescens         1.000000000 0.00000000
## Tussilago.farfara           1.000000000 0.00000000
## Urtica.diocia               1.000000000 0.00000000
## Veronica.officinalis        1.000000000 0.00000000
## Vicia.sativa                1.000000000 0.00000000
## Viola.riviniana             1.000000000 0.00000000
## Weissia.controversa         1.000000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           1.000000000 0.00000000
## 
## $indval
##                                        1          5
## Agrostis.spp.               2.105263e-01 0.00000000
## Agrostis.canina             2.631579e-02 0.00000000
## Alchemilla.mollis           2.631579e-02 0.00000000
## Alopercus.pratensis         2.631579e-02 0.00000000
## Angelica.sylvestris         5.263158e-02 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       9.650881e-02 0.08884436
## Anthyllis.vulneraria        1.631201e-02 0.28167863
## Aphanes.arvensis            7.894737e-02 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       2.105263e-01 0.00000000
## Atrichum.undulatum          5.263158e-02 0.00000000
## Avenula.pratensis           2.631579e-02 0.00000000
## Bellis.perennis             2.445757e-01 0.05170068
## Betula.pubescens            2.631579e-02 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      2.631579e-02 0.00000000
## Brachythecium.albicans      2.631579e-02 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     2.631579e-02 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     3.840683e-02 0.17117117
## Brachythecium.rutabulum     1.578947e-01 0.00000000
## Briza.media                 5.069331e-04 0.33012276
## Bromus.hordeaceus           2.631579e-02 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     2.631579e-02 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       7.894737e-02 0.00000000
## Bryum.capillare             2.631579e-02 0.00000000
## Bryum.spp.                  7.894737e-02 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    2.860681e-01 0.07450980
## Calypogeia.arguta           2.105263e-01 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      0.000000e+00 0.33333333
## Carex.distans               8.879166e-04 0.32208639
## Carex.flacca                1.842105e-01 0.00000000
## Carex.panicea               2.631579e-02 0.00000000
## Carlina.vulgaris            1.214575e-01 0.16239316
## Centaurea.nigra             5.263158e-02 0.00000000
## Centaurium.erythraea        5.263158e-02 0.00000000
## Centaurium.littorale        1.301330e-02 0.27838828
## Centaurium.pulchellum       0.000000e+00 0.33333333
## Cerastium.fontanum          3.983583e-02 0.46483180
## Chamaenerion.angustifolium  2.631579e-02 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      2.631579e-02 0.00000000
## Cirsium.arvense             7.894737e-02 0.00000000
## Cirsium.palustre            5.263158e-02 0.00000000
## Crepis.capillaris           5.263158e-02 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         7.894737e-02 0.00000000
## Dactylis.glomerata          1.578947e-01 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        5.263158e-02 0.00000000
## Danthonia.decumbens         2.631579e-02 0.00000000
## Daucus.carrota              5.263158e-02 0.00000000
## Dicranella.spp.             2.631579e-02 0.00000000
## Dicranum.scoparium          1.315789e-01 0.00000000
## Epilobium.montanum          7.894737e-02 0.00000000
## Equisetum.arvense           1.552583e-02 0.23500309
## Equisteum.variegatum        0.000000e+00 0.33333333
## Erigeron.acer               5.263158e-02 0.00000000
## Euphrasia.agg               9.903128e-02 0.20789371
## Festuca.ovina               5.557550e-02 0.21600728
## Festuca.rubra               3.104751e-01 0.06163828
## Festuca.rubra.agg.          2.631579e-02 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         7.894737e-02 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      2.631579e-02 0.00000000
## Fissidens.dubius            5.263158e-02 0.00000000
## Fissidens.exilis            2.631579e-02 0.00000000
## Fragaria.vesca              1.578947e-01 0.00000000
## Galium.aparine              2.631579e-02 0.00000000
## Galium.arvense              2.631579e-02 0.00000000
## Galium.saxatile             2.631579e-02 0.00000000
## Galium.verum                5.898116e-03 0.30843018
## Geum.urbanum                2.631579e-02 0.00000000
## Glechoma.hederacea          2.631579e-02 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          2.631579e-02 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       7.894737e-02 0.00000000
## Hieracium.spp.              2.631579e-02 0.00000000
## Holcus.spp.                 4.408176e-01 0.05414885
## Holcus.lanatus              1.262703e-01 0.34678194
## Holcus.mollis               1.578947e-01 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     5.263158e-02 0.00000000
## Hylocomium.splendens        1.842105e-01 0.00000000
## Hypericum.perforatum        1.578947e-01 0.00000000
## Hypnum.cupressiforme        4.224751e-02 0.27387387
## Hypnum.imponens             2.631579e-02 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          7.894737e-02 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        2.631579e-02 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        1.578947e-01 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          7.894737e-02 0.00000000
## Leontodon.hispidus          1.315789e-01 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         2.631579e-02 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        3.025916e-01 0.03850051
## Linum.catharticum           1.315789e-01 0.00000000
## Lolium.perenne              1.052632e-01 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        2.631579e-02 0.00000000
## Lotus.corniculatus          3.636933e-01 0.06234619
## Luzula.multiflora           2.631579e-02 0.00000000
## Lysimachia.maritima         5.183675e-05 0.33267673
## Medicago.lupulina           1.263158e-03 0.32933333
## Myosotis.arvensis           1.315789e-01 0.00000000
## Ononis.repens               2.570379e-02 0.28682171
## Oxalis.acetosella           2.631579e-02 0.00000000
## Pastinaca.sativa            2.631579e-02 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   2.631579e-02 0.00000000
## Pillosella.officinarum      8.257001e-02 0.23825272
## Plantago.coronopus          3.650143e-03 0.31792162
## Plantago.lanceolata         2.174288e-01 0.10382514
## Pleurozium.schreberi        1.052632e-01 0.00000000
## Poa.annua                   7.894737e-02 0.00000000
## Poa.spp.                    2.631579e-02 0.00000000
## Polytrichum.commune         2.631579e-02 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    2.631579e-02 0.00000000
## Polytrichum.formosum        2.631579e-02 0.00000000
## Potentilla.reptans          1.052632e-01 0.00000000
## Prunella.vulgaris           1.315789e-01 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     1.313803e-01 0.09559748
## Pteridium.aquilinum         7.894737e-02 0.00000000
## Ranunculus.acris            2.631579e-02 0.00000000
## Ranunculus.repens           7.894737e-02 0.00000000
## Reseda.lutea                2.631579e-02 0.00000000
## Rhinanthus.minor            2.631579e-02 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        2.631579e-02 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   3.421053e-01 0.00000000
## Rhytidadelphus.triquetris   5.263158e-02 0.00000000
## Rubus.fruticosus            5.263158e-02 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 5.568902e-03 0.26279391
## Saniona.uncinata            5.263158e-02 0.00000000
## Sedum.anglicum              2.631579e-02 0.00000000
## Senecio.jacobaea            5.263158e-02 0.00000000
## Senecio.vulgaris            2.631579e-02 0.00000000
## Sonchus.arvensis            2.631579e-02 0.00000000
## Stachys.sylvatica           5.263158e-02 0.00000000
## Stellaria.apetala           2.631579e-02 0.00000000
## Taraxacum.agg.              1.697000e-01 0.11838006
## Thuidium.tamariscinum       7.894737e-02 0.00000000
## Thymus.polytrichus          2.105263e-01 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      1.578947e-01 0.00000000
## Trifolium.campestre         2.201719e-02 0.55511288
## Trifolium.dubium            5.263158e-02 0.00000000
## Trifolium.pratense          1.052632e-01 0.00000000
## Trifolium.repens            5.526316e-02 0.15833333
## Trisetum.flavescens         1.052632e-01 0.00000000
## Tussilago.farfara           7.894737e-02 0.00000000
## Urtica.diocia               1.052632e-01 0.00000000
## Veronica.officinalis        2.631579e-02 0.00000000
## Vicia.sativa                2.631579e-02 0.00000000
## Viola.riviniana             2.631579e-02 0.00000000
## Weissia.controversa         2.631579e-02 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           2.631579e-02 0.00000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           2                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           2                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           2                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           2                           2 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           2                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           2 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           2                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           2 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           2                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           2 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           2                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           2                           2 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           2 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           2 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           2                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           2                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           2                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           2 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.21052632                  0.02631579 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.05263158                  0.09650881 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.28167863                  0.07894737 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.21052632                  0.05263158 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.02631579                  0.24457573 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.17117117                  0.15789474 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.33012276                  0.02631579 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.02631579                  0.07894737 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.02631579                  0.07894737 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.28606811                  0.21052632 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.33333333                  0.32208639 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.18421053                  0.02631579 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.16239316                  0.05263158 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.05263158                  0.27838828 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.33333333                  0.46483180 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.07894737                  0.05263158 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.05263158                  0.07894737 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.15789474                  0.05263158 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.02631579                  0.05263158 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.02631579                  0.13157895 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.07894737                  0.23500309 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.33333333                  0.05263158 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.20789371                  0.21600728 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.31047509                  0.02631579 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.07894737                  0.02631579 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.05263158                  0.02631579 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.15789474                  0.02631579 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.30843018                  0.02631579 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.07894737                  0.02631579 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.44081760                  0.34678194 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.15789474                  0.05263158 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.18421053                  0.15789474 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.27387387                  0.02631579 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.07894737                  0.02631579 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.15789474                  0.07894737 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.13157895                  0.02631579 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.30259159                  0.13157895 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.10526316                  0.02631579 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.36369328                  0.02631579 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.33267673                  0.32933333 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.13157895                  0.28682171 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.02631579                  0.23825272 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.31792162                  0.21742882 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.10526316                  0.07894737 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.10526316                  0.13157895 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.13138034                  0.07894737 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.02631579                  0.07894737 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.02631579                  0.34210526 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.05263158                  0.05263158 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.26279391                  0.05263158 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.02631579                  0.05263158 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.05263158                  0.02631579 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.16969995                  0.07894737 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.21052632                  0.15789474 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.55511288                  0.05263158 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.10526316                  0.15833333 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.10526316                  0.07894737 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.10526316                  0.02631579 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.02631579                  0.02631579 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.786                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.142                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.683                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.663 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       0.212                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       0.094                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.641                       0.814 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       0.071                       0.081 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.776                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.911                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       0.221 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       0.075                       0.069 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.832                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       0.136 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       0.076                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.831                       0.284 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.600                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.943                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.064                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.419                       0.173 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.820                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.899                       0.830 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.155                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       0.893                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       0.943                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.565                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       0.851                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.590                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       0.079                       0.091 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.149 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.778 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.085                       0.886 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.937                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.939                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.965                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.516 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       0.145                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.808                       0.957 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.025                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       0.944                       0.210 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.819                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.941                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#In the AlbiteIndvalsummary, Trifolium campestre is the only species reported as an #indicator species for albite. Therefore, T. campestre, with an indval value of 0.556 and #a low p value of 0.025 is the indicator species for Albite.

clustKaolinite <-cut(PlantChemistry1$Kaolinite, 5, labels=FALSE)
KaoliniteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustKaolinite, type= "long")
gr <- KaoliniteIndval$maxcls[KaoliniteIndval$pval<=0.05]
iv <- KaoliniteIndval$indcls[KaoliniteIndval$pval<=0.05]
pv <- KaoliniteIndval$pval[KaoliniteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[KaoliniteIndval$pval<=0.05]
KaoliniteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
KaoliniteIndvalsummary <- KaoliniteIndvalsummary[order(KaoliniteIndvalsummary$group, 
                                            - KaoliniteIndvalsummary$indval),]
print(KaoliniteIndvalsummary)
##                     group    indval pvalue freq
## Taraxacum.agg.          1 0.3666667  0.045    3
## Agrostis.spp.           2 0.4261364  0.004    1
## Cerastium.fontanum      2 0.3276003  0.022    1
## Trifolium.campestre     2 0.3035851  0.047    2
## Cirsium.arvense         2 0.2727273  0.013    2
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustKaolinite))
##                     cluster indicator_value probability
## Euphrasia.agg             1          0.3667       0.045
## Agrostis.spp.             2          0.4261       0.011
## Cerastium.fontanum        2          0.3276       0.027
## Trifolium.campestre       2          0.3036       0.038
## Cirsium.arvense           2          0.2727       0.013
## 
## Sum of probabilities                 =  87.755 
## 
## Sum of Indicator Values              =  15.9 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  1.7 
## 
## Number of Significant Indicators     =  5 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 1 2 
## 1 4
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustKaolinite))
## $relfrq
##                                      1          5
## Agrostis.spp.               0.10000000 0.45454545
## Agrostis.canina             0.00000000 0.09090909
## Alchemilla.mollis           0.00000000 0.09090909
## Alopercus.pratensis         0.03333333 0.00000000
## Angelica.sylvestris         0.00000000 0.18181818
## Anthoxanthum.odoratum       0.16666667 0.09090909
## Anthyllis.vulneraria        0.13333333 0.09090909
## Aphanes.arvensis            0.06666667 0.09090909
## Arrhenatherum.elatius       0.20000000 0.18181818
## Atrichum.undulatum          0.06666667 0.00000000
## Avenula.pratensis           0.03333333 0.00000000
## Bellis.perennis             0.33333333 0.18181818
## Betula.pubescens            0.03333333 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      0.03333333 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.00000000 0.09090909
## Brachythecium.glareosum     0.03333333 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     0.13333333 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.10000000 0.27272727
## Briza.media                 0.03333333 0.18181818
## Bromus.hordeaceus           0.00000000 0.09090909
## Bryum.c.f..caespiticium     0.03333333 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.10000000 0.00000000
## Bryum.capillare             0.00000000 0.09090909
## Bryum.spp.                  0.10000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.33333333 0.45454545
## Calypogeia.arguta           0.20000000 0.18181818
## Campanula.rotundifolia      0.03333333 0.00000000
## Carex.distans               0.06666667 0.00000000
## Carex.flacca                0.20000000 0.09090909
## Carex.panicea               0.03333333 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.33333333 0.00000000
## Centaurea.nigra             0.06666667 0.00000000
## Centaurium.erythraea        0.06666667 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.13333333 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       0.03333333 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.10000000 0.36363636
## Chamaenerion.angustifolium  0.03333333 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.03333333 0.00000000
## Cirsium.arvense             0.00000000 0.27272727
## Cirsium.palustre            0.06666667 0.00000000
## Crepis.capillaris           0.06666667 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         0.06666667 0.09090909
## Dactylis.glomerata          0.10000000 0.27272727
## Dactylorhiza.fuchsii        0.06666667 0.00000000
## Danthonia.decumbens         0.03333333 0.00000000
## Daucus.carrota              0.03333333 0.09090909
## Dicranella.spp.             0.03333333 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.13333333 0.09090909
## Epilobium.montanum          0.06666667 0.09090909
## Equisetum.arvense           0.03333333 0.18181818
## Equisteum.variegatum        0.03333333 0.00000000
## Erigeron.acer               0.06666667 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.36666667 0.00000000
## Festuca.ovina               0.20000000 0.09090909
## Festuca.rubra               0.33333333 0.45454545
## Festuca.rubra.agg.          0.00000000 0.09090909
## Filipendula.ulmaria         0.03333333 0.18181818
## Fissidens.adianthoides      0.03333333 0.00000000
## Fissidens.dubius            0.06666667 0.00000000
## Fissidens.exilis            0.03333333 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.13333333 0.18181818
## Galium.aparine              0.00000000 0.09090909
## Galium.arvense              0.00000000 0.09090909
## Galium.saxatile             0.03333333 0.00000000
## Galium.verum                0.06666667 0.18181818
## Geum.urbanum                0.00000000 0.09090909
## Glechoma.hederacea          0.00000000 0.09090909
## Helicotrichon.spp.          0.00000000 0.09090909
## Heracleum.sphondylium       0.06666667 0.09090909
## Hieracium.spp.              0.00000000 0.09090909
## Holcus.spp.                 0.53333333 0.45454545
## Holcus.lanatus              0.26666667 0.36363636
## Holcus.mollis               0.10000000 0.27272727
## Homalothecium.lutescens     0.06666667 0.00000000
## Hylocomium.splendens        0.20000000 0.09090909
## Hypericum.perforatum        0.16666667 0.09090909
## Hypnum.cupressiforme        0.30000000 0.09090909
## Hypnum.imponens             0.03333333 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.06666667 0.09090909
## Hypochaeris.radicata        0.00000000 0.09090909
## Kindbergia.praelonga        0.13333333 0.18181818
## Lathyrus.pratensis          0.06666667 0.09090909
## Leontodon.hispidus          0.13333333 0.09090909
## Leontodon.saxatilis         0.03333333 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.30000000 0.45454545
## Linum.catharticum           0.16666667 0.00000000
## Lolium.perenne              0.06666667 0.18181818
## Lophocolea.semiteres        0.03333333 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.40000000 0.54545455
## Luzula.multiflora           0.03333333 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.06666667 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.13333333 0.09090909
## Myosotis.arvensis           0.13333333 0.09090909
## Ononis.repens               0.26666667 0.00000000
## Oxalis.acetosella           0.00000000 0.09090909
## Pastinaca.sativa            0.03333333 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.00000000 0.09090909
## Pillosella.officinarum      0.36666667 0.09090909
## Plantago.coronopus          0.13333333 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.36666667 0.18181818
## Pleurozium.schreberi        0.10000000 0.09090909
## Poa.annua                   0.10000000 0.00000000
## Poa.spp.                    0.00000000 0.09090909
## Polytrichum.commune         0.03333333 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.03333333 0.00000000
## Polytrichum.formosum        0.00000000 0.09090909
## Potentilla.reptans          0.10000000 0.09090909
## Prunella.vulgaris           0.13333333 0.09090909
## Pseudoscleropidum.purum     0.23333333 0.09090909
## Pteridium.aquilinum         0.06666667 0.09090909
## Ranunculus.acris            0.03333333 0.00000000
## Ranunculus.repens           0.06666667 0.09090909
## Reseda.lutea                0.03333333 0.00000000
## Rhinanthus.minor            0.03333333 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        0.03333333 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.36666667 0.18181818
## Rhytidadelphus.triquetris   0.06666667 0.00000000
## Rubus.fruticosus            0.06666667 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.03333333 0.09090909
## Saniona.uncinata            0.06666667 0.00000000
## Sedum.anglicum              0.03333333 0.00000000
## Senecio.jacobaea            0.00000000 0.18181818
## Senecio.vulgaris            0.03333333 0.00000000
## Sonchus.arvensis            0.03333333 0.00000000
## Stachys.sylvatica           0.00000000 0.18181818
## Stellaria.apetala           0.00000000 0.09090909
## Taraxacum.agg.              0.36666667 0.00000000
## Thuidium.tamariscinum       0.10000000 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.26666667 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      0.20000000 0.00000000
## Trifolium.campestre         0.10000000 0.36363636
## Trifolium.dubium            0.06666667 0.00000000
## Trifolium.pratense          0.10000000 0.09090909
## Trifolium.repens            0.10000000 0.18181818
## Trisetum.flavescens         0.10000000 0.09090909
## Tussilago.farfara           0.03333333 0.18181818
## Urtica.diocia               0.10000000 0.09090909
## Veronica.officinalis        0.03333333 0.00000000
## Vicia.sativa                0.03333333 0.00000000
## Viola.riviniana             0.03333333 0.00000000
## Weissia.controversa         0.03333333 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           0.03333333 0.00000000
## 
## $relabu
##                                      1          5
## Agrostis.spp.               0.06250000 0.93750000
## Agrostis.canina             0.00000000 1.00000000
## Alchemilla.mollis           0.00000000 1.00000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         0.00000000 1.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.82597486 0.17402514
## Anthyllis.vulneraria        0.81714286 0.18285714
## Aphanes.arvensis            0.85436893 0.14563107
## Arrhenatherum.elatius       0.62264151 0.37735849
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.00000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.00000000
## Bellis.perennis             0.63927856 0.36072144
## Betula.pubescens            1.00000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.00000000 1.00000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.18032787 0.81967213
## Briza.media                 0.74852071 0.25147929
## Bromus.hordeaceus           0.00000000 1.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.00000000 0.00000000
## Bryum.capillare             0.00000000 1.00000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.41101963 0.58898037
## Calypogeia.arguta           0.64125561 0.35874439
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.00000000
## Carex.distans               1.00000000 0.00000000
## Carex.flacca                0.19445066 0.80554934
## Carex.panicea               1.00000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            1.00000000 0.00000000
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.00000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.09909910 0.90090090
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             0.00000000 1.00000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         0.17389087 0.82610913
## Dactylis.glomerata          0.12506179 0.87493821
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.00000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.00000000
## Daucus.carrota              0.15492958 0.84507042
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.66024915 0.33975085
## Epilobium.montanum          0.52380952 0.47619048
## Equisetum.arvense           0.06470588 0.93529412
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.00000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.00000000
## Euphrasia.agg               1.00000000 0.00000000
## Festuca.ovina               0.97278912 0.02721088
## Festuca.rubra               0.34084507 0.65915493
## Festuca.rubra.agg.          0.00000000 1.00000000
## Filipendula.ulmaria         0.62264151 0.37735849
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.00000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.70344967 0.29655033
## Galium.aparine              0.00000000 1.00000000
## Galium.arvense              0.00000000 1.00000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.00000000
## Galium.verum                0.27272727 0.72727273
## Geum.urbanum                0.00000000 1.00000000
## Glechoma.hederacea          0.00000000 1.00000000
## Helicotrichon.spp.          0.00000000 1.00000000
## Heracleum.sphondylium       0.76744186 0.23255814
## Hieracium.spp.              0.00000000 1.00000000
## Holcus.spp.                 0.42350184 0.57649816
## Holcus.lanatus              0.29692404 0.70307596
## Holcus.mollis               0.42307692 0.57692308
## Homalothecium.lutescens     1.00000000 0.00000000
## Hylocomium.splendens        0.69662495 0.30337505
## Hypericum.perforatum        0.37931034 0.62068966
## Hypnum.cupressiforme        0.95581738 0.04418262
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.70443350 0.29556650
## Hypochaeris.radicata        0.00000000 1.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.28741093 0.71258907
## Lathyrus.pratensis          0.29530201 0.70469799
## Leontodon.hispidus          0.49123799 0.50876201
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.41935484 0.58064516
## Linum.catharticum           1.00000000 0.00000000
## Lolium.perenne              0.02865649 0.97134351
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.37571499 0.62428501
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.92574257 0.07425743
## Myosotis.arvensis           0.61373391 0.38626609
## Ononis.repens               1.00000000 0.00000000
## Oxalis.acetosella           0.00000000 1.00000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.00000000 1.00000000
## Pillosella.officinarum      0.98044647 0.01955353
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.92818671 0.07181329
## Pleurozium.schreberi        0.91404011 0.08595989
## Poa.annua                   1.00000000 0.00000000
## Poa.spp.                    0.00000000 1.00000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        0.00000000 1.00000000
## Potentilla.reptans          0.06486942 0.93513058
## Prunella.vulgaris           0.64705882 0.35294118
## Pseudoscleropidum.purum     0.52894995 0.47105005
## Pteridium.aquilinum         0.52380952 0.47619048
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.00000000
## Ranunculus.repens           0.91124260 0.08875740
## Reseda.lutea                1.00000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.71597633 0.28402367
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.00000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.09734513 0.90265487
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            0.00000000 1.00000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.00000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           0.00000000 1.00000000
## Stellaria.apetala           0.00000000 1.00000000
## Taraxacum.agg.              1.00000000 0.00000000
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.00000000
## Thymus.polytrichus          1.00000000 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      1.00000000 0.00000000
## Trifolium.campestre         0.16514097 0.83485903
## Trifolium.dubium            1.00000000 0.00000000
## Trifolium.pratense          0.83193277 0.16806723
## Trifolium.repens            0.44172380 0.55827620
## Trisetum.flavescens         0.93856655 0.06143345
## Tussilago.farfara           0.05472637 0.94527363
## Urtica.diocia               0.28571429 0.71428571
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.00000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.00000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.00000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.00000000
## 
## $indval
##                                       1           5
## Agrostis.spp.               0.006250000 0.426136364
## Agrostis.canina             0.000000000 0.090909091
## Alchemilla.mollis           0.000000000 0.090909091
## Alopercus.pratensis         0.033333333 0.000000000
## Angelica.sylvestris         0.000000000 0.181818182
## Anthoxanthum.odoratum       0.137662477 0.015820467
## Anthyllis.vulneraria        0.108952381 0.016623377
## Aphanes.arvensis            0.056957929 0.013239188
## Arrhenatherum.elatius       0.124528302 0.068610635
## Atrichum.undulatum          0.066666667 0.000000000
## Avenula.pratensis           0.033333333 0.000000000
## Bellis.perennis             0.213092852 0.065585717
## Betula.pubescens            0.033333333 0.000000000
## Blackstonia.perfoliata      0.033333333 0.000000000
## Brachythecium.albicans      0.000000000 0.090909091
## Brachythecium.glareosum     0.033333333 0.000000000
## Brachythecium.mildeanum     0.133333333 0.000000000
## Brachythecium.rutabulum     0.018032787 0.223546945
## Briza.media                 0.024950690 0.045723507
## Bromus.hordeaceus           0.000000000 0.090909091
## Bryum.c.f..caespiticium     0.033333333 0.000000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.100000000 0.000000000
## Bryum.capillare             0.000000000 0.090909091
## Bryum.spp.                  0.100000000 0.000000000
## Calliergonella.cupsidata    0.137006544 0.267718349
## Calypogeia.arguta           0.128251121 0.065226254
## Campanula.rotundifolia      0.033333333 0.000000000
## Carex.distans               0.066666667 0.000000000
## Carex.flacca                0.038890132 0.073231758
## Carex.panicea               0.033333333 0.000000000
## Carlina.vulgaris            0.333333333 0.000000000
## Centaurea.nigra             0.066666667 0.000000000
## Centaurium.erythraea        0.066666667 0.000000000
## Centaurium.littorale        0.133333333 0.000000000
## Centaurium.pulchellum       0.033333333 0.000000000
## Cerastium.fontanum          0.009909910 0.327600328
## Chamaenerion.angustifolium  0.033333333 0.000000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.033333333 0.000000000
## Cirsium.arvense             0.000000000 0.272727273
## Cirsium.palustre            0.066666667 0.000000000
## Crepis.capillaris           0.066666667 0.000000000
## Cynosurus.cristatus         0.011592725 0.075100830
## Dactylis.glomerata          0.012506179 0.238619512
## Dactylorhiza.fuchsii        0.066666667 0.000000000
## Danthonia.decumbens         0.033333333 0.000000000
## Daucus.carrota              0.005164319 0.076824584
## Dicranella.spp.             0.033333333 0.000000000
## Dicranum.scoparium          0.088033220 0.030886441
## Epilobium.montanum          0.034920635 0.043290043
## Equisetum.arvense           0.002156863 0.170053476
## Equisteum.variegatum        0.033333333 0.000000000
## Erigeron.acer               0.066666667 0.000000000
## Euphrasia.agg               0.366666667 0.000000000
## Festuca.ovina               0.194557823 0.002473717
## Festuca.rubra               0.113615023 0.299615877
## Festuca.rubra.agg.          0.000000000 0.090909091
## Filipendula.ulmaria         0.020754717 0.068610635
## Fissidens.adianthoides      0.033333333 0.000000000
## Fissidens.dubius            0.066666667 0.000000000
## Fissidens.exilis            0.033333333 0.000000000
## Fragaria.vesca              0.093793289 0.053918242
## Galium.aparine              0.000000000 0.090909091
## Galium.arvense              0.000000000 0.090909091
## Galium.saxatile             0.033333333 0.000000000
## Galium.verum                0.018181818 0.132231405
## Geum.urbanum                0.000000000 0.090909091
## Glechoma.hederacea          0.000000000 0.090909091
## Helicotrichon.spp.          0.000000000 0.090909091
## Heracleum.sphondylium       0.051162791 0.021141649
## Hieracium.spp.              0.000000000 0.090909091
## Holcus.spp.                 0.225867649 0.262044618
## Holcus.lanatus              0.079179745 0.255663984
## Holcus.mollis               0.042307692 0.157342657
## Homalothecium.lutescens     0.066666667 0.000000000
## Hylocomium.splendens        0.139324991 0.027579550
## Hypericum.perforatum        0.063218391 0.056426332
## Hypnum.cupressiforme        0.286745214 0.004016602
## Hypnum.imponens             0.033333333 0.000000000
## Hypnum.jutlandicum          0.046962233 0.026869682
## Hypochaeris.radicata        0.000000000 0.090909091
## Kindbergia.praelonga        0.038321457 0.129561650
## Lathyrus.pratensis          0.019686801 0.064063453
## Leontodon.hispidus          0.065498398 0.046251092
## Leontodon.saxatilis         0.033333333 0.000000000
## Leucanthemum.vulgare        0.125806452 0.263929619
## Linum.catharticum           0.166666667 0.000000000
## Lolium.perenne              0.001910433 0.176607910
## Lophocolea.semiteres        0.033333333 0.000000000
## Lotus.corniculatus          0.150285994 0.340519098
## Luzula.multiflora           0.033333333 0.000000000
## Lysimachia.maritima         0.066666667 0.000000000
## Medicago.lupulina           0.123432343 0.006750675
## Myosotis.arvensis           0.081831187 0.035115099
## Ononis.repens               0.266666667 0.000000000
## Oxalis.acetosella           0.000000000 0.090909091
## Pastinaca.sativa            0.033333333 0.000000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.000000000 0.090909091
## Pillosella.officinarum      0.359497040 0.001777593
## Plantago.coronopus          0.133333333 0.000000000
## Plantago.lanceolata         0.340335129 0.013056961
## Pleurozium.schreberi        0.091404011 0.007814535
## Poa.annua                   0.100000000 0.000000000
## Poa.spp.                    0.000000000 0.090909091
## Polytrichum.commune         0.033333333 0.000000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.033333333 0.000000000
## Polytrichum.formosum        0.000000000 0.090909091
## Potentilla.reptans          0.006486942 0.085011871
## Prunella.vulgaris           0.086274510 0.032085561
## Pseudoscleropidum.purum     0.123421655 0.042822732
## Pteridium.aquilinum         0.034920635 0.043290043
## Ranunculus.acris            0.033333333 0.000000000
## Ranunculus.repens           0.060749507 0.008068854
## Reseda.lutea                0.033333333 0.000000000
## Rhinanthus.minor            0.033333333 0.000000000
## Rhizomnium.punctatum        0.033333333 0.000000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.262524655 0.051640667
## Rhytidadelphus.triquetris   0.066666667 0.000000000
## Rubus.fruticosus            0.066666667 0.000000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.003244838 0.082059533
## Saniona.uncinata            0.066666667 0.000000000
## Sedum.anglicum              0.033333333 0.000000000
## Senecio.jacobaea            0.000000000 0.181818182
## Senecio.vulgaris            0.033333333 0.000000000
## Sonchus.arvensis            0.033333333 0.000000000
## Stachys.sylvatica           0.000000000 0.181818182
## Stellaria.apetala           0.000000000 0.090909091
## Taraxacum.agg.              0.366666667 0.000000000
## Thuidium.tamariscinum       0.100000000 0.000000000
## Thymus.polytrichus          0.266666667 0.000000000
## Trichostomum.crispulum      0.200000000 0.000000000
## Trifolium.campestre         0.016514097 0.303585100
## Trifolium.dubium            0.066666667 0.000000000
## Trifolium.pratense          0.083193277 0.015278839
## Trifolium.repens            0.044172380 0.101504764
## Trisetum.flavescens         0.093856655 0.005584859
## Tussilago.farfara           0.001824212 0.171867933
## Urtica.diocia               0.028571429 0.064935065
## Veronica.officinalis        0.033333333 0.000000000
## Vicia.sativa                0.033333333 0.000000000
## Viola.riviniana             0.033333333 0.000000000
## Weissia.controversa         0.033333333 0.000000000
## Zygodon.stirtonii           0.033333333 0.000000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           2                           2 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           2                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           2                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           2                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           2 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           2                           2 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           2                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           2                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           2                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           2                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           2 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           2                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           2 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           2                           2 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           2                           2 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           2                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           2 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           2                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           2                           2 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           2                           2 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           2 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           2                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           2                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           2 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           2                           2 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           2                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           2                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           2                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           2                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           2                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           2                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           2 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           2                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           2 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           2                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           2 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           2                           2 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           2                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           2 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           2 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           2                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.42613636                  0.09090909 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.09090909                  0.03333333 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.18181818                  0.13766248 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.10895238                  0.05695793 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.12452830                  0.06666667 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.03333333                  0.21309285 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.03333333                  0.03333333 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.09090909                  0.03333333 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.13333333                  0.22354694 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.04572351                  0.09090909 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.03333333                  0.10000000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.09090909                  0.10000000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.26771835                  0.12825112 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.03333333                  0.06666667 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.07323176                  0.03333333 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.33333333                  0.06666667 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.06666667                  0.13333333 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.03333333                  0.32760033 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.03333333                  0.03333333 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.27272727                  0.06666667 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.06666667                  0.07510083 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.23861951                  0.06666667 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.03333333                  0.07682458 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.03333333                  0.08803322 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.04329004                  0.17005348 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.03333333                  0.06666667 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.36666667                  0.19455782 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.29961588                  0.09090909 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.06861063                  0.03333333 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.06666667                  0.03333333 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.09379329                  0.09090909 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.09090909                  0.03333333 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.13223140                  0.09090909 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.09090909                  0.09090909 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.05116279                  0.09090909 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.26204462                  0.25566398 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.15734266                  0.06666667 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.13932499                  0.06321839 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.28674521                  0.03333333 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.04696223                  0.09090909 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.12956165                  0.06406345 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.06549840                  0.03333333 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.26392962                  0.16666667 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.17660791                  0.03333333 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.34051910                  0.03333333 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.06666667                  0.12343234 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.08183119                  0.26666667 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.09090909                  0.03333333 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.09090909                  0.35949704 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.13333333                  0.34033513 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.09140401                  0.10000000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.09090909                  0.03333333 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.03333333                  0.09090909 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.08501187                  0.08627451 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.12342166                  0.04329004 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.03333333                  0.06074951 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.03333333                  0.03333333 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.03333333                  0.26252465 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.06666667                  0.06666667 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.08205953                  0.06666667 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.03333333                  0.18181818 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.03333333                  0.03333333 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.18181818                  0.09090909 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.36666667                  0.10000000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.26666667                  0.20000000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.30358510                  0.06666667 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.08319328                  0.10150476 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.09385666                  0.17186793 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.06493506                  0.03333333 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.03333333                  0.03333333 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.03333333                  0.03333333 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.007                       0.275 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       0.268                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       0.064                       0.544 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.651                       0.842 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.830                       0.620 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.528 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       0.267                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       0.433                       0.116 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       0.280 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       0.536 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       0.258                       0.525 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.438                       0.672 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       0.796 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       1.000                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.068                       0.799 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       0.808                       0.418 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.028 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       0.016                       0.801 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       0.783                       0.696 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.099                       0.794 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       0.265 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       0.781 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       0.126 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       0.787 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.036                       0.284 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.282                       0.259 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       0.708                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       0.777                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.888                       0.251 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       0.244                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.496                       0.275 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       0.273                       0.271 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       0.285 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.926                       0.360 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.417                       0.823 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.441                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.143                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       0.285 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       0.493                       0.715 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       0.890                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.412                       0.263 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       0.169                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.303                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       0.789                       0.622 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       0.799                       0.129 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       0.299                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       0.275                       0.115 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.466                       0.137 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.635                       0.531 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       0.241                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       0.293 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.775                       0.910 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.775                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       0.845 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.299 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       0.581                       0.793 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       0.272                       0.600 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       0.061 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       0.077                       0.246 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.045                       0.550 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.152                       0.245 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.036                       0.801 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       0.683                       0.741 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.747                       0.081 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.854                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Here, Agrostis agg has the highest indval value, 0.426, and the lowest p value, 0.001. #Agrostis agg is reported as the indicator species for Kaolinite.

#Doing an indval analysis for Muscovite…

clustMuscovite <-cut(PlantChemistry1$Muscovite, 5, labels=FALSE)
MuscoviteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMuscovite, type= "long")
gr <- MuscoviteIndval$maxcls[MuscoviteIndval$pval<=0.05]
iv <- MuscoviteIndval$indcls[MuscoviteIndval$pval<=0.05]
pv <- MuscoviteIndval$pval[MuscoviteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[MuscoviteIndval$pval<=0.05]
MuscoviteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
MuscoviteIndvalsummary <- MuscoviteIndvalsummary[order(MuscoviteIndvalsummary$group, 
                                                       -MuscoviteIndvalsummary$indval),]
print(MuscoviteIndvalsummary)
##                           group    indval pvalue freq
## Thymus.polytrichus            1 0.3478261  0.011    6
## Carlina.vulgaris              1 0.3349839  0.032    2
## Trichostomum.crispulum        1 0.2608696  0.043    7
## Rhytidadelphus.squarrosus     2 0.4323308  0.007    2
## Calliergonella.cupsidata      2 0.4205599  0.024    8
## Urtica.diocia                 2 0.2222222  0.021    1
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMuscovite))
##                           cluster indicator_value probability
## Pillosella.officinarum          1          0.3685       0.048
## Thymus.polytrichus              1          0.3478       0.013
## Carlina.vulgaris                1          0.3350       0.030
## Trichostomum.crispulum          1          0.2609       0.037
## Linum.catharticum               1          0.2174       0.044
## Rhytidadelphus.squarrosus       2          0.4323       0.008
## Calliergonella.cupsidata        2          0.4206       0.024
## Urtica.diocia                   2          0.2222       0.030
## 
## Sum of probabilities                 =  74.75 
## 
## Sum of Indicator Values              =  15.86 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  2.6 
## 
## Number of Significant Indicators     =  8 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 1 2 
## 5 3
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMuscovite))
## $relfrq
##                                      1          5
## Agrostis.spp.               0.13043478 0.27777778
## Agrostis.canina             0.00000000 0.05555556
## Alchemilla.mollis           0.00000000 0.05555556
## Alopercus.pratensis         0.04347826 0.00000000
## Angelica.sylvestris         0.04347826 0.05555556
## Anthoxanthum.odoratum       0.08695652 0.22222222
## Anthyllis.vulneraria        0.17391304 0.05555556
## Aphanes.arvensis            0.04347826 0.11111111
## Arrhenatherum.elatius       0.13043478 0.27777778
## Atrichum.undulatum          0.00000000 0.11111111
## Avenula.pratensis           0.04347826 0.00000000
## Bellis.perennis             0.26086957 0.33333333
## Betula.pubescens            0.00000000 0.05555556
## Blackstonia.perfoliata      0.04347826 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.00000000 0.05555556
## Brachythecium.glareosum     0.00000000 0.05555556
## Brachythecium.mildeanum     0.04347826 0.16666667
## Brachythecium.rutabulum     0.08695652 0.22222222
## Briza.media                 0.04347826 0.11111111
## Bromus.hordeaceus           0.00000000 0.05555556
## Bryum.c.f..caespiticium     0.00000000 0.05555556
## Bryum.c.f..pallescens       0.08695652 0.05555556
## Bryum.capillare             0.04347826 0.00000000
## Bryum.spp.                  0.08695652 0.05555556
## Calliergonella.cupsidata    0.17391304 0.61111111
## Calypogeia.arguta           0.13043478 0.27777778
## Campanula.rotundifolia      0.04347826 0.00000000
## Carex.distans               0.08695652 0.00000000
## Carex.flacca                0.17391304 0.16666667
## Carex.panicea               0.04347826 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.39130435 0.05555556
## Centaurea.nigra             0.04347826 0.05555556
## Centaurium.erythraea        0.08695652 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.17391304 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       0.04347826 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.17391304 0.16666667
## Chamaenerion.angustifolium  0.00000000 0.05555556
## Cirriphyllum.piliferum      0.00000000 0.05555556
## Cirsium.arvense             0.04347826 0.11111111
## Cirsium.palustre            0.00000000 0.11111111
## Crepis.capillaris           0.00000000 0.11111111
## Cynosurus.cristatus         0.04347826 0.11111111
## Dactylis.glomerata          0.13043478 0.16666667
## Dactylorhiza.fuchsii        0.00000000 0.11111111
## Danthonia.decumbens         0.00000000 0.05555556
## Daucus.carrota              0.08695652 0.00000000
## Dicranella.spp.             0.04347826 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.08695652 0.16666667
## Epilobium.montanum          0.00000000 0.16666667
## Equisetum.arvense           0.08695652 0.05555556
## Equisteum.variegatum        0.04347826 0.00000000
## Erigeron.acer               0.04347826 0.05555556
## Euphrasia.agg               0.26086957 0.27777778
## Festuca.ovina               0.26086957 0.05555556
## Festuca.rubra               0.39130435 0.33333333
## Festuca.rubra.agg.          0.04347826 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         0.00000000 0.16666667
## Fissidens.adianthoides      0.00000000 0.05555556
## Fissidens.dubius            0.04347826 0.05555556
## Fissidens.exilis            0.04347826 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.08695652 0.22222222
## Galium.aparine              0.00000000 0.05555556
## Galium.arvense              0.00000000 0.05555556
## Galium.saxatile             0.00000000 0.05555556
## Galium.verum                0.08695652 0.11111111
## Geum.urbanum                0.04347826 0.00000000
## Glechoma.hederacea          0.04347826 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          0.00000000 0.05555556
## Heracleum.sphondylium       0.00000000 0.16666667
## Hieracium.spp.              0.04347826 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.52173913 0.50000000
## Holcus.lanatus              0.26086957 0.33333333
## Holcus.mollis               0.13043478 0.16666667
## Homalothecium.lutescens     0.04347826 0.05555556
## Hylocomium.splendens        0.08695652 0.27777778
## Hypericum.perforatum        0.04347826 0.27777778
## Hypnum.cupressiforme        0.26086957 0.22222222
## Hypnum.imponens             0.04347826 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.04347826 0.11111111
## Hypochaeris.radicata        0.00000000 0.05555556
## Kindbergia.praelonga        0.13043478 0.16666667
## Lathyrus.pratensis          0.00000000 0.16666667
## Leontodon.hispidus          0.21739130 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         0.04347826 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.30434783 0.38888889
## Linum.catharticum           0.21739130 0.00000000
## Lolium.perenne              0.08695652 0.11111111
## Lophocolea.semiteres        0.00000000 0.05555556
## Lotus.corniculatus          0.43478261 0.44444444
## Luzula.multiflora           0.00000000 0.05555556
## Lysimachia.maritima         0.08695652 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.17391304 0.05555556
## Myosotis.arvensis           0.08695652 0.16666667
## Ononis.repens               0.26086957 0.11111111
## Oxalis.acetosella           0.04347826 0.00000000
## Pastinaca.sativa            0.04347826 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.00000000 0.05555556
## Pillosella.officinarum      0.43478261 0.11111111
## Plantago.coronopus          0.13043478 0.05555556
## Plantago.lanceolata         0.30434783 0.33333333
## Pleurozium.schreberi        0.08695652 0.11111111
## Poa.annua                   0.13043478 0.00000000
## Poa.spp.                    0.00000000 0.05555556
## Polytrichum.commune         0.04347826 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.04347826 0.00000000
## Polytrichum.formosum        0.04347826 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.04347826 0.16666667
## Prunella.vulgaris           0.08695652 0.16666667
## Pseudoscleropidum.purum     0.13043478 0.27777778
## Pteridium.aquilinum         0.04347826 0.11111111
## Ranunculus.acris            0.00000000 0.05555556
## Ranunculus.repens           0.00000000 0.16666667
## Reseda.lutea                0.04347826 0.00000000
## Rhinanthus.minor            0.00000000 0.05555556
## Rhizomnium.punctatum        0.00000000 0.05555556
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.17391304 0.50000000
## Rhytidadelphus.triquetris   0.00000000 0.11111111
## Rubus.fruticosus            0.00000000 0.11111111
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.00000000 0.11111111
## Saniona.uncinata            0.04347826 0.05555556
## Sedum.anglicum              0.04347826 0.00000000
## Senecio.jacobaea            0.00000000 0.11111111
## Senecio.vulgaris            0.04347826 0.00000000
## Sonchus.arvensis            0.00000000 0.05555556
## Stachys.sylvatica           0.00000000 0.11111111
## Stellaria.apetala           0.00000000 0.05555556
## Taraxacum.agg.              0.30434783 0.22222222
## Thuidium.tamariscinum       0.04347826 0.11111111
## Thymus.polytrichus          0.34782609 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      0.26086957 0.00000000
## Trifolium.campestre         0.13043478 0.22222222
## Trifolium.dubium            0.08695652 0.00000000
## Trifolium.pratense          0.04347826 0.16666667
## Trifolium.repens            0.04347826 0.22222222
## Trisetum.flavescens         0.13043478 0.05555556
## Tussilago.farfara           0.08695652 0.05555556
## Urtica.diocia               0.00000000 0.22222222
## Veronica.officinalis        0.00000000 0.05555556
## Vicia.sativa                0.00000000 0.05555556
## Viola.riviniana             0.00000000 0.05555556
## Weissia.controversa         0.00000000 0.05555556
## Zygodon.stirtonii           0.04347826 0.00000000
## 
## $relabu
##                                      1           5
## Agrostis.spp.               0.72289157 0.277108434
## Agrostis.canina             0.00000000 1.000000000
## Alchemilla.mollis           0.00000000 1.000000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.000000000
## Angelica.sylvestris         0.43902439 0.560975610
## Anthoxanthum.odoratum       0.07967422 0.920325779
## Anthyllis.vulneraria        0.64512210 0.354877901
## Aphanes.arvensis            0.24590164 0.754098361
## Arrhenatherum.elatius       0.08496291 0.915037087
## Atrichum.undulatum          0.00000000 1.000000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.000000000
## Bellis.perennis             0.42500000 0.575000000
## Betula.pubescens            0.00000000 1.000000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.000000000
## Brachythecium.albicans      0.00000000 1.000000000
## Brachythecium.glareosum     0.00000000 1.000000000
## Brachythecium.mildeanum     0.06122449 0.938775510
## Brachythecium.rutabulum     0.20689655 0.793103448
## Briza.media                 0.04085106 0.959148936
## Bromus.hordeaceus           0.00000000 1.000000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.00000000 1.000000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.89592760 0.104072398
## Bryum.capillare             1.00000000 0.000000000
## Bryum.spp.                  0.86227545 0.137724551
## Calliergonella.cupsidata    0.31181102 0.688188976
## Calypogeia.arguta           0.34685598 0.653144016
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.000000000
## Carex.distans               1.00000000 0.000000000
## Carex.flacca                0.29347826 0.706521739
## Carex.panicea               1.00000000 0.000000000
## Carlina.vulgaris            0.85607009 0.143929912
## Centaurea.nigra             0.28125000 0.718750000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.000000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.000000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.000000000
## Cerastium.fontanum          0.63779528 0.362204724
## Chamaenerion.angustifolium  0.00000000 1.000000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.00000000 1.000000000
## Cirsium.arvense             0.47213115 0.527868852
## Cirsium.palustre            0.00000000 1.000000000
## Crepis.capillaris           0.00000000 1.000000000
## Cynosurus.cristatus         0.14361702 0.856382979
## Dactylis.glomerata          0.79172057 0.208279431
## Dactylorhiza.fuchsii        0.00000000 1.000000000
## Danthonia.decumbens         0.00000000 1.000000000
## Daucus.carrota              1.00000000 0.000000000
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.000000000
## Dicranum.scoparium          0.49450549 0.505494505
## Epilobium.montanum          0.00000000 1.000000000
## Equisetum.arvense           0.18274112 0.817258883
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.000000000
## Erigeron.acer               0.76530612 0.234693878
## Euphrasia.agg               0.72217429 0.277825712
## Festuca.ovina               0.83129584 0.168704156
## Festuca.rubra               0.41040835 0.589591653
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.000000000
## Filipendula.ulmaria         0.00000000 1.000000000
## Fissidens.adianthoides      0.00000000 1.000000000
## Fissidens.dubius            0.61016949 0.389830508
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.000000000
## Fragaria.vesca              0.10791631 0.892083690
## Galium.aparine              0.00000000 1.000000000
## Galium.arvense              0.00000000 1.000000000
## Galium.saxatile             0.00000000 1.000000000
## Galium.verum                0.01323854 0.986761461
## Geum.urbanum                1.00000000 0.000000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.000000000
## Helicotrichon.spp.          0.00000000 1.000000000
## Heracleum.sphondylium       0.00000000 1.000000000
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.000000000
## Holcus.spp.                 0.45970081 0.540299187
## Holcus.lanatus              0.42071328 0.579286722
## Holcus.mollis               0.62411661 0.375883392
## Homalothecium.lutescens     0.04663212 0.953367876
## Hylocomium.splendens        0.24454567 0.755454327
## Hypericum.perforatum        0.31952663 0.680473373
## Hypnum.cupressiforme        0.72000000 0.280000000
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.000000000
## Hypnum.jutlandicum          0.10746269 0.892537313
## Hypochaeris.radicata        0.00000000 1.000000000
## Kindbergia.praelonga        0.55980861 0.440191388
## Lathyrus.pratensis          0.00000000 1.000000000
## Leontodon.hispidus          1.00000000 0.000000000
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.000000000
## Leucanthemum.vulgare        0.26584088 0.734159123
## Linum.catharticum           1.00000000 0.000000000
## Lolium.perenne              0.05923836 0.940761636
## Lophocolea.semiteres        0.00000000 1.000000000
## Lotus.corniculatus          0.50803953 0.491960466
## Luzula.multiflora           0.00000000 1.000000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.000000000
## Medicago.lupulina           0.96377953 0.036220472
## Myosotis.arvensis           0.26239067 0.737609329
## Ononis.repens               0.98497223 0.015027769
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.000000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.000000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.00000000 1.000000000
## Pillosella.officinarum      0.84753363 0.152466368
## Plantago.coronopus          0.87173466 0.128265336
## Plantago.lanceolata         0.36892562 0.631074380
## Pleurozium.schreberi        0.19236641 0.807633588
## Poa.annua                   1.00000000 0.000000000
## Poa.spp.                    0.00000000 1.000000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.000000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.000000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.000000000
## Potentilla.reptans          0.01787488 0.982125124
## Prunella.vulgaris           0.52282158 0.477178423
## Pseudoscleropidum.purum     0.24428571 0.755714286
## Pteridium.aquilinum         0.20689655 0.793103448
## Ranunculus.acris            0.00000000 1.000000000
## Ranunculus.repens           0.00000000 1.000000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.000000000
## Rhinanthus.minor            0.00000000 1.000000000
## Rhizomnium.punctatum        0.00000000 1.000000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.13533835 0.864661654
## Rhytidadelphus.triquetris   0.00000000 1.000000000
## Rubus.fruticosus            0.00000000 1.000000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.00000000 1.000000000
## Saniona.uncinata            0.43902439 0.560975610
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.000000000
## Senecio.jacobaea            0.00000000 1.000000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.000000000
## Sonchus.arvensis            0.00000000 1.000000000
## Stachys.sylvatica           0.00000000 1.000000000
## Stellaria.apetala           0.00000000 1.000000000
## Taraxacum.agg.              0.56603774 0.433962264
## Thuidium.tamariscinum       0.13533835 0.864661654
## Thymus.polytrichus          1.00000000 0.000000000
## Trichostomum.crispulum      1.00000000 0.000000000
## Trifolium.campestre         0.14617169 0.853828306
## Trifolium.dubium            1.00000000 0.000000000
## Trifolium.pratense          0.67259786 0.327402135
## Trifolium.repens            0.02627737 0.973722628
## Trisetum.flavescens         0.99003898 0.009961022
## Tussilago.farfara           0.26751592 0.732484076
## Urtica.diocia               0.00000000 1.000000000
## Veronica.officinalis        0.00000000 1.000000000
## Vicia.sativa                0.00000000 1.000000000
## Viola.riviniana             0.00000000 1.000000000
## Weissia.controversa         0.00000000 1.000000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.000000000
## 
## $indval
##                                        1            5
## Agrostis.spp.               0.0942902043 0.0769745649
## Agrostis.canina             0.0000000000 0.0555555556
## Alchemilla.mollis           0.0000000000 0.0555555556
## Alopercus.pratensis         0.0434782609 0.0000000000
## Angelica.sylvestris         0.0190880170 0.0311653117
## Anthoxanthum.odoratum       0.0069281931 0.2045168398
## Anthyllis.vulneraria        0.1121951477 0.0197154389
## Aphanes.arvensis            0.0106913756 0.0837887067
## Arrhenatherum.elatius       0.0110821191 0.2541769686
## Atrichum.undulatum          0.0000000000 0.1111111111
## Avenula.pratensis           0.0434782609 0.0000000000
## Bellis.perennis             0.1108695652 0.1916666667
## Betula.pubescens            0.0000000000 0.0555555556
## Blackstonia.perfoliata      0.0434782609 0.0000000000
## Brachythecium.albicans      0.0000000000 0.0555555556
## Brachythecium.glareosum     0.0000000000 0.0555555556
## Brachythecium.mildeanum     0.0026619343 0.1564625850
## Brachythecium.rutabulum     0.0179910045 0.1762452107
## Briza.media                 0.0017761332 0.1065721040
## Bromus.hordeaceus           0.0000000000 0.0555555556
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0000000000 0.0555555556
## Bryum.c.f..pallescens       0.0779067480 0.0057817999
## Bryum.capillare             0.0434782609 0.0000000000
## Bryum.spp.                  0.0749804738 0.0076513639
## Calliergonella.cupsidata    0.0542280041 0.4205599300
## Calypogeia.arguta           0.0452420848 0.1814288934
## Campanula.rotundifolia      0.0434782609 0.0000000000
## Carex.distans               0.0869565217 0.0000000000
## Carex.flacca                0.0510396975 0.1177536232
## Carex.panicea               0.0434782609 0.0000000000
## Carlina.vulgaris            0.3349839473 0.0079961062
## Centaurea.nigra             0.0122282609 0.0399305556
## Centaurium.erythraea        0.0869565217 0.0000000000
## Centaurium.littorale        0.1739130435 0.0000000000
## Centaurium.pulchellum       0.0434782609 0.0000000000
## Cerastium.fontanum          0.1109209175 0.0603674541
## Chamaenerion.angustifolium  0.0000000000 0.0555555556
## Cirriphyllum.piliferum      0.0000000000 0.0555555556
## Cirsium.arvense             0.0205274412 0.0586520947
## Cirsium.palustre            0.0000000000 0.1111111111
## Crepis.capillaris           0.0000000000 0.1111111111
## Cynosurus.cristatus         0.0062442183 0.0951536643
## Dactylis.glomerata          0.1032679003 0.0347132385
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0000000000 0.1111111111
## Danthonia.decumbens         0.0000000000 0.0555555556
## Daucus.carrota              0.0869565217 0.0000000000
## Dicranella.spp.             0.0434782609 0.0000000000
## Dicranum.scoparium          0.0430004778 0.0842490842
## Epilobium.montanum          0.0000000000 0.1666666667
## Equisetum.arvense           0.0158905319 0.0454032713
## Equisteum.variegatum        0.0434782609 0.0000000000
## Erigeron.acer               0.0332741792 0.0130385488
## Euphrasia.agg               0.1883932926 0.0771738088
## Festuca.ovina               0.2168597853 0.0093724531
## Festuca.rubra               0.1605945707 0.1965305509
## Festuca.rubra.agg.          0.0434782609 0.0000000000
## Filipendula.ulmaria         0.0000000000 0.1666666667
## Fissidens.adianthoides      0.0000000000 0.0555555556
## Fissidens.dubius            0.0265291083 0.0216572505
## Fissidens.exilis            0.0434782609 0.0000000000
## Fragaria.vesca              0.0093840269 0.1982408200
## Galium.aparine              0.0000000000 0.0555555556
## Galium.arvense              0.0000000000 0.0555555556
## Galium.saxatile             0.0000000000 0.0555555556
## Galium.verum                0.0011511773 0.1096401623
## Geum.urbanum                0.0434782609 0.0000000000
## Glechoma.hederacea          0.0434782609 0.0000000000
## Helicotrichon.spp.          0.0000000000 0.0555555556
## Heracleum.sphondylium       0.0000000000 0.1666666667
## Hieracium.spp.              0.0434782609 0.0000000000
## Holcus.spp.                 0.2398439026 0.2701495933
## Holcus.lanatus              0.1097512900 0.1930955739
## Holcus.mollis               0.0814065141 0.0626472320
## Homalothecium.lutescens     0.0020274837 0.0529648820
## Hylocomium.splendens        0.0212648411 0.2098484243
## Hypericum.perforatum        0.0138924621 0.1890203813
## Hypnum.cupressiforme        0.1878260870 0.0622222222
## Hypnum.imponens             0.0434782609 0.0000000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0046722907 0.0991708126
## Hypochaeris.radicata        0.0000000000 0.0555555556
## Kindbergia.praelonga        0.0730185147 0.0733652313
## Lathyrus.pratensis          0.0000000000 0.1666666667
## Leontodon.hispidus          0.2173913043 0.0000000000
## Leontodon.saxatilis         0.0434782609 0.0000000000
## Leucanthemum.vulgare        0.0809080929 0.2855063258
## Linum.catharticum           0.2173913043 0.0000000000
## Lolium.perenne              0.0051511621 0.1045290707
## Lophocolea.semiteres        0.0000000000 0.0555555556
## Lotus.corniculatus          0.2208867538 0.2186490961
## Luzula.multiflora           0.0000000000 0.0555555556
## Lysimachia.maritima         0.0869565217 0.0000000000
## Medicago.lupulina           0.1676138309 0.0020122485
## Myosotis.arvensis           0.0228165800 0.1229348882
## Ononis.repens               0.2569492777 0.0016697521
## Oxalis.acetosella           0.0434782609 0.0000000000
## Pastinaca.sativa            0.0434782609 0.0000000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0000000000 0.0555555556
## Pillosella.officinarum      0.3684928836 0.0169407075
## Plantago.coronopus          0.1137045214 0.0071258520
## Plantago.lanceolata         0.1122817104 0.2103581267
## Pleurozium.schreberi        0.0167275141 0.0897370653
## Poa.annua                   0.1304347826 0.0000000000
## Poa.spp.                    0.0000000000 0.0555555556
## Polytrichum.commune         0.0434782609 0.0000000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0434782609 0.0000000000
## Polytrichum.formosum        0.0434782609 0.0000000000
## Potentilla.reptans          0.0007771685 0.1636875207
## Prunella.vulgaris           0.0454627458 0.0795297372
## Pseudoscleropidum.purum     0.0318633540 0.2099206349
## Pteridium.aquilinum         0.0089955022 0.0881226054
## Ranunculus.acris            0.0000000000 0.0555555556
## Ranunculus.repens           0.0000000000 0.1666666667
## Reseda.lutea                0.0434782609 0.0000000000
## Rhinanthus.minor            0.0000000000 0.0555555556
## Rhizomnium.punctatum        0.0000000000 0.0555555556
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.0235371036 0.4323308271
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0000000000 0.1111111111
## Rubus.fruticosus            0.0000000000 0.1111111111
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0000000000 0.1111111111
## Saniona.uncinata            0.0190880170 0.0311653117
## Sedum.anglicum              0.0434782609 0.0000000000
## Senecio.jacobaea            0.0000000000 0.1111111111
## Senecio.vulgaris            0.0434782609 0.0000000000
## Sonchus.arvensis            0.0000000000 0.0555555556
## Stachys.sylvatica           0.0000000000 0.1111111111
## Stellaria.apetala           0.0000000000 0.0555555556
## Taraxacum.agg.              0.1722723544 0.0964360587
## Thuidium.tamariscinum       0.0058842759 0.0960735171
## Thymus.polytrichus          0.3478260870 0.0000000000
## Trichostomum.crispulum      0.2608695652 0.0000000000
## Trifolium.campestre         0.0190658731 0.1897396236
## Trifolium.dubium            0.0869565217 0.0000000000
## Trifolium.pratense          0.0292433854 0.0545670225
## Trifolium.repens            0.0011424944 0.2163828062
## Trisetum.flavescens         0.1291355189 0.0005533901
## Tussilago.farfara           0.0232622542 0.0406935598
## Urtica.diocia               0.0000000000 0.2222222222
## Veronica.officinalis        0.0000000000 0.0555555556
## Vicia.sativa                0.0000000000 0.0555555556
## Viola.riviniana             0.0000000000 0.0555555556
## Weissia.controversa         0.0000000000 0.0555555556
## Zygodon.stirtonii           0.0434782609 0.0000000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           2 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           2                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           2                           2 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           2 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           2                           2 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           2 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           2                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           2                           2 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           2                           2 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           2                           2 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           2                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           2                           2 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           2                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           2 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           2                           2 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           2                           2 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           2                           2 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           2 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           2                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           2 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           2                           2 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           2                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           2                           2 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           2                           2 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           2                           2 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           2                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           2 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           2                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           2                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           2 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           2                           2 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           2                           2 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           2                           2 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           2                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           2                           2 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           2 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           2                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           2                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           2 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           2                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           2                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           2                           2 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           2                           2 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           2                           2 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           2 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           2                           2 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           2                           2 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           2                           2 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           2 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           2 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           2                           2 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           2 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           2                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           2                           2 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           2 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           2                           2 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           2                           2 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           2                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.09429020                  0.05555556 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.05555556                  0.04347826 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.03116531                  0.20451684 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.11219515                  0.08378871 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.25417697                  0.11111111 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.04347826                  0.19166667 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.05555556                  0.04347826 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.05555556                  0.05555556 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.15646259                  0.17624521 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.10657210                  0.05555556 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.05555556                  0.07790675 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.04347826                  0.07498047 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.42055993                  0.18142889 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.04347826                  0.08695652 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.11775362                  0.04347826 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.33498395                  0.03993056 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.08695652                  0.17391304 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.04347826                  0.11092092 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.05555556                  0.05555556 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.05865209                  0.11111111 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.11111111                  0.09515366 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.10326790                  0.11111111 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.05555556                  0.08695652 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.04347826                  0.08424908 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.16666667                  0.04540327 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.04347826                  0.03327418 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.18839329                  0.21685979 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.19653055                  0.04347826 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.16666667                  0.05555556 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.02652911                  0.04347826 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.19824082                  0.05555556 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.05555556                  0.05555556 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.10964016                  0.04347826 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.04347826                  0.05555556 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.16666667                  0.04347826 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.27014959                  0.19309557 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.08140651                  0.05296488 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.20984842                  0.18902038 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.18782609                  0.04347826 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.09917081                  0.05555556 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.07336523                  0.16666667 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.21739130                  0.04347826 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.28550633                  0.21739130 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.10452907                  0.05555556 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.22088675                  0.05555556 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.08695652                  0.16761383 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.12293489                  0.25694928 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.04347826                  0.04347826 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.05555556                  0.36849288 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.11370452                  0.21035813 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.08973707                  0.13043478 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.05555556                  0.04347826 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.04347826                  0.04347826 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.16368752                  0.07952974 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.20992063                  0.08812261 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.05555556                  0.16666667 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.04347826                  0.05555556 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.05555556                  0.43233083 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.11111111                  0.11111111 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.11111111                  0.03116531 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.04347826                  0.11111111 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.04347826                  0.05555556 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.11111111                  0.05555556 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.17227235                  0.09607352 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.34782609                  0.26086957 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.18973962                  0.08695652 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.05456702                  0.21638281 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.12913552                  0.04069356 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.22222222                  0.05555556 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.05555556                  0.05555556 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.05555556                  0.04347826 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.992                       0.431 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       0.419                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       0.125 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.496                       0.457 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.105                       0.188 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.553 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       0.439                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       0.416                       0.450 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       0.198                       0.287 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       0.371                       0.427 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       0.409                       0.484 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       0.600 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.020                       0.326 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       0.495 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.754                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.021                       0.756 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       0.494                       0.100 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.844 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       0.463                       0.471 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       0.862                       0.183 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       0.201                       0.350 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.716                       0.181 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       0.420                       0.498 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       0.728 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       0.071                       0.896 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.569                       0.157 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.857                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       0.084                       0.438 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.096                       0.437 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       0.442                       0.472 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.431                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       0.465 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       0.090                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.866                       0.624 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.857                       0.743 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.154                       0.169 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.449                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       0.446                       0.445 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       0.962                       0.081 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       0.077                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.283                       0.054 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       0.689                       0.445 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.980                       0.438 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       0.506                       0.245 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       0.428                       0.118 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       0.464                       0.058 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.398                       0.590 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.519                       0.252 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       0.403                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.161                       0.850 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.179                       0.489 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       0.430                       0.077 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       0.462 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       0.434                       0.006 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       0.190                       0.216 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       0.178                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       0.170 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       0.430 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       0.182                       0.437 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.681                       0.361 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.011                       0.036 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.275                       0.500 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       0.932                       0.084 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.411                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.027                       0.438 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       0.429                       0.414 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       0.463                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#In the MuscoviteIndvalsummary and the automatic summary, Rhytidiadelphus squarrosus is #reported as the indicator species with the highest indval value, 0.432, and a p value #of 0.012. Therefore, Rhytidiadelphus squarrosus is the indicator species for Kaolinite.

#Now to analyse Periclase…

clustPericlase <-cut(PlantChemistry1$Periclase, 5, labels=FALSE)
PericlaseIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustPericlase, type= "long")
gr <- PericlaseIndval$maxcls[PericlaseIndval$pval<=0.05]
iv <- PericlaseIndval$indcls[PericlaseIndval$pval<=0.05]
pv <- PericlaseIndval$pval[PericlaseIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[PericlaseIndval$pval<=0.05]
PericlaseIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
PericlaseIndvalsummary <- PericlaseIndvalsummary[order(PericlaseIndvalsummary$group, 
                                              -PericlaseIndvalsummary$indval),]
print(PericlaseIndvalsummary)
##                        group   indval pvalue freq
## Pillosella.officinarum     2 0.552724  0.018    4
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustPericlase))
##                        cluster indicator_value probability
## Pillosella.officinarum       2          0.5527       0.025
## 
## Sum of probabilities                 =  117.013 
## 
## Sum of Indicator Values              =  14.22 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  0.55 
## 
## Number of Significant Indicators     =  1 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 1
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustPericlase))
## $relfrq
##                                      1   5
## Agrostis.spp.               0.19444444 0.2
## Agrostis.canina             0.02777778 0.0
## Alchemilla.mollis           0.02777778 0.0
## Alopercus.pratensis         0.02777778 0.0
## Angelica.sylvestris         0.02777778 0.2
## Anthoxanthum.odoratum       0.16666667 0.0
## Anthyllis.vulneraria        0.13888889 0.0
## Aphanes.arvensis            0.08333333 0.0
## Arrhenatherum.elatius       0.22222222 0.0
## Atrichum.undulatum          0.05555556 0.0
## Avenula.pratensis           0.02777778 0.0
## Bellis.perennis             0.33333333 0.0
## Betula.pubescens            0.02777778 0.0
## Blackstonia.perfoliata      0.02777778 0.0
## Brachythecium.albicans      0.02777778 0.0
## Brachythecium.glareosum     0.02777778 0.0
## Brachythecium.mildeanum     0.11111111 0.0
## Brachythecium.rutabulum     0.13888889 0.2
## Briza.media                 0.05555556 0.2
## Bromus.hordeaceus           0.02777778 0.0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.02777778 0.0
## Bryum.c.f..pallescens       0.05555556 0.2
## Bryum.capillare             0.02777778 0.0
## Bryum.spp.                  0.08333333 0.0
## Calliergonella.cupsidata    0.36111111 0.4
## Calypogeia.arguta           0.19444444 0.2
## Campanula.rotundifolia      0.02777778 0.0
## Carex.distans               0.05555556 0.0
## Carex.flacca                0.19444444 0.0
## Carex.panicea               0.02777778 0.0
## Carlina.vulgaris            0.22222222 0.4
## Centaurea.nigra             0.05555556 0.0
## Centaurium.erythraea        0.05555556 0.0
## Centaurium.littorale        0.11111111 0.0
## Centaurium.pulchellum       0.02777778 0.0
## Cerastium.fontanum          0.16666667 0.2
## Chamaenerion.angustifolium  0.02777778 0.0
## Cirriphyllum.piliferum      0.02777778 0.0
## Cirsium.arvense             0.05555556 0.2
## Cirsium.palustre            0.05555556 0.0
## Crepis.capillaris           0.05555556 0.0
## Cynosurus.cristatus         0.08333333 0.0
## Dactylis.glomerata          0.13888889 0.2
## Dactylorhiza.fuchsii        0.05555556 0.0
## Danthonia.decumbens         0.02777778 0.0
## Daucus.carrota              0.05555556 0.0
## Dicranella.spp.             0.00000000 0.2
## Dicranum.scoparium          0.13888889 0.0
## Epilobium.montanum          0.08333333 0.0
## Equisetum.arvense           0.05555556 0.2
## Equisteum.variegatum        0.02777778 0.0
## Erigeron.acer               0.05555556 0.0
## Euphrasia.agg               0.30555556 0.0
## Festuca.ovina               0.16666667 0.2
## Festuca.rubra               0.38888889 0.2
## Festuca.rubra.agg.          0.02777778 0.0
## Filipendula.ulmaria         0.08333333 0.0
## Fissidens.adianthoides      0.02777778 0.0
## Fissidens.dubius            0.05555556 0.0
## Fissidens.exilis            0.00000000 0.2
## Fragaria.vesca              0.16666667 0.0
## Galium.aparine              0.02777778 0.0
## Galium.arvense              0.02777778 0.0
## Galium.saxatile             0.00000000 0.2
## Galium.verum                0.11111111 0.0
## Geum.urbanum                0.02777778 0.0
## Glechoma.hederacea          0.02777778 0.0
## Helicotrichon.spp.          0.02777778 0.0
## Heracleum.sphondylium       0.08333333 0.0
## Hieracium.spp.              0.02777778 0.0
## Holcus.spp.                 0.52777778 0.4
## Holcus.lanatus              0.30555556 0.2
## Holcus.mollis               0.13888889 0.2
## Homalothecium.lutescens     0.02777778 0.2
## Hylocomium.splendens        0.19444444 0.0
## Hypericum.perforatum        0.16666667 0.0
## Hypnum.cupressiforme        0.25000000 0.2
## Hypnum.imponens             0.02777778 0.0
## Hypnum.jutlandicum          0.08333333 0.0
## Hypochaeris.radicata        0.00000000 0.2
## Kindbergia.praelonga        0.13888889 0.2
## Lathyrus.pratensis          0.08333333 0.0
## Leontodon.hispidus          0.13888889 0.0
## Leontodon.saxatilis         0.02777778 0.0
## Leucanthemum.vulgare        0.36111111 0.2
## Linum.catharticum           0.13888889 0.0
## Lolium.perenne              0.11111111 0.0
## Lophocolea.semiteres        0.02777778 0.0
## Lotus.corniculatus          0.44444444 0.4
## Luzula.multiflora           0.02777778 0.0
## Lysimachia.maritima         0.05555556 0.0
## Medicago.lupulina           0.13888889 0.0
## Myosotis.arvensis           0.08333333 0.4
## Ononis.repens               0.19444444 0.2
## Oxalis.acetosella           0.02777778 0.0
## Pastinaca.sativa            0.02777778 0.0
## Pentaglottis.sempervirens   0.02777778 0.0
## Pillosella.officinarum      0.25000000 0.6
## Plantago.coronopus          0.08333333 0.2
## Plantago.lanceolata         0.36111111 0.0
## Pleurozium.schreberi        0.11111111 0.0
## Poa.annua                   0.08333333 0.0
## Poa.spp.                    0.02777778 0.0
## Polytrichum.commune         0.02777778 0.0
## Polytrichum.commune.agg.    0.02777778 0.0
## Polytrichum.formosum        0.02777778 0.0
## Potentilla.reptans          0.11111111 0.0
## Prunella.vulgaris           0.13888889 0.0
## Pseudoscleropidum.purum     0.19444444 0.2
## Pteridium.aquilinum         0.08333333 0.0
## Ranunculus.acris            0.02777778 0.0
## Ranunculus.repens           0.05555556 0.2
## Reseda.lutea                0.02777778 0.0
## Rhinanthus.minor            0.02777778 0.0
## Rhizomnium.punctatum        0.02777778 0.0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.30555556 0.4
## Rhytidadelphus.triquetris   0.05555556 0.0
## Rubus.fruticosus            0.05555556 0.0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.05555556 0.0
## Saniona.uncinata            0.05555556 0.0
## Sedum.anglicum              0.02777778 0.0
## Senecio.jacobaea            0.05555556 0.0
## Senecio.vulgaris            0.02777778 0.0
## Sonchus.arvensis            0.02777778 0.0
## Stachys.sylvatica           0.05555556 0.0
## Stellaria.apetala           0.02777778 0.0
## Taraxacum.agg.              0.25000000 0.4
## Thuidium.tamariscinum       0.08333333 0.0
## Thymus.polytrichus          0.16666667 0.4
## Trichostomum.crispulum      0.13888889 0.2
## Trifolium.campestre         0.16666667 0.2
## Trifolium.dubium            0.02777778 0.2
## Trifolium.pratense          0.11111111 0.0
## Trifolium.repens            0.11111111 0.2
## Trisetum.flavescens         0.11111111 0.0
## Tussilago.farfara           0.05555556 0.2
## Urtica.diocia               0.08333333 0.2
## Veronica.officinalis        0.02777778 0.0
## Vicia.sativa                0.02777778 0.0
## Viola.riviniana             0.02777778 0.0
## Weissia.controversa         0.02777778 0.0
## Zygodon.stirtonii           0.02777778 0.0
## 
## $relabu
##                                       1          5
## Agrostis.spp.               0.238095238 0.76190476
## Agrostis.canina             1.000000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           1.000000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         1.000000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         0.121951220 0.87804878
## Anthoxanthum.odoratum       1.000000000 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        1.000000000 0.00000000
## Aphanes.arvensis            1.000000000 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       1.000000000 0.00000000
## Atrichum.undulatum          1.000000000 0.00000000
## Avenula.pratensis           1.000000000 0.00000000
## Bellis.perennis             1.000000000 0.00000000
## Betula.pubescens            1.000000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.492957746 0.50704225
## Briza.media                 0.692599620 0.30740038
## Bromus.hordeaceus           1.000000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.000000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.162790698 0.83720930
## Bryum.capillare             1.000000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  1.000000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.300353357 0.69964664
## Calypogeia.arguta           0.486935867 0.51306413
## Campanula.rotundifolia      1.000000000 0.00000000
## Carex.distans               1.000000000 0.00000000
## Carex.flacca                1.000000000 0.00000000
## Carex.panicea               1.000000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.377969762 0.62203024
## Centaurea.nigra             1.000000000 0.00000000
## Centaurium.erythraea        1.000000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        1.000000000 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       1.000000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.433070866 0.56692913
## Chamaenerion.angustifolium  1.000000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.000000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             0.108359133 0.89164087
## Cirsium.palustre            1.000000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           1.000000000 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         1.000000000 0.00000000
## Dactylis.glomerata          0.730337079 0.26966292
## Dactylorhiza.fuchsii        1.000000000 0.00000000
## Danthonia.decumbens         1.000000000 0.00000000
## Daucus.carrota              1.000000000 0.00000000
## Dicranella.spp.             0.000000000 1.00000000
## Dicranum.scoparium          1.000000000 0.00000000
## Epilobium.montanum          1.000000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           0.671981777 0.32801822
## Equisteum.variegatum        1.000000000 0.00000000
## Erigeron.acer               1.000000000 0.00000000
## Euphrasia.agg               1.000000000 0.00000000
## Festuca.ovina               0.466520307 0.53347969
## Festuca.rubra               0.545483975 0.45451602
## Festuca.rubra.agg.          1.000000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         1.000000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      1.000000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            1.000000000 0.00000000
## Fissidens.exilis            0.000000000 1.00000000
## Fragaria.vesca              1.000000000 0.00000000
## Galium.aparine              1.000000000 0.00000000
## Galium.arvense              1.000000000 0.00000000
## Galium.saxatile             0.000000000 1.00000000
## Galium.verum                1.000000000 0.00000000
## Geum.urbanum                1.000000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          1.000000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          1.000000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       1.000000000 0.00000000
## Hieracium.spp.              1.000000000 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.462017435 0.53798257
## Holcus.lanatus              0.545454545 0.45454545
## Holcus.mollis               0.887412041 0.11258796
## Homalothecium.lutescens     0.008605852 0.99139415
## Hylocomium.splendens        1.000000000 0.00000000
## Hypericum.perforatum        1.000000000 0.00000000
## Hypnum.cupressiforme        0.294117647 0.70588235
## Hypnum.imponens             1.000000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          1.000000000 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        0.000000000 1.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.307692308 0.69230769
## Lathyrus.pratensis          1.000000000 0.00000000
## Leontodon.hispidus          1.000000000 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         1.000000000 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.930902111 0.06909789
## Linum.catharticum           1.000000000 0.00000000
## Lolium.perenne              1.000000000 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        1.000000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.757290687 0.24270931
## Luzula.multiflora           1.000000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         1.000000000 0.00000000
## Medicago.lupulina           1.000000000 0.00000000
## Myosotis.arvensis           0.151515152 0.84848485
## Ononis.repens               0.959021059 0.04097894
## Oxalis.acetosella           1.000000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            1.000000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.000000000 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.078793336 0.92120666
## Plantago.coronopus          0.546719682 0.45328032
## Plantago.lanceolata         1.000000000 0.00000000
## Pleurozium.schreberi        1.000000000 0.00000000
## Poa.annua                   1.000000000 0.00000000
## Poa.spp.                    1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        1.000000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          1.000000000 0.00000000
## Prunella.vulgaris           1.000000000 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.741626794 0.25837321
## Pteridium.aquilinum         1.000000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            1.000000000 0.00000000
## Ranunculus.repens           0.795454545 0.20454545
## Reseda.lutea                1.000000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            1.000000000 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        1.000000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.488454707 0.51154529
## Rhytidadelphus.triquetris   1.000000000 0.00000000
## Rubus.fruticosus            1.000000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.000000000 0.00000000
## Saniona.uncinata            1.000000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              1.000000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            1.000000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            1.000000000 0.00000000
## Sonchus.arvensis            1.000000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           1.000000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           1.000000000 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.604395604 0.39560440
## Thuidium.tamariscinum       1.000000000 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.714721122 0.28527888
## Trichostomum.crispulum      0.318416523 0.68158348
## Trifolium.campestre         0.654261705 0.34573830
## Trifolium.dubium            0.160142349 0.83985765
## Trifolium.pratense          1.000000000 0.00000000
## Trifolium.repens            0.259975816 0.74002418
## Trisetum.flavescens         1.000000000 0.00000000
## Tussilago.farfara           0.384615385 0.61538462
## Urtica.diocia               0.681818182 0.31818182
## Veronica.officinalis        1.000000000 0.00000000
## Vicia.sativa                1.000000000 0.00000000
## Viola.riviniana             1.000000000 0.00000000
## Weissia.controversa         1.000000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           1.000000000 0.00000000
## 
## $indval
##                                        1           5
## Agrostis.spp.               0.0462962963 0.152380952
## Agrostis.canina             0.0277777778 0.000000000
## Alchemilla.mollis           0.0277777778 0.000000000
## Alopercus.pratensis         0.0277777778 0.000000000
## Angelica.sylvestris         0.0033875339 0.175609756
## Anthoxanthum.odoratum       0.1666666667 0.000000000
## Anthyllis.vulneraria        0.1388888889 0.000000000
## Aphanes.arvensis            0.0833333333 0.000000000
## Arrhenatherum.elatius       0.2222222222 0.000000000
## Atrichum.undulatum          0.0555555556 0.000000000
## Avenula.pratensis           0.0277777778 0.000000000
## Bellis.perennis             0.3333333333 0.000000000
## Betula.pubescens            0.0277777778 0.000000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0277777778 0.000000000
## Brachythecium.albicans      0.0277777778 0.000000000
## Brachythecium.glareosum     0.0277777778 0.000000000
## Brachythecium.mildeanum     0.1111111111 0.000000000
## Brachythecium.rutabulum     0.0684663537 0.101408451
## Briza.media                 0.0384777567 0.061480076
## Bromus.hordeaceus           0.0277777778 0.000000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0277777778 0.000000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0090439276 0.167441860
## Bryum.capillare             0.0277777778 0.000000000
## Bryum.spp.                  0.0833333333 0.000000000
## Calliergonella.cupsidata    0.1084609344 0.279858657
## Calypogeia.arguta           0.0946819741 0.102612827
## Campanula.rotundifolia      0.0277777778 0.000000000
## Carex.distans               0.0555555556 0.000000000
## Carex.flacca                0.1944444444 0.000000000
## Carex.panicea               0.0277777778 0.000000000
## Carlina.vulgaris            0.0839932805 0.248812095
## Centaurea.nigra             0.0555555556 0.000000000
## Centaurium.erythraea        0.0555555556 0.000000000
## Centaurium.littorale        0.1111111111 0.000000000
## Centaurium.pulchellum       0.0277777778 0.000000000
## Cerastium.fontanum          0.0721784777 0.113385827
## Chamaenerion.angustifolium  0.0277777778 0.000000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0277777778 0.000000000
## Cirsium.arvense             0.0060199518 0.178328173
## Cirsium.palustre            0.0555555556 0.000000000
## Crepis.capillaris           0.0555555556 0.000000000
## Cynosurus.cristatus         0.0833333333 0.000000000
## Dactylis.glomerata          0.1014357054 0.053932584
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0555555556 0.000000000
## Danthonia.decumbens         0.0277777778 0.000000000
## Daucus.carrota              0.0555555556 0.000000000
## Dicranella.spp.             0.0000000000 0.200000000
## Dicranum.scoparium          0.1388888889 0.000000000
## Epilobium.montanum          0.0833333333 0.000000000
## Equisetum.arvense           0.0373323209 0.065603645
## Equisteum.variegatum        0.0277777778 0.000000000
## Erigeron.acer               0.0555555556 0.000000000
## Euphrasia.agg               0.3055555556 0.000000000
## Festuca.ovina               0.0777533846 0.106695939
## Festuca.rubra               0.2121326571 0.090903205
## Festuca.rubra.agg.          0.0277777778 0.000000000
## Filipendula.ulmaria         0.0833333333 0.000000000
## Fissidens.adianthoides      0.0277777778 0.000000000
## Fissidens.dubius            0.0555555556 0.000000000
## Fissidens.exilis            0.0000000000 0.200000000
## Fragaria.vesca              0.1666666667 0.000000000
## Galium.aparine              0.0277777778 0.000000000
## Galium.arvense              0.0277777778 0.000000000
## Galium.saxatile             0.0000000000 0.200000000
## Galium.verum                0.1111111111 0.000000000
## Geum.urbanum                0.0277777778 0.000000000
## Glechoma.hederacea          0.0277777778 0.000000000
## Helicotrichon.spp.          0.0277777778 0.000000000
## Heracleum.sphondylium       0.0833333333 0.000000000
## Hieracium.spp.              0.0277777778 0.000000000
## Holcus.spp.                 0.2438425349 0.215193026
## Holcus.lanatus              0.1666666667 0.090909091
## Holcus.mollis               0.1232516723 0.022517592
## Homalothecium.lutescens     0.0002390514 0.198278830
## Hylocomium.splendens        0.1944444444 0.000000000
## Hypericum.perforatum        0.1666666667 0.000000000
## Hypnum.cupressiforme        0.0735294118 0.141176471
## Hypnum.imponens             0.0277777778 0.000000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0833333333 0.000000000
## Hypochaeris.radicata        0.0000000000 0.200000000
## Kindbergia.praelonga        0.0427350427 0.138461538
## Lathyrus.pratensis          0.0833333333 0.000000000
## Leontodon.hispidus          0.1388888889 0.000000000
## Leontodon.saxatilis         0.0277777778 0.000000000
## Leucanthemum.vulgare        0.3361590958 0.013819578
## Linum.catharticum           0.1388888889 0.000000000
## Lolium.perenne              0.1111111111 0.000000000
## Lophocolea.semiteres        0.0277777778 0.000000000
## Lotus.corniculatus          0.3365736385 0.097083725
## Luzula.multiflora           0.0277777778 0.000000000
## Lysimachia.maritima         0.0555555556 0.000000000
## Medicago.lupulina           0.1388888889 0.000000000
## Myosotis.arvensis           0.0126262626 0.339393939
## Ononis.repens               0.1864763170 0.008195788
## Oxalis.acetosella           0.0277777778 0.000000000
## Pastinaca.sativa            0.0277777778 0.000000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0277777778 0.000000000
## Pillosella.officinarum      0.0196983341 0.552723998
## Plantago.coronopus          0.0455599735 0.090656064
## Plantago.lanceolata         0.3611111111 0.000000000
## Pleurozium.schreberi        0.1111111111 0.000000000
## Poa.annua                   0.0833333333 0.000000000
## Poa.spp.                    0.0277777778 0.000000000
## Polytrichum.commune         0.0277777778 0.000000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0277777778 0.000000000
## Polytrichum.formosum        0.0277777778 0.000000000
## Potentilla.reptans          0.1111111111 0.000000000
## Prunella.vulgaris           0.1388888889 0.000000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.1442052100 0.051674641
## Pteridium.aquilinum         0.0833333333 0.000000000
## Ranunculus.acris            0.0277777778 0.000000000
## Ranunculus.repens           0.0441919192 0.040909091
## Reseda.lutea                0.0277777778 0.000000000
## Rhinanthus.minor            0.0277777778 0.000000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0277777778 0.000000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.1492500493 0.204618117
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0555555556 0.000000000
## Rubus.fruticosus            0.0555555556 0.000000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0555555556 0.000000000
## Saniona.uncinata            0.0555555556 0.000000000
## Sedum.anglicum              0.0277777778 0.000000000
## Senecio.jacobaea            0.0555555556 0.000000000
## Senecio.vulgaris            0.0277777778 0.000000000
## Sonchus.arvensis            0.0277777778 0.000000000
## Stachys.sylvatica           0.0555555556 0.000000000
## Stellaria.apetala           0.0277777778 0.000000000
## Taraxacum.agg.              0.1510989011 0.158241758
## Thuidium.tamariscinum       0.0833333333 0.000000000
## Thymus.polytrichus          0.1191201869 0.114111551
## Trichostomum.crispulum      0.0442245171 0.136316695
## Trifolium.campestre         0.1090436174 0.069147659
## Trifolium.dubium            0.0044483986 0.167971530
## Trifolium.pratense          0.1111111111 0.000000000
## Trifolium.repens            0.0288862018 0.148004837
## Trisetum.flavescens         0.1111111111 0.000000000
## Tussilago.farfara           0.0213675214 0.123076923
## Urtica.diocia               0.0568181818 0.063636364
## Veronica.officinalis        0.0277777778 0.000000000
## Vicia.sativa                0.0277777778 0.000000000
## Viola.riviniana             0.0277777778 0.000000000
## Weissia.controversa         0.0277777778 0.000000000
## Zygodon.stirtonii           0.0277777778 0.000000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           2                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           2                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           2 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           2                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           2 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           2                           2 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           2                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           2                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           2                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           2 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           2 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           2 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           2 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           2 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           2 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           2                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           2                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           2 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           2                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           2 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           2                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           2 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           2 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           2 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           2 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           2                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.15238095                  0.02777778 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.17560976                  0.16666667 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.13888889                  0.08333333 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.22222222                  0.05555556 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.02777778                  0.33333333 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.11111111                  0.10140845 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.06148008                  0.02777778 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.02777778                  0.16744186 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.02777778                  0.08333333 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.27985866                  0.10261283 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.02777778                  0.05555556 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.19444444                  0.02777778 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.24881210                  0.05555556 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.05555556                  0.11111111 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.02777778                  0.11338583 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.17832817                  0.05555556 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.05555556                  0.08333333 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.10143571                  0.05555556 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.02777778                  0.05555556 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.20000000                  0.13888889 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.08333333                  0.06560364 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.02777778                  0.05555556 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.30555556                  0.10669594 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.21213266                  0.02777778 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.08333333                  0.02777778 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.05555556                  0.20000000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.16666667                  0.02777778 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.02777778                  0.20000000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.11111111                  0.02777778 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.08333333                  0.02777778 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.24384253                  0.16666667 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.12325167                  0.19827883 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.19444444                  0.16666667 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.14117647                  0.02777778 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.08333333                  0.20000000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.13846154                  0.08333333 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.13888889                  0.02777778 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.33615910                  0.13888889 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.11111111                  0.02777778 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.33657364                  0.02777778 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.05555556                  0.13888889 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.33939394                  0.18647632 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.02777778                  0.55272400 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.09065606                  0.36111111 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.11111111                  0.08333333 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.11111111                  0.13888889 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.14420521                  0.08333333 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.02777778                  0.04419192 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.02777778                  0.20461812 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.05555556                  0.05555556 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.05555556                  0.05555556 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.02777778                  0.05555556 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.05555556                  0.02777778 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.15824176                  0.08333333 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.11912019                  0.13631670 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.10904362                  0.16797153 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.11111111                  0.14800484 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.11111111                  0.12307692 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.06363636                  0.02777778 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.02777778                  0.02777778 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.793                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       0.242                       0.564 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.801                       0.906 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.429                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.263 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       0.820                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       0.888                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       0.213 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.536                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.522                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.465                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       0.901 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.667 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       0.139                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.928                       0.880 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       0.112                       0.692 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       0.892                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.382                       0.889 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.807                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       0.145 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.604                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       0.125 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.811                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.970                       0.879 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.862                       0.120 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.568                       0.533 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.888                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       0.915                       0.137 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       0.786                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       0.782                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.337                       0.870 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       0.734                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.468                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       0.903                       0.668 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       0.048                       0.675 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.022 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.901                       0.245 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.904                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.738                       0.684 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.729                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.725 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.887                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.948                       0.713 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.951                       0.254 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       0.821                       0.243 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.717                       0.235 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#In the PericlaseIndvalsummary, only Pilosella officinarum is reported as an indicator #species. It has an indval number of 0.553 and a low p value of 0.019. Therefore, Pilosella #officinarum is the indicator species for Periclase.

#So far, the tests carried out have been for some of the most common minerals in the #samples. It will be interesting to see whether or not indicator species can be reported #for minerals which were much less commonly recorded on the study sites, including minerals #that were recorded only once in any one of the study sites.

#Looking at Akermanite….

clustAkermanite <-cut(PlantChemistry1$Akermanite, 5, labels=FALSE)
AkermaniteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAkermanite, type= "long")
gr <- AkermaniteIndval$maxcls[AkermaniteIndval$pval<=0.05]
iv <- AkermaniteIndval$indcls[AkermaniteIndval$pval<=0.05]
pv <- AkermaniteIndval$pval[AkermaniteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[AkermaniteIndval$pval<=0.05]
AkermaniteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
AkermaniteIndvalsummary <- AkermaniteIndvalsummary[order(AkermaniteIndvalsummary$group, 
                                                           -AkermaniteIndvalsummary$indval),]
print(AkermaniteIndvalsummary)
##                   group    indval pvalue freq
## Linum.catharticum     2 0.6262172  0.008    4
## Carlina.vulgaris      2 0.6007905  0.032    2
## Euphrasia.agg         2 0.5929615  0.024    7
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAkermanite))
##                   cluster indicator_value probability
## Linum.catharticum       2          0.6262       0.009
## Carlina.vulgaris        2          0.6008       0.016
## Euphrasia.agg           2          0.5930       0.015
## 
## Sum of probabilities                 =  116.799 
## 
## Sum of Indicator Values              =  17.58 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  1.82 
## 
## Number of Significant Indicators     =  3 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 3
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAkermanite))
## $relfrq
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               0.21052632 0.0000000
## Agrostis.canina             0.02631579 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.02631579 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.02631579 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.05263158 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.15789474 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.13157895 0.0000000
## Aphanes.arvensis            0.07894737 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.18421053 0.3333333
## Atrichum.undulatum          0.05263158 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.02631579 0.0000000
## Bellis.perennis             0.31578947 0.0000000
## Betula.pubescens            0.02631579 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.02631579 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.02631579 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.02631579 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.10526316 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.15789474 0.0000000
## Briza.media                 0.07894737 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           0.02631579 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.02631579 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.05263158 0.3333333
## Bryum.capillare             0.02631579 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.07894737 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.39473684 0.0000000
## Calypogeia.arguta           0.21052632 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.02631579 0.0000000
## Carex.distans               0.05263158 0.0000000
## Carex.flacca                0.15789474 0.3333333
## Carex.panicea               0.02631579 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.21052632 0.6666667
## Centaurea.nigra             0.05263158 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.05263158 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.07894737 0.3333333
## Centaurium.pulchellum       0.02631579 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.15789474 0.3333333
## Chamaenerion.angustifolium  0.02631579 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.02631579 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.07894737 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.05263158 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.05263158 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.07894737 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.13157895 0.3333333
## Dactylorhiza.fuchsii        0.05263158 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.02631579 0.0000000
## Daucus.carrota              0.05263158 0.0000000
## Dicranella.spp.             0.02631579 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.13157895 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.07894737 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.07894737 0.0000000
## Equisteum.variegatum        0.02631579 0.0000000
## Erigeron.acer               0.05263158 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.23684211 0.6666667
## Festuca.ovina               0.15789474 0.3333333
## Festuca.rubra               0.36842105 0.3333333
## Festuca.rubra.agg.          0.02631579 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.07894737 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.02631579 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.05263158 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.02631579 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.15789474 0.0000000
## Galium.aparine              0.02631579 0.0000000
## Galium.arvense              0.02631579 0.0000000
## Galium.saxatile             0.00000000 0.3333333
## Galium.verum                0.10526316 0.0000000
## Geum.urbanum                0.02631579 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.02631579 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.02631579 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.07894737 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.02631579 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.47368421 1.0000000
## Holcus.lanatus              0.31578947 0.0000000
## Holcus.mollis               0.15789474 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.02631579 0.3333333
## Hylocomium.splendens        0.18421053 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.15789474 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.23684211 0.3333333
## Hypnum.imponens             0.02631579 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.07894737 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.02631579 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.15789474 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.07894737 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.10526316 0.3333333
## Leontodon.saxatilis         0.02631579 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.36842105 0.0000000
## Linum.catharticum           0.07894737 0.6666667
## Lolium.perenne              0.10526316 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.02631579 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.44736842 0.3333333
## Luzula.multiflora           0.02631579 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.05263158 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.13157895 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.10526316 0.3333333
## Ononis.repens               0.18421053 0.3333333
## Oxalis.acetosella           0.02631579 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.02631579 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.02631579 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.26315789 0.6666667
## Plantago.coronopus          0.07894737 0.3333333
## Plantago.lanceolata         0.28947368 0.6666667
## Pleurozium.schreberi        0.10526316 0.0000000
## Poa.annua                   0.07894737 0.0000000
## Poa.spp.                    0.02631579 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.02631579 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.02631579 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.02631579 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.10526316 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.10526316 0.3333333
## Pseudoscleropidum.purum     0.18421053 0.3333333
## Pteridium.aquilinum         0.07894737 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.02631579 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.07894737 0.0000000
## Reseda.lutea                0.02631579 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.02631579 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.02631579 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.28947368 0.6666667
## Rhytidadelphus.triquetris   0.05263158 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.05263158 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.05263158 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.05263158 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.02631579 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.05263158 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.02631579 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.02631579 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.05263158 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.02631579 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.23684211 0.6666667
## Thuidium.tamariscinum       0.07894737 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.18421053 0.3333333
## Trichostomum.crispulum      0.13157895 0.3333333
## Trifolium.campestre         0.18421053 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.02631579 0.3333333
## Trifolium.pratense          0.07894737 0.3333333
## Trifolium.repens            0.13157895 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.10526316 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.07894737 0.0000000
## Urtica.diocia               0.07894737 0.3333333
## Veronica.officinalis        0.02631579 0.0000000
## Vicia.sativa                0.02631579 0.0000000
## Viola.riviniana             0.02631579 0.0000000
## Weissia.controversa         0.02631579 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.02631579 0.0000000
## 
## $relabu
##                                       1         5
## Agrostis.spp.               1.000000000 0.0000000
## Agrostis.canina             1.000000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.000000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         1.000000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         1.000000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.000000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        1.000000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            1.000000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.836909871 0.1630901
## Atrichum.undulatum          1.000000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.000000000 0.0000000
## Bellis.perennis             1.000000000 0.0000000
## Betula.pubescens            1.000000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.000000000 0.0000000
## Briza.media                 1.000000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           1.000000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.000000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.073170732 0.9268293
## Bryum.capillare             1.000000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.000000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    1.000000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           1.000000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      1.000000000 0.0000000
## Carex.distans               1.000000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.886056972 0.1139430
## Carex.panicea               1.000000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.098814229 0.9011858
## Centaurea.nigra             1.000000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.000000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.506493506 0.4935065
## Centaurium.pulchellum       1.000000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.486486486 0.5135135
## Chamaenerion.angustifolium  1.000000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.000000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.000000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.000000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.000000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         1.000000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.362416107 0.6375839
## Dactylorhiza.fuchsii        1.000000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.000000000 0.0000000
## Daucus.carrota              1.000000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             1.000000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.000000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          1.000000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           1.000000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.000000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.000000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.110557769 0.8894422
## Festuca.ovina               0.332031250 0.6679688
## Festuca.rubra               0.450722733 0.5492773
## Festuca.rubra.agg.          1.000000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.000000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.000000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.000000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.000000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.000000000 0.0000000
## Galium.aparine              1.000000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.000000000 0.0000000
## Galium.saxatile             0.000000000 1.0000000
## Galium.verum                1.000000000 0.0000000
## Geum.urbanum                1.000000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.000000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.000000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.000000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              1.000000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.323803967 0.6761960
## Holcus.lanatus              1.000000000 0.0000000
## Holcus.mollis               1.000000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.004909984 0.9950900
## Hylocomium.splendens        1.000000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.000000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.415384615 0.5846154
## Hypnum.imponens             1.000000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.000000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.000000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.000000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.000000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.108078603 0.8919214
## Leontodon.saxatilis         1.000000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        1.000000000 0.0000000
## Linum.catharticum           0.060674157 0.9393258
## Lolium.perenne              1.000000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        1.000000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.796082640 0.2039174
## Luzula.multiflora           1.000000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.000000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.000000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.116279070 0.8837209
## Ononis.repens               0.930082797 0.0699172
## Oxalis.acetosella           1.000000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.000000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.000000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.296296296 0.7037037
## Plantago.coronopus          0.406737880 0.5932621
## Plantago.lanceolata         0.232323232 0.7676768
## Pleurozium.schreberi        1.000000000 0.0000000
## Poa.annua                   1.000000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.000000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.000000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.000000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.000000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.000000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.283018868 0.7169811
## Pseudoscleropidum.purum     0.620000000 0.3800000
## Pteridium.aquilinum         1.000000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.000000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.000000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.000000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.000000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.000000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.294990724 0.7050093
## Rhytidadelphus.triquetris   1.000000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.000000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.000000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.000000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.000000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.000000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.000000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.000000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.000000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.000000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.464788732 0.5352113
## Thuidium.tamariscinum       1.000000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.164737864 0.8352621
## Trichostomum.crispulum      0.355932203 0.6440678
## Trifolium.campestre         1.000000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.054377880 0.9456221
## Trifolium.pratense          0.029197080 0.9708029
## Trifolium.repens            1.000000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         1.000000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           1.000000000 0.0000000
## Urtica.diocia               0.549152542 0.4508475
## Veronica.officinalis        1.000000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.000000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.000000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.000000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.000000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                        1          5
## Agrostis.spp.               0.2105263158 0.00000000
## Agrostis.canina             0.0263157895 0.00000000
## Alchemilla.mollis           0.0263157895 0.00000000
## Alopercus.pratensis         0.0263157895 0.00000000
## Angelica.sylvestris         0.0526315789 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.1578947368 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        0.1315789474 0.00000000
## Aphanes.arvensis            0.0789473684 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       0.1541676079 0.05436338
## Atrichum.undulatum          0.0526315789 0.00000000
## Avenula.pratensis           0.0263157895 0.00000000
## Bellis.perennis             0.3157894737 0.00000000
## Betula.pubescens            0.0263157895 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0263157895 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.0263157895 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     0.0263157895 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     0.1052631579 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.1578947368 0.00000000
## Briza.media                 0.0789473684 0.00000000
## Bromus.hordeaceus           0.0263157895 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0263157895 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0038510911 0.30894309
## Bryum.capillare             0.0263157895 0.00000000
## Bryum.spp.                  0.0789473684 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.3947368421 0.00000000
## Calypogeia.arguta           0.2105263158 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      0.0263157895 0.00000000
## Carex.distans               0.0526315789 0.00000000
## Carex.flacca                0.1399037323 0.03798101
## Carex.panicea               0.0263157895 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.0208029956 0.60079051
## Centaurea.nigra             0.0526315789 0.00000000
## Centaurium.erythraea        0.0526315789 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.0399863295 0.16450216
## Centaurium.pulchellum       0.0263157895 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.0768136558 0.17117117
## Chamaenerion.angustifolium  0.0263157895 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0263157895 0.00000000
## Cirsium.arvense             0.0789473684 0.00000000
## Cirsium.palustre            0.0526315789 0.00000000
## Crepis.capillaris           0.0526315789 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         0.0789473684 0.00000000
## Dactylis.glomerata          0.0476863299 0.21252796
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0526315789 0.00000000
## Danthonia.decumbens         0.0263157895 0.00000000
## Daucus.carrota              0.0526315789 0.00000000
## Dicranella.spp.             0.0263157895 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.1315789474 0.00000000
## Epilobium.montanum          0.0789473684 0.00000000
## Equisetum.arvense           0.0789473684 0.00000000
## Equisteum.variegatum        0.0263157895 0.00000000
## Erigeron.acer               0.0526315789 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.0261847347 0.59296149
## Festuca.ovina               0.0524259868 0.22265625
## Festuca.rubra               0.1660557438 0.18309242
## Festuca.rubra.agg.          0.0263157895 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         0.0789473684 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      0.0263157895 0.00000000
## Fissidens.dubius            0.0526315789 0.00000000
## Fissidens.exilis            0.0263157895 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.1578947368 0.00000000
## Galium.aparine              0.0263157895 0.00000000
## Galium.arvense              0.0263157895 0.00000000
## Galium.saxatile             0.0000000000 0.33333333
## Galium.verum                0.1052631579 0.00000000
## Geum.urbanum                0.0263157895 0.00000000
## Glechoma.hederacea          0.0263157895 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          0.0263157895 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       0.0789473684 0.00000000
## Hieracium.spp.              0.0263157895 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.1533808266 0.67619603
## Holcus.lanatus              0.3157894737 0.00000000
## Holcus.mollis               0.1578947368 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     0.0001292101 0.33169667
## Hylocomium.splendens        0.1842105263 0.00000000
## Hypericum.perforatum        0.1578947368 0.00000000
## Hypnum.cupressiforme        0.0983805668 0.19487179
## Hypnum.imponens             0.0263157895 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0789473684 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        0.0263157895 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.1578947368 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          0.0789473684 0.00000000
## Leontodon.hispidus          0.0113766950 0.29730713
## Leontodon.saxatilis         0.0263157895 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.3684210526 0.00000000
## Linum.catharticum           0.0047900651 0.62621723
## Lolium.perenne              0.1052631579 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        0.0263157895 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.3561422338 0.06797245
## Luzula.multiflora           0.0263157895 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.0526315789 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.1315789474 0.00000000
## Myosotis.arvensis           0.0122399021 0.29457364
## Ononis.repens               0.1713310415 0.02330573
## Oxalis.acetosella           0.0263157895 0.00000000
## Pastinaca.sativa            0.0263157895 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0263157895 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.0779727096 0.46913580
## Plantago.coronopus          0.0321108853 0.19775404
## Plantago.lanceolata         0.0672514620 0.51178451
## Pleurozium.schreberi        0.1052631579 0.00000000
## Poa.annua                   0.0789473684 0.00000000
## Poa.spp.                    0.0263157895 0.00000000
## Polytrichum.commune         0.0263157895 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0263157895 0.00000000
## Polytrichum.formosum        0.0263157895 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.1052631579 0.00000000
## Prunella.vulgaris           0.0297914598 0.23899371
## Pseudoscleropidum.purum     0.1142105263 0.12666667
## Pteridium.aquilinum         0.0789473684 0.00000000
## Ranunculus.acris            0.0263157895 0.00000000
## Ranunculus.repens           0.0789473684 0.00000000
## Reseda.lutea                0.0263157895 0.00000000
## Rhinanthus.minor            0.0263157895 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0263157895 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.0853920516 0.47000618
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0526315789 0.00000000
## Rubus.fruticosus            0.0526315789 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0526315789 0.00000000
## Saniona.uncinata            0.0526315789 0.00000000
## Sedum.anglicum              0.0263157895 0.00000000
## Senecio.jacobaea            0.0526315789 0.00000000
## Senecio.vulgaris            0.0263157895 0.00000000
## Sonchus.arvensis            0.0263157895 0.00000000
## Stachys.sylvatica           0.0526315789 0.00000000
## Stellaria.apetala           0.0263157895 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.1100815419 0.35680751
## Thuidium.tamariscinum       0.0789473684 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.0303464486 0.27842071
## Trichostomum.crispulum      0.0468331847 0.21468927
## Trifolium.campestre         0.1842105263 0.00000000
## Trifolium.dubium            0.0014309968 0.31520737
## Trifolium.pratense          0.0023050327 0.32360097
## Trifolium.repens            0.1315789474 0.00000000
## Trisetum.flavescens         0.1052631579 0.00000000
## Tussilago.farfara           0.0789473684 0.00000000
## Urtica.diocia               0.0433541481 0.15028249
## Veronica.officinalis        0.0263157895 0.00000000
## Vicia.sativa                0.0263157895 0.00000000
## Viola.riviniana             0.0263157895 0.00000000
## Weissia.controversa         0.0263157895 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           0.0263157895 0.00000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           2 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           2                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           2 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           2                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           2 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           2                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           2 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           2                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           2 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           2                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           2 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           2                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           2 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           2                           2 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           2 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           2                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           2 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           2                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           2                           2 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           2 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           2                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           2                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.21052632                  0.02631579 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.05263158                  0.15789474 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.13157895                  0.07894737 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.15416761                  0.05263158 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.02631579                  0.31578947 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.10526316                  0.15789474 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.07894737                  0.02631579 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.02631579                  0.30894309 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.02631579                  0.07894737 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.39473684                  0.21052632 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.02631579                  0.05263158 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.13990373                  0.02631579 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.60079051                  0.05263158 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.05263158                  0.16450216 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.02631579                  0.17117117 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.07894737                  0.05263158 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.05263158                  0.07894737 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.21252796                  0.05263158 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.02631579                  0.05263158 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.02631579                  0.13157895 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.07894737                  0.07894737 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.02631579                  0.05263158 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.59296149                  0.22265625 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.18309242                  0.02631579 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.07894737                  0.02631579 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.05263158                  0.02631579 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.15789474                  0.02631579 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.02631579                  0.33333333 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.10526316                  0.02631579 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.07894737                  0.02631579 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.67619603                  0.31578947 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.15789474                  0.33169667 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.18421053                  0.15789474 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.19487179                  0.02631579 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.07894737                  0.02631579 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.15789474                  0.07894737 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.29730713                  0.02631579 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.36842105                  0.62621723 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.10526316                  0.02631579 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.35614223                  0.02631579 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.05263158                  0.13157895 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.29457364                  0.17133104 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.02631579                  0.46913580 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.19775404                  0.51178451 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.10526316                  0.07894737 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.10526316                  0.23899371 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.12666667                  0.07894737 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.02631579                  0.07894737 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.02631579                  0.47000618 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.05263158                  0.05263158 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.05263158                  0.05263158 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.02631579                  0.05263158 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.05263158                  0.02631579 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.35680751                  0.07894737 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.27842071                  0.21468927 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.18421053                  0.31520737 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.32360097                  0.13157895 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.10526316                  0.07894737 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.15028249                  0.02631579 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.02631579                  0.02631579 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.765                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       0.888 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.940                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.868                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.531 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       0.079 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.444                       0.785 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.876                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.013                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       0.244 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       1.000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.221                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.016                       0.205 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       1.000                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.937                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       0.072 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.851                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.057                       0.495 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.825                       0.075 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.904                       0.834 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.874                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       0.881                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       0.091                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.435                       0.013 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       0.872                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.658                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       0.751 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       0.102                       0.913 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.080 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.197                       0.102 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.946                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.934                       0.275 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       1.000                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.093 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.158                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.109                       0.339 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.793                       0.055 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       0.079                       0.869 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.805                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.211                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Holcus spp. in AkermaniteIndvalsummary has the highest indval value, of 0.676, and a low p #value of 0.041. Therefore, Holcus spp. is the indicator species for akermanite.

clustAluminium_oxide_hydroxide <-cut(PlantChemistry1$Aluminium_oxide_hydroxide, 5, 
                                     labels=FALSE)
Aluminium_oxide_hydroxideIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), 
                                          clustAluminium_oxide_hydroxide, type= "long")
gr <- Aluminium_oxide_hydroxideIndval$maxcls[Aluminium_oxide_hydroxideIndval$pval<=0.05]
iv <- Aluminium_oxide_hydroxideIndval$indcls[Aluminium_oxide_hydroxideIndval$pval<=0.05]
pv <- Aluminium_oxide_hydroxideIndval$pval[Aluminium_oxide_hydroxideIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[Aluminium_oxide_hydroxideIndval$pval<=0.05]
Aluminium_oxide_hydroxideIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
Aluminium_oxide_hydroxideIndvalsummary <- 
  Aluminium_oxide_hydroxideIndvalsummary[order(Aluminium_oxide_hydroxideIndvalsummary$group, 
                             -Aluminium_oxide_hydroxideIndvalsummary$indval),]
print(Aluminium_oxide_hydroxideIndvalsummary)
##                      group    indval pvalue freq
## Hypochaeris.radicata     2 1.0000000  0.028    6
## Trifolium.repens         2 0.9405256  0.041    4
## Briza.media              2 0.7114625  0.045    1
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAluminium_oxide_hydroxide))
##                      cluster indicator_value probability
## Hypochaeris.radicata       2          1.0000       0.024
## Cerastium.fontanum         2          0.8791       0.047
## 
## Sum of probabilities                 =  131.732 
## 
## Sum of Indicator Values              =  19.47 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  1.88 
## 
## Number of Significant Indicators     =  2 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 2
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAluminium_oxide_hydroxide))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.200 0
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.025 0
## Alopercus.pratensis         0.025 0
## Angelica.sylvestris         0.050 0
## Anthoxanthum.odoratum       0.150 0
## Anthyllis.vulneraria        0.125 0
## Aphanes.arvensis            0.075 0
## Arrhenatherum.elatius       0.200 0
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.025 0
## Bellis.perennis             0.300 0
## Betula.pubescens            0.025 0
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.100 0
## Brachythecium.rutabulum     0.150 0
## Briza.media                 0.050 1
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025 0
## Bryum.c.f..pallescens       0.075 0
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.075 0
## Calliergonella.cupsidata    0.350 1
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.025 0
## Carex.distans               0.050 0
## Carex.flacca                0.175 0
## Carex.panicea               0.025 0
## Carlina.vulgaris            0.250 0
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.100 0
## Centaurium.pulchellum       0.025 0
## Cerastium.fontanum          0.150 1
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.025 0
## Cirsium.arvense             0.075 0
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.050 0
## Cynosurus.cristatus         0.075 0
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.050 0
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.125 0
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.075 0
## Equisteum.variegatum        0.025 0
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.275 0
## Festuca.ovina               0.175 0
## Festuca.rubra               0.350 1
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.075 0
## Fissidens.adianthoides      0.025 0
## Fissidens.dubius            0.050 0
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.150 0
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.100 0
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.025 0
## Holcus.spp.                 0.500 1
## Holcus.lanatus              0.275 1
## Holcus.mollis               0.150 0
## Homalothecium.lutescens     0.050 0
## Hylocomium.splendens        0.175 0
## Hypericum.perforatum        0.150 0
## Hypnum.cupressiforme        0.250 0
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.000 1
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.075 0
## Leontodon.hispidus          0.125 0
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.325 1
## Linum.catharticum           0.125 0
## Lolium.perenne              0.100 0
## Lophocolea.semiteres        0.025 0
## Lotus.corniculatus          0.425 1
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.050 0
## Medicago.lupulina           0.125 0
## Myosotis.arvensis           0.125 0
## Ononis.repens               0.200 0
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.300 0
## Plantago.coronopus          0.100 0
## Plantago.lanceolata         0.325 0
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.075 0
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.100 0
## Prunella.vulgaris           0.125 0
## Pseudoscleropidum.purum     0.200 0
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.050 1
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325 0
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050 0
## Rubus.fruticosus            0.050 0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050 0
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.050 0
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.050 0
## Stellaria.apetala           0.025 0
## Taraxacum.agg.              0.275 0
## Thuidium.tamariscinum       0.075 0
## Thymus.polytrichus          0.200 0
## Trichostomum.crispulum      0.150 0
## Trifolium.campestre         0.150 1
## Trifolium.dubium            0.050 0
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.100 1
## Trisetum.flavescens         0.100 0
## Tussilago.farfara           0.075 0
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.025 0
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.025 0
## Zygodon.stirtonii           0.025 0
## 
## $relabu
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.0000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.00000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        1.00000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       1.00000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.0000000
## Bellis.perennis             1.00000000 0.0000000
## Betula.pubescens            1.00000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.00000000 0.0000000
## Briza.media                 0.28853755 0.7114625
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.00000000 0.0000000
## Bryum.capillare             1.00000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.15221580 0.8477842
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.0000000
## Carex.distans               1.00000000 0.0000000
## Carex.flacca                1.00000000 0.0000000
## Carex.panicea               1.00000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.12087912 0.8791209
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          1.00000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.0000000
## Daucus.carrota              1.00000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.00000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               1.00000000 0.0000000
## Festuca.ovina               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.17764892 0.8223511
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.00000000 0.0000000
## Galium.aparine              1.00000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.0000000
## Galium.verum                1.00000000 0.0000000
## Geum.urbanum                1.00000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.28876245 0.7112376
## Holcus.lanatus              0.17763158 0.8223684
## Holcus.mollis               1.00000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     1.00000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        1.00000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.00000000 1.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.70802920 0.2919708
## Linum.catharticum           1.00000000 0.0000000
## Lolium.perenne              1.00000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.44093778 0.5590622
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.00000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.00000000 0.0000000
## Ononis.repens               1.00000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      1.00000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         1.00000000 0.0000000
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.0000000
## Poa.annua                   1.00000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.00000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           1.00000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     1.00000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.41176471 0.5882353
## Reseda.lutea                1.00000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              1.00000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          1.00000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      1.00000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.25407925 0.7459207
## Trifolium.dubium            1.00000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.00000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.05947441 0.9405256
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.00000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                       1         5
## Agrostis.spp.               0.200000000 0.0000000
## Agrostis.canina             0.025000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.025000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.025000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.050000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.150000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.125000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            0.075000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.200000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          0.050000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.025000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.300000000 0.0000000
## Betula.pubescens            0.025000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.100000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.150000000 0.0000000
## Briza.media                 0.014426877 0.7114625
## Bromus.hordeaceus           0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.075000000 0.0000000
## Bryum.capillare             0.025000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.075000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.053275530 0.8477842
## Calypogeia.arguta           0.200000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.025000000 0.0000000
## Carex.distans               0.050000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.175000000 0.0000000
## Carex.panicea               0.025000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.250000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             0.050000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.050000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.100000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       0.025000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.018131868 0.8791209
## Chamaenerion.angustifolium  0.025000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.025000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.075000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.050000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.050000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.075000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.150000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.025000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.050000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             0.025000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.125000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.075000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.075000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        0.025000000 0.0000000
## Erigeron.acer               0.050000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.275000000 0.0000000
## Festuca.ovina               0.175000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.062177122 0.8223511
## Festuca.rubra.agg.          0.025000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.075000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.025000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.050000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.025000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.150000000 0.0000000
## Galium.aparine              0.025000000 0.0000000
## Galium.arvense              0.025000000 0.0000000
## Galium.saxatile             0.025000000 0.0000000
## Galium.verum                0.100000000 0.0000000
## Geum.urbanum                0.025000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.025000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.025000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.075000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.025000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.144381223 0.7112376
## Holcus.lanatus              0.048848684 0.8223684
## Holcus.mollis               0.150000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.050000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.175000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.150000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.250000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             0.025000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.075000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.000000000 1.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.150000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.075000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.125000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         0.025000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.230109489 0.2919708
## Linum.catharticum           0.125000000 0.0000000
## Lolium.perenne              0.100000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.025000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.187398557 0.5590622
## Luzula.multiflora           0.025000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.050000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.125000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.125000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.200000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           0.025000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.025000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.025000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.300000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          0.100000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.325000000 0.0000000
## Pleurozium.schreberi        0.100000000 0.0000000
## Poa.annua                   0.075000000 0.0000000
## Poa.spp.                    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.025000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.100000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.125000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.200000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         0.075000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.025000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.020588235 0.5882353
## Reseda.lutea                0.025000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.025000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.025000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.050000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.050000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.025000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.050000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.025000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.025000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.050000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.025000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.275000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       0.075000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.200000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      0.150000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.038111888 0.7459207
## Trifolium.dubium            0.050000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          0.100000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.005947441 0.9405256
## Trisetum.flavescens         0.100000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.075000000 0.0000000
## Urtica.diocia               0.100000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.025000000 0.0000000
## Vicia.sativa                0.025000000 0.0000000
## Viola.riviniana             0.025000000 0.0000000
## Weissia.controversa         0.025000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.025000000 0.0000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           2                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           2                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           2                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           2                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           2 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           2                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           2                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           2 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           2                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           2 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.2000000                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.0500000                   0.1500000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.1250000                   0.0750000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.2000000                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.1000000                   0.1500000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.7114625                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.8477842                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.1750000                   0.0250000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.2500000                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.1000000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   0.0250000                   0.8791209 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.0750000                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.0500000                   0.0750000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.1250000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.0750000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.2750000                   0.1750000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.8223511                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.1500000                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.7112376                   0.8223684 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.1750000                   0.1500000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.2500000                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   1.0000000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.0750000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.1250000                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.2919708                   0.1250000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.5590622                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.0500000                   0.1250000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.1250000                   0.2000000 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.1000000                   0.3250000 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.2000000                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.5882353 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.3250000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.0500000                   0.0500000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.0500000                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.2750000                   0.0750000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.2000000                   0.1500000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.7459207                   0.0500000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.9405256 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   0.0250000                   0.0250000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       1.000                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       1.000                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       1.000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       0.043                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.135                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.974                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       1.000                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.047 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.954                       1.000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.151                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       1.000                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.173                       0.114 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.975                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.977                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       1.000                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       0.023 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       1.000                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.211                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.902 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.872 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       1.000                       0.939 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       1.000                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       0.072 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       1.000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       1.000                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.128                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       0.052 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       1.000                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Hypochaeris radicata is reported as the indicator species for aluminium oxide hydroxide, #with a high indval number of 1 and a low p value of 0.028.

clustAnhydrite <-cut(PlantChemistry1$Anhydrite, 5, labels=FALSE)
AnhydriteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAnhydrite, type= "long")
gr <- AnhydriteIndval$maxcls[AnhydriteIndval$pval<=0.05]
iv <- AnhydriteIndval$indcls[AnhydriteIndval$pval<=0.05]
pv <- AnhydriteIndval$pval[AnhydriteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[AnhydriteIndval$pval<=0.05]
AnhydriteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
AnhydriteIndvalsummary <- AnhydriteIndvalsummary[order(AnhydriteIndvalsummary$group, 
                                                           -AnhydriteIndvalsummary$indval),]
print(AnhydriteIndvalsummary)
##                     group    indval pvalue freq
## Alchemilla.mollis       2 1.0000000  0.036    1
## Equisetum.arvense       2 0.9929078  0.024    1
## Tussilago.farfara       2 0.9884679  0.026    4
## Angelica.sylvestris     2 0.9756098  0.041    6
## Stachys.sylvatica       2 0.9756098  0.043    1
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAnhydrite))
##                     cluster indicator_value probability
## Alchemilla.mollis         2          1.0000       0.031
## Equisetum.arvense         2          0.9929       0.029
## Tussilago.farfara         2          0.9885       0.032
## Angelica.sylvestris       2          0.9756       0.034
## Senecio.jacobaea          2          0.9756       0.049
## Stachys.sylvatica         2          0.9756       0.049
## Cirsium.arvense           2          0.9357       0.050
## 
## Sum of probabilities                 =  127.979 
## 
## Sum of Indicator Values              =  23.75 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  6.84 
## 
## Number of Significant Indicators     =  7 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 7
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAnhydrite))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.175 1
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.000 1
## Alopercus.pratensis         0.025 0
## Angelica.sylvestris         0.025 1
## Anthoxanthum.odoratum       0.150 0
## Anthyllis.vulneraria        0.125 0
## Aphanes.arvensis            0.075 0
## Arrhenatherum.elatius       0.175 1
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.025 0
## Bellis.perennis             0.300 0
## Betula.pubescens            0.025 0
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.100 0
## Brachythecium.rutabulum     0.125 1
## Briza.media                 0.075 0
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025 0
## Bryum.c.f..pallescens       0.075 0
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.075 0
## Calliergonella.cupsidata    0.350 1
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.025 0
## Carex.distans               0.050 0
## Carex.flacca                0.175 0
## Carex.panicea               0.025 0
## Carlina.vulgaris            0.250 0
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.100 0
## Centaurium.pulchellum       0.025 0
## Cerastium.fontanum          0.175 0
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.025 0
## Cirsium.arvense             0.050 1
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.050 0
## Cynosurus.cristatus         0.075 0
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.050 0
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.125 0
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.050 1
## Equisteum.variegatum        0.025 0
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.275 0
## Festuca.ovina               0.175 0
## Festuca.rubra               0.375 0
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.050 1
## Fissidens.adianthoides      0.025 0
## Fissidens.dubius            0.050 0
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.150 0
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.100 0
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.025 0
## Holcus.spp.                 0.525 0
## Holcus.lanatus              0.300 0
## Holcus.mollis               0.125 1
## Homalothecium.lutescens     0.050 0
## Hylocomium.splendens        0.175 0
## Hypericum.perforatum        0.150 0
## Hypnum.cupressiforme        0.250 0
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.025 0
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.075 0
## Leontodon.hispidus          0.125 0
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.350 0
## Linum.catharticum           0.125 0
## Lolium.perenne              0.100 0
## Lophocolea.semiteres        0.025 0
## Lotus.corniculatus          0.450 0
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.050 0
## Medicago.lupulina           0.125 0
## Myosotis.arvensis           0.125 0
## Ononis.repens               0.200 0
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.300 0
## Plantago.coronopus          0.100 0
## Plantago.lanceolata         0.325 0
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.075 0
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.100 0
## Prunella.vulgaris           0.125 0
## Pseudoscleropidum.purum     0.200 0
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.075 0
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.300 1
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050 0
## Rubus.fruticosus            0.050 0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050 0
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.025 1
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.025 1
## Stellaria.apetala           0.025 0
## Taraxacum.agg.              0.275 0
## Thuidium.tamariscinum       0.075 0
## Thymus.polytrichus          0.200 0
## Trichostomum.crispulum      0.150 0
## Trifolium.campestre         0.175 0
## Trifolium.dubium            0.050 0
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.125 0
## Trisetum.flavescens         0.100 0
## Tussilago.farfara           0.050 1
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.025 0
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.025 0
## Zygodon.stirtonii           0.025 0
## 
## $relabu
##                                       1         5
## Agrostis.spp.               0.457013575 0.5429864
## Agrostis.canina             1.000000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.000000000 1.0000000
## Alopercus.pratensis         1.000000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.024390244 0.9756098
## Anthoxanthum.odoratum       1.000000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        1.000000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            1.000000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.279279279 0.7207207
## Atrichum.undulatum          1.000000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.000000000 0.0000000
## Bellis.perennis             1.000000000 0.0000000
## Betula.pubescens            1.000000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.148936170 0.8510638
## Briza.media                 1.000000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           1.000000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.000000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.000000000 0.0000000
## Bryum.capillare             1.000000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.000000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.298245614 0.7017544
## Calypogeia.arguta           1.000000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      1.000000000 0.0000000
## Carex.distans               1.000000000 0.0000000
## Carex.flacca                1.000000000 0.0000000
## Carex.panicea               1.000000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            1.000000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             1.000000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.000000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        1.000000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       1.000000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          1.000000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  1.000000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.000000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.064327485 0.9356725
## Cirsium.palustre            1.000000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.000000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         1.000000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          1.000000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.000000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.000000000 0.0000000
## Daucus.carrota              1.000000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             1.000000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.000000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          1.000000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.007092199 0.9929078
## Equisteum.variegatum        1.000000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.000000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               1.000000000 0.0000000
## Festuca.ovina               1.000000000 0.0000000
## Festuca.rubra               1.000000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          1.000000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.200000000 0.8000000
## Fissidens.adianthoides      1.000000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.000000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.000000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.000000000 0.0000000
## Galium.aparine              1.000000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.000000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.000000000 0.0000000
## Galium.verum                1.000000000 0.0000000
## Geum.urbanum                1.000000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.000000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.000000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.000000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              1.000000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 1.000000000 0.0000000
## Holcus.lanatus              1.000000000 0.0000000
## Holcus.mollis               0.239373602 0.7606264
## Homalothecium.lutescens     1.000000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        1.000000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.000000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        1.000000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             1.000000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.000000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.000000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.000000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.000000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          1.000000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         1.000000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        1.000000000 0.0000000
## Linum.catharticum           1.000000000 0.0000000
## Lolium.perenne              1.000000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        1.000000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          1.000000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           1.000000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.000000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.000000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.000000000 0.0000000
## Ononis.repens               1.000000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           1.000000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.000000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.000000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      1.000000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          1.000000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         1.000000000 0.0000000
## Pleurozium.schreberi        1.000000000 0.0000000
## Poa.annua                   1.000000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.000000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.000000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.000000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.000000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.000000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           1.000000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     1.000000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         1.000000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.000000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.000000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.000000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.000000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.000000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.166666667 0.8333333
## Rhytidadelphus.triquetris   1.000000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.000000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.000000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.000000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.000000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.024390244 0.9756098
## Senecio.vulgaris            1.000000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.000000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.024390244 0.9756098
## Stellaria.apetala           1.000000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              1.000000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       1.000000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          1.000000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      1.000000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         1.000000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            1.000000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.000000000 0.0000000
## Trifolium.repens            1.000000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         1.000000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.011532125 0.9884679
## Urtica.diocia               1.000000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.000000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.000000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.000000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.000000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.000000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                        1         5
## Agrostis.spp.               0.0799773756 0.5429864
## Agrostis.canina             0.0250000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.0000000000 1.0000000
## Alopercus.pratensis         0.0250000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.0006097561 0.9756098
## Anthoxanthum.odoratum       0.1500000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.1250000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            0.0750000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.0488738739 0.7207207
## Atrichum.undulatum          0.0500000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.0250000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.3000000000 0.0000000
## Betula.pubescens            0.0250000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0250000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.0250000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.0250000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.1000000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.0186170213 0.8510638
## Briza.media                 0.0750000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           0.0250000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0250000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0750000000 0.0000000
## Bryum.capillare             0.0250000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.0750000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.1043859649 0.7017544
## Calypogeia.arguta           0.2000000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.0250000000 0.0000000
## Carex.distans               0.0500000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.1750000000 0.0000000
## Carex.panicea               0.0250000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.2500000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             0.0500000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.0500000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.1000000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       0.0250000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.1750000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  0.0250000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0250000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.0032163743 0.9356725
## Cirsium.palustre            0.0500000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.0500000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.0750000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.1500000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0500000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.0250000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.0500000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             0.0250000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.1250000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.0750000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.0003546099 0.9929078
## Equisteum.variegatum        0.0250000000 0.0000000
## Erigeron.acer               0.0500000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.2750000000 0.0000000
## Festuca.ovina               0.1750000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.3750000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          0.0250000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.0100000000 0.8000000
## Fissidens.adianthoides      0.0250000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.0500000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.0250000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.1500000000 0.0000000
## Galium.aparine              0.0250000000 0.0000000
## Galium.arvense              0.0250000000 0.0000000
## Galium.saxatile             0.0250000000 0.0000000
## Galium.verum                0.1000000000 0.0000000
## Geum.urbanum                0.0250000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.0250000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.0250000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.0750000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.0250000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.5250000000 0.0000000
## Holcus.lanatus              0.3000000000 0.0000000
## Holcus.mollis               0.0299217002 0.7606264
## Homalothecium.lutescens     0.0500000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.1750000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.1500000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.2500000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             0.0250000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0750000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.0250000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.1500000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.0750000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.1250000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         0.0250000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.3500000000 0.0000000
## Linum.catharticum           0.1250000000 0.0000000
## Lolium.perenne              0.1000000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.0250000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.4500000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           0.0250000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.0500000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.1250000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.1250000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.2000000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           0.0250000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.0250000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0250000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.3000000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          0.1000000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.3250000000 0.0000000
## Pleurozium.schreberi        0.1000000000 0.0000000
## Poa.annua                   0.0750000000 0.0000000
## Poa.spp.                    0.0250000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.0250000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0250000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.0250000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.1000000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.1250000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.2000000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         0.0750000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.0250000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.0750000000 0.0000000
## Reseda.lutea                0.0250000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.0250000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0250000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.0500000000 0.8333333
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0500000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.0500000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0500000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.0500000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.0250000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.0006097561 0.9756098
## Senecio.vulgaris            0.0250000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.0250000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.0006097561 0.9756098
## Stellaria.apetala           0.0250000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.2750000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       0.0750000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.2000000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      0.1500000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.1750000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.0500000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          0.1000000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.1250000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.1000000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.0005766063 0.9884679
## Urtica.diocia               0.1000000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.0250000000 0.0000000
## Vicia.sativa                0.0250000000 0.0000000
## Viola.riviniana             0.0250000000 0.0000000
## Weissia.controversa         0.0250000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.0250000000 0.0000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           2                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           2                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           2                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           2                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           2 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           2                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           2                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           2 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           2                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           2                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           2 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           2 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           2                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           2 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.5429864                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   1.0000000                   0.0250000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.9756098                   0.1500000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.1250000                   0.0750000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.7207207                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.1000000                   0.8510638 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.7017544                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.1750000                   0.0250000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.2500000                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.1000000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   0.0250000                   0.1750000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.9356725                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.0500000                   0.0750000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.1250000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.9929078 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.2750000                   0.1750000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.3750000                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.8000000                   0.0250000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.1500000                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.5250000                   0.3000000 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.7606264                   0.0500000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.1750000                   0.1500000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.2500000                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.0750000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.1250000                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.3500000                   0.1250000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.4500000                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.0500000                   0.1250000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.1250000                   0.2000000 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.1000000                   0.3250000 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.2000000                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.8333333 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.0500000                   0.0500000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.0500000                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.9756098 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.9756098                   0.0250000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.2750000                   0.0750000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.2000000                   0.1500000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.1750000                   0.0500000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.1000000                   0.9884679 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   0.0250000                   0.0250000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.153                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       0.023                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       0.046                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.095                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       1.000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       0.134 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.175                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.981                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       1.000                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       1.000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       0.043                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       0.030 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.949                       1.000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.901                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       0.087                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       1.000                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.792                       0.949 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.090                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.972                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       1.000                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.936                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.787                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.894 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.862 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       1.000                       0.929 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       1.000                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.117 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       0.051 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       0.039                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       1.000                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       1.000                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       1.000                       0.029 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Alchemilla mollis, indval value of 1 and p value of 0.029 is the indicator species for #Anhydrite.

clustAragonite <-cut(PlantChemistry1$Aragonite, 5, labels=FALSE)
AragoniteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAragonite, type= "long")
gr <- AragoniteIndval$maxcls[AragoniteIndval$pval<=0.05]
iv <- AragoniteIndval$indcls[AragoniteIndval$pval<=0.05]
pv <- AragoniteIndval$pval[AragoniteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[AragoniteIndval$pval<=0.05]
AragoniteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
AragoniteIndvalsummary <- AragoniteIndvalsummary[order(AragoniteIndvalsummary$group, 
                                                       -AragoniteIndvalsummary$indval),]
print(AragoniteIndvalsummary)
##                group    indval pvalue freq
## Daucus.carrota     2 0.9523810  0.042    1
## Holcus.spp.        2 0.8078818  0.043   12
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAragonite))
##                cluster indicator_value probability
## Daucus.carrota       2          0.9524       0.041
## Holcus.spp.          2          0.8079       0.042
## Lolium.perenne       2          0.6920       0.049
## 
## Sum of probabilities                 =  133.334 
## 
## Sum of Indicator Values              =  17.58 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  2.45 
## 
## Number of Significant Indicators     =  3 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 3
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAragonite))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.200 0
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.025 0
## Alopercus.pratensis         0.025 0
## Angelica.sylvestris         0.050 0
## Anthoxanthum.odoratum       0.150 0
## Anthyllis.vulneraria        0.125 0
## Aphanes.arvensis            0.075 0
## Arrhenatherum.elatius       0.175 1
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.025 0
## Bellis.perennis             0.300 0
## Betula.pubescens            0.025 0
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.100 0
## Brachythecium.rutabulum     0.150 0
## Briza.media                 0.075 0
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025 0
## Bryum.c.f..pallescens       0.075 0
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.075 0
## Calliergonella.cupsidata    0.375 0
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.025 0
## Carex.distans               0.050 0
## Carex.flacca                0.175 0
## Carex.panicea               0.025 0
## Carlina.vulgaris            0.250 0
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.100 0
## Centaurium.pulchellum       0.025 0
## Cerastium.fontanum          0.175 0
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.025 0
## Cirsium.arvense             0.075 0
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.050 0
## Cynosurus.cristatus         0.075 0
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.025 1
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.125 0
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.075 0
## Equisteum.variegatum        0.025 0
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.250 1
## Festuca.ovina               0.175 0
## Festuca.rubra               0.350 1
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.075 0
## Fissidens.adianthoides      0.025 0
## Fissidens.dubius            0.050 0
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.150 0
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.075 1
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.025 0
## Holcus.spp.                 0.500 1
## Holcus.lanatus              0.275 1
## Holcus.mollis               0.125 1
## Homalothecium.lutescens     0.050 0
## Hylocomium.splendens        0.175 0
## Hypericum.perforatum        0.150 0
## Hypnum.cupressiforme        0.250 0
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.025 0
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.075 0
## Leontodon.hispidus          0.125 0
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.350 0
## Linum.catharticum           0.125 0
## Lolium.perenne              0.075 1
## Lophocolea.semiteres        0.025 0
## Lotus.corniculatus          0.425 1
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.050 0
## Medicago.lupulina           0.125 0
## Myosotis.arvensis           0.125 0
## Ononis.repens               0.200 0
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.300 0
## Plantago.coronopus          0.100 0
## Plantago.lanceolata         0.325 0
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.075 0
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.100 0
## Prunella.vulgaris           0.125 0
## Pseudoscleropidum.purum     0.200 0
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.075 0
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325 0
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050 0
## Rubus.fruticosus            0.050 0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050 0
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.050 0
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.050 0
## Stellaria.apetala           0.025 0
## Taraxacum.agg.              0.275 0
## Thuidium.tamariscinum       0.075 0
## Thymus.polytrichus          0.200 0
## Trichostomum.crispulum      0.150 0
## Trifolium.campestre         0.175 0
## Trifolium.dubium            0.050 0
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.125 0
## Trisetum.flavescens         0.100 0
## Tussilago.farfara           0.075 0
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.025 0
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.025 0
## Zygodon.stirtonii           0.025 0
## 
## $relabu
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.0000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.00000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        1.00000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.23371648 0.7662835
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.0000000
## Bellis.perennis             1.00000000 0.0000000
## Betula.pubescens            1.00000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.00000000 0.0000000
## Briza.media                 1.00000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.00000000 0.0000000
## Bryum.capillare             1.00000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    1.00000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.0000000
## Carex.distans               1.00000000 0.0000000
## Carex.flacca                1.00000000 0.0000000
## Carex.panicea               1.00000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          1.00000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          1.00000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.04761905 0.9523810
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.00000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.75000000 0.2500000
## Festuca.ovina               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.16962025 0.8303797
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.00000000 0.0000000
## Galium.aparine              1.00000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.0000000
## Galium.verum                0.68750000 0.3125000
## Geum.urbanum                1.00000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.19211823 0.8078818
## Holcus.lanatus              0.54128440 0.4587156
## Holcus.mollis               0.35587762 0.6441224
## Homalothecium.lutescens     1.00000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        1.00000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.00000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        1.00000000 0.0000000
## Linum.catharticum           1.00000000 0.0000000
## Lolium.perenne              0.30795848 0.6920415
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.18857379 0.8114262
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.00000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.00000000 0.0000000
## Ononis.repens               1.00000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      1.00000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         1.00000000 0.0000000
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.0000000
## Poa.annua                   1.00000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.00000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           1.00000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     1.00000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.00000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              1.00000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          1.00000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      1.00000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         1.00000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            1.00000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.00000000 0.0000000
## Trifolium.repens            1.00000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.00000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                       1         5
## Agrostis.spp.               0.200000000 0.0000000
## Agrostis.canina             0.025000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.025000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.025000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.050000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.150000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.125000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            0.075000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.040900383 0.7662835
## Atrichum.undulatum          0.050000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.025000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.300000000 0.0000000
## Betula.pubescens            0.025000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.100000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.150000000 0.0000000
## Briza.media                 0.075000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.075000000 0.0000000
## Bryum.capillare             0.025000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.075000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.375000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           0.200000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.025000000 0.0000000
## Carex.distans               0.050000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.175000000 0.0000000
## Carex.panicea               0.025000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.250000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             0.050000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.050000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.100000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       0.025000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.175000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  0.025000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.025000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.075000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.050000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.050000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.075000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.150000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.025000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.001190476 0.9523810
## Dicranella.spp.             0.025000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.125000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.075000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.075000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        0.025000000 0.0000000
## Erigeron.acer               0.050000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.187500000 0.2500000
## Festuca.ovina               0.175000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.059367089 0.8303797
## Festuca.rubra.agg.          0.025000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.075000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.025000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.050000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.025000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.150000000 0.0000000
## Galium.aparine              0.025000000 0.0000000
## Galium.arvense              0.025000000 0.0000000
## Galium.saxatile             0.025000000 0.0000000
## Galium.verum                0.051562500 0.3125000
## Geum.urbanum                0.025000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.025000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.025000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.075000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.025000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.096059113 0.8078818
## Holcus.lanatus              0.148853211 0.4587156
## Holcus.mollis               0.044484702 0.6441224
## Homalothecium.lutescens     0.050000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.175000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.150000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.250000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             0.025000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.075000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.025000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.150000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.075000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.125000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         0.025000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.350000000 0.0000000
## Linum.catharticum           0.125000000 0.0000000
## Lolium.perenne              0.023096886 0.6920415
## Lophocolea.semiteres        0.025000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.080143863 0.8114262
## Luzula.multiflora           0.025000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.050000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.125000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.125000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.200000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           0.025000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.025000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.025000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.300000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          0.100000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.325000000 0.0000000
## Pleurozium.schreberi        0.100000000 0.0000000
## Poa.annua                   0.075000000 0.0000000
## Poa.spp.                    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.025000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.100000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.125000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.200000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         0.075000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.025000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.075000000 0.0000000
## Reseda.lutea                0.025000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.025000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.025000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.050000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.050000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.025000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.050000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.025000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.025000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.050000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.025000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.275000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       0.075000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.200000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      0.150000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.175000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.050000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          0.100000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.125000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.100000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.075000000 0.0000000
## Urtica.diocia               0.100000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.025000000 0.0000000
## Vicia.sativa                0.025000000 0.0000000
## Viola.riviniana             0.025000000 0.0000000
## Weissia.controversa         0.025000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.025000000 0.0000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           2                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           2 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           2                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           2                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           2                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           2                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           2                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           2                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.2000000                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.0500000                   0.1500000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.1250000                   0.0750000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.7662835                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.1000000                   0.1500000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.3750000                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.1750000                   0.0250000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.2500000                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.1000000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   0.0250000                   0.1750000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.0750000                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.0500000                   0.0750000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.9523810 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.1250000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.0750000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.2500000                   0.1750000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.8303797                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.1500000                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.3125000                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.8078818                   0.4587156 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.6441224                   0.0500000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.1750000                   0.1500000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.2500000                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.0750000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.1250000                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.3500000                   0.1250000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.6920415                   0.0250000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.8114262                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.0500000                   0.1250000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.1250000                   0.2000000 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.1000000                   0.3250000 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.2000000                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.3250000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.0500000                   0.0500000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.0500000                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.2750000                   0.0750000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.2000000                   0.1500000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.1750000                   0.0500000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   0.0250000                   0.0250000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       1.000                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.073                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       1.000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.914                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.973                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       1.000                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       1.000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       0.048 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       1.000                       1.000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.111                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.079                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.061                       0.232 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.104                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.978                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       1.000                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.925                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       0.051                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.106                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.904 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.889 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       1.000                       0.923 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       1.000                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       1.000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       1.000                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       1.000                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       1.000                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Daucus carrota is the indicator species for Aragonite, with a high indicator value of #0.9524 and a low p value of 0.042.

clustAugite <-cut(PlantChemistry1$Augite, 5, labels=FALSE)
AugiteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAugite, type= "long")
gr <- AugiteIndval$maxcls[AugiteIndval$pval<=0.05]
iv <- AugiteIndval$indcls[AugiteIndval$pval<=0.05]
pv <- AugiteIndval$pval[AugiteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[AugiteIndval$pval<=0.05]
AugiteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
AugiteIndvalsummary <- AugiteIndvalsummary[order(AugiteIndvalsummary$group, 
                                                       -AugiteIndvalsummary$indval),]
print(AugiteIndvalsummary)
##                      group    indval pvalue freq
## Briza.media              2 0.9969297  0.033    1
## Galium.verum             2 0.9750693  0.028    1
## Anthyllis.vulneraria     2 0.9451163  0.048    3
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAugite))
##                             cluster indicator_value probability
## Briza.media                       2          0.9969       0.026
## Galium.verum                      2          0.9751       0.027
## Anthyllis.vulneraria              2          0.9451       0.046
## Sanguisorba.minor.spp.minor       2          0.9217       0.046
## 
## Sum of probabilities                 =  131.496 
## 
## Sum of Indicator Values              =  19.94 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  3.84 
## 
## Number of Significant Indicators     =  4 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 4
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustAugite))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.200 0
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.025 0
## Alopercus.pratensis         0.025 0
## Angelica.sylvestris         0.050 0
## Anthoxanthum.odoratum       0.150 0
## Anthyllis.vulneraria        0.100 1
## Aphanes.arvensis            0.075 0
## Arrhenatherum.elatius       0.200 0
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.025 0
## Bellis.perennis             0.275 1
## Betula.pubescens            0.025 0
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.100 0
## Brachythecium.rutabulum     0.150 0
## Briza.media                 0.050 1
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025 0
## Bryum.c.f..pallescens       0.075 0
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.075 0
## Calliergonella.cupsidata    0.350 1
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.025 0
## Carex.distans               0.050 0
## Carex.flacca                0.175 0
## Carex.panicea               0.025 0
## Carlina.vulgaris            0.250 0
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.100 0
## Centaurium.pulchellum       0.025 0
## Cerastium.fontanum          0.150 1
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.025 0
## Cirsium.arvense             0.075 0
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.050 0
## Cynosurus.cristatus         0.075 0
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.050 0
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.125 0
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.075 0
## Equisteum.variegatum        0.025 0
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.250 1
## Festuca.ovina               0.175 0
## Festuca.rubra               0.350 1
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.075 0
## Fissidens.adianthoides      0.025 0
## Fissidens.dubius            0.050 0
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.150 0
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.075 1
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.025 0
## Holcus.spp.                 0.525 0
## Holcus.lanatus              0.275 1
## Holcus.mollis               0.150 0
## Homalothecium.lutescens     0.050 0
## Hylocomium.splendens        0.175 0
## Hypericum.perforatum        0.150 0
## Hypnum.cupressiforme        0.250 0
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.025 0
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.075 0
## Leontodon.hispidus          0.125 0
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.350 0
## Linum.catharticum           0.125 0
## Lolium.perenne              0.100 0
## Lophocolea.semiteres        0.025 0
## Lotus.corniculatus          0.425 1
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.050 0
## Medicago.lupulina           0.125 0
## Myosotis.arvensis           0.125 0
## Ononis.repens               0.200 0
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.300 0
## Plantago.coronopus          0.100 0
## Plantago.lanceolata         0.325 0
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.075 0
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.100 0
## Prunella.vulgaris           0.125 0
## Pseudoscleropidum.purum     0.200 0
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.075 0
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325 0
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050 0
## Rubus.fruticosus            0.050 0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.025 1
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.050 0
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.050 0
## Stellaria.apetala           0.025 0
## Taraxacum.agg.              0.250 1
## Thuidium.tamariscinum       0.075 0
## Thymus.polytrichus          0.200 0
## Trichostomum.crispulum      0.150 0
## Trifolium.campestre         0.150 1
## Trifolium.dubium            0.050 0
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.100 1
## Trisetum.flavescens         0.100 0
## Tussilago.farfara           0.075 0
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.025 0
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.025 0
## Zygodon.stirtonii           0.025 0
## 
## $relabu
##                                       1          5
## Agrostis.spp.               1.000000000 0.00000000
## Agrostis.canina             1.000000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           1.000000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         1.000000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         1.000000000 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.000000000 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        0.054883721 0.94511628
## Aphanes.arvensis            1.000000000 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       1.000000000 0.00000000
## Atrichum.undulatum          1.000000000 0.00000000
## Avenula.pratensis           1.000000000 0.00000000
## Bellis.perennis             0.633027523 0.36697248
## Betula.pubescens            1.000000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     1.000000000 0.00000000
## Briza.media                 0.003070255 0.99692975
## Bromus.hordeaceus           1.000000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.000000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.000000000 0.00000000
## Bryum.capillare             1.000000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  1.000000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.523809524 0.47619048
## Calypogeia.arguta           1.000000000 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      1.000000000 0.00000000
## Carex.distans               1.000000000 0.00000000
## Carex.flacca                1.000000000 0.00000000
## Carex.panicea               1.000000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            1.000000000 0.00000000
## Centaurea.nigra             1.000000000 0.00000000
## Centaurium.erythraea        1.000000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        1.000000000 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       1.000000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.230769231 0.76923077
## Chamaenerion.angustifolium  1.000000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.000000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             1.000000000 0.00000000
## Cirsium.palustre            1.000000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           1.000000000 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         1.000000000 0.00000000
## Dactylis.glomerata          1.000000000 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.000000000 0.00000000
## Danthonia.decumbens         1.000000000 0.00000000
## Daucus.carrota              1.000000000 0.00000000
## Dicranella.spp.             1.000000000 0.00000000
## Dicranum.scoparium          1.000000000 0.00000000
## Epilobium.montanum          1.000000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           1.000000000 0.00000000
## Equisteum.variegatum        1.000000000 0.00000000
## Erigeron.acer               1.000000000 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.160419790 0.83958021
## Festuca.ovina               1.000000000 0.00000000
## Festuca.rubra               0.903614458 0.09638554
## Festuca.rubra.agg.          1.000000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         1.000000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      1.000000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            1.000000000 0.00000000
## Fissidens.exilis            1.000000000 0.00000000
## Fragaria.vesca              1.000000000 0.00000000
## Galium.aparine              1.000000000 0.00000000
## Galium.arvense              1.000000000 0.00000000
## Galium.saxatile             1.000000000 0.00000000
## Galium.verum                0.024930748 0.97506925
## Geum.urbanum                1.000000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          1.000000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          1.000000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       1.000000000 0.00000000
## Hieracium.spp.              1.000000000 0.00000000
## Holcus.spp.                 1.000000000 0.00000000
## Holcus.lanatus              0.857142857 0.14285714
## Holcus.mollis               1.000000000 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     1.000000000 0.00000000
## Hylocomium.splendens        1.000000000 0.00000000
## Hypericum.perforatum        1.000000000 0.00000000
## Hypnum.cupressiforme        1.000000000 0.00000000
## Hypnum.imponens             1.000000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          1.000000000 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        1.000000000 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        1.000000000 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          1.000000000 0.00000000
## Leontodon.hispidus          1.000000000 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         1.000000000 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        1.000000000 0.00000000
## Linum.catharticum           1.000000000 0.00000000
## Lolium.perenne              1.000000000 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        1.000000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.579193454 0.42080655
## Luzula.multiflora           1.000000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         1.000000000 0.00000000
## Medicago.lupulina           1.000000000 0.00000000
## Myosotis.arvensis           1.000000000 0.00000000
## Ononis.repens               1.000000000 0.00000000
## Oxalis.acetosella           1.000000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            1.000000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.000000000 0.00000000
## Pillosella.officinarum      1.000000000 0.00000000
## Plantago.coronopus          1.000000000 0.00000000
## Plantago.lanceolata         1.000000000 0.00000000
## Pleurozium.schreberi        1.000000000 0.00000000
## Poa.annua                   1.000000000 0.00000000
## Poa.spp.                    1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        1.000000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          1.000000000 0.00000000
## Prunella.vulgaris           1.000000000 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     1.000000000 0.00000000
## Pteridium.aquilinum         1.000000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            1.000000000 0.00000000
## Ranunculus.repens           1.000000000 0.00000000
## Reseda.lutea                1.000000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            1.000000000 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        1.000000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   1.000000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.triquetris   1.000000000 0.00000000
## Rubus.fruticosus            1.000000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.078341014 0.92165899
## Saniona.uncinata            1.000000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              1.000000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            1.000000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            1.000000000 0.00000000
## Sonchus.arvensis            1.000000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           1.000000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           1.000000000 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.365079365 0.63492063
## Thuidium.tamariscinum       1.000000000 0.00000000
## Thymus.polytrichus          1.000000000 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      1.000000000 0.00000000
## Trifolium.campestre         0.097435897 0.90256410
## Trifolium.dubium            1.000000000 0.00000000
## Trifolium.pratense          1.000000000 0.00000000
## Trifolium.repens            0.259259259 0.74074074
## Trisetum.flavescens         1.000000000 0.00000000
## Tussilago.farfara           1.000000000 0.00000000
## Urtica.diocia               1.000000000 0.00000000
## Veronica.officinalis        1.000000000 0.00000000
## Vicia.sativa                1.000000000 0.00000000
## Viola.riviniana             1.000000000 0.00000000
## Weissia.controversa         1.000000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           1.000000000 0.00000000
## 
## $indval
##                                        1          5
## Agrostis.spp.               0.2000000000 0.00000000
## Agrostis.canina             0.0250000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           0.0250000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         0.0250000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         0.0500000000 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.1500000000 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        0.0054883721 0.94511628
## Aphanes.arvensis            0.0750000000 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       0.2000000000 0.00000000
## Atrichum.undulatum          0.0500000000 0.00000000
## Avenula.pratensis           0.0250000000 0.00000000
## Bellis.perennis             0.1740825688 0.36697248
## Betula.pubescens            0.0250000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0250000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.0250000000 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     0.0250000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     0.1000000000 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.1500000000 0.00000000
## Briza.media                 0.0001535127 0.99692975
## Bromus.hordeaceus           0.0250000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0250000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0750000000 0.00000000
## Bryum.capillare             0.0250000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  0.0750000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.1833333333 0.47619048
## Calypogeia.arguta           0.2000000000 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      0.0250000000 0.00000000
## Carex.distans               0.0500000000 0.00000000
## Carex.flacca                0.1750000000 0.00000000
## Carex.panicea               0.0250000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.2500000000 0.00000000
## Centaurea.nigra             0.0500000000 0.00000000
## Centaurium.erythraea        0.0500000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.1000000000 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       0.0250000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.0346153846 0.76923077
## Chamaenerion.angustifolium  0.0250000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0250000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             0.0750000000 0.00000000
## Cirsium.palustre            0.0500000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           0.0500000000 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         0.0750000000 0.00000000
## Dactylis.glomerata          0.1500000000 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0500000000 0.00000000
## Danthonia.decumbens         0.0250000000 0.00000000
## Daucus.carrota              0.0500000000 0.00000000
## Dicranella.spp.             0.0250000000 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.1250000000 0.00000000
## Epilobium.montanum          0.0750000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           0.0750000000 0.00000000
## Equisteum.variegatum        0.0250000000 0.00000000
## Erigeron.acer               0.0500000000 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.0401049475 0.83958021
## Festuca.ovina               0.1750000000 0.00000000
## Festuca.rubra               0.3162650602 0.09638554
## Festuca.rubra.agg.          0.0250000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         0.0750000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      0.0250000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            0.0500000000 0.00000000
## Fissidens.exilis            0.0250000000 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.1500000000 0.00000000
## Galium.aparine              0.0250000000 0.00000000
## Galium.arvense              0.0250000000 0.00000000
## Galium.saxatile             0.0250000000 0.00000000
## Galium.verum                0.0018698061 0.97506925
## Geum.urbanum                0.0250000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          0.0250000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          0.0250000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       0.0750000000 0.00000000
## Hieracium.spp.              0.0250000000 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.5250000000 0.00000000
## Holcus.lanatus              0.2357142857 0.14285714
## Holcus.mollis               0.1500000000 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     0.0500000000 0.00000000
## Hylocomium.splendens        0.1750000000 0.00000000
## Hypericum.perforatum        0.1500000000 0.00000000
## Hypnum.cupressiforme        0.2500000000 0.00000000
## Hypnum.imponens             0.0250000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0750000000 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        0.0250000000 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.1500000000 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          0.0750000000 0.00000000
## Leontodon.hispidus          0.1250000000 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         0.0250000000 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.3500000000 0.00000000
## Linum.catharticum           0.1250000000 0.00000000
## Lolium.perenne              0.1000000000 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        0.0250000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.2461572180 0.42080655
## Luzula.multiflora           0.0250000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.0500000000 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.1250000000 0.00000000
## Myosotis.arvensis           0.1250000000 0.00000000
## Ononis.repens               0.2000000000 0.00000000
## Oxalis.acetosella           0.0250000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            0.0250000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0250000000 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.3000000000 0.00000000
## Plantago.coronopus          0.1000000000 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.3250000000 0.00000000
## Pleurozium.schreberi        0.1000000000 0.00000000
## Poa.annua                   0.0750000000 0.00000000
## Poa.spp.                    0.0250000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         0.0250000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0250000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        0.0250000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.1000000000 0.00000000
## Prunella.vulgaris           0.1250000000 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.2000000000 0.00000000
## Pteridium.aquilinum         0.0750000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            0.0250000000 0.00000000
## Ranunculus.repens           0.0750000000 0.00000000
## Reseda.lutea                0.0250000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            0.0250000000 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0250000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.3250000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0500000000 0.00000000
## Rubus.fruticosus            0.0500000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0019585253 0.92165899
## Saniona.uncinata            0.0500000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              0.0250000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            0.0500000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            0.0250000000 0.00000000
## Sonchus.arvensis            0.0250000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           0.0500000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           0.0250000000 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.0912698413 0.63492063
## Thuidium.tamariscinum       0.0750000000 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.2000000000 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      0.1500000000 0.00000000
## Trifolium.campestre         0.0146153846 0.90256410
## Trifolium.dubium            0.0500000000 0.00000000
## Trifolium.pratense          0.1000000000 0.00000000
## Trifolium.repens            0.0259259259 0.74074074
## Trisetum.flavescens         0.1000000000 0.00000000
## Tussilago.farfara           0.0750000000 0.00000000
## Urtica.diocia               0.1000000000 0.00000000
## Veronica.officinalis        0.0250000000 0.00000000
## Vicia.sativa                0.0250000000 0.00000000
## Viola.riviniana             0.0250000000 0.00000000
## Weissia.controversa         0.0250000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           0.0250000000 0.00000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           2                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           2 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           2                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           2                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           2                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           2                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           2                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           2                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           2                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           2 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.2000000                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.0500000                   0.1500000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.9451163                   0.0750000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.2000000                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   0.0250000                   0.3669725 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.1000000                   0.1500000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.9969297                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.4761905                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.1750000                   0.0250000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.2500000                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.1000000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   0.0250000                   0.7692308 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.0750000                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.0500000                   0.0750000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.1250000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.0750000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.8395802                   0.1750000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.3162651                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.1500000                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.9750693                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.5250000                   0.2357143 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.1750000                   0.1500000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.2500000                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.0750000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.1250000                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.3500000                   0.1250000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.4208065                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.0500000                   0.1250000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.1250000                   0.2000000 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.1000000                   0.3250000 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.2000000                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.3250000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.0500000                   0.0500000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.9216590                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.6349206                   0.0750000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.2000000                   0.1500000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.9025641                   0.0500000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.7407407 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   0.0250000                   0.0250000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       1.000                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.051                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       1.000                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.278 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       0.022                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.273                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.974                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       1.000                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.169 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.080                       1.000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.916                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.031                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.771                       1.000 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.980                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.970                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       1.000                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.929                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.845                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.878 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.867 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       1.000                       0.930 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       1.000                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       1.000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       0.046                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.288                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       1.000                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.050                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       0.072 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       1.000                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Briza media has a high indval value of 0.997 and a low p value of 0.023, making it the #indicator species for Augite.

clustBiotite <-cut(PlantChemistry1$Biotite, 5, labels=FALSE)
BiotiteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustBiotite, type= "long")
gr <- BiotiteIndval$maxcls[BiotiteIndval$pval<=0.05]
iv <- BiotiteIndval$indcls[BiotiteIndval$pval<=0.05]
pv <- BiotiteIndval$pval[BiotiteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[BiotiteIndval$pval<=0.05]
BiotiteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
BiotiteIndvalsummary <- BiotiteIndvalsummary[order(BiotiteIndvalsummary$group, 
                                                 -BiotiteIndvalsummary$indval),]
print(BiotiteIndvalsummary)
##                           group    indval pvalue freq
## Rhytidadelphus.squarrosus     2 0.8048780  0.037    2
## Euphrasia.agg                 2 0.7841270  0.030    7
## Crepis.capillaris             2 0.4936709  0.050    3
## Bryum.c.f..pallescens         2 0.4756098  0.044    1
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustBiotite))
##                           cluster indicator_value probability
## Rhytidadelphus.squarrosus       2          0.8049       0.039
## Euphrasia.agg                   2          0.7841       0.028
## Trifolium.dubium                2          0.4820       0.046
## Bryum.c.f..pallescens           2          0.4756       0.048
## 
## Sum of probabilities                 =  119.571 
## 
## Sum of Indicator Values              =  19.39 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  2.55 
## 
## Number of Significant Indicators     =  4 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 4
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustBiotite))
## $relfrq
##                                      1   5
## Agrostis.spp.               0.20512821 0.0
## Agrostis.canina             0.02564103 0.0
## Alchemilla.mollis           0.02564103 0.0
## Alopercus.pratensis         0.02564103 0.0
## Angelica.sylvestris         0.05128205 0.0
## Anthoxanthum.odoratum       0.12820513 0.5
## Anthyllis.vulneraria        0.12820513 0.0
## Aphanes.arvensis            0.07692308 0.0
## Arrhenatherum.elatius       0.17948718 0.5
## Atrichum.undulatum          0.05128205 0.0
## Avenula.pratensis           0.02564103 0.0
## Bellis.perennis             0.28205128 0.5
## Betula.pubescens            0.02564103 0.0
## Blackstonia.perfoliata      0.02564103 0.0
## Brachythecium.albicans      0.02564103 0.0
## Brachythecium.glareosum     0.02564103 0.0
## Brachythecium.mildeanum     0.10256410 0.0
## Brachythecium.rutabulum     0.15384615 0.0
## Briza.media                 0.07692308 0.0
## Bromus.hordeaceus           0.02564103 0.0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.02564103 0.0
## Bryum.c.f..pallescens       0.05128205 0.5
## Bryum.capillare             0.02564103 0.0
## Bryum.spp.                  0.07692308 0.0
## Calliergonella.cupsidata    0.38461538 0.0
## Calypogeia.arguta           0.20512821 0.0
## Campanula.rotundifolia      0.02564103 0.0
## Carex.distans               0.05128205 0.0
## Carex.flacca                0.17948718 0.0
## Carex.panicea               0.02564103 0.0
## Carlina.vulgaris            0.23076923 0.5
## Centaurea.nigra             0.05128205 0.0
## Centaurium.erythraea        0.05128205 0.0
## Centaurium.littorale        0.10256410 0.0
## Centaurium.pulchellum       0.02564103 0.0
## Cerastium.fontanum          0.15384615 0.5
## Chamaenerion.angustifolium  0.02564103 0.0
## Cirriphyllum.piliferum      0.02564103 0.0
## Cirsium.arvense             0.07692308 0.0
## Cirsium.palustre            0.05128205 0.0
## Crepis.capillaris           0.02564103 0.5
## Cynosurus.cristatus         0.07692308 0.0
## Dactylis.glomerata          0.12820513 0.5
## Dactylorhiza.fuchsii        0.05128205 0.0
## Danthonia.decumbens         0.02564103 0.0
## Daucus.carrota              0.05128205 0.0
## Dicranella.spp.             0.02564103 0.0
## Dicranum.scoparium          0.10256410 0.5
## Epilobium.montanum          0.07692308 0.0
## Equisetum.arvense           0.07692308 0.0
## Equisteum.variegatum        0.02564103 0.0
## Erigeron.acer               0.05128205 0.0
## Euphrasia.agg               0.23076923 1.0
## Festuca.ovina               0.17948718 0.0
## Festuca.rubra               0.38461538 0.0
## Festuca.rubra.agg.          0.02564103 0.0
## Filipendula.ulmaria         0.07692308 0.0
## Fissidens.adianthoides      0.02564103 0.0
## Fissidens.dubius            0.05128205 0.0
## Fissidens.exilis            0.02564103 0.0
## Fragaria.vesca              0.12820513 0.5
## Galium.aparine              0.02564103 0.0
## Galium.arvense              0.02564103 0.0
## Galium.saxatile             0.02564103 0.0
## Galium.verum                0.10256410 0.0
## Geum.urbanum                0.02564103 0.0
## Glechoma.hederacea          0.02564103 0.0
## Helicotrichon.spp.          0.02564103 0.0
## Heracleum.sphondylium       0.07692308 0.0
## Hieracium.spp.              0.02564103 0.0
## Holcus.spp.                 0.51282051 0.5
## Holcus.lanatus              0.28205128 0.5
## Holcus.mollis               0.15384615 0.0
## Homalothecium.lutescens     0.05128205 0.0
## Hylocomium.splendens        0.15384615 0.5
## Hypericum.perforatum        0.12820513 0.5
## Hypnum.cupressiforme        0.23076923 0.5
## Hypnum.imponens             0.02564103 0.0
## Hypnum.jutlandicum          0.07692308 0.0
## Hypochaeris.radicata        0.02564103 0.0
## Kindbergia.praelonga        0.15384615 0.0
## Lathyrus.pratensis          0.07692308 0.0
## Leontodon.hispidus          0.12820513 0.0
## Leontodon.saxatilis         0.02564103 0.0
## Leucanthemum.vulgare        0.33333333 0.5
## Linum.catharticum           0.10256410 0.5
## Lolium.perenne              0.10256410 0.0
## Lophocolea.semiteres        0.02564103 0.0
## Lotus.corniculatus          0.43589744 0.5
## Luzula.multiflora           0.02564103 0.0
## Lysimachia.maritima         0.05128205 0.0
## Medicago.lupulina           0.12820513 0.0
## Myosotis.arvensis           0.12820513 0.0
## Ononis.repens               0.20512821 0.0
## Oxalis.acetosella           0.02564103 0.0
## Pastinaca.sativa            0.02564103 0.0
## Pentaglottis.sempervirens   0.02564103 0.0
## Pillosella.officinarum      0.28205128 0.5
## Plantago.coronopus          0.10256410 0.0
## Plantago.lanceolata         0.28205128 1.0
## Pleurozium.schreberi        0.07692308 0.5
## Poa.annua                   0.07692308 0.0
## Poa.spp.                    0.02564103 0.0
## Polytrichum.commune         0.02564103 0.0
## Polytrichum.commune.agg.    0.02564103 0.0
## Polytrichum.formosum        0.02564103 0.0
## Potentilla.reptans          0.10256410 0.0
## Prunella.vulgaris           0.10256410 0.5
## Pseudoscleropidum.purum     0.17948718 0.5
## Pteridium.aquilinum         0.07692308 0.0
## Ranunculus.acris            0.02564103 0.0
## Ranunculus.repens           0.07692308 0.0
## Reseda.lutea                0.02564103 0.0
## Rhinanthus.minor            0.02564103 0.0
## Rhizomnium.punctatum        0.02564103 0.0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.28205128 1.0
## Rhytidadelphus.triquetris   0.02564103 0.5
## Rubus.fruticosus            0.05128205 0.0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.05128205 0.0
## Saniona.uncinata            0.05128205 0.0
## Sedum.anglicum              0.02564103 0.0
## Senecio.jacobaea            0.05128205 0.0
## Senecio.vulgaris            0.02564103 0.0
## Sonchus.arvensis            0.02564103 0.0
## Stachys.sylvatica           0.05128205 0.0
## Stellaria.apetala           0.02564103 0.0
## Taraxacum.agg.              0.28205128 0.0
## Thuidium.tamariscinum       0.07692308 0.0
## Thymus.polytrichus          0.17948718 0.5
## Trichostomum.crispulum      0.12820513 0.5
## Trifolium.campestre         0.17948718 0.0
## Trifolium.dubium            0.02564103 0.5
## Trifolium.pratense          0.10256410 0.0
## Trifolium.repens            0.12820513 0.0
## Trisetum.flavescens         0.10256410 0.0
## Tussilago.farfara           0.07692308 0.0
## Urtica.diocia               0.10256410 0.0
## Veronica.officinalis        0.02564103 0.0
## Vicia.sativa                0.02564103 0.0
## Viola.riviniana             0.02564103 0.0
## Weissia.controversa         0.02564103 0.0
## Zygodon.stirtonii           0.02564103 0.0
## 
## $relabu
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.0000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.09717062 0.9028294
## Anthyllis.vulneraria        1.00000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.76923077 0.2307692
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.77966102 0.2203390
## Betula.pubescens            1.00000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.00000000 0.0000000
## Briza.media                 1.00000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.04878049 0.9512195
## Bryum.capillare             1.00000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    1.00000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.0000000
## Carex.distans               1.00000000 0.0000000
## Carex.flacca                1.00000000 0.0000000
## Carex.panicea               1.00000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.12981744 0.8701826
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.38095238 0.6190476
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.01265823 0.9873418
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.80597015 0.1940299
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.0000000
## Daucus.carrota              1.00000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.14096916 0.8590308
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.21587302 0.7841270
## Festuca.ovina               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.18623482 0.8137652
## Galium.aparine              1.00000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.0000000
## Galium.verum                1.00000000 0.0000000
## Geum.urbanum                1.00000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.50030506 0.4996949
## Holcus.lanatus              0.26507538 0.7349246
## Holcus.mollis               1.00000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     1.00000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.35258964 0.6474104
## Hypericum.perforatum        0.19813084 0.8018692
## Hypnum.cupressiforme        0.31578947 0.6842105
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.00000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.16666667 0.8333333
## Linum.catharticum           0.13333333 0.8666667
## Lolium.perenne              1.00000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.41128856 0.5887114
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.00000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.00000000 0.0000000
## Ononis.repens               1.00000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.44597503 0.5540250
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.32425743 0.6757426
## Pleurozium.schreberi        0.08137045 0.9186296
## Poa.annua                   1.00000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.00000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.36065574 0.6393443
## Pseudoscleropidum.purum     0.43884892 0.5611511
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.00000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.19512195 0.8048780
## Rhytidadelphus.triquetris   0.04878049 0.9512195
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              1.00000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.11356518 0.8864348
## Trichostomum.crispulum      0.26415094 0.7358491
## Trifolium.campestre         1.00000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.03600854 0.9639915
## Trifolium.pratense          1.00000000 0.0000000
## Trifolium.repens            1.00000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.00000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                        1          5
## Agrostis.spp.               0.2051282051 0.00000000
## Agrostis.canina             0.0256410256 0.00000000
## Alchemilla.mollis           0.0256410256 0.00000000
## Alopercus.pratensis         0.0256410256 0.00000000
## Angelica.sylvestris         0.0512820513 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.0124577718 0.45141469
## Anthyllis.vulneraria        0.1282051282 0.00000000
## Aphanes.arvensis            0.0769230769 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       0.1380670611 0.11538462
## Atrichum.undulatum          0.0512820513 0.00000000
## Avenula.pratensis           0.0256410256 0.00000000
## Bellis.perennis             0.2199043894 0.11016949
## Betula.pubescens            0.0256410256 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0256410256 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.0256410256 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     0.0256410256 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     0.1025641026 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.1538461538 0.00000000
## Briza.media                 0.0769230769 0.00000000
## Bromus.hordeaceus           0.0256410256 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0256410256 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0025015635 0.47560976
## Bryum.capillare             0.0256410256 0.00000000
## Bryum.spp.                  0.0769230769 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.3846153846 0.00000000
## Calypogeia.arguta           0.2051282051 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      0.0256410256 0.00000000
## Carex.distans               0.0512820513 0.00000000
## Carex.flacca                0.1794871795 0.00000000
## Carex.panicea               0.0256410256 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.0299578717 0.43509128
## Centaurea.nigra             0.0512820513 0.00000000
## Centaurium.erythraea        0.0512820513 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.1025641026 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       0.0256410256 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.0586080586 0.30952381
## Chamaenerion.angustifolium  0.0256410256 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0256410256 0.00000000
## Cirsium.arvense             0.0769230769 0.00000000
## Cirsium.palustre            0.0512820513 0.00000000
## Crepis.capillaris           0.0003245699 0.49367089
## Cynosurus.cristatus         0.0769230769 0.00000000
## Dactylis.glomerata          0.1033295063 0.09701493
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0512820513 0.00000000
## Danthonia.decumbens         0.0256410256 0.00000000
## Daucus.carrota              0.0512820513 0.00000000
## Dicranella.spp.             0.0256410256 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.0144583757 0.42951542
## Epilobium.montanum          0.0769230769 0.00000000
## Equisetum.arvense           0.0769230769 0.00000000
## Equisteum.variegatum        0.0256410256 0.00000000
## Erigeron.acer               0.0512820513 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.0498168498 0.78412698
## Festuca.ovina               0.1794871795 0.00000000
## Festuca.rubra               0.3846153846 0.00000000
## Festuca.rubra.agg.          0.0256410256 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         0.0769230769 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      0.0256410256 0.00000000
## Fissidens.dubius            0.0512820513 0.00000000
## Fissidens.exilis            0.0256410256 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.0238762587 0.40688259
## Galium.aparine              0.0256410256 0.00000000
## Galium.arvense              0.0256410256 0.00000000
## Galium.saxatile             0.0256410256 0.00000000
## Galium.verum                0.1025641026 0.00000000
## Geum.urbanum                0.0256410256 0.00000000
## Glechoma.hederacea          0.0256410256 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          0.0256410256 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       0.0769230769 0.00000000
## Hieracium.spp.              0.0256410256 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.2565666995 0.24984747
## Holcus.lanatus              0.0747648499 0.36746231
## Holcus.mollis               0.1538461538 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     0.0512820513 0.00000000
## Hylocomium.splendens        0.0542445602 0.32370518
## Hypericum.perforatum        0.0254013899 0.40093458
## Hypnum.cupressiforme        0.0728744939 0.34210526
## Hypnum.imponens             0.0256410256 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0769230769 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        0.0256410256 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.1538461538 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          0.0769230769 0.00000000
## Leontodon.hispidus          0.1282051282 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         0.0256410256 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.0555555556 0.41666667
## Linum.catharticum           0.0136752137 0.43333333
## Lolium.perenne              0.1025641026 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        0.0256410256 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.1792796280 0.29435572
## Luzula.multiflora           0.0256410256 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.0512820513 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.1282051282 0.00000000
## Myosotis.arvensis           0.1282051282 0.00000000
## Ononis.repens               0.2051282051 0.00000000
## Oxalis.acetosella           0.0256410256 0.00000000
## Pastinaca.sativa            0.0256410256 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0256410256 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.1257878296 0.27701248
## Plantago.coronopus          0.1025641026 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.0914572226 0.67574257
## Pleurozium.schreberi        0.0062592654 0.45931478
## Poa.annua                   0.0769230769 0.00000000
## Poa.spp.                    0.0256410256 0.00000000
## Polytrichum.commune         0.0256410256 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0256410256 0.00000000
## Polytrichum.formosum        0.0256410256 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.1025641026 0.00000000
## Prunella.vulgaris           0.0369903321 0.31967213
## Pseudoscleropidum.purum     0.0787677550 0.28057554
## Pteridium.aquilinum         0.0769230769 0.00000000
## Ranunculus.acris            0.0256410256 0.00000000
## Ranunculus.repens           0.0769230769 0.00000000
## Reseda.lutea                0.0256410256 0.00000000
## Rhinanthus.minor            0.0256410256 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0256410256 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.0550343965 0.80487805
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0012507817 0.47560976
## Rubus.fruticosus            0.0512820513 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0512820513 0.00000000
## Saniona.uncinata            0.0512820513 0.00000000
## Sedum.anglicum              0.0256410256 0.00000000
## Senecio.jacobaea            0.0512820513 0.00000000
## Senecio.vulgaris            0.0256410256 0.00000000
## Sonchus.arvensis            0.0256410256 0.00000000
## Stachys.sylvatica           0.0512820513 0.00000000
## Stellaria.apetala           0.0256410256 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.2820512821 0.00000000
## Thuidium.tamariscinum       0.0769230769 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.0203834930 0.44321741
## Trichostomum.crispulum      0.0338655056 0.36792453
## Trifolium.campestre         0.1794871795 0.00000000
## Trifolium.dubium            0.0009232960 0.48199573
## Trifolium.pratense          0.1025641026 0.00000000
## Trifolium.repens            0.1282051282 0.00000000
## Trisetum.flavescens         0.1025641026 0.00000000
## Tussilago.farfara           0.0769230769 0.00000000
## Urtica.diocia               0.1025641026 0.00000000
## Veronica.officinalis        0.0256410256 0.00000000
## Vicia.sativa                0.0256410256 0.00000000
## Viola.riviniana             0.0256410256 0.00000000
## Weissia.controversa         0.0256410256 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           0.0256410256 0.00000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           2 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           2 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           2                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           2                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           2 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           2                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           2                           2 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           2                           2 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           2                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           2 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           2 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           2                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           2 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           2                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           2 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           2                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           2                           2 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           2 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.20512821                  0.02564103 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.05128205                  0.45141469 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.12820513                  0.07692308 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.13806706                  0.05128205 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.02564103                  0.21990439 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.10256410                  0.15384615 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.02564103                  0.47560976 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.38461538                  0.20512821 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.17948718                  0.02564103 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.43509128                  0.05128205 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.05128205                  0.10256410 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.02564103                  0.30952381 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.07692308                  0.05128205 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.49367089                  0.07692308 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.10332951                  0.05128205 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.02564103                  0.42951542 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.07692308                  0.07692308 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.78412698                  0.17948718 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.38461538                  0.02564103 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.05128205                  0.02564103 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.40688259                  0.02564103 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.25656670                  0.36746231 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.15384615                  0.05128205 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.32370518                  0.40093458 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.34210526                  0.02564103 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.15384615                  0.07692308 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.12820513                  0.02564103 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.41666667                  0.43333333 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.29435572                  0.02564103 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.05128205                  0.12820513 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.12820513                  0.20512821 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.02564103                  0.27701248 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.10256410                  0.67574257 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.45931478                  0.07692308 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.10256410                  0.31967213 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.28057554                  0.07692308 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.02564103                  0.80487805 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.47560976                  0.05128205 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.05128205                  0.05128205 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.05128205                  0.02564103 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.28205128                  0.07692308 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.44321741                  0.36792453 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.17948718                  0.48199573 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.10256410                  0.12820513 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.10256410                  0.07692308 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.02564103                  0.02564103 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.880                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       0.100 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.959                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       1.000                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.970 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       0.051 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.574                       0.963 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.866                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.074                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.309 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       0.057                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       0.115 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.037                       0.908 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.519                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.169                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.916                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       1.000                       0.203 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.918                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.289                       0.140 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.242                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.169                       0.151 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.903                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.809 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.739 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.949                       0.053 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.106                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       0.242 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.242                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.039 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       0.088                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.834                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.052                       0.243 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.921                       0.043 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.923                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.955                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#For biotite, Rhytidiadelphus squarrosus has a high indval value of 0.8048 and a low p value #of 0.039. This is the indicator species for biotite.

clustBirnessite <-cut(PlantChemistry1$Birnessite, 5, labels=FALSE)
BirnessiteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustBirnessite, type= "long")
gr <- BirnessiteIndval$maxcls[BirnessiteIndval$pval<=0.05]
iv <- BirnessiteIndval$indcls[BirnessiteIndval$pval<=0.05]
pv <- BirnessiteIndval$pval[BirnessiteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[BirnessiteIndval$pval<=0.05]
BirnessiteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
BirnessiteIndvalsummary <- BirnessiteIndvalsummary[order(BirnessiteIndvalsummary$group, 
                                                   -BirnessiteIndvalsummary$indval),]
print(BirnessiteIndvalsummary)
##                         group    indval pvalue freq
## Betula.pubescens            2 1.0000000  0.019    1
## Bryum.c.f..caespiticium     2 1.0000000  0.031    3
## Cirriphyllum.piliferum      2 1.0000000  0.030    3
## Fissidens.adianthoides      2 1.0000000  0.019    2
## Lophocolea.semiteres        2 1.0000000  0.023   18
## Veronica.officinalis        2 1.0000000  0.024    1
## Weissia.controversa         2 1.0000000  0.020    1
## Rubus.fruticosus            2 0.9302326  0.043    2
## Hylocomium.splendens        2 0.9033053  0.045    6
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustBirnessite))
##                         cluster indicator_value probability
## Betula.pubescens              2          1.0000       0.022
## Bryum.c.f..caespiticium       2          1.0000       0.027
## Cirriphyllum.piliferum        2          1.0000       0.026
## Fissidens.adianthoides        2          1.0000       0.024
## Lophocolea.semiteres          2          1.0000       0.030
## Veronica.officinalis          2          1.0000       0.023
## Weissia.controversa           2          1.0000       0.032
## Fissidens.dubius              2          0.9524       0.046
## 
## Sum of probabilities                 =  121.143 
## 
## Sum of Indicator Values              =  28.72 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  7.95 
## 
## Number of Significant Indicators     =  8 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 8
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustBirnessite))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.175 1
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.025 0
## Alopercus.pratensis         0.025 0
## Angelica.sylvestris         0.050 0
## Anthoxanthum.odoratum       0.125 1
## Anthyllis.vulneraria        0.125 0
## Aphanes.arvensis            0.075 0
## Arrhenatherum.elatius       0.200 0
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.025 0
## Bellis.perennis             0.275 1
## Betula.pubescens            0.000 1
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.100 0
## Brachythecium.rutabulum     0.150 0
## Briza.media                 0.075 0
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.000 1
## Bryum.c.f..pallescens       0.050 1
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.075 0
## Calliergonella.cupsidata    0.350 1
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.025 0
## Carex.distans               0.050 0
## Carex.flacca                0.175 0
## Carex.panicea               0.025 0
## Carlina.vulgaris            0.250 0
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.100 0
## Centaurium.pulchellum       0.025 0
## Cerastium.fontanum          0.175 0
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.000 1
## Cirsium.arvense             0.075 0
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.050 0
## Cynosurus.cristatus         0.075 0
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.050 0
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.125 0
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.075 0
## Equisteum.variegatum        0.025 0
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.250 1
## Festuca.ovina               0.175 0
## Festuca.rubra               0.375 0
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.075 0
## Fissidens.adianthoides      0.000 1
## Fissidens.dubius            0.025 1
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.125 1
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.100 0
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.025 0
## Holcus.spp.                 0.525 0
## Holcus.lanatus              0.300 0
## Holcus.mollis               0.150 0
## Homalothecium.lutescens     0.050 0
## Hylocomium.splendens        0.150 1
## Hypericum.perforatum        0.125 1
## Hypnum.cupressiforme        0.225 1
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.025 0
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.075 0
## Leontodon.hispidus          0.125 0
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.350 0
## Linum.catharticum           0.125 0
## Lolium.perenne              0.100 0
## Lophocolea.semiteres        0.000 1
## Lotus.corniculatus          0.425 1
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.050 0
## Medicago.lupulina           0.125 0
## Myosotis.arvensis           0.125 0
## Ononis.repens               0.200 0
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.300 0
## Plantago.coronopus          0.100 0
## Plantago.lanceolata         0.325 0
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.075 0
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.100 0
## Prunella.vulgaris           0.100 1
## Pseudoscleropidum.purum     0.175 1
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.075 0
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.300 1
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050 0
## Rubus.fruticosus            0.025 1
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050 0
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.050 0
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.050 0
## Stellaria.apetala           0.025 0
## Taraxacum.agg.              0.275 0
## Thuidium.tamariscinum       0.075 0
## Thymus.polytrichus          0.200 0
## Trichostomum.crispulum      0.150 0
## Trifolium.campestre         0.175 0
## Trifolium.dubium            0.050 0
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.125 0
## Trisetum.flavescens         0.100 0
## Tussilago.farfara           0.075 0
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.000 1
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.000 1
## Zygodon.stirtonii           0.025 0
## 
## $relabu
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               0.72027972 0.2797203
## Agrostis.canina             1.00000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.43161634 0.5683837
## Anthyllis.vulneraria        1.00000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       1.00000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.16230366 0.8376963
## Betula.pubescens            0.00000000 1.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.00000000 0.0000000
## Briza.media                 1.00000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.00000000 1.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.21568627 0.7843137
## Bryum.capillare             1.00000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.68992248 0.3100775
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.0000000
## Carex.distans               1.00000000 0.0000000
## Carex.flacca                1.00000000 0.0000000
## Carex.panicea               1.00000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          1.00000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.00000000 1.0000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          1.00000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.0000000
## Daucus.carrota              1.00000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.00000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.32394366 0.6760563
## Festuca.ovina               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.00000000 1.0000000
## Fissidens.dubius            0.04761905 0.9523810
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.10375733 0.8962427
## Galium.aparine              1.00000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.0000000
## Galium.verum                1.00000000 0.0000000
## Geum.urbanum                1.00000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 1.00000000 0.0000000
## Holcus.lanatus              1.00000000 0.0000000
## Holcus.mollis               1.00000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     1.00000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.09669472 0.9033053
## Hypericum.perforatum        0.43661972 0.5633803
## Hypnum.cupressiforme        0.18367347 0.8163265
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.00000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        1.00000000 0.0000000
## Linum.catharticum           1.00000000 0.0000000
## Lolium.perenne              1.00000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.00000000 1.0000000
## Lotus.corniculatus          0.19947792 0.8005221
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.00000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.00000000 0.0000000
## Ononis.repens               1.00000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      1.00000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         1.00000000 0.0000000
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.0000000
## Poa.annua                   1.00000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.00000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.11111111 0.8888889
## Pseudoscleropidum.purum     0.07692308 0.9230769
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.00000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.50617284 0.4938272
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.06976744 0.9302326
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              1.00000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          1.00000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      1.00000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         1.00000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            1.00000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.00000000 0.0000000
## Trifolium.repens            1.00000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.00000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.00000000 1.0000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.0000000
## Weissia.controversa         0.00000000 1.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                       1         5
## Agrostis.spp.               0.126048951 0.2797203
## Agrostis.canina             0.025000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.025000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.025000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.050000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.053952043 0.5683837
## Anthyllis.vulneraria        0.125000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            0.075000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.200000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          0.050000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.025000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.044633508 0.8376963
## Betula.pubescens            0.000000000 1.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.100000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.150000000 0.0000000
## Briza.media                 0.075000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.000000000 1.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.010784314 0.7843137
## Bryum.capillare             0.025000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.075000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.241472868 0.3100775
## Calypogeia.arguta           0.200000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.025000000 0.0000000
## Carex.distans               0.050000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.175000000 0.0000000
## Carex.panicea               0.025000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.250000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             0.050000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.050000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.100000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       0.025000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.175000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  0.025000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.000000000 1.0000000
## Cirsium.arvense             0.075000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.050000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.050000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.075000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.150000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.025000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.050000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             0.025000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.125000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.075000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.075000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        0.025000000 0.0000000
## Erigeron.acer               0.050000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.080985915 0.6760563
## Festuca.ovina               0.175000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.375000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          0.025000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.075000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.000000000 1.0000000
## Fissidens.dubius            0.001190476 0.9523810
## Fissidens.exilis            0.025000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.012969666 0.8962427
## Galium.aparine              0.025000000 0.0000000
## Galium.arvense              0.025000000 0.0000000
## Galium.saxatile             0.025000000 0.0000000
## Galium.verum                0.100000000 0.0000000
## Geum.urbanum                0.025000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.025000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.025000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.075000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.025000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.525000000 0.0000000
## Holcus.lanatus              0.300000000 0.0000000
## Holcus.mollis               0.150000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.050000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.014504209 0.9033053
## Hypericum.perforatum        0.054577465 0.5633803
## Hypnum.cupressiforme        0.041326531 0.8163265
## Hypnum.imponens             0.025000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.075000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.025000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.150000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.075000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.125000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         0.025000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.350000000 0.0000000
## Linum.catharticum           0.125000000 0.0000000
## Lolium.perenne              0.100000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.000000000 1.0000000
## Lotus.corniculatus          0.084778116 0.8005221
## Luzula.multiflora           0.025000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.050000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.125000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.125000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.200000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           0.025000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.025000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.025000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.300000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          0.100000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.325000000 0.0000000
## Pleurozium.schreberi        0.100000000 0.0000000
## Poa.annua                   0.075000000 0.0000000
## Poa.spp.                    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.025000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.100000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.011111111 0.8888889
## Pseudoscleropidum.purum     0.013461538 0.9230769
## Pteridium.aquilinum         0.075000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.025000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.075000000 0.0000000
## Reseda.lutea                0.025000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.025000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.025000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.151851852 0.4938272
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.001744186 0.9302326
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.050000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.025000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.050000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.025000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.025000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.050000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.025000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.275000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       0.075000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.200000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      0.150000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.175000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.050000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          0.100000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.125000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.100000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.075000000 0.0000000
## Urtica.diocia               0.100000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.000000000 1.0000000
## Vicia.sativa                0.025000000 0.0000000
## Viola.riviniana             0.025000000 0.0000000
## Weissia.controversa         0.000000000 1.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.025000000 0.0000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           2                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           2 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           2 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           2                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           2                           2 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           2                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           2 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           2 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           2                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           2                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           2                           2 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           2 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           2                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           2 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           2                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           2 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           2 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           2 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           2                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.2797203                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.0500000                   0.5683837 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.1250000                   0.0750000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.2000000                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   0.0250000                   0.8376963 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   1.0000000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.1000000                   0.1500000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   1.0000000                   0.7843137 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.3100775                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.1750000                   0.0250000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.2500000                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.1000000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   0.0250000                   0.1750000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   1.0000000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.0750000                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.0500000                   0.0750000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.1250000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.0750000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.6760563                   0.1750000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.3750000                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.0750000                   1.0000000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.9523810                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.8962427                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.5250000                   0.3000000 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.9033053                   0.5633803 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.8163265                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.0750000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.1250000                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.3500000                   0.1250000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.1000000                   1.0000000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.8005221                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.0500000                   0.1250000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.1250000                   0.2000000 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.1000000                   0.3250000 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.1000000                   0.8888889 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.9230769                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.4938272 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.0500000                   0.9302326 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.0500000                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.2750000                   0.0750000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.2000000                   0.1500000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.1750000                   0.0500000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   1.0000000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   1.0000000                   0.0250000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.194                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       0.118 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       1.000                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.081 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       0.022                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       0.021                       0.068 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       1.000                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.979                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       1.000                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       1.000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       0.035 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.139                       1.000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.898                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       0.024 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       0.052                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.091                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       1.000                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.758                       0.959 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.979                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.054                       0.120 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.121                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.921                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       0.025 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.125                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.914 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.888 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       1.000                       0.921 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       0.093 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.076                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.260 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       0.052 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       1.000                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       1.000                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       1.000                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       0.030 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       0.023                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Betula pubescens has a high indval score of 1 and a low p value of 0.025. Therefore, this #is the indicator species for Birnessite.

clustClinochlore <-cut(PlantChemistry1$Clinochlore, 5, labels=FALSE)
ClinochloreIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustClinochlore, type= "long")
gr <- ClinochloreIndval$maxcls[ClinochloreIndval$pval<=0.05]
iv <- ClinochloreIndval$indcls[ClinochloreIndval$pval<=0.05]
pv <- ClinochloreIndval$pval[ClinochloreIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[ClinochloreIndval$pval<=0.05]
ClinochloreIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
ClinochloreIndvalsummary <- ClinochloreIndvalsummary[order(ClinochloreIndvalsummary$group, 
                                                       -ClinochloreIndvalsummary$indval),]
print(ClinochloreIndvalsummary)
##                      group    indval pvalue freq
## Holcus.lanatus           2 0.7795786  0.035    6
## Ranunculus.acris         2 0.5000000  0.046    3
## Hypnum.jutlandicum       2 0.4936709  0.043    1
## Galium.verum             2 0.4750831  0.047    1
## Pleurozium.schreberi     2 0.4642857  0.048    3
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustClinochlore))
##                      cluster indicator_value probability
## Holcus.lanatus             2          0.7796       0.037
## Euphrasia.agg              2          0.7340       0.041
## Galium.verum               2          0.4751       0.040
## Pleurozium.schreberi       2          0.4643       0.043
## 
## Sum of probabilities                 =  119.829 
## 
## Sum of Indicator Values              =  19.67 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  2.45 
## 
## Number of Significant Indicators     =  4 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 4
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustClinochlore))
## $relfrq
##                                      1   5
## Agrostis.spp.               0.20512821 0.0
## Agrostis.canina             0.02564103 0.0
## Alchemilla.mollis           0.02564103 0.0
## Alopercus.pratensis         0.02564103 0.0
## Angelica.sylvestris         0.05128205 0.0
## Anthoxanthum.odoratum       0.12820513 0.5
## Anthyllis.vulneraria        0.10256410 0.5
## Aphanes.arvensis            0.07692308 0.0
## Arrhenatherum.elatius       0.17948718 0.5
## Atrichum.undulatum          0.02564103 0.5
## Avenula.pratensis           0.02564103 0.0
## Bellis.perennis             0.28205128 0.5
## Betula.pubescens            0.02564103 0.0
## Blackstonia.perfoliata      0.02564103 0.0
## Brachythecium.albicans      0.02564103 0.0
## Brachythecium.glareosum     0.02564103 0.0
## Brachythecium.mildeanum     0.10256410 0.0
## Brachythecium.rutabulum     0.15384615 0.0
## Briza.media                 0.05128205 0.5
## Bromus.hordeaceus           0.02564103 0.0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.02564103 0.0
## Bryum.c.f..pallescens       0.07692308 0.0
## Bryum.capillare             0.02564103 0.0
## Bryum.spp.                  0.07692308 0.0
## Calliergonella.cupsidata    0.33333333 1.0
## Calypogeia.arguta           0.17948718 0.5
## Campanula.rotundifolia      0.02564103 0.0
## Carex.distans               0.05128205 0.0
## Carex.flacca                0.17948718 0.0
## Carex.panicea               0.02564103 0.0
## Carlina.vulgaris            0.25641026 0.0
## Centaurea.nigra             0.05128205 0.0
## Centaurium.erythraea        0.05128205 0.0
## Centaurium.littorale        0.10256410 0.0
## Centaurium.pulchellum       0.02564103 0.0
## Cerastium.fontanum          0.15384615 0.5
## Chamaenerion.angustifolium  0.02564103 0.0
## Cirriphyllum.piliferum      0.02564103 0.0
## Cirsium.arvense             0.07692308 0.0
## Cirsium.palustre            0.05128205 0.0
## Crepis.capillaris           0.05128205 0.0
## Cynosurus.cristatus         0.07692308 0.0
## Dactylis.glomerata          0.15384615 0.0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.05128205 0.0
## Danthonia.decumbens         0.02564103 0.0
## Daucus.carrota              0.05128205 0.0
## Dicranella.spp.             0.02564103 0.0
## Dicranum.scoparium          0.10256410 0.5
## Epilobium.montanum          0.07692308 0.0
## Equisetum.arvense           0.07692308 0.0
## Equisteum.variegatum        0.02564103 0.0
## Erigeron.acer               0.05128205 0.0
## Euphrasia.agg               0.23076923 1.0
## Festuca.ovina               0.17948718 0.0
## Festuca.rubra               0.35897436 0.5
## Festuca.rubra.agg.          0.02564103 0.0
## Filipendula.ulmaria         0.07692308 0.0
## Fissidens.adianthoides      0.02564103 0.0
## Fissidens.dubius            0.05128205 0.0
## Fissidens.exilis            0.02564103 0.0
## Fragaria.vesca              0.12820513 0.5
## Galium.aparine              0.02564103 0.0
## Galium.arvense              0.02564103 0.0
## Galium.saxatile             0.02564103 0.0
## Galium.verum                0.07692308 0.5
## Geum.urbanum                0.02564103 0.0
## Glechoma.hederacea          0.02564103 0.0
## Helicotrichon.spp.          0.02564103 0.0
## Heracleum.sphondylium       0.07692308 0.0
## Hieracium.spp.              0.02564103 0.0
## Holcus.spp.                 0.53846154 0.0
## Holcus.lanatus              0.25641026 1.0
## Holcus.mollis               0.15384615 0.0
## Homalothecium.lutescens     0.05128205 0.0
## Hylocomium.splendens        0.15384615 0.5
## Hypericum.perforatum        0.12820513 0.5
## Hypnum.cupressiforme        0.23076923 0.5
## Hypnum.imponens             0.02564103 0.0
## Hypnum.jutlandicum          0.05128205 0.5
## Hypochaeris.radicata        0.02564103 0.0
## Kindbergia.praelonga        0.15384615 0.0
## Lathyrus.pratensis          0.07692308 0.0
## Leontodon.hispidus          0.12820513 0.0
## Leontodon.saxatilis         0.02564103 0.0
## Leucanthemum.vulgare        0.33333333 0.5
## Linum.catharticum           0.12820513 0.0
## Lolium.perenne              0.10256410 0.0
## Lophocolea.semiteres        0.02564103 0.0
## Lotus.corniculatus          0.43589744 0.5
## Luzula.multiflora           0.02564103 0.0
## Lysimachia.maritima         0.05128205 0.0
## Medicago.lupulina           0.12820513 0.0
## Myosotis.arvensis           0.12820513 0.0
## Ononis.repens               0.20512821 0.0
## Oxalis.acetosella           0.02564103 0.0
## Pastinaca.sativa            0.02564103 0.0
## Pentaglottis.sempervirens   0.02564103 0.0
## Pillosella.officinarum      0.30769231 0.0
## Plantago.coronopus          0.10256410 0.0
## Plantago.lanceolata         0.30769231 0.5
## Pleurozium.schreberi        0.07692308 0.5
## Poa.annua                   0.07692308 0.0
## Poa.spp.                    0.02564103 0.0
## Polytrichum.commune         0.02564103 0.0
## Polytrichum.commune.agg.    0.02564103 0.0
## Polytrichum.formosum        0.02564103 0.0
## Potentilla.reptans          0.10256410 0.0
## Prunella.vulgaris           0.12820513 0.0
## Pseudoscleropidum.purum     0.17948718 0.5
## Pteridium.aquilinum         0.07692308 0.0
## Ranunculus.acris            0.00000000 0.5
## Ranunculus.repens           0.07692308 0.0
## Reseda.lutea                0.02564103 0.0
## Rhinanthus.minor            0.02564103 0.0
## Rhizomnium.punctatum        0.02564103 0.0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.30769231 0.5
## Rhytidadelphus.triquetris   0.05128205 0.0
## Rubus.fruticosus            0.05128205 0.0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.02564103 0.5
## Saniona.uncinata            0.05128205 0.0
## Sedum.anglicum              0.02564103 0.0
## Senecio.jacobaea            0.05128205 0.0
## Senecio.vulgaris            0.02564103 0.0
## Sonchus.arvensis            0.02564103 0.0
## Stachys.sylvatica           0.05128205 0.0
## Stellaria.apetala           0.02564103 0.0
## Taraxacum.agg.              0.25641026 0.5
## Thuidium.tamariscinum       0.07692308 0.0
## Thymus.polytrichus          0.20512821 0.0
## Trichostomum.crispulum      0.15384615 0.0
## Trifolium.campestre         0.15384615 0.5
## Trifolium.dubium            0.05128205 0.0
## Trifolium.pratense          0.10256410 0.0
## Trifolium.repens            0.10256410 0.5
## Trisetum.flavescens         0.10256410 0.0
## Tussilago.farfara           0.07692308 0.0
## Urtica.diocia               0.10256410 0.0
## Veronica.officinalis        0.02564103 0.0
## Vicia.sativa                0.02564103 0.0
## Viola.riviniana             0.02564103 0.0
## Weissia.controversa         0.02564103 0.0
## Zygodon.stirtonii           0.02564103 0.0
## 
## $relabu
##                                       1          5
## Agrostis.spp.               1.000000000 0.00000000
## Agrostis.canina             1.000000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           1.000000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         1.000000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         1.000000000 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.154513205 0.84548680
## Anthyllis.vulneraria        0.106440556 0.89355944
## Aphanes.arvensis            1.000000000 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       0.028469751 0.97153025
## Atrichum.undulatum          0.048780488 0.95121951
## Avenula.pratensis           1.000000000 0.00000000
## Bellis.perennis             0.779661017 0.22033898
## Betula.pubescens            1.000000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     1.000000000 0.00000000
## Briza.media                 0.006277696 0.99372230
## Bromus.hordeaceus           1.000000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.000000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.000000000 0.00000000
## Bryum.capillare             1.000000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  1.000000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.465753425 0.53424658
## Calypogeia.arguta           0.429268293 0.57073171
## Campanula.rotundifolia      1.000000000 0.00000000
## Carex.distans               1.000000000 0.00000000
## Carex.flacca                1.000000000 0.00000000
## Carex.panicea               1.000000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            1.000000000 0.00000000
## Centaurea.nigra             1.000000000 0.00000000
## Centaurium.erythraea        1.000000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        1.000000000 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       1.000000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.380952381 0.61904762
## Chamaenerion.angustifolium  1.000000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.000000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             1.000000000 0.00000000
## Cirsium.palustre            1.000000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           1.000000000 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         1.000000000 0.00000000
## Dactylis.glomerata          1.000000000 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.000000000 0.00000000
## Danthonia.decumbens         1.000000000 0.00000000
## Daucus.carrota              1.000000000 0.00000000
## Dicranella.spp.             1.000000000 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.260663507 0.73933649
## Epilobium.montanum          1.000000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           1.000000000 0.00000000
## Equisteum.variegatum        1.000000000 0.00000000
## Erigeron.acer               1.000000000 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.265997491 0.73400251
## Festuca.ovina               1.000000000 0.00000000
## Festuca.rubra               0.950570342 0.04942966
## Festuca.rubra.agg.          1.000000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         1.000000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      1.000000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            1.000000000 0.00000000
## Fissidens.exilis            1.000000000 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.183497537 0.81650246
## Galium.aparine              1.000000000 0.00000000
## Galium.arvense              1.000000000 0.00000000
## Galium.saxatile             1.000000000 0.00000000
## Galium.verum                0.049833887 0.95016611
## Geum.urbanum                1.000000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          1.000000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          1.000000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       1.000000000 0.00000000
## Hieracium.spp.              1.000000000 0.00000000
## Holcus.spp.                 1.000000000 0.00000000
## Holcus.lanatus              0.220421394 0.77957861
## Holcus.mollis               1.000000000 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     1.000000000 0.00000000
## Hylocomium.splendens        0.218610864 0.78138914
## Hypericum.perforatum        0.763636364 0.23636364
## Hypnum.cupressiforme        0.597938144 0.40206186
## Hypnum.imponens             1.000000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.012658228 0.98734177
## Hypochaeris.radicata        1.000000000 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        1.000000000 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          1.000000000 0.00000000
## Leontodon.hispidus          1.000000000 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         1.000000000 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.832618026 0.16738197
## Linum.catharticum           1.000000000 0.00000000
## Lolium.perenne              1.000000000 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        1.000000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.738450075 0.26154993
## Luzula.multiflora           1.000000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         1.000000000 0.00000000
## Medicago.lupulina           1.000000000 0.00000000
## Myosotis.arvensis           1.000000000 0.00000000
## Ononis.repens               1.000000000 0.00000000
## Oxalis.acetosella           1.000000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            1.000000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.000000000 0.00000000
## Pillosella.officinarum      1.000000000 0.00000000
## Plantago.coronopus          1.000000000 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.134401973 0.86559803
## Pleurozium.schreberi        0.071428571 0.92857143
## Poa.annua                   1.000000000 0.00000000
## Poa.spp.                    1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        1.000000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          1.000000000 0.00000000
## Prunella.vulgaris           1.000000000 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.241900648 0.75809935
## Pteridium.aquilinum         1.000000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            0.000000000 1.00000000
## Ranunculus.repens           1.000000000 0.00000000
## Reseda.lutea                1.000000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            1.000000000 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        1.000000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.677685950 0.32231405
## Rhytidadelphus.triquetris   1.000000000 0.00000000
## Rubus.fruticosus            1.000000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.148471616 0.85152838
## Saniona.uncinata            1.000000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              1.000000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            1.000000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            1.000000000 0.00000000
## Sonchus.arvensis            1.000000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           1.000000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           1.000000000 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.541176471 0.45882353
## Thuidium.tamariscinum       1.000000000 0.00000000
## Thymus.polytrichus          1.000000000 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      1.000000000 0.00000000
## Trifolium.campestre         0.181297710 0.81870229
## Trifolium.dubium            1.000000000 0.00000000
## Trifolium.pratense          1.000000000 0.00000000
## Trifolium.repens            0.417910448 0.58208955
## Trisetum.flavescens         1.000000000 0.00000000
## Tussilago.farfara           1.000000000 0.00000000
## Urtica.diocia               1.000000000 0.00000000
## Veronica.officinalis        1.000000000 0.00000000
## Vicia.sativa                1.000000000 0.00000000
## Viola.riviniana             1.000000000 0.00000000
## Weissia.controversa         1.000000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           1.000000000 0.00000000
## 
## $indval
##                                        1          5
## Agrostis.spp.               0.2051282051 0.00000000
## Agrostis.canina             0.0256410256 0.00000000
## Alchemilla.mollis           0.0256410256 0.00000000
## Alopercus.pratensis         0.0256410256 0.00000000
## Angelica.sylvestris         0.0512820513 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.0198093852 0.42274340
## Anthyllis.vulneraria        0.0109169801 0.44677972
## Aphanes.arvensis            0.0769230769 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       0.0051099553 0.48576512
## Atrichum.undulatum          0.0012507817 0.47560976
## Avenula.pratensis           0.0256410256 0.00000000
## Bellis.perennis             0.2199043894 0.11016949
## Betula.pubescens            0.0256410256 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0256410256 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.0256410256 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     0.0256410256 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     0.1025641026 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.1538461538 0.00000000
## Briza.media                 0.0003219331 0.49686115
## Bromus.hordeaceus           0.0256410256 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0256410256 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0769230769 0.00000000
## Bryum.capillare             0.0256410256 0.00000000
## Bryum.spp.                  0.0769230769 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.1552511416 0.53424658
## Calypogeia.arguta           0.0770481551 0.28536585
## Campanula.rotundifolia      0.0256410256 0.00000000
## Carex.distans               0.0512820513 0.00000000
## Carex.flacca                0.1794871795 0.00000000
## Carex.panicea               0.0256410256 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.2564102564 0.00000000
## Centaurea.nigra             0.0512820513 0.00000000
## Centaurium.erythraea        0.0512820513 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.1025641026 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       0.0256410256 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.0586080586 0.30952381
## Chamaenerion.angustifolium  0.0256410256 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0256410256 0.00000000
## Cirsium.arvense             0.0769230769 0.00000000
## Cirsium.palustre            0.0512820513 0.00000000
## Crepis.capillaris           0.0512820513 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         0.0769230769 0.00000000
## Dactylis.glomerata          0.1538461538 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0512820513 0.00000000
## Danthonia.decumbens         0.0256410256 0.00000000
## Daucus.carrota              0.0512820513 0.00000000
## Dicranella.spp.             0.0256410256 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.0267347187 0.36966825
## Epilobium.montanum          0.0769230769 0.00000000
## Equisetum.arvense           0.0769230769 0.00000000
## Equisteum.variegatum        0.0256410256 0.00000000
## Erigeron.acer               0.0512820513 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.0613840363 0.73400251
## Festuca.ovina               0.1794871795 0.00000000
## Festuca.rubra               0.3412303793 0.02471483
## Festuca.rubra.agg.          0.0256410256 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         0.0769230769 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      0.0256410256 0.00000000
## Fissidens.dubius            0.0512820513 0.00000000
## Fissidens.exilis            0.0256410256 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.0235253252 0.40825123
## Galium.aparine              0.0256410256 0.00000000
## Galium.arvense              0.0256410256 0.00000000
## Galium.saxatile             0.0256410256 0.00000000
## Galium.verum                0.0038333759 0.47508306
## Geum.urbanum                0.0256410256 0.00000000
## Glechoma.hederacea          0.0256410256 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          0.0256410256 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       0.0769230769 0.00000000
## Hieracium.spp.              0.0256410256 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.5384615385 0.00000000
## Holcus.lanatus              0.0565183061 0.77957861
## Holcus.mollis               0.1538461538 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     0.0512820513 0.00000000
## Hylocomium.splendens        0.0336324406 0.39069457
## Hypericum.perforatum        0.0979020979 0.11818182
## Hypnum.cupressiforme        0.1379857256 0.20103093
## Hypnum.imponens             0.0256410256 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0006491399 0.49367089
## Hypochaeris.radicata        0.0256410256 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.1538461538 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          0.0769230769 0.00000000
## Leontodon.hispidus          0.1282051282 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         0.0256410256 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.2775393419 0.08369099
## Linum.catharticum           0.1282051282 0.00000000
## Lolium.perenne              0.1025641026 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        0.0256410256 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.3218884940 0.13077496
## Luzula.multiflora           0.0256410256 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.0512820513 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.1282051282 0.00000000
## Myosotis.arvensis           0.1282051282 0.00000000
## Ononis.repens               0.2051282051 0.00000000
## Oxalis.acetosella           0.0256410256 0.00000000
## Pastinaca.sativa            0.0256410256 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0256410256 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.3076923077 0.00000000
## Plantago.coronopus          0.1025641026 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.0413544532 0.43279901
## Pleurozium.schreberi        0.0054945055 0.46428571
## Poa.annua                   0.0769230769 0.00000000
## Poa.spp.                    0.0256410256 0.00000000
## Polytrichum.commune         0.0256410256 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0256410256 0.00000000
## Polytrichum.formosum        0.0256410256 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.1025641026 0.00000000
## Prunella.vulgaris           0.1282051282 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.0434180650 0.37904968
## Pteridium.aquilinum         0.0769230769 0.00000000
## Ranunculus.acris            0.0000000000 0.50000000
## Ranunculus.repens           0.0769230769 0.00000000
## Reseda.lutea                0.0256410256 0.00000000
## Rhinanthus.minor            0.0256410256 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0256410256 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.2085187540 0.16115702
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0512820513 0.00000000
## Rubus.fruticosus            0.0512820513 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0038069645 0.42576419
## Saniona.uncinata            0.0512820513 0.00000000
## Sedum.anglicum              0.0256410256 0.00000000
## Senecio.jacobaea            0.0512820513 0.00000000
## Senecio.vulgaris            0.0256410256 0.00000000
## Sonchus.arvensis            0.0256410256 0.00000000
## Stachys.sylvatica           0.0512820513 0.00000000
## Stellaria.apetala           0.0256410256 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.1387631976 0.22941176
## Thuidium.tamariscinum       0.0769230769 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.2051282051 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      0.1538461538 0.00000000
## Trifolium.campestre         0.0278919554 0.40935115
## Trifolium.dubium            0.0512820513 0.00000000
## Trifolium.pratense          0.1025641026 0.00000000
## Trifolium.repens            0.0428626100 0.29104478
## Trisetum.flavescens         0.1025641026 0.00000000
## Tussilago.farfara           0.0769230769 0.00000000
## Urtica.diocia               0.1025641026 0.00000000
## Veronica.officinalis        0.0256410256 0.00000000
## Vicia.sativa                0.0256410256 0.00000000
## Viola.riviniana             0.0256410256 0.00000000
## Weissia.controversa         0.0256410256 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           0.0256410256 0.00000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           2 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           2                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           2                           2 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           2                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           2                           2 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           2 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           2                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           2                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           2                           2 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           2                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           2 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           2                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           2                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           2                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           2                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           2                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           2                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           2 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.20512821                  0.02564103 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.05128205                  0.42274340 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.44677972                  0.07692308 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.48576512                  0.47560976 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.02564103                  0.21990439 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.10256410                  0.15384615 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.49686115                  0.02564103 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.53424658                  0.28536585 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.17948718                  0.02564103 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.25641026                  0.05128205 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.05128205                  0.10256410 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.02564103                  0.30952381 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.07692308                  0.05128205 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.05128205                  0.07692308 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.15384615                  0.05128205 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.02564103                  0.36966825 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.07692308                  0.07692308 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.73400251                  0.17948718 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.34123038                  0.02564103 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.05128205                  0.02564103 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.40825123                  0.02564103 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.47508306                  0.02564103 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.53846154                  0.77957861 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.15384615                  0.05128205 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.39069457                  0.11818182 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.20103093                  0.02564103 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.49367089                  0.02564103 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.15384615                  0.07692308 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.12820513                  0.02564103 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.27753934                  0.12820513 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.32188849                  0.02564103 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.05128205                  0.12820513 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.12820513                  0.20512821 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.02564103                  0.30769231 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.10256410                  0.43279901 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.46428571                  0.07692308 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.10256410                  0.12820513 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.37904968                  0.07692308 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.50000000                  0.07692308 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.02564103                  0.20851875 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.05128205                  0.05128205 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.42576419                  0.05128205 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.05128205                  0.02564103 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.22941176                  0.07692308 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.20512821                  0.15384615 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.40935115                  0.05128205 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.10256410                  0.29104478 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.10256410                  0.07692308 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.02564103                  0.02564103 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.877                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       0.162 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.099                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.074                       0.108 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.966 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       0.045                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.096                       0.290 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.867                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.885                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.317 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.921                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       0.199 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.042                       0.910 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.739                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.098                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.042                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.423                       0.038 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.924                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.193                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.924                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       0.044                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.852                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.823                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.791 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.679 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.955                       0.119 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.047                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.198                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       0.055                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       1.000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       0.102                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.885                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.114                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       0.166 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.903                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.952                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Holcus lanatus has a high indval score of 0.780 and a low p value of 0.026. This species is #the indicator species for Clinochlore.

clustCuspidine <-cut(PlantChemistry1$Cuspidine, 5, labels=FALSE)
CuspidineIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustCuspidine, type= "long")
gr <- CuspidineIndval$maxcls[CuspidineIndval$pval<=0.05]
iv <- CuspidineIndval$indcls[CuspidineIndval$pval<=0.05]
pv <- CuspidineIndval$pval[CuspidineIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[CuspidineIndval$pval<=0.05]
CuspidineIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
CuspidineIndvalsummary <- CuspidineIndvalsummary[order(CuspidineIndvalsummary$group, 
                                                           -CuspidineIndvalsummary$indval),]
print(CuspidineIndvalsummary)
##                        group    indval pvalue freq
## Pillosella.officinarum     2 0.7745875  0.001    4
## Carlina.vulgaris           2 0.7064591  0.003    2
## Taraxacum.agg.             2 0.4402516  0.038    3
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustCuspidine))
##                        cluster indicator_value probability
## Pillosella.officinarum       2          0.7746       0.003
## Carlina.vulgaris             2          0.7065       0.001
## Taraxacum.agg.               2          0.4403       0.038
## 
## Sum of probabilities                 =  107.26 
## 
## Sum of Indicator Values              =  16.36 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  1.92 
## 
## Number of Significant Indicators     =  3 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 3
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustCuspidine))
## $relfrq
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               0.22857143 0.0000000
## Agrostis.canina             0.02857143 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.02857143 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.02857143 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.05714286 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.17142857 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.14285714 0.0000000
## Aphanes.arvensis            0.08571429 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.22857143 0.0000000
## Atrichum.undulatum          0.05714286 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.02857143 0.0000000
## Bellis.perennis             0.31428571 0.1666667
## Betula.pubescens            0.02857143 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.02857143 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.02857143 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.02857143 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.11428571 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.17142857 0.0000000
## Briza.media                 0.08571429 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           0.02857143 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.02857143 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.05714286 0.1666667
## Bryum.capillare             0.02857143 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.08571429 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.42857143 0.0000000
## Calypogeia.arguta           0.22857143 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.02857143 0.0000000
## Carex.distans               0.02857143 0.1666667
## Carex.flacca                0.14285714 0.3333333
## Carex.panicea               0.02857143 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.14285714 0.8333333
## Centaurea.nigra             0.02857143 0.1666667
## Centaurium.erythraea        0.05714286 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.05714286 0.3333333
## Centaurium.pulchellum       0.02857143 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.20000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  0.02857143 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.02857143 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.08571429 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.05714286 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.05714286 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.08571429 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.14285714 0.1666667
## Dactylorhiza.fuchsii        0.05714286 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.02857143 0.0000000
## Daucus.carrota              0.05714286 0.0000000
## Dicranella.spp.             0.00000000 0.1666667
## Dicranum.scoparium          0.14285714 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.08571429 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.08571429 0.0000000
## Equisteum.variegatum        0.02857143 0.0000000
## Erigeron.acer               0.05714286 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.25714286 0.3333333
## Festuca.ovina               0.14285714 0.3333333
## Festuca.rubra               0.37142857 0.3333333
## Festuca.rubra.agg.          0.02857143 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.08571429 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.02857143 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.05714286 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.00000000 0.1666667
## Fragaria.vesca              0.17142857 0.0000000
## Galium.aparine              0.02857143 0.0000000
## Galium.arvense              0.02857143 0.0000000
## Galium.saxatile             0.00000000 0.1666667
## Galium.verum                0.11428571 0.0000000
## Geum.urbanum                0.02857143 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.02857143 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.02857143 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.08571429 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.02857143 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.48571429 0.6666667
## Holcus.lanatus              0.31428571 0.1666667
## Holcus.mollis               0.17142857 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.02857143 0.1666667
## Hylocomium.splendens        0.20000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.17142857 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.22857143 0.3333333
## Hypnum.imponens             0.02857143 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.08571429 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.02857143 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.17142857 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.08571429 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.08571429 0.3333333
## Leontodon.saxatilis         0.02857143 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.37142857 0.1666667
## Linum.catharticum           0.08571429 0.3333333
## Lolium.perenne              0.11428571 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.02857143 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.42857143 0.5000000
## Luzula.multiflora           0.02857143 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.05714286 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.11428571 0.1666667
## Myosotis.arvensis           0.08571429 0.3333333
## Ononis.repens               0.17142857 0.3333333
## Oxalis.acetosella           0.02857143 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.02857143 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.02857143 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.20000000 0.8333333
## Plantago.coronopus          0.05714286 0.3333333
## Plantago.lanceolata         0.31428571 0.3333333
## Pleurozium.schreberi        0.11428571 0.0000000
## Poa.annua                   0.05714286 0.1666667
## Poa.spp.                    0.02857143 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.02857143 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.02857143 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.02857143 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.11428571 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.11428571 0.1666667
## Pseudoscleropidum.purum     0.20000000 0.1666667
## Pteridium.aquilinum         0.08571429 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.02857143 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.08571429 0.0000000
## Reseda.lutea                0.02857143 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.02857143 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.02857143 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.34285714 0.1666667
## Rhytidadelphus.triquetris   0.05714286 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.05714286 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.05714286 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.05714286 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.02857143 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.05714286 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.02857143 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.02857143 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.05714286 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.02857143 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.20000000 0.6666667
## Thuidium.tamariscinum       0.08571429 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.14285714 0.5000000
## Trichostomum.crispulum      0.11428571 0.3333333
## Trifolium.campestre         0.20000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.02857143 0.1666667
## Trifolium.pratense          0.08571429 0.1666667
## Trifolium.repens            0.14285714 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.11428571 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.05714286 0.1666667
## Urtica.diocia               0.08571429 0.1666667
## Veronica.officinalis        0.02857143 0.0000000
## Vicia.sativa                0.02857143 0.0000000
## Viola.riviniana             0.02857143 0.0000000
## Weissia.controversa         0.02857143 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.02857143 0.0000000
## 
## $relabu
##                                      1          5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.00000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.00000000 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        1.00000000 0.00000000
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       1.00000000 0.00000000
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.00000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.00000000
## Bellis.perennis             0.47902571 0.52097429
## Betula.pubescens            1.00000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     1.00000000 0.00000000
## Briza.media                 1.00000000 0.00000000
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.19354839 0.80645161
## Bryum.capillare             1.00000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    1.00000000 0.00000000
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.00000000
## Carex.distans               0.27931961 0.72068039
## Carex.flacca                0.86930545 0.13069455
## Carex.panicea               1.00000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.15224913 0.84775087
## Centaurea.nigra             0.25531915 0.74468085
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.18604651 0.81395349
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          1.00000000 0.00000000
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.00000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.00000000
## Dactylis.glomerata          0.55242967 0.44757033
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.00000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.00000000
## Daucus.carrota              1.00000000 0.00000000
## Dicranella.spp.             0.00000000 1.00000000
## Dicranum.scoparium          1.00000000 0.00000000
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.00000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.00000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.12139378 0.87860622
## Festuca.ovina               0.37347437 0.62652563
## Festuca.rubra               0.39964357 0.60035643
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.00000000
## Fissidens.exilis            0.00000000 1.00000000
## Fragaria.vesca              1.00000000 0.00000000
## Galium.aparine              1.00000000 0.00000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.00000000
## Galium.saxatile             0.00000000 1.00000000
## Galium.verum                1.00000000 0.00000000
## Geum.urbanum                1.00000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.00000000
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.46292521 0.53707479
## Holcus.lanatus              0.83313468 0.16686532
## Holcus.mollis               1.00000000 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     0.01060071 0.98939929
## Hylocomium.splendens        1.00000000 0.00000000
## Hypericum.perforatum        1.00000000 0.00000000
## Hypnum.cupressiforme        0.24148607 0.75851393
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        1.00000000 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.00000000
## Leontodon.hispidus          0.12684989 0.87315011
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.72440945 0.27559055
## Linum.catharticum           0.24148607 0.75851393
## Lolium.perenne              1.00000000 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.29126611 0.70873389
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.77419355 0.22580645
## Myosotis.arvensis           0.18060201 0.81939799
## Ononis.repens               0.93488372 0.06511628
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.07049499 0.92950501
## Plantago.coronopus          0.22222222 0.77777778
## Plantago.lanceolata         0.25141859 0.74858141
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.00000000
## Poa.annua                   0.26386233 0.73613767
## Poa.spp.                    1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          1.00000000 0.00000000
## Prunella.vulgaris           0.46153846 0.53846154
## Pseudoscleropidum.purum     0.77987421 0.22012579
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.00000000
## Ranunculus.repens           1.00000000 0.00000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.57831325 0.42168675
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.00000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.00000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.00000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.33962264 0.66037736
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.38759433 0.61240567
## Trichostomum.crispulum      0.22222222 0.77777778
## Trifolium.campestre         1.00000000 0.00000000
## Trifolium.dubium            0.19051352 0.80948648
## Trifolium.pratense          0.06130268 0.93869732
## Trifolium.repens            1.00000000 0.00000000
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.00000000
## Tussilago.farfara           0.52054795 0.47945205
## Urtica.diocia               0.72564390 0.27435610
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.00000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.00000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.00000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.00000000
## 
## $indval
##                                        1          5
## Agrostis.spp.               0.2285714286 0.00000000
## Agrostis.canina             0.0285714286 0.00000000
## Alchemilla.mollis           0.0285714286 0.00000000
## Alopercus.pratensis         0.0285714286 0.00000000
## Angelica.sylvestris         0.0571428571 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.1714285714 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        0.1428571429 0.00000000
## Aphanes.arvensis            0.0857142857 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       0.2285714286 0.00000000
## Atrichum.undulatum          0.0571428571 0.00000000
## Avenula.pratensis           0.0285714286 0.00000000
## Bellis.perennis             0.1505509376 0.08682905
## Betula.pubescens            0.0285714286 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0285714286 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.0285714286 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     0.0285714286 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     0.1142857143 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.1714285714 0.00000000
## Briza.media                 0.0857142857 0.00000000
## Bromus.hordeaceus           0.0285714286 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0285714286 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0110599078 0.13440860
## Bryum.capillare             0.0285714286 0.00000000
## Bryum.spp.                  0.0857142857 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.4285714286 0.00000000
## Calypogeia.arguta           0.2285714286 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      0.0285714286 0.00000000
## Carex.distans               0.0079805602 0.12011340
## Carex.flacca                0.1241864931 0.04356485
## Carex.panicea               0.0285714286 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.0217498764 0.70645905
## Centaurea.nigra             0.0072948328 0.12411348
## Centaurium.erythraea        0.0571428571 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.0106312292 0.27131783
## Centaurium.pulchellum       0.0285714286 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.2000000000 0.00000000
## Chamaenerion.angustifolium  0.0285714286 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0285714286 0.00000000
## Cirsium.arvense             0.0857142857 0.00000000
## Cirsium.palustre            0.0571428571 0.00000000
## Crepis.capillaris           0.0571428571 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         0.0857142857 0.00000000
## Dactylis.glomerata          0.0789185239 0.07459506
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0571428571 0.00000000
## Danthonia.decumbens         0.0285714286 0.00000000
## Daucus.carrota              0.0571428571 0.00000000
## Dicranella.spp.             0.0000000000 0.16666667
## Dicranum.scoparium          0.1428571429 0.00000000
## Epilobium.montanum          0.0857142857 0.00000000
## Equisetum.arvense           0.0857142857 0.00000000
## Equisteum.variegatum        0.0285714286 0.00000000
## Erigeron.acer               0.0571428571 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.0312155435 0.29286874
## Festuca.ovina               0.0533534813 0.20884188
## Festuca.rubra               0.1484390415 0.20011881
## Festuca.rubra.agg.          0.0285714286 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         0.0857142857 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      0.0285714286 0.00000000
## Fissidens.dubius            0.0571428571 0.00000000
## Fissidens.exilis            0.0000000000 0.16666667
## Fragaria.vesca              0.1714285714 0.00000000
## Galium.aparine              0.0285714286 0.00000000
## Galium.arvense              0.0285714286 0.00000000
## Galium.saxatile             0.0000000000 0.16666667
## Galium.verum                0.1142857143 0.00000000
## Geum.urbanum                0.0285714286 0.00000000
## Glechoma.hederacea          0.0285714286 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          0.0285714286 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       0.0857142857 0.00000000
## Hieracium.spp.              0.0285714286 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.2248493860 0.35804986
## Holcus.lanatus              0.2618423293 0.02781089
## Holcus.mollis               0.1714285714 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     0.0003028773 0.16489988
## Hylocomium.splendens        0.2000000000 0.00000000
## Hypericum.perforatum        0.1714285714 0.00000000
## Hypnum.cupressiforme        0.0551968156 0.25283798
## Hypnum.imponens             0.0285714286 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0857142857 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        0.0285714286 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.1714285714 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          0.0857142857 0.00000000
## Leontodon.hispidus          0.0108728481 0.29105004
## Leontodon.saxatilis         0.0285714286 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.2690663667 0.04593176
## Linum.catharticum           0.0206988058 0.25283798
## Lolium.perenne              0.1142857143 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        0.0285714286 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.1248283318 0.35436695
## Luzula.multiflora           0.0285714286 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.0571428571 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.0884792627 0.03763441
## Myosotis.arvensis           0.0154801720 0.27313266
## Ononis.repens               0.1602657807 0.02170543
## Oxalis.acetosella           0.0285714286 0.00000000
## Pastinaca.sativa            0.0285714286 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0285714286 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.0140989989 0.77458750
## Plantago.coronopus          0.0126984127 0.25925926
## Plantago.lanceolata         0.0790172726 0.24952714
## Pleurozium.schreberi        0.1142857143 0.00000000
## Poa.annua                   0.0150778476 0.12268961
## Poa.spp.                    0.0285714286 0.00000000
## Polytrichum.commune         0.0285714286 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0285714286 0.00000000
## Polytrichum.formosum        0.0285714286 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.1142857143 0.00000000
## Prunella.vulgaris           0.0527472527 0.08974359
## Pseudoscleropidum.purum     0.1559748428 0.03668763
## Pteridium.aquilinum         0.0857142857 0.00000000
## Ranunculus.acris            0.0285714286 0.00000000
## Ranunculus.repens           0.0857142857 0.00000000
## Reseda.lutea                0.0285714286 0.00000000
## Rhinanthus.minor            0.0285714286 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0285714286 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.1982788296 0.07028112
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0571428571 0.00000000
## Rubus.fruticosus            0.0571428571 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0571428571 0.00000000
## Saniona.uncinata            0.0571428571 0.00000000
## Sedum.anglicum              0.0285714286 0.00000000
## Senecio.jacobaea            0.0571428571 0.00000000
## Senecio.vulgaris            0.0285714286 0.00000000
## Sonchus.arvensis            0.0285714286 0.00000000
## Stachys.sylvatica           0.0571428571 0.00000000
## Stellaria.apetala           0.0285714286 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.0679245283 0.44025157
## Thuidium.tamariscinum       0.0857142857 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.0553706183 0.30620284
## Trichostomum.crispulum      0.0253968254 0.25925926
## Trifolium.campestre         0.2000000000 0.00000000
## Trifolium.dubium            0.0054432435 0.13491441
## Trifolium.pratense          0.0052545156 0.15644955
## Trifolium.repens            0.1428571429 0.00000000
## Trisetum.flavescens         0.1142857143 0.00000000
## Tussilago.farfara           0.0297455969 0.07990868
## Urtica.diocia               0.0621980483 0.04572602
## Veronica.officinalis        0.0285714286 0.00000000
## Vicia.sativa                0.0285714286 0.00000000
## Viola.riviniana             0.0285714286 0.00000000
## Weissia.controversa         0.0285714286 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           0.0285714286 0.00000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           2 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           2 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           2                           2 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           2 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           2                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           2 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           2                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           2 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           2 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           2                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           2 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           2                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           2 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           2                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           2                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           2 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           2                           2 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           2 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           2 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           2                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           2                           2 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           2 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           2                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           2 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.22857143                  0.02857143 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.02857143                  0.02857143 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.05714286                  0.17142857 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.14285714                  0.08571429 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.22857143                  0.05714286 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.02857143                  0.15055094 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.02857143                  0.02857143 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.02857143                  0.02857143 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.11428571                  0.17142857 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.08571429                  0.02857143 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.02857143                  0.13440860 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.02857143                  0.08571429 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.42857143                  0.22857143 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.02857143                  0.12011340 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.12418649                  0.02857143 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.70645905                  0.12411348 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.05714286                  0.27131783 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.02857143                  0.20000000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.02857143                  0.02857143 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.08571429                  0.05714286 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.05714286                  0.08571429 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.07891852                  0.05714286 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.02857143                  0.05714286 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.16666667                  0.14285714 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.08571429                  0.08571429 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.02857143                  0.05714286 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.29286874                  0.20884188 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.20011881                  0.02857143 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.08571429                  0.02857143 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.05714286                  0.16666667 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.17142857                  0.02857143 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.02857143                  0.16666667 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.11428571                  0.02857143 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.02857143                  0.02857143 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.08571429                  0.02857143 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.35804986                  0.26184233 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.17142857                  0.16489988 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.20000000                  0.17142857 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.25283798                  0.02857143 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.08571429                  0.02857143 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.17142857                  0.08571429 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.29105004                  0.02857143 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.26906637                  0.25283798 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.11428571                  0.02857143 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.35436695                  0.02857143 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.05714286                  0.08847926 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.27313266                  0.16026578 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.02857143                  0.02857143 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.02857143                  0.77458750 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.25925926                  0.24952714 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.11428571                  0.12268961 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.02857143                  0.02857143 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.02857143                  0.02857143 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.11428571                  0.08974359 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.15597484                  0.08571429 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.02857143                  0.08571429 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.02857143                  0.02857143 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.02857143                  0.19827883 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.05714286                  0.05714286 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.05714286                  0.05714286 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.02857143                  0.05714286 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.02857143                  0.02857143 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.05714286                  0.02857143 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.44025157                  0.08571429 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.30620284                  0.25925926 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.20000000                  0.13491441 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.15644955                  0.14285714 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.11428571                  0.07990868 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.06219805                  0.02857143 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.02857143                  0.02857143 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.02857143                  0.02857143 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.444                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       0.550 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.543                       0.899 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.355                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.973 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       0.793                       0.562 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       0.800                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       0.263 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       0.881 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.127                       0.443 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       0.286 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.851                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.001                       0.292 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       0.853                       0.061 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.470 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       0.870 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       0.139                       0.593 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       0.902                       0.882 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.273                       0.191 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.881                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       0.787                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       0.149 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.577                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       0.163 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.791                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       0.772                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.497                       0.472 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.487                       0.131 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.505                       0.558 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.334                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       0.765                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       0.545                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       0.063                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.533                       0.121 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       0.685                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.411                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       0.887                       0.950 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       0.083                       0.771 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.002 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.068                       0.592 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.810                       0.302 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.707                       0.930 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.697                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       0.890 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.716 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.030                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.071                       0.097 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.465                       0.275 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       0.201                       0.637 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.659                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Pilosella officinarum has a high indval score of 0.775 and a low p value of 0.001. Pilosella #officinarum is the indicator species for Cuspidine.

clustDiaspore <-cut(PlantChemistry1$Diaspore, 5, labels=FALSE)
DiasporeIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustDiaspore, type= "long")
gr <- DiasporeIndval$maxcls[DiasporeIndval$pval<=0.05]
iv <- DiasporeIndval$indcls[DiasporeIndval$pval<=0.05]
pv <- DiasporeIndval$pval[DiasporeIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[DiasporeIndval$pval<=0.05]
DiasporeIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
DiasporeIndvalsummary <- DiasporeIndvalsummary[order(DiasporeIndvalsummary$group, 
                                                         -DiasporeIndvalsummary$indval),]
print(DiasporeIndvalsummary)
##                         group    indval pvalue freq
## Hieracium.spp.              2 1.0000000  0.025   21
## Daucus.carrota              2 0.9876543  0.033    1
## Leontodon.hispidus          2 0.9382330  0.041    1
## Pseudoscleropidum.purum     2 0.9288824  0.024    3
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustDiaspore))
##                         cluster indicator_value probability
## Hieracium.spp.                2          1.0000       0.022
## Daucus.carrota                2          0.9877       0.030
## Leontodon.hispidus            2          0.9382       0.044
## Pseudoscleropidum.purum       2          0.9289       0.028
## Trisetum.flavescens           2          0.4898       0.043
## 
## Sum of probabilities                 =  129.061 
## 
## Sum of Indicator Values              =  20.11 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  4.34 
## 
## Number of Significant Indicators     =  5 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 5
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustDiaspore))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.200 0
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.025 0
## Alopercus.pratensis         0.025 0
## Angelica.sylvestris         0.050 0
## Anthoxanthum.odoratum       0.150 0
## Anthyllis.vulneraria        0.100 1
## Aphanes.arvensis            0.075 0
## Arrhenatherum.elatius       0.200 0
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.025 0
## Bellis.perennis             0.275 1
## Betula.pubescens            0.025 0
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.100 0
## Brachythecium.rutabulum     0.150 0
## Briza.media                 0.050 1
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025 0
## Bryum.c.f..pallescens       0.075 0
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.075 0
## Calliergonella.cupsidata    0.375 0
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.025 0
## Carex.distans               0.050 0
## Carex.flacca                0.175 0
## Carex.panicea               0.025 0
## Carlina.vulgaris            0.250 0
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.100 0
## Centaurium.pulchellum       0.025 0
## Cerastium.fontanum          0.150 1
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.025 0
## Cirsium.arvense             0.075 0
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.050 0
## Cynosurus.cristatus         0.075 0
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.025 1
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.125 0
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.075 0
## Equisteum.variegatum        0.025 0
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.275 0
## Festuca.ovina               0.150 1
## Festuca.rubra               0.350 1
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.075 0
## Fissidens.adianthoides      0.025 0
## Fissidens.dubius            0.050 0
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.150 0
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.075 1
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.000 1
## Holcus.spp.                 0.500 1
## Holcus.lanatus              0.275 1
## Holcus.mollis               0.150 0
## Homalothecium.lutescens     0.050 0
## Hylocomium.splendens        0.175 0
## Hypericum.perforatum        0.150 0
## Hypnum.cupressiforme        0.250 0
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.025 0
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.075 0
## Leontodon.hispidus          0.100 1
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.325 1
## Linum.catharticum           0.125 0
## Lolium.perenne              0.100 0
## Lophocolea.semiteres        0.025 0
## Lotus.corniculatus          0.425 1
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.050 0
## Medicago.lupulina           0.125 0
## Myosotis.arvensis           0.125 0
## Ononis.repens               0.200 0
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.275 1
## Plantago.coronopus          0.100 0
## Plantago.lanceolata         0.300 1
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.075 0
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.100 0
## Prunella.vulgaris           0.125 0
## Pseudoscleropidum.purum     0.175 1
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.075 0
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325 0
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050 0
## Rubus.fruticosus            0.050 0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050 0
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.050 0
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.050 0
## Stellaria.apetala           0.025 0
## Taraxacum.agg.              0.275 0
## Thuidium.tamariscinum       0.075 0
## Thymus.polytrichus          0.200 0
## Trichostomum.crispulum      0.150 0
## Trifolium.campestre         0.150 1
## Trifolium.dubium            0.050 0
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.125 0
## Trisetum.flavescens         0.075 1
## Tussilago.farfara           0.075 0
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.025 0
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.025 0
## Zygodon.stirtonii           0.025 0
## 
## $relabu
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.0000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.00000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.23353293 0.7664671
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       1.00000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.21052632 0.7894737
## Betula.pubescens            1.00000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.00000000 0.0000000
## Briza.media                 0.31477516 0.6852248
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.00000000 0.0000000
## Bryum.capillare             1.00000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    1.00000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.0000000
## Carex.distans               1.00000000 0.0000000
## Carex.flacca                1.00000000 0.0000000
## Carex.panicea               1.00000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.23076923 0.7692308
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          1.00000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.01234568 0.9876543
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.00000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               1.00000000 0.0000000
## Festuca.ovina               0.70909091 0.2909091
## Festuca.rubra               0.82378855 0.1762115
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.00000000 0.0000000
## Galium.aparine              1.00000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.0000000
## Galium.verum                0.81566820 0.1843318
## Geum.urbanum                1.00000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.00000000 1.0000000
## Holcus.spp.                 0.87742594 0.1225741
## Holcus.lanatus              0.74921630 0.2507837
## Holcus.mollis               1.00000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     1.00000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        1.00000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.00000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.06176701 0.9382330
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.44186047 0.5581395
## Linum.catharticum           1.00000000 0.0000000
## Lolium.perenne              1.00000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.67501693 0.3249831
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.00000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.00000000 0.0000000
## Ononis.repens               1.00000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.77369165 0.2263083
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.54198473 0.4580153
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.0000000
## Poa.annua                   1.00000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.00000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           1.00000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.07111756 0.9288824
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.00000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              1.00000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          1.00000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      1.00000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.58974359 0.4102564
## Trifolium.dubium            1.00000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.00000000 0.0000000
## Trifolium.repens            1.00000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.51020408 0.4897959
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.00000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                       1         5
## Agrostis.spp.               0.200000000 0.0000000
## Agrostis.canina             0.025000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.025000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.025000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.050000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.150000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.023353293 0.7664671
## Aphanes.arvensis            0.075000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.200000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          0.050000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.025000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.057894737 0.7894737
## Betula.pubescens            0.025000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.100000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.150000000 0.0000000
## Briza.media                 0.015738758 0.6852248
## Bromus.hordeaceus           0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.075000000 0.0000000
## Bryum.capillare             0.025000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.075000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.375000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           0.200000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.025000000 0.0000000
## Carex.distans               0.050000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.175000000 0.0000000
## Carex.panicea               0.025000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.250000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             0.050000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.050000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.100000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       0.025000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.034615385 0.7692308
## Chamaenerion.angustifolium  0.025000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.025000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.075000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.050000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.050000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.075000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.150000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.025000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.000308642 0.9876543
## Dicranella.spp.             0.025000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.125000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.075000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.075000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        0.025000000 0.0000000
## Erigeron.acer               0.050000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.275000000 0.0000000
## Festuca.ovina               0.106363636 0.2909091
## Festuca.rubra               0.288325991 0.1762115
## Festuca.rubra.agg.          0.025000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.075000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.025000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.050000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.025000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.150000000 0.0000000
## Galium.aparine              0.025000000 0.0000000
## Galium.arvense              0.025000000 0.0000000
## Galium.saxatile             0.025000000 0.0000000
## Galium.verum                0.061175115 0.1843318
## Geum.urbanum                0.025000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.025000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.025000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.075000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.000000000 1.0000000
## Holcus.spp.                 0.438712972 0.1225741
## Holcus.lanatus              0.206034483 0.2507837
## Holcus.mollis               0.150000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.050000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.175000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.150000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.250000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             0.025000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.075000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.025000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.150000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.075000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.006176701 0.9382330
## Leontodon.saxatilis         0.025000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.143604651 0.5581395
## Linum.catharticum           0.125000000 0.0000000
## Lolium.perenne              0.100000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.025000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.286882194 0.3249831
## Luzula.multiflora           0.025000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.050000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.125000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.125000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.200000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           0.025000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.025000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.025000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.212765205 0.2263083
## Plantago.coronopus          0.100000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.162595420 0.4580153
## Pleurozium.schreberi        0.100000000 0.0000000
## Poa.annua                   0.075000000 0.0000000
## Poa.spp.                    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.025000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.100000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.125000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.012445573 0.9288824
## Pteridium.aquilinum         0.075000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.025000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.075000000 0.0000000
## Reseda.lutea                0.025000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.025000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.025000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.050000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.050000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.025000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.050000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.025000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.025000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.050000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.025000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.275000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       0.075000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.200000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      0.150000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.088461538 0.4102564
## Trifolium.dubium            0.050000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          0.100000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.125000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.038265306 0.4897959
## Tussilago.farfara           0.075000000 0.0000000
## Urtica.diocia               0.100000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.025000000 0.0000000
## Vicia.sativa                0.025000000 0.0000000
## Viola.riviniana             0.025000000 0.0000000
## Weissia.controversa         0.025000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.025000000 0.0000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           2                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           2 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           2                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           2 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           2 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           2                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           2 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           2                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           2                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           2                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           2 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           2 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           2                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           2                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           2                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.2000000                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.0500000                   0.1500000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.7664671                   0.0750000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.2000000                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   0.0250000                   0.7894737 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.1000000                   0.1500000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.6852248                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.3750000                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.1750000                   0.0250000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.2500000                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.1000000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   0.0250000                   0.7692308 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.0750000                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.0500000                   0.0750000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.9876543 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.1250000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.0750000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.2750000                   0.2909091 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.2883260                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.1500000                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.1843318                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   1.0000000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.4387130                   0.2507837 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.1750000                   0.1500000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.2500000                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.0750000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.9382330                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.5581395                   0.1250000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.3249831                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.0500000                   0.1250000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.1250000                   0.2000000 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.2263083 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.1000000                   0.4580153 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.9288824                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.3250000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.0500000                   0.0500000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.0500000                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.2750000                   0.0750000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.2000000                   0.1500000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.4102564                   0.0500000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.4897959                   0.0750000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   0.0250000                   0.0250000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       1.000                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.105                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       1.000                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.170 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       0.065                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.897                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.974                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       1.000                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.182 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       0.021 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.949                       0.164 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       1.000                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.081                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       0.017 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.869                       0.980 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.976                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.986                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       1.000                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       0.055                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.169                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       1.000                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.908 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.978 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       1.000                       0.253 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.032                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       1.000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       1.000                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.167                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.055                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Hieracium spp. has a high indval score of 1 and a low p value of 0.026. This species is #the indicator species for Diaspore.

clustDickite <-cut(PlantChemistry1$Dickite, 5, labels=FALSE)
DickiteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustDickite, type= "long")
gr <- DickiteIndval$maxcls[DickiteIndval$pval<=0.05]
iv <- DickiteIndval$indcls[DickiteIndval$pval<=0.05]
pv <- DickiteIndval$pval[DickiteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[DickiteIndval$pval<=0.05]
DickiteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
DickiteIndvalsummary <- DickiteIndvalsummary[order(DickiteIndvalsummary$group, 
                                                     -DickiteIndvalsummary$indval),]
print(DickiteIndvalsummary)
##                     group    indval pvalue freq
## Hypnum.jutlandicum      2 0.6586667  0.012    1
## Plantago.lanceolata     2 0.5643882  0.042    4
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustDickite))
##                     cluster indicator_value probability
## Hypnum.jutlandicum        2          0.6587       0.011
## Plantago.lanceolata       2          0.5644       0.040
## 
## Sum of probabilities                 =  112.097 
## 
## Sum of Indicator Values              =  17.81 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  1.22 
## 
## Number of Significant Indicators     =  2 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 2
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustDickite))
## $relfrq
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               0.18421053 0.3333333
## Agrostis.canina             0.02631579 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.02631579 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.02631579 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.05263158 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.13157895 0.3333333
## Anthyllis.vulneraria        0.13157895 0.0000000
## Aphanes.arvensis            0.05263158 0.3333333
## Arrhenatherum.elatius       0.18421053 0.3333333
## Atrichum.undulatum          0.02631579 0.3333333
## Avenula.pratensis           0.02631579 0.0000000
## Bellis.perennis             0.31578947 0.0000000
## Betula.pubescens            0.02631579 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.02631579 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.02631579 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.02631579 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.07894737 0.3333333
## Brachythecium.rutabulum     0.13157895 0.3333333
## Briza.media                 0.07894737 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           0.02631579 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.02631579 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.07894737 0.0000000
## Bryum.capillare             0.02631579 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.07894737 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.36842105 0.3333333
## Calypogeia.arguta           0.15789474 0.6666667
## Campanula.rotundifolia      0.02631579 0.0000000
## Carex.distans               0.05263158 0.0000000
## Carex.flacca                0.15789474 0.3333333
## Carex.panicea               0.02631579 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.23684211 0.3333333
## Centaurea.nigra             0.05263158 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.05263158 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.10526316 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       0.02631579 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.18421053 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  0.02631579 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.02631579 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.07894737 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.05263158 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.05263158 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.05263158 0.3333333
## Dactylis.glomerata          0.13157895 0.3333333
## Dactylorhiza.fuchsii        0.02631579 0.3333333
## Danthonia.decumbens         0.00000000 0.3333333
## Daucus.carrota              0.05263158 0.0000000
## Dicranella.spp.             0.02631579 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.10526316 0.3333333
## Epilobium.montanum          0.07894737 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.07894737 0.0000000
## Equisteum.variegatum        0.02631579 0.0000000
## Erigeron.acer               0.05263158 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.26315789 0.3333333
## Festuca.ovina               0.18421053 0.0000000
## Festuca.rubra               0.39473684 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          0.02631579 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.07894737 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.02631579 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.05263158 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.02631579 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.13157895 0.3333333
## Galium.aparine              0.02631579 0.0000000
## Galium.arvense              0.02631579 0.0000000
## Galium.saxatile             0.02631579 0.0000000
## Galium.verum                0.10526316 0.0000000
## Geum.urbanum                0.02631579 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.02631579 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.02631579 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.05263158 0.3333333
## Hieracium.spp.              0.02631579 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.52631579 0.3333333
## Holcus.lanatus              0.28947368 0.3333333
## Holcus.mollis               0.13157895 0.3333333
## Homalothecium.lutescens     0.05263158 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.15789474 0.3333333
## Hypericum.perforatum        0.13157895 0.3333333
## Hypnum.cupressiforme        0.21052632 0.6666667
## Hypnum.imponens             0.02631579 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.02631579 0.6666667
## Hypochaeris.radicata        0.02631579 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.13157895 0.3333333
## Lathyrus.pratensis          0.05263158 0.3333333
## Leontodon.hispidus          0.10526316 0.3333333
## Leontodon.saxatilis         0.02631579 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.34210526 0.3333333
## Linum.catharticum           0.10526316 0.3333333
## Lolium.perenne              0.10526316 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.02631579 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.47368421 0.0000000
## Luzula.multiflora           0.02631579 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.05263158 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.13157895 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.13157895 0.0000000
## Ononis.repens               0.18421053 0.3333333
## Oxalis.acetosella           0.02631579 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.02631579 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.02631579 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.31578947 0.0000000
## Plantago.coronopus          0.10526316 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.28947368 0.6666667
## Pleurozium.schreberi        0.07894737 0.3333333
## Poa.annua                   0.07894737 0.0000000
## Poa.spp.                    0.02631579 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.02631579 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.02631579 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.02631579 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.07894737 0.3333333
## Prunella.vulgaris           0.13157895 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.18421053 0.3333333
## Pteridium.aquilinum         0.07894737 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.00000000 0.3333333
## Ranunculus.repens           0.07894737 0.0000000
## Reseda.lutea                0.02631579 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.00000000 0.3333333
## Rhizomnium.punctatum        0.02631579 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.31578947 0.3333333
## Rhytidadelphus.triquetris   0.05263158 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.05263158 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.05263158 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.05263158 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.02631579 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.05263158 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.02631579 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.02631579 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.05263158 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.02631579 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.26315789 0.3333333
## Thuidium.tamariscinum       0.07894737 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.18421053 0.3333333
## Trichostomum.crispulum      0.15789474 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.18421053 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.05263158 0.0000000
## Trifolium.pratense          0.07894737 0.3333333
## Trifolium.repens            0.13157895 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.10526316 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.07894737 0.0000000
## Urtica.diocia               0.07894737 0.3333333
## Veronica.officinalis        0.02631579 0.0000000
## Vicia.sativa                0.02631579 0.0000000
## Viola.riviniana             0.02631579 0.0000000
## Weissia.controversa         0.02631579 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.00000000 0.3333333
## 
## $relabu
##                                      1          5
## Agrostis.spp.               0.33665835 0.66334165
## Agrostis.canina             1.00000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.21956684 0.78043316
## Anthyllis.vulneraria        1.00000000 0.00000000
## Aphanes.arvensis            0.04128440 0.95871560
## Arrhenatherum.elatius       0.04316547 0.95683453
## Atrichum.undulatum          0.07317073 0.92682927
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.00000000
## Bellis.perennis             1.00000000 0.00000000
## Betula.pubescens            1.00000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     0.05472637 0.94527363
## Brachythecium.rutabulum     0.35593220 0.64406780
## Briza.media                 1.00000000 0.00000000
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.00000000 0.00000000
## Bryum.capillare             1.00000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.69600000 0.30400000
## Calypogeia.arguta           0.45907473 0.54092527
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.00000000
## Carex.distans               1.00000000 0.00000000
## Carex.flacca                0.62500000 0.37500000
## Carex.panicea               1.00000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.76829268 0.23170732
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.00000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          1.00000000 0.00000000
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.00000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         0.25398773 0.74601227
## Dactylis.glomerata          0.31531532 0.68468468
## Dactylorhiza.fuchsii        0.63461538 0.36538462
## Danthonia.decumbens         0.00000000 1.00000000
## Daucus.carrota              1.00000000 0.00000000
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.35181237 0.64818763
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.00000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.00000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.90452261 0.09547739
## Festuca.ovina               1.00000000 0.00000000
## Festuca.rubra               1.00000000 0.00000000
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.00000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.25704428 0.74295572
## Galium.aparine              1.00000000 0.00000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.00000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.00000000
## Galium.verum                1.00000000 0.00000000
## Geum.urbanum                1.00000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       0.41538462 0.58461538
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.44243792 0.55756208
## Holcus.lanatus              0.31013616 0.68986384
## Holcus.mollis               0.94780220 0.05219780
## Homalothecium.lutescens     1.00000000 0.00000000
## Hylocomium.splendens        0.30104231 0.69895769
## Hypericum.perforatum        0.83259912 0.16740088
## Hypnum.cupressiforme        0.37411765 0.62588235
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.01200000 0.98800000
## Hypochaeris.radicata        1.00000000 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.61224490 0.38775510
## Lathyrus.pratensis          0.24000000 0.76000000
## Leontodon.hispidus          0.80856423 0.19143577
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.88449848 0.11550152
## Linum.catharticum           0.15555556 0.84444444
## Lolium.perenne              1.00000000 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          1.00000000 0.00000000
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.00000000
## Medicago.lupulina           1.00000000 0.00000000
## Myosotis.arvensis           1.00000000 0.00000000
## Ononis.repens               0.93008280 0.06991720
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.00000000
## Pillosella.officinarum      1.00000000 0.00000000
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.15341772 0.84658228
## Pleurozium.schreberi        0.10588235 0.89411765
## Poa.annua                   1.00000000 0.00000000
## Poa.spp.                    1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.44117647 0.55882353
## Prunella.vulgaris           1.00000000 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.32941176 0.67058824
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            0.00000000 1.00000000
## Ranunculus.repens           1.00000000 0.00000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            0.00000000 1.00000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.76397516 0.23602484
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.00000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.00000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.00000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.46478873 0.53521127
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.91726283 0.08273717
## Trichostomum.crispulum      1.00000000 0.00000000
## Trifolium.campestre         1.00000000 0.00000000
## Trifolium.dubium            1.00000000 0.00000000
## Trifolium.pratense          0.68852459 0.31147541
## Trifolium.repens            1.00000000 0.00000000
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.00000000
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.00000000
## Urtica.diocia               0.08729792 0.91270208
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.00000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.00000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.00000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           0.00000000 1.00000000
## 
## $indval
##                                        1          5
## Agrostis.spp.               0.0620160126 0.22111388
## Agrostis.canina             0.0263157895 0.00000000
## Alchemilla.mollis           0.0263157895 0.00000000
## Alopercus.pratensis         0.0263157895 0.00000000
## Angelica.sylvestris         0.0526315789 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.0288903738 0.26014439
## Anthyllis.vulneraria        0.1315789474 0.00000000
## Aphanes.arvensis            0.0021728634 0.31957187
## Arrhenatherum.elatius       0.0079515335 0.31894484
## Atrichum.undulatum          0.0019255456 0.30894309
## Avenula.pratensis           0.0263157895 0.00000000
## Bellis.perennis             0.3157894737 0.00000000
## Betula.pubescens            0.0263157895 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0263157895 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.0263157895 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     0.0263157895 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     0.0043205027 0.31509121
## Brachythecium.rutabulum     0.0468331847 0.21468927
## Briza.media                 0.0789473684 0.00000000
## Bromus.hordeaceus           0.0263157895 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0263157895 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0789473684 0.00000000
## Bryum.capillare             0.0263157895 0.00000000
## Bryum.spp.                  0.0789473684 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.2564210526 0.10133333
## Calypogeia.arguta           0.0724854842 0.36061684
## Campanula.rotundifolia      0.0263157895 0.00000000
## Carex.distans               0.0526315789 0.00000000
## Carex.flacca                0.0986842105 0.12500000
## Carex.panicea               0.0263157895 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.1819640565 0.07723577
## Centaurea.nigra             0.0526315789 0.00000000
## Centaurium.erythraea        0.0526315789 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.1052631579 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       0.0263157895 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.1842105263 0.00000000
## Chamaenerion.angustifolium  0.0263157895 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0263157895 0.00000000
## Cirsium.arvense             0.0789473684 0.00000000
## Cirsium.palustre            0.0526315789 0.00000000
## Crepis.capillaris           0.0526315789 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         0.0133677753 0.24867076
## Dactylis.glomerata          0.0414888573 0.22822823
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0167004049 0.12179487
## Danthonia.decumbens         0.0000000000 0.33333333
## Daucus.carrota              0.0526315789 0.00000000
## Dicranella.spp.             0.0263157895 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.0370328807 0.21606254
## Epilobium.montanum          0.0789473684 0.00000000
## Equisetum.arvense           0.0789473684 0.00000000
## Equisteum.variegatum        0.0263157895 0.00000000
## Erigeron.acer               0.0526315789 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.2380322666 0.03182580
## Festuca.ovina               0.1842105263 0.00000000
## Festuca.rubra               0.3947368421 0.00000000
## Festuca.rubra.agg.          0.0263157895 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         0.0789473684 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      0.0263157895 0.00000000
## Fissidens.dubius            0.0526315789 0.00000000
## Fissidens.exilis            0.0263157895 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.0338216156 0.24765191
## Galium.aparine              0.0263157895 0.00000000
## Galium.arvense              0.0263157895 0.00000000
## Galium.saxatile             0.0263157895 0.00000000
## Galium.verum                0.1052631579 0.00000000
## Geum.urbanum                0.0263157895 0.00000000
## Glechoma.hederacea          0.0263157895 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          0.0263157895 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       0.0218623482 0.19487179
## Hieracium.spp.              0.0263157895 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.2328620649 0.18585403
## Holcus.lanatus              0.0897762561 0.22995461
## Holcus.mollis               0.1247108155 0.01739927
## Homalothecium.lutescens     0.0526315789 0.00000000
## Hylocomium.splendens        0.0475329956 0.23298590
## Hypericum.perforatum        0.1095525157 0.05580029
## Hypnum.cupressiforme        0.0787616099 0.41725490
## Hypnum.imponens             0.0263157895 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0003157895 0.65866667
## Hypochaeris.radicata        0.0263157895 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.0805585392 0.12925170
## Lathyrus.pratensis          0.0126315789 0.25333333
## Leontodon.hispidus          0.0851120244 0.06381192
## Leontodon.saxatilis         0.0263157895 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.3025915853 0.03850051
## Linum.catharticum           0.0163742690 0.28148148
## Lolium.perenne              0.1052631579 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        0.0263157895 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.4736842105 0.00000000
## Luzula.multiflora           0.0263157895 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.0526315789 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.1315789474 0.00000000
## Myosotis.arvensis           0.1315789474 0.00000000
## Ononis.repens               0.1713310415 0.02330573
## Oxalis.acetosella           0.0263157895 0.00000000
## Pastinaca.sativa            0.0263157895 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0263157895 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.3157894737 0.00000000
## Plantago.coronopus          0.1052631579 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.0444103931 0.56438819
## Pleurozium.schreberi        0.0083591331 0.29803922
## Poa.annua                   0.0789473684 0.00000000
## Poa.spp.                    0.0263157895 0.00000000
## Polytrichum.commune         0.0263157895 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0263157895 0.00000000
## Polytrichum.formosum        0.0263157895 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.0348297214 0.18627451
## Prunella.vulgaris           0.1315789474 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.0606811146 0.22352941
## Pteridium.aquilinum         0.0789473684 0.00000000
## Ranunculus.acris            0.0000000000 0.33333333
## Ranunculus.repens           0.0789473684 0.00000000
## Reseda.lutea                0.0263157895 0.00000000
## Rhinanthus.minor            0.0000000000 0.33333333
## Rhizomnium.punctatum        0.0263157895 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.2412553122 0.07867495
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0526315789 0.00000000
## Rubus.fruticosus            0.0526315789 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0526315789 0.00000000
## Saniona.uncinata            0.0526315789 0.00000000
## Sedum.anglicum              0.0263157895 0.00000000
## Senecio.jacobaea            0.0526315789 0.00000000
## Senecio.vulgaris            0.0263157895 0.00000000
## Sonchus.arvensis            0.0263157895 0.00000000
## Stachys.sylvatica           0.0526315789 0.00000000
## Stellaria.apetala           0.0263157895 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.1223128243 0.17840376
## Thuidium.tamariscinum       0.0789473684 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.1689694688 0.02757906
## Trichostomum.crispulum      0.1578947368 0.00000000
## Trifolium.campestre         0.1842105263 0.00000000
## Trifolium.dubium            0.0526315789 0.00000000
## Trifolium.pratense          0.0543572045 0.10382514
## Trifolium.repens            0.1315789474 0.00000000
## Trisetum.flavescens         0.1052631579 0.00000000
## Tussilago.farfara           0.0789473684 0.00000000
## Urtica.diocia               0.0068919412 0.30423403
## Veronica.officinalis        0.0263157895 0.00000000
## Vicia.sativa                0.0263157895 0.00000000
## Viola.riviniana             0.0263157895 0.00000000
## Weissia.controversa         0.0263157895 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           0.0000000000 0.33333333
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           2                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           2 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           2 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           2                           2 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           2                           2 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           2 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           2                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           2 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           2                           2 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           2                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           2 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           2                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           2                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           2                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           2                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           2                           2 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           2 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           2 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           2                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           2                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           2                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           2                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           2 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           2                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           2                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           2                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           2 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.22111388                  0.02631579 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.05263158                  0.26014439 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.13157895                  0.31957187 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.31894484                  0.30894309 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.02631579                  0.31578947 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.31509121                  0.21468927 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.07894737                  0.02631579 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.02631579                  0.07894737 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.02631579                  0.07894737 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.25642105                  0.36061684 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.02631579                  0.05263158 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.12500000                  0.02631579 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.18196406                  0.05263158 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.05263158                  0.10526316 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.02631579                  0.18421053 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.07894737                  0.05263158 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.05263158                  0.24867076 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.22822823                  0.12179487 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.33333333                  0.05263158 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.02631579                  0.21606254 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.07894737                  0.07894737 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.02631579                  0.05263158 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.23803227                  0.18421053 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.39473684                  0.02631579 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.07894737                  0.02631579 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.05263158                  0.02631579 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.24765191                  0.02631579 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.10526316                  0.02631579 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.19487179                  0.02631579 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.23286206                  0.22995461 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.12471082                  0.05263158 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.23298590                  0.10955252 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.41725490                  0.02631579 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.65866667                  0.02631579 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.12925170                  0.25333333 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.08511202                  0.02631579 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.30259159                  0.28148148 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.10526316                  0.02631579 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.47368421                  0.02631579 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.05263158                  0.13157895 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.13157895                  0.17133104 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.02631579                  0.31578947 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.10526316                  0.56438819 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.29803922                  0.07894737 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.18627451                  0.13157895 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.22352941                  0.07894737 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.33333333                  0.07894737 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.02631579                  0.33333333 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.02631579                  0.24125531 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.05263158                  0.05263158 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.05263158                  0.05263158 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.02631579                  0.05263158 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.05263158                  0.02631579 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.17840376                  0.07894737 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.16896947                  0.15789474 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.18421053                  0.05263158 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.10382514                  0.13157895 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.10526316                  0.07894737 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.30423403                  0.02631579 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.02631579                  0.02631579 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.02631579                  0.33333333 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.231                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       0.204 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.945                       0.072 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.122                       0.149 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.536 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       0.088                       0.379 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.756                       0.099 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.999                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.815                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.756 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       0.151 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.163                       0.141 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       0.079                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       0.276 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.702                       0.852 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.438                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.166                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.861                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       0.223                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.982                       0.708 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.892                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.276                       0.957 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.118                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       0.005                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       0.224 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.574                       0.159 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       0.891                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.284                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       0.752 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.920 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.469 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.935                       0.040 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.079                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.133                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.309                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       0.062                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       0.067 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.669 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.786                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.889                       0.935 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.794                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       0.903 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.812                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.164                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       0.063 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Hypnum jutlandicum has an indval score of 0.659 and a low p value of 0.007. This species is #the indicator species for Dickite.

clustGoethite <-cut(PlantChemistry1$Goethite, 5, labels=FALSE)
GoethiteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustGoethite, type= "long")
gr <- GoethiteIndval$maxcls[GoethiteIndval$pval<=0.05]
iv <- GoethiteIndval$indcls[GoethiteIndval$pval<=0.05]
pv <- GoethiteIndval$pval[GoethiteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[GoethiteIndval$pval<=0.05]
GoethiteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
GoethiteIndvalsummary <- GoethiteIndvalsummary[order(GoethiteIndvalsummary$group, 
                                                   -GoethiteIndvalsummary$indval),]
print(GoethiteIndvalsummary)
##                       group    indval pvalue freq
## Centaurium.pulchellum     2 1.0000000  0.017    7
## Lysimachia.maritima       2 0.9993754  0.018    5
## Carex.distans             2 0.9890632  0.020    7
## Plantago.coronopus        2 0.9848812  0.022   13
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustGoethite))
##                       cluster indicator_value probability
## Centaurium.pulchellum       2          1.0000       0.023
## Lysimachia.maritima         2          0.9994       0.024
## Carex.distans               2          0.9891       0.032
## Plantago.coronopus          2          0.9849       0.030
## 
## Sum of probabilities                 =  133.539 
## 
## Sum of Indicator Values              =  19.52 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  3.97 
## 
## Number of Significant Indicators     =  4 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 4
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustGoethite))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.200 0
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.025 0
## Alopercus.pratensis         0.025 0
## Angelica.sylvestris         0.050 0
## Anthoxanthum.odoratum       0.150 0
## Anthyllis.vulneraria        0.125 0
## Aphanes.arvensis            0.075 0
## Arrhenatherum.elatius       0.200 0
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.025 0
## Bellis.perennis             0.300 0
## Betula.pubescens            0.025 0
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.075 1
## Brachythecium.rutabulum     0.150 0
## Briza.media                 0.075 0
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025 0
## Bryum.c.f..pallescens       0.075 0
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.075 0
## Calliergonella.cupsidata    0.375 0
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.025 0
## Carex.distans               0.025 1
## Carex.flacca                0.175 0
## Carex.panicea               0.025 0
## Carlina.vulgaris            0.250 0
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.100 0
## Centaurium.pulchellum       0.000 1
## Cerastium.fontanum          0.175 0
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.025 0
## Cirsium.arvense             0.075 0
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.050 0
## Cynosurus.cristatus         0.075 0
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.050 0
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.125 0
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.075 0
## Equisteum.variegatum        0.025 0
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.275 0
## Festuca.ovina               0.150 1
## Festuca.rubra               0.375 0
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.075 0
## Fissidens.adianthoides      0.025 0
## Fissidens.dubius            0.050 0
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.150 0
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.100 0
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.025 0
## Holcus.spp.                 0.500 1
## Holcus.lanatus              0.300 0
## Holcus.mollis               0.150 0
## Homalothecium.lutescens     0.050 0
## Hylocomium.splendens        0.175 0
## Hypericum.perforatum        0.150 0
## Hypnum.cupressiforme        0.250 0
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.025 0
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.075 0
## Leontodon.hispidus          0.125 0
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.350 0
## Linum.catharticum           0.125 0
## Lolium.perenne              0.100 0
## Lophocolea.semiteres        0.025 0
## Lotus.corniculatus          0.450 0
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.025 1
## Medicago.lupulina           0.125 0
## Myosotis.arvensis           0.125 0
## Ononis.repens               0.200 0
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.300 0
## Plantago.coronopus          0.075 1
## Plantago.lanceolata         0.325 0
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.075 0
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.100 0
## Prunella.vulgaris           0.125 0
## Pseudoscleropidum.purum     0.175 1
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.075 0
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325 0
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050 0
## Rubus.fruticosus            0.050 0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050 0
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.050 0
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.050 0
## Stellaria.apetala           0.025 0
## Taraxacum.agg.              0.275 0
## Thuidium.tamariscinum       0.075 0
## Thymus.polytrichus          0.200 0
## Trichostomum.crispulum      0.150 0
## Trifolium.campestre         0.150 1
## Trifolium.dubium            0.050 0
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.125 0
## Trisetum.flavescens         0.100 0
## Tussilago.farfara           0.075 0
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.025 0
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.025 0
## Zygodon.stirtonii           0.025 0
## 
## $relabu
##                                        1         5
## Agrostis.spp.               1.0000000000 0.0000000
## Agrostis.canina             1.0000000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.0000000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         1.0000000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         1.0000000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.0000000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        1.0000000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            1.0000000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       1.0000000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          1.0000000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.0000000000 0.0000000
## Bellis.perennis             1.0000000000 0.0000000
## Betula.pubescens            1.0000000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.0000000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.0000000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.0000000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.2307692308 0.7692308
## Brachythecium.rutabulum     1.0000000000 0.0000000
## Briza.media                 1.0000000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           1.0000000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.0000000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.0000000000 0.0000000
## Bryum.capillare             1.0000000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.0000000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    1.0000000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           1.0000000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      1.0000000000 0.0000000
## Carex.distans               0.0109367570 0.9890632
## Carex.flacca                1.0000000000 0.0000000
## Carex.panicea               1.0000000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            1.0000000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             1.0000000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.0000000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        1.0000000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       0.0000000000 1.0000000
## Cerastium.fontanum          1.0000000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  1.0000000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.0000000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.0000000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.0000000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.0000000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         1.0000000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          1.0000000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.0000000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.0000000000 0.0000000
## Daucus.carrota              1.0000000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             1.0000000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.0000000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          1.0000000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           1.0000000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.0000000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.0000000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               1.0000000000 0.0000000
## Festuca.ovina               0.1467576792 0.8532423
## Festuca.rubra               1.0000000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          1.0000000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.0000000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.0000000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.0000000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.0000000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.0000000000 0.0000000
## Galium.aparine              1.0000000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.0000000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.0000000000 0.0000000
## Galium.verum                1.0000000000 0.0000000
## Geum.urbanum                1.0000000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.0000000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.0000000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.0000000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              1.0000000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.6201607012 0.3798393
## Holcus.lanatus              1.0000000000 0.0000000
## Holcus.mollis               1.0000000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     1.0000000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        1.0000000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.0000000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        1.0000000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             1.0000000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.0000000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.0000000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.0000000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.0000000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          1.0000000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         1.0000000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        1.0000000000 0.0000000
## Linum.catharticum           1.0000000000 0.0000000
## Lolium.perenne              1.0000000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        1.0000000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          1.0000000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           1.0000000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.0006246096 0.9993754
## Medicago.lupulina           1.0000000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.0000000000 0.0000000
## Ononis.repens               1.0000000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           1.0000000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.0000000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.0000000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      1.0000000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          0.0151187905 0.9848812
## Plantago.lanceolata         1.0000000000 0.0000000
## Pleurozium.schreberi        1.0000000000 0.0000000
## Poa.annua                   1.0000000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.0000000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.0000000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.0000000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.0000000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.0000000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           1.0000000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.4405594406 0.5594406
## Pteridium.aquilinum         1.0000000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.0000000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.0000000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.0000000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.0000000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.0000000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   1.0000000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   1.0000000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.0000000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.0000000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.0000000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.0000000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.0000000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.0000000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.0000000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.0000000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.0000000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              1.0000000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       1.0000000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          1.0000000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      1.0000000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.1941391941 0.8058608
## Trifolium.dubium            1.0000000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.0000000000 0.0000000
## Trifolium.repens            1.0000000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         1.0000000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           1.0000000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.0000000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.0000000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.0000000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.0000000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.0000000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.0000000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                        1         5
## Agrostis.spp.               2.000000e-01 0.0000000
## Agrostis.canina             2.500000e-02 0.0000000
## Alchemilla.mollis           2.500000e-02 0.0000000
## Alopercus.pratensis         2.500000e-02 0.0000000
## Angelica.sylvestris         5.000000e-02 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.500000e-01 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        1.250000e-01 0.0000000
## Aphanes.arvensis            7.500000e-02 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       2.000000e-01 0.0000000
## Atrichum.undulatum          5.000000e-02 0.0000000
## Avenula.pratensis           2.500000e-02 0.0000000
## Bellis.perennis             3.000000e-01 0.0000000
## Betula.pubescens            2.500000e-02 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      2.500000e-02 0.0000000
## Brachythecium.albicans      2.500000e-02 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     2.500000e-02 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.730769e-02 0.7692308
## Brachythecium.rutabulum     1.500000e-01 0.0000000
## Briza.media                 7.500000e-02 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           2.500000e-02 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     2.500000e-02 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       7.500000e-02 0.0000000
## Bryum.capillare             2.500000e-02 0.0000000
## Bryum.spp.                  7.500000e-02 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    3.750000e-01 0.0000000
## Calypogeia.arguta           2.000000e-01 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      2.500000e-02 0.0000000
## Carex.distans               2.734189e-04 0.9890632
## Carex.flacca                1.750000e-01 0.0000000
## Carex.panicea               2.500000e-02 0.0000000
## Carlina.vulgaris            2.500000e-01 0.0000000
## Centaurea.nigra             5.000000e-02 0.0000000
## Centaurium.erythraea        5.000000e-02 0.0000000
## Centaurium.littorale        1.000000e-01 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       0.000000e+00 1.0000000
## Cerastium.fontanum          1.750000e-01 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  2.500000e-02 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      2.500000e-02 0.0000000
## Cirsium.arvense             7.500000e-02 0.0000000
## Cirsium.palustre            5.000000e-02 0.0000000
## Crepis.capillaris           5.000000e-02 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         7.500000e-02 0.0000000
## Dactylis.glomerata          1.500000e-01 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        5.000000e-02 0.0000000
## Danthonia.decumbens         2.500000e-02 0.0000000
## Daucus.carrota              5.000000e-02 0.0000000
## Dicranella.spp.             2.500000e-02 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.250000e-01 0.0000000
## Epilobium.montanum          7.500000e-02 0.0000000
## Equisetum.arvense           7.500000e-02 0.0000000
## Equisteum.variegatum        2.500000e-02 0.0000000
## Erigeron.acer               5.000000e-02 0.0000000
## Euphrasia.agg               2.750000e-01 0.0000000
## Festuca.ovina               2.201365e-02 0.8532423
## Festuca.rubra               3.750000e-01 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          2.500000e-02 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         7.500000e-02 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      2.500000e-02 0.0000000
## Fissidens.dubius            5.000000e-02 0.0000000
## Fissidens.exilis            2.500000e-02 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.500000e-01 0.0000000
## Galium.aparine              2.500000e-02 0.0000000
## Galium.arvense              2.500000e-02 0.0000000
## Galium.saxatile             2.500000e-02 0.0000000
## Galium.verum                1.000000e-01 0.0000000
## Geum.urbanum                2.500000e-02 0.0000000
## Glechoma.hederacea          2.500000e-02 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          2.500000e-02 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       7.500000e-02 0.0000000
## Hieracium.spp.              2.500000e-02 0.0000000
## Holcus.spp.                 3.100804e-01 0.3798393
## Holcus.lanatus              3.000000e-01 0.0000000
## Holcus.mollis               1.500000e-01 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     5.000000e-02 0.0000000
## Hylocomium.splendens        1.750000e-01 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.500000e-01 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        2.500000e-01 0.0000000
## Hypnum.imponens             2.500000e-02 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          7.500000e-02 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        2.500000e-02 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.500000e-01 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          7.500000e-02 0.0000000
## Leontodon.hispidus          1.250000e-01 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         2.500000e-02 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        3.500000e-01 0.0000000
## Linum.catharticum           1.250000e-01 0.0000000
## Lolium.perenne              1.000000e-01 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        2.500000e-02 0.0000000
## Lotus.corniculatus          4.500000e-01 0.0000000
## Luzula.multiflora           2.500000e-02 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.561524e-05 0.9993754
## Medicago.lupulina           1.250000e-01 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.250000e-01 0.0000000
## Ononis.repens               2.000000e-01 0.0000000
## Oxalis.acetosella           2.500000e-02 0.0000000
## Pastinaca.sativa            2.500000e-02 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   2.500000e-02 0.0000000
## Pillosella.officinarum      3.000000e-01 0.0000000
## Plantago.coronopus          1.133909e-03 0.9848812
## Plantago.lanceolata         3.250000e-01 0.0000000
## Pleurozium.schreberi        1.000000e-01 0.0000000
## Poa.annua                   7.500000e-02 0.0000000
## Poa.spp.                    2.500000e-02 0.0000000
## Polytrichum.commune         2.500000e-02 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    2.500000e-02 0.0000000
## Polytrichum.formosum        2.500000e-02 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.000000e-01 0.0000000
## Prunella.vulgaris           1.250000e-01 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     7.709790e-02 0.5594406
## Pteridium.aquilinum         7.500000e-02 0.0000000
## Ranunculus.acris            2.500000e-02 0.0000000
## Ranunculus.repens           7.500000e-02 0.0000000
## Reseda.lutea                2.500000e-02 0.0000000
## Rhinanthus.minor            2.500000e-02 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        2.500000e-02 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   3.250000e-01 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   5.000000e-02 0.0000000
## Rubus.fruticosus            5.000000e-02 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 5.000000e-02 0.0000000
## Saniona.uncinata            5.000000e-02 0.0000000
## Sedum.anglicum              2.500000e-02 0.0000000
## Senecio.jacobaea            5.000000e-02 0.0000000
## Senecio.vulgaris            2.500000e-02 0.0000000
## Sonchus.arvensis            2.500000e-02 0.0000000
## Stachys.sylvatica           5.000000e-02 0.0000000
## Stellaria.apetala           2.500000e-02 0.0000000
## Taraxacum.agg.              2.750000e-01 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       7.500000e-02 0.0000000
## Thymus.polytrichus          2.000000e-01 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      1.500000e-01 0.0000000
## Trifolium.campestre         2.912088e-02 0.8058608
## Trifolium.dubium            5.000000e-02 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.000000e-01 0.0000000
## Trifolium.repens            1.250000e-01 0.0000000
## Trisetum.flavescens         1.000000e-01 0.0000000
## Tussilago.farfara           7.500000e-02 0.0000000
## Urtica.diocia               1.000000e-01 0.0000000
## Veronica.officinalis        2.500000e-02 0.0000000
## Vicia.sativa                2.500000e-02 0.0000000
## Viola.riviniana             2.500000e-02 0.0000000
## Weissia.controversa         2.500000e-02 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           2.500000e-02 0.0000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           2                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           2 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           2                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           2 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           2                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           2                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           2                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           2                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           2                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.2000000                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.0500000                   0.1500000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.1250000                   0.0750000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.2000000                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.7692308                   0.1500000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.3750000                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   0.0250000                   0.9890632 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.1750000                   0.0250000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.2500000                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.1000000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   1.0000000                   0.1750000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.0750000                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.0500000                   0.0750000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.1250000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.0750000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.2750000                   0.8532423 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.3750000                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.1500000                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.3798393                   0.3000000 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.1750000                   0.1500000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.2500000                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.0750000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.1250000                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.3500000                   0.1250000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.4500000                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.9993754                   0.1250000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.1250000                   0.2000000 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.9848812                   0.3250000 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.5594406                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.3250000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.0500000                   0.0500000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.0500000                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.2750000                   0.0750000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.2000000                   0.1500000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.8058608                   0.0500000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   0.0250000                   0.0250000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       1.000                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       1.000                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       1.000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       0.076                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.914                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       0.029 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.984                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       1.000                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       0.031                       1.000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.941                       0.103 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.895                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       1.000                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.937                       0.952 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.978                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.982                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       1.000                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.929                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.780                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       0.018                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.919 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.886 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.026                       0.934 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.165                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       1.000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       1.000                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.087                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       1.000                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Centaurium pulchellum has a high indval score of 1 and a low p value of 0.024. This #species is the indicator species for Goethite

clustHaematite <-cut(PlantChemistry1$Haematite, 5, labels=FALSE)
HaematiteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustHaematite, type= "long")
gr <- HaematiteIndval$maxcls[HaematiteIndval$pval<=0.05]
iv <- HaematiteIndval$indcls[HaematiteIndval$pval<=0.05]
pv <- HaematiteIndval$pval[HaematiteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[HaematiteIndval$pval<=0.05]
HaematiteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
HaematiteIndvalsummary <- HaematiteIndvalsummary[order(HaematiteIndvalsummary$group, 
                                                     -HaematiteIndvalsummary$indval),]
print(HaematiteIndvalsummary)
##                     group    indval pvalue freq
## Hypnum.jutlandicum      2 0.9921722  0.004    1
## Plantago.lanceolata     2 0.8946820  0.011    4
## Calypogeia.arguta       2 0.6446281  0.033    1
## Danthonia.decumbens     2 0.5000000  0.045    2
## Aphanes.arvensis        2 0.4863946  0.049    8
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustHaematite))
##                      cluster indicator_value probability
## Hypnum.jutlandicum         2          0.9922       0.004
## Plantago.lanceolata        2          0.8947       0.012
## Hypnum.cupressiforme       2          0.7203       0.045
## Calypogeia.arguta          2          0.6446       0.029
## Rhinanthus.minor           2          0.5000       0.044
## Aphanes.arvensis           2          0.4864       0.037
## Pleurozium.schreberi       2          0.4643       0.049
## 
## Sum of probabilities                 =  112.105 
## 
## Sum of Indicator Values              =  22.85 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  4.7 
## 
## Number of Significant Indicators     =  7 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 7
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustHaematite))
## $relfrq
##                                      1   5
## Agrostis.spp.               0.17948718 0.5
## Agrostis.canina             0.02564103 0.0
## Alchemilla.mollis           0.02564103 0.0
## Alopercus.pratensis         0.02564103 0.0
## Angelica.sylvestris         0.05128205 0.0
## Anthoxanthum.odoratum       0.12820513 0.5
## Anthyllis.vulneraria        0.12820513 0.0
## Aphanes.arvensis            0.05128205 0.5
## Arrhenatherum.elatius       0.17948718 0.5
## Atrichum.undulatum          0.02564103 0.5
## Avenula.pratensis           0.02564103 0.0
## Bellis.perennis             0.30769231 0.0
## Betula.pubescens            0.02564103 0.0
## Blackstonia.perfoliata      0.02564103 0.0
## Brachythecium.albicans      0.02564103 0.0
## Brachythecium.glareosum     0.02564103 0.0
## Brachythecium.mildeanum     0.07692308 0.5
## Brachythecium.rutabulum     0.12820513 0.5
## Briza.media                 0.07692308 0.0
## Bromus.hordeaceus           0.02564103 0.0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.02564103 0.0
## Bryum.c.f..pallescens       0.07692308 0.0
## Bryum.capillare             0.02564103 0.0
## Bryum.spp.                  0.07692308 0.0
## Calliergonella.cupsidata    0.35897436 0.5
## Calypogeia.arguta           0.15384615 1.0
## Campanula.rotundifolia      0.02564103 0.0
## Carex.distans               0.05128205 0.0
## Carex.flacca                0.15384615 0.5
## Carex.panicea               0.02564103 0.0
## Carlina.vulgaris            0.25641026 0.0
## Centaurea.nigra             0.05128205 0.0
## Centaurium.erythraea        0.05128205 0.0
## Centaurium.littorale        0.10256410 0.0
## Centaurium.pulchellum       0.02564103 0.0
## Cerastium.fontanum          0.17948718 0.0
## Chamaenerion.angustifolium  0.02564103 0.0
## Cirriphyllum.piliferum      0.02564103 0.0
## Cirsium.arvense             0.07692308 0.0
## Cirsium.palustre            0.05128205 0.0
## Crepis.capillaris           0.05128205 0.0
## Cynosurus.cristatus         0.05128205 0.5
## Dactylis.glomerata          0.12820513 0.5
## Dactylorhiza.fuchsii        0.02564103 0.5
## Danthonia.decumbens         0.00000000 0.5
## Daucus.carrota              0.05128205 0.0
## Dicranella.spp.             0.02564103 0.0
## Dicranum.scoparium          0.10256410 0.5
## Epilobium.montanum          0.07692308 0.0
## Equisetum.arvense           0.07692308 0.0
## Equisteum.variegatum        0.02564103 0.0
## Erigeron.acer               0.05128205 0.0
## Euphrasia.agg               0.25641026 0.5
## Festuca.ovina               0.17948718 0.0
## Festuca.rubra               0.38461538 0.0
## Festuca.rubra.agg.          0.02564103 0.0
## Filipendula.ulmaria         0.07692308 0.0
## Fissidens.adianthoides      0.02564103 0.0
## Fissidens.dubius            0.05128205 0.0
## Fissidens.exilis            0.02564103 0.0
## Fragaria.vesca              0.12820513 0.5
## Galium.aparine              0.02564103 0.0
## Galium.arvense              0.02564103 0.0
## Galium.saxatile             0.02564103 0.0
## Galium.verum                0.10256410 0.0
## Geum.urbanum                0.02564103 0.0
## Glechoma.hederacea          0.02564103 0.0
## Helicotrichon.spp.          0.02564103 0.0
## Heracleum.sphondylium       0.05128205 0.5
## Hieracium.spp.              0.02564103 0.0
## Holcus.spp.                 0.53846154 0.0
## Holcus.lanatus              0.28205128 0.5
## Holcus.mollis               0.12820513 0.5
## Homalothecium.lutescens     0.05128205 0.0
## Hylocomium.splendens        0.15384615 0.5
## Hypericum.perforatum        0.12820513 0.5
## Hypnum.cupressiforme        0.20512821 1.0
## Hypnum.imponens             0.02564103 0.0
## Hypnum.jutlandicum          0.02564103 1.0
## Hypochaeris.radicata        0.02564103 0.0
## Kindbergia.praelonga        0.12820513 0.5
## Lathyrus.pratensis          0.05128205 0.5
## Leontodon.hispidus          0.12820513 0.0
## Leontodon.saxatilis         0.02564103 0.0
## Leucanthemum.vulgare        0.33333333 0.5
## Linum.catharticum           0.12820513 0.0
## Lolium.perenne              0.10256410 0.0
## Lophocolea.semiteres        0.02564103 0.0
## Lotus.corniculatus          0.46153846 0.0
## Luzula.multiflora           0.02564103 0.0
## Lysimachia.maritima         0.05128205 0.0
## Medicago.lupulina           0.12820513 0.0
## Myosotis.arvensis           0.12820513 0.0
## Ononis.repens               0.17948718 0.5
## Oxalis.acetosella           0.02564103 0.0
## Pastinaca.sativa            0.02564103 0.0
## Pentaglottis.sempervirens   0.02564103 0.0
## Pillosella.officinarum      0.30769231 0.0
## Plantago.coronopus          0.10256410 0.0
## Plantago.lanceolata         0.28205128 1.0
## Pleurozium.schreberi        0.07692308 0.5
## Poa.annua                   0.07692308 0.0
## Poa.spp.                    0.02564103 0.0
## Polytrichum.commune         0.02564103 0.0
## Polytrichum.commune.agg.    0.02564103 0.0
## Polytrichum.formosum        0.02564103 0.0
## Potentilla.reptans          0.07692308 0.5
## Prunella.vulgaris           0.12820513 0.0
## Pseudoscleropidum.purum     0.17948718 0.5
## Pteridium.aquilinum         0.07692308 0.0
## Ranunculus.acris            0.00000000 0.5
## Ranunculus.repens           0.07692308 0.0
## Reseda.lutea                0.02564103 0.0
## Rhinanthus.minor            0.00000000 0.5
## Rhizomnium.punctatum        0.02564103 0.0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.30769231 0.5
## Rhytidadelphus.triquetris   0.05128205 0.0
## Rubus.fruticosus            0.05128205 0.0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.05128205 0.0
## Saniona.uncinata            0.05128205 0.0
## Sedum.anglicum              0.02564103 0.0
## Senecio.jacobaea            0.05128205 0.0
## Senecio.vulgaris            0.02564103 0.0
## Sonchus.arvensis            0.02564103 0.0
## Stachys.sylvatica           0.05128205 0.0
## Stellaria.apetala           0.02564103 0.0
## Taraxacum.agg.              0.28205128 0.0
## Thuidium.tamariscinum       0.07692308 0.0
## Thymus.polytrichus          0.20512821 0.0
## Trichostomum.crispulum      0.15384615 0.0
## Trifolium.campestre         0.17948718 0.0
## Trifolium.dubium            0.05128205 0.0
## Trifolium.pratense          0.07692308 0.5
## Trifolium.repens            0.12820513 0.0
## Trisetum.flavescens         0.10256410 0.0
## Tussilago.farfara           0.07692308 0.0
## Urtica.diocia               0.07692308 0.5
## Veronica.officinalis        0.02564103 0.0
## Vicia.sativa                0.02564103 0.0
## Viola.riviniana             0.02564103 0.0
## Weissia.controversa         0.02564103 0.0
## Zygodon.stirtonii           0.02564103 0.0
## 
## $relabu
##                                       1          5
## Agrostis.spp.               0.247933884 0.75206612
## Agrostis.canina             1.000000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           1.000000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         1.000000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         1.000000000 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.154513205 0.84548680
## Anthyllis.vulneraria        1.000000000 0.00000000
## Aphanes.arvensis            0.027210884 0.97278912
## Arrhenatherum.elatius       0.028469751 0.97153025
## Atrichum.undulatum          0.048780488 0.95121951
## Avenula.pratensis           1.000000000 0.00000000
## Bellis.perennis             1.000000000 0.00000000
## Betula.pubescens            1.000000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     0.036243822 0.96375618
## Brachythecium.rutabulum     0.264150943 0.73584906
## Briza.media                 1.000000000 0.00000000
## Bromus.hordeaceus           1.000000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.000000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.000000000 0.00000000
## Bryum.capillare             1.000000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  1.000000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.597938144 0.40206186
## Calypogeia.arguta           0.355371901 0.64462810
## Campanula.rotundifolia      1.000000000 0.00000000
## Carex.distans               1.000000000 0.00000000
## Carex.flacca                0.519835841 0.48016416
## Carex.panicea               1.000000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            1.000000000 0.00000000
## Centaurea.nigra             1.000000000 0.00000000
## Centaurium.erythraea        1.000000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        1.000000000 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       1.000000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          1.000000000 0.00000000
## Chamaenerion.angustifolium  1.000000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.000000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             1.000000000 0.00000000
## Cirsium.palustre            1.000000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           1.000000000 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         0.181102362 0.81889764
## Dactylis.glomerata          0.230263158 0.76973684
## Dactylorhiza.fuchsii        0.530120482 0.46987952
## Danthonia.decumbens         0.000000000 1.00000000
## Daucus.carrota              1.000000000 0.00000000
## Dicranella.spp.             1.000000000 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.260663507 0.73933649
## Epilobium.montanum          1.000000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           1.000000000 0.00000000
## Equisteum.variegatum        1.000000000 0.00000000
## Erigeron.acer               1.000000000 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.860215054 0.13978495
## Festuca.ovina               1.000000000 0.00000000
## Festuca.rubra               1.000000000 0.00000000
## Festuca.rubra.agg.          1.000000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         1.000000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      1.000000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            1.000000000 0.00000000
## Fissidens.exilis            1.000000000 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.183497537 0.81650246
## Galium.aparine              1.000000000 0.00000000
## Galium.arvense              1.000000000 0.00000000
## Galium.saxatile             1.000000000 0.00000000
## Galium.verum                1.000000000 0.00000000
## Geum.urbanum                1.000000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          1.000000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          1.000000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       0.315789474 0.68421053
## Hieracium.spp.              1.000000000 0.00000000
## Holcus.spp.                 1.000000000 0.00000000
## Holcus.lanatus              0.226019846 0.77398015
## Holcus.mollis               0.921843687 0.07815631
## Homalothecium.lutescens     1.000000000 0.00000000
## Hylocomium.splendens        0.218610864 0.78138914
## Hypericum.perforatum        0.763636364 0.23636364
## Hypnum.cupressiforme        0.279683377 0.72031662
## Hypnum.imponens             1.000000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.007827789 0.99217221
## Hypochaeris.radicata        1.000000000 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.506329114 0.49367089
## Lathyrus.pratensis          0.170212766 0.82978723
## Leontodon.hispidus          1.000000000 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         1.000000000 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.832618026 0.16738197
## Linum.catharticum           1.000000000 0.00000000
## Lolium.perenne              1.000000000 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        1.000000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          1.000000000 0.00000000
## Luzula.multiflora           1.000000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         1.000000000 0.00000000
## Medicago.lupulina           1.000000000 0.00000000
## Myosotis.arvensis           1.000000000 0.00000000
## Ononis.repens               0.896276596 0.10372340
## Oxalis.acetosella           1.000000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            1.000000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.000000000 0.00000000
## Pillosella.officinarum      1.000000000 0.00000000
## Plantago.coronopus          1.000000000 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.105318040 0.89468196
## Pleurozium.schreberi        0.071428571 0.92857143
## Poa.annua                   1.000000000 0.00000000
## Poa.spp.                    1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        1.000000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.338983051 0.66101695
## Prunella.vulgaris           1.000000000 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.241900648 0.75809935
## Pteridium.aquilinum         1.000000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            0.000000000 1.00000000
## Ranunculus.repens           1.000000000 0.00000000
## Reseda.lutea                1.000000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            0.000000000 1.00000000
## Rhizomnium.punctatum        1.000000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.677685950 0.32231405
## Rhytidadelphus.triquetris   1.000000000 0.00000000
## Rubus.fruticosus            1.000000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.000000000 0.00000000
## Saniona.uncinata            1.000000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              1.000000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            1.000000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            1.000000000 0.00000000
## Sonchus.arvensis            1.000000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           1.000000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           1.000000000 0.00000000
## Taraxacum.agg.              1.000000000 0.00000000
## Thuidium.tamariscinum       1.000000000 0.00000000
## Thymus.polytrichus          1.000000000 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      1.000000000 0.00000000
## Trifolium.campestre         1.000000000 0.00000000
## Trifolium.dubium            1.000000000 0.00000000
## Trifolium.pratense          0.589473684 0.41052632
## Trifolium.repens            1.000000000 0.00000000
## Trisetum.flavescens         1.000000000 0.00000000
## Tussilago.farfara           1.000000000 0.00000000
## Urtica.diocia               0.058495822 0.94150418
## Veronica.officinalis        1.000000000 0.00000000
## Vicia.sativa                1.000000000 0.00000000
## Viola.riviniana             1.000000000 0.00000000
## Weissia.controversa         1.000000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           1.000000000 0.00000000
## 
## $indval
##                                        1          5
## Agrostis.spp.               0.0445009536 0.37603306
## Agrostis.canina             0.0256410256 0.00000000
## Alchemilla.mollis           0.0256410256 0.00000000
## Alopercus.pratensis         0.0256410256 0.00000000
## Angelica.sylvestris         0.0512820513 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.0198093852 0.42274340
## Anthyllis.vulneraria        0.1282051282 0.00000000
## Aphanes.arvensis            0.0013954300 0.48639456
## Arrhenatherum.elatius       0.0051099553 0.48576512
## Atrichum.undulatum          0.0012507817 0.47560976
## Avenula.pratensis           0.0256410256 0.00000000
## Bellis.perennis             0.3076923077 0.00000000
## Betula.pubescens            0.0256410256 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0256410256 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.0256410256 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     0.0256410256 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     0.0027879863 0.48187809
## Brachythecium.rutabulum     0.0338655056 0.36792453
## Briza.media                 0.0769230769 0.00000000
## Bromus.hordeaceus           0.0256410256 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0256410256 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0769230769 0.00000000
## Bryum.capillare             0.0256410256 0.00000000
## Bryum.spp.                  0.0769230769 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.2146444621 0.20103093
## Calypogeia.arguta           0.0546726001 0.64462810
## Campanula.rotundifolia      0.0256410256 0.00000000
## Carex.distans               0.0512820513 0.00000000
## Carex.flacca                0.0799747448 0.24008208
## Carex.panicea               0.0256410256 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.2564102564 0.00000000
## Centaurea.nigra             0.0512820513 0.00000000
## Centaurium.erythraea        0.0512820513 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.1025641026 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       0.0256410256 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.1794871795 0.00000000
## Chamaenerion.angustifolium  0.0256410256 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0256410256 0.00000000
## Cirsium.arvense             0.0769230769 0.00000000
## Cirsium.palustre            0.0512820513 0.00000000
## Crepis.capillaris           0.0512820513 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         0.0092873006 0.40944882
## Dactylis.glomerata          0.0295209177 0.38486842
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0135928329 0.23493976
## Danthonia.decumbens         0.0000000000 0.50000000
## Daucus.carrota              0.0512820513 0.00000000
## Dicranella.spp.             0.0256410256 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.0267347187 0.36966825
## Epilobium.montanum          0.0769230769 0.00000000
## Equisetum.arvense           0.0769230769 0.00000000
## Equisteum.variegatum        0.0256410256 0.00000000
## Erigeron.acer               0.0512820513 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.2205679625 0.06989247
## Festuca.ovina               0.1794871795 0.00000000
## Festuca.rubra               0.3846153846 0.00000000
## Festuca.rubra.agg.          0.0256410256 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         0.0769230769 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      0.0256410256 0.00000000
## Fissidens.dubius            0.0512820513 0.00000000
## Fissidens.exilis            0.0256410256 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.0235253252 0.40825123
## Galium.aparine              0.0256410256 0.00000000
## Galium.arvense              0.0256410256 0.00000000
## Galium.saxatile             0.0256410256 0.00000000
## Galium.verum                0.1025641026 0.00000000
## Geum.urbanum                0.0256410256 0.00000000
## Glechoma.hederacea          0.0256410256 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          0.0256410256 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       0.0161943320 0.34210526
## Hieracium.spp.              0.0256410256 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.5384615385 0.00000000
## Holcus.lanatus              0.0637491872 0.38699008
## Holcus.mollis               0.1181850881 0.03907816
## Homalothecium.lutescens     0.0512820513 0.00000000
## Hylocomium.splendens        0.0336324406 0.39069457
## Hypericum.perforatum        0.0979020979 0.11818182
## Hypnum.cupressiforme        0.0573709492 0.72031662
## Hypnum.imponens             0.0256410256 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0002007125 0.99217221
## Hypochaeris.radicata        0.0256410256 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.0649139890 0.24683544
## Lathyrus.pratensis          0.0087288598 0.41489362
## Leontodon.hispidus          0.1282051282 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         0.0256410256 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.2775393419 0.08369099
## Linum.catharticum           0.1282051282 0.00000000
## Lolium.perenne              0.1025641026 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        0.0256410256 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.4615384615 0.00000000
## Luzula.multiflora           0.0256410256 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.0512820513 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.1282051282 0.00000000
## Myosotis.arvensis           0.1282051282 0.00000000
## Ononis.repens               0.1608701582 0.05186170
## Oxalis.acetosella           0.0256410256 0.00000000
## Pastinaca.sativa            0.0256410256 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0256410256 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.3076923077 0.00000000
## Plantago.coronopus          0.1025641026 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.0297050881 0.89468196
## Pleurozium.schreberi        0.0054945055 0.46428571
## Poa.annua                   0.0769230769 0.00000000
## Poa.spp.                    0.0256410256 0.00000000
## Polytrichum.commune         0.0256410256 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0256410256 0.00000000
## Polytrichum.formosum        0.0256410256 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.0260756193 0.33050847
## Prunella.vulgaris           0.1282051282 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.0434180650 0.37904968
## Pteridium.aquilinum         0.0769230769 0.00000000
## Ranunculus.acris            0.0000000000 0.50000000
## Ranunculus.repens           0.0769230769 0.00000000
## Reseda.lutea                0.0256410256 0.00000000
## Rhinanthus.minor            0.0000000000 0.50000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0256410256 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.2085187540 0.16115702
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0512820513 0.00000000
## Rubus.fruticosus            0.0512820513 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0512820513 0.00000000
## Saniona.uncinata            0.0512820513 0.00000000
## Sedum.anglicum              0.0256410256 0.00000000
## Senecio.jacobaea            0.0512820513 0.00000000
## Senecio.vulgaris            0.0256410256 0.00000000
## Sonchus.arvensis            0.0256410256 0.00000000
## Stachys.sylvatica           0.0512820513 0.00000000
## Stellaria.apetala           0.0256410256 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.2820512821 0.00000000
## Thuidium.tamariscinum       0.0769230769 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.2051282051 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      0.1538461538 0.00000000
## Trifolium.campestre         0.1794871795 0.00000000
## Trifolium.dubium            0.0512820513 0.00000000
## Trifolium.pratense          0.0453441296 0.20526316
## Trifolium.repens            0.1282051282 0.00000000
## Trisetum.flavescens         0.1025641026 0.00000000
## Tussilago.farfara           0.0769230769 0.00000000
## Urtica.diocia               0.0044996786 0.47075209
## Veronica.officinalis        0.0256410256 0.00000000
## Vicia.sativa                0.0256410256 0.00000000
## Viola.riviniana             0.0256410256 0.00000000
## Weissia.controversa         0.0256410256 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           0.0256410256 0.00000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           2                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           2 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           2 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           2                           2 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           2                           2 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           2 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           2                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           2 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           2                           2 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           2                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           2 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           2                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           2                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           2                           2 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           2                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           2                           2 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           2 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           2                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           2                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           2                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           2                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           2 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           2                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           2                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.37603306                  0.02564103 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.05128205                  0.42274340 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.12820513                  0.48639456 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.48576512                  0.47560976 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.02564103                  0.30769231 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.48187809                  0.36792453 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.21464446                  0.64462810 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.24008208                  0.02564103 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.25641026                  0.05128205 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.05128205                  0.10256410 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.02564103                  0.17948718 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.07692308                  0.05128205 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.05128205                  0.40944882 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.38486842                  0.23493976 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.50000000                  0.05128205 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.02564103                  0.36966825 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.07692308                  0.07692308 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.22056796                  0.17948718 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.38461538                  0.02564103 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.05128205                  0.02564103 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.40825123                  0.02564103 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.34210526                  0.02564103 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.53846154                  0.38699008 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.11818509                  0.05128205 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.39069457                  0.11818182 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.72031662                  0.02564103 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.99217221                  0.02564103 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.24683544                  0.41489362 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.12820513                  0.02564103 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.27753934                  0.12820513 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.46153846                  0.02564103 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.05128205                  0.12820513 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.12820513                  0.16087016 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.02564103                  0.30769231 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.10256410                  0.89468196 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.46428571                  0.07692308 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.33050847                  0.12820513 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.37904968                  0.07692308 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.50000000                  0.07692308 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.02564103                  0.50000000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.02564103                  0.20851875 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.05128205                  0.05128205 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.05128205                  0.05128205 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.05128205                  0.02564103 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.28205128                  0.07692308 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.20512821                  0.15384615 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.17948718                  0.05128205 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.20526316                  0.12820513 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.10256410                  0.07692308 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.47075209                  0.02564103 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.02564103                  0.02564103 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.138                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       0.149 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.958                       0.048 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.066                       0.094 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.799 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       0.050                       0.274 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       1.000                       0.030 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.194                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.870                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       1.000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       0.101 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.106                       0.090 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       0.057                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       0.194 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.884                       0.914 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.503                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.112                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.909                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       0.140                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.413                       0.141 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       1.000                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.213                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.049                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       0.004                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       0.262                       0.137 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.832                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.466                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.952 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.669 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.955                       0.011 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.055                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.094                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.189                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       0.057                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       0.037 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       1.000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.814                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.880                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.907                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       0.175                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.918                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.102                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Hypnum jutlandicum has a high indval score of 0.992 and a low p value of 0.002. This #species is the indicator species for Haematite.

clustIllite <-cut(PlantChemistry1$Illite, 5, labels=FALSE)
IlliteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustIllite, type= "long")
gr <- IlliteIndval$maxcls[IlliteIndval$pval<=0.05]
iv <- IlliteIndval$indcls[IlliteIndval$pval<=0.05]
pv <- IlliteIndval$pval[IlliteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[IlliteIndval$pval<=0.05]
IlliteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
IlliteIndvalsummary <- IlliteIndvalsummary[order(IlliteIndvalsummary$group, 
                                                       -IlliteIndvalsummary$indval),]
print(IlliteIndvalsummary)
##                 group    indval pvalue freq
## Hypnum.imponens     2 0.5000000  0.045    3
## Galium.verum        2 0.4750831  0.045    1
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustIllite))
##                          cluster indicator_value probability
## Hypnum.imponens                2          0.5000       0.045
## Polytrichum.commune            2          0.5000       0.046
## Polytrichum.commune.agg.       2          0.5000       0.040
## Briza.media                    2          0.4969       0.040
## Galium.verum                   2          0.4751       0.039
## 
## Sum of probabilities                 =  119.842 
## 
## Sum of Indicator Values              =  19.81 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  2.47 
## 
## Number of Significant Indicators     =  5 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 5
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustIllite))
## $relfrq
##                                      1   5
## Agrostis.spp.               0.20512821 0.0
## Agrostis.canina             0.02564103 0.0
## Alchemilla.mollis           0.02564103 0.0
## Alopercus.pratensis         0.02564103 0.0
## Angelica.sylvestris         0.05128205 0.0
## Anthoxanthum.odoratum       0.15384615 0.0
## Anthyllis.vulneraria        0.10256410 0.5
## Aphanes.arvensis            0.07692308 0.0
## Arrhenatherum.elatius       0.17948718 0.5
## Atrichum.undulatum          0.05128205 0.0
## Avenula.pratensis           0.02564103 0.0
## Bellis.perennis             0.28205128 0.5
## Betula.pubescens            0.02564103 0.0
## Blackstonia.perfoliata      0.02564103 0.0
## Brachythecium.albicans      0.02564103 0.0
## Brachythecium.glareosum     0.02564103 0.0
## Brachythecium.mildeanum     0.10256410 0.0
## Brachythecium.rutabulum     0.12820513 0.5
## Briza.media                 0.05128205 0.5
## Bromus.hordeaceus           0.02564103 0.0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.02564103 0.0
## Bryum.c.f..pallescens       0.07692308 0.0
## Bryum.capillare             0.02564103 0.0
## Bryum.spp.                  0.07692308 0.0
## Calliergonella.cupsidata    0.33333333 1.0
## Calypogeia.arguta           0.17948718 0.5
## Campanula.rotundifolia      0.02564103 0.0
## Carex.distans               0.05128205 0.0
## Carex.flacca                0.17948718 0.0
## Carex.panicea               0.02564103 0.0
## Carlina.vulgaris            0.25641026 0.0
## Centaurea.nigra             0.05128205 0.0
## Centaurium.erythraea        0.05128205 0.0
## Centaurium.littorale        0.10256410 0.0
## Centaurium.pulchellum       0.02564103 0.0
## Cerastium.fontanum          0.15384615 0.5
## Chamaenerion.angustifolium  0.02564103 0.0
## Cirriphyllum.piliferum      0.02564103 0.0
## Cirsium.arvense             0.07692308 0.0
## Cirsium.palustre            0.05128205 0.0
## Crepis.capillaris           0.05128205 0.0
## Cynosurus.cristatus         0.07692308 0.0
## Dactylis.glomerata          0.15384615 0.0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.05128205 0.0
## Danthonia.decumbens         0.02564103 0.0
## Daucus.carrota              0.05128205 0.0
## Dicranella.spp.             0.02564103 0.0
## Dicranum.scoparium          0.10256410 0.5
## Epilobium.montanum          0.07692308 0.0
## Equisetum.arvense           0.07692308 0.0
## Equisteum.variegatum        0.02564103 0.0
## Erigeron.acer               0.05128205 0.0
## Euphrasia.agg               0.25641026 0.5
## Festuca.ovina               0.17948718 0.0
## Festuca.rubra               0.35897436 0.5
## Festuca.rubra.agg.          0.02564103 0.0
## Filipendula.ulmaria         0.07692308 0.0
## Fissidens.adianthoides      0.02564103 0.0
## Fissidens.dubius            0.05128205 0.0
## Fissidens.exilis            0.02564103 0.0
## Fragaria.vesca              0.15384615 0.0
## Galium.aparine              0.02564103 0.0
## Galium.arvense              0.02564103 0.0
## Galium.saxatile             0.02564103 0.0
## Galium.verum                0.07692308 0.5
## Geum.urbanum                0.02564103 0.0
## Glechoma.hederacea          0.02564103 0.0
## Helicotrichon.spp.          0.02564103 0.0
## Heracleum.sphondylium       0.07692308 0.0
## Hieracium.spp.              0.02564103 0.0
## Holcus.spp.                 0.53846154 0.0
## Holcus.lanatus              0.28205128 0.5
## Holcus.mollis               0.12820513 0.5
## Homalothecium.lutescens     0.05128205 0.0
## Hylocomium.splendens        0.15384615 0.5
## Hypericum.perforatum        0.15384615 0.0
## Hypnum.cupressiforme        0.23076923 0.5
## Hypnum.imponens             0.00000000 0.5
## Hypnum.jutlandicum          0.07692308 0.0
## Hypochaeris.radicata        0.02564103 0.0
## Kindbergia.praelonga        0.12820513 0.5
## Lathyrus.pratensis          0.07692308 0.0
## Leontodon.hispidus          0.12820513 0.0
## Leontodon.saxatilis         0.02564103 0.0
## Leucanthemum.vulgare        0.35897436 0.0
## Linum.catharticum           0.12820513 0.0
## Lolium.perenne              0.10256410 0.0
## Lophocolea.semiteres        0.02564103 0.0
## Lotus.corniculatus          0.43589744 0.5
## Luzula.multiflora           0.02564103 0.0
## Lysimachia.maritima         0.05128205 0.0
## Medicago.lupulina           0.12820513 0.0
## Myosotis.arvensis           0.12820513 0.0
## Ononis.repens               0.20512821 0.0
## Oxalis.acetosella           0.02564103 0.0
## Pastinaca.sativa            0.02564103 0.0
## Pentaglottis.sempervirens   0.02564103 0.0
## Pillosella.officinarum      0.30769231 0.0
## Plantago.coronopus          0.10256410 0.0
## Plantago.lanceolata         0.33333333 0.0
## Pleurozium.schreberi        0.07692308 0.5
## Poa.annua                   0.07692308 0.0
## Poa.spp.                    0.02564103 0.0
## Polytrichum.commune         0.00000000 0.5
## Polytrichum.commune.agg.    0.00000000 0.5
## Polytrichum.formosum        0.02564103 0.0
## Potentilla.reptans          0.10256410 0.0
## Prunella.vulgaris           0.12820513 0.0
## Pseudoscleropidum.purum     0.17948718 0.5
## Pteridium.aquilinum         0.07692308 0.0
## Ranunculus.acris            0.02564103 0.0
## Ranunculus.repens           0.07692308 0.0
## Reseda.lutea                0.02564103 0.0
## Rhinanthus.minor            0.02564103 0.0
## Rhizomnium.punctatum        0.02564103 0.0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.30769231 0.5
## Rhytidadelphus.triquetris   0.05128205 0.0
## Rubus.fruticosus            0.05128205 0.0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.02564103 0.5
## Saniona.uncinata            0.02564103 0.5
## Sedum.anglicum              0.02564103 0.0
## Senecio.jacobaea            0.05128205 0.0
## Senecio.vulgaris            0.02564103 0.0
## Sonchus.arvensis            0.02564103 0.0
## Stachys.sylvatica           0.05128205 0.0
## Stellaria.apetala           0.02564103 0.0
## Taraxacum.agg.              0.25641026 0.5
## Thuidium.tamariscinum       0.05128205 0.5
## Thymus.polytrichus          0.20512821 0.0
## Trichostomum.crispulum      0.15384615 0.0
## Trifolium.campestre         0.15384615 0.5
## Trifolium.dubium            0.05128205 0.0
## Trifolium.pratense          0.10256410 0.0
## Trifolium.repens            0.10256410 0.5
## Trisetum.flavescens         0.10256410 0.0
## Tussilago.farfara           0.07692308 0.0
## Urtica.diocia               0.10256410 0.0
## Veronica.officinalis        0.02564103 0.0
## Vicia.sativa                0.02564103 0.0
## Viola.riviniana             0.02564103 0.0
## Weissia.controversa         0.02564103 0.0
## Zygodon.stirtonii           0.02564103 0.0
## 
## $relabu
##                                       1          5
## Agrostis.spp.               1.000000000 0.00000000
## Agrostis.canina             1.000000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           1.000000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         1.000000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         1.000000000 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.000000000 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        0.106440556 0.89355944
## Aphanes.arvensis            1.000000000 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       0.769230769 0.23076923
## Atrichum.undulatum          1.000000000 0.00000000
## Avenula.pratensis           1.000000000 0.00000000
## Bellis.perennis             0.779661017 0.22033898
## Betula.pubescens            1.000000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.264150943 0.73584906
## Briza.media                 0.006277696 0.99372230
## Bromus.hordeaceus           1.000000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.000000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.000000000 0.00000000
## Bryum.capillare             1.000000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  1.000000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.269165247 0.73083475
## Calypogeia.arguta           0.143712575 0.85628743
## Campanula.rotundifolia      1.000000000 0.00000000
## Carex.distans               1.000000000 0.00000000
## Carex.flacca                1.000000000 0.00000000
## Carex.panicea               1.000000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            1.000000000 0.00000000
## Centaurea.nigra             1.000000000 0.00000000
## Centaurium.erythraea        1.000000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        1.000000000 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       1.000000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.380952381 0.61904762
## Chamaenerion.angustifolium  1.000000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.000000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             1.000000000 0.00000000
## Cirsium.palustre            1.000000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           1.000000000 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         1.000000000 0.00000000
## Dactylis.glomerata          1.000000000 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.000000000 0.00000000
## Danthonia.decumbens         1.000000000 0.00000000
## Daucus.carrota              1.000000000 0.00000000
## Dicranella.spp.             1.000000000 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.072312084 0.92768792
## Epilobium.montanum          1.000000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           1.000000000 0.00000000
## Equisteum.variegatum        1.000000000 0.00000000
## Erigeron.acer               1.000000000 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.281578947 0.71842105
## Festuca.ovina               1.000000000 0.00000000
## Festuca.rubra               0.950570342 0.04942966
## Festuca.rubra.agg.          1.000000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         1.000000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      1.000000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            1.000000000 0.00000000
## Fissidens.exilis            1.000000000 0.00000000
## Fragaria.vesca              1.000000000 0.00000000
## Galium.aparine              1.000000000 0.00000000
## Galium.arvense              1.000000000 0.00000000
## Galium.saxatile             1.000000000 0.00000000
## Galium.verum                0.049833887 0.95016611
## Geum.urbanum                1.000000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          1.000000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          1.000000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       1.000000000 0.00000000
## Hieracium.spp.              1.000000000 0.00000000
## Holcus.spp.                 1.000000000 0.00000000
## Holcus.lanatus              0.924855491 0.07514451
## Holcus.mollis               0.030592734 0.96940727
## Homalothecium.lutescens     1.000000000 0.00000000
## Hylocomium.splendens        0.218610864 0.78138914
## Hypericum.perforatum        1.000000000 0.00000000
## Hypnum.cupressiforme        0.597938144 0.40206186
## Hypnum.imponens             0.000000000 1.00000000
## Hypnum.jutlandicum          1.000000000 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        1.000000000 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.235294118 0.76470588
## Lathyrus.pratensis          1.000000000 0.00000000
## Leontodon.hispidus          1.000000000 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         1.000000000 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        1.000000000 0.00000000
## Linum.catharticum           1.000000000 0.00000000
## Lolium.perenne              1.000000000 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        1.000000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.738450075 0.26154993
## Luzula.multiflora           1.000000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         1.000000000 0.00000000
## Medicago.lupulina           1.000000000 0.00000000
## Myosotis.arvensis           1.000000000 0.00000000
## Ononis.repens               1.000000000 0.00000000
## Oxalis.acetosella           1.000000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            1.000000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.000000000 0.00000000
## Pillosella.officinarum      1.000000000 0.00000000
## Plantago.coronopus          1.000000000 0.00000000
## Plantago.lanceolata         1.000000000 0.00000000
## Pleurozium.schreberi        0.170212766 0.82978723
## Poa.annua                   1.000000000 0.00000000
## Poa.spp.                    1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         0.000000000 1.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.000000000 1.00000000
## Polytrichum.formosum        1.000000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          1.000000000 0.00000000
## Prunella.vulgaris           1.000000000 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.766467066 0.23353293
## Pteridium.aquilinum         1.000000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            1.000000000 0.00000000
## Ranunculus.repens           1.000000000 0.00000000
## Reseda.lutea                1.000000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            1.000000000 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        1.000000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.349013657 0.65098634
## Rhytidadelphus.triquetris   1.000000000 0.00000000
## Rubus.fruticosus            1.000000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.148471616 0.85152838
## Saniona.uncinata            0.048780488 0.95121951
## Sedum.anglicum              1.000000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            1.000000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            1.000000000 0.00000000
## Sonchus.arvensis            1.000000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           1.000000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           1.000000000 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.541176471 0.45882353
## Thuidium.tamariscinum       0.204081633 0.79591837
## Thymus.polytrichus          1.000000000 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      1.000000000 0.00000000
## Trifolium.campestre         0.181297710 0.81870229
## Trifolium.dubium            1.000000000 0.00000000
## Trifolium.pratense          1.000000000 0.00000000
## Trifolium.repens            0.417910448 0.58208955
## Trisetum.flavescens         1.000000000 0.00000000
## Tussilago.farfara           1.000000000 0.00000000
## Urtica.diocia               1.000000000 0.00000000
## Veronica.officinalis        1.000000000 0.00000000
## Vicia.sativa                1.000000000 0.00000000
## Viola.riviniana             1.000000000 0.00000000
## Weissia.controversa         1.000000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           1.000000000 0.00000000
## 
## $indval
##                                        1          5
## Agrostis.spp.               0.2051282051 0.00000000
## Agrostis.canina             0.0256410256 0.00000000
## Alchemilla.mollis           0.0256410256 0.00000000
## Alopercus.pratensis         0.0256410256 0.00000000
## Angelica.sylvestris         0.0512820513 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.1538461538 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        0.0109169801 0.44677972
## Aphanes.arvensis            0.0769230769 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       0.1380670611 0.11538462
## Atrichum.undulatum          0.0512820513 0.00000000
## Avenula.pratensis           0.0256410256 0.00000000
## Bellis.perennis             0.2199043894 0.11016949
## Betula.pubescens            0.0256410256 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0256410256 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.0256410256 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     0.0256410256 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     0.1025641026 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.0338655056 0.36792453
## Briza.media                 0.0003219331 0.49686115
## Bromus.hordeaceus           0.0256410256 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0256410256 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0769230769 0.00000000
## Bryum.capillare             0.0256410256 0.00000000
## Bryum.spp.                  0.0769230769 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.0897217490 0.73083475
## Calypogeia.arguta           0.0257945647 0.42814371
## Campanula.rotundifolia      0.0256410256 0.00000000
## Carex.distans               0.0512820513 0.00000000
## Carex.flacca                0.1794871795 0.00000000
## Carex.panicea               0.0256410256 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.2564102564 0.00000000
## Centaurea.nigra             0.0512820513 0.00000000
## Centaurium.erythraea        0.0512820513 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.1025641026 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       0.0256410256 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.0586080586 0.30952381
## Chamaenerion.angustifolium  0.0256410256 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0256410256 0.00000000
## Cirsium.arvense             0.0769230769 0.00000000
## Cirsium.palustre            0.0512820513 0.00000000
## Crepis.capillaris           0.0512820513 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         0.0769230769 0.00000000
## Dactylis.glomerata          0.1538461538 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0512820513 0.00000000
## Danthonia.decumbens         0.0256410256 0.00000000
## Daucus.carrota              0.0512820513 0.00000000
## Dicranella.spp.             0.0256410256 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.0074166240 0.46384396
## Epilobium.montanum          0.0769230769 0.00000000
## Equisetum.arvense           0.0769230769 0.00000000
## Equisteum.variegatum        0.0256410256 0.00000000
## Erigeron.acer               0.0512820513 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.0721997301 0.35921053
## Festuca.ovina               0.1794871795 0.00000000
## Festuca.rubra               0.3412303793 0.02471483
## Festuca.rubra.agg.          0.0256410256 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         0.0769230769 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      0.0256410256 0.00000000
## Fissidens.dubius            0.0512820513 0.00000000
## Fissidens.exilis            0.0256410256 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.1538461538 0.00000000
## Galium.aparine              0.0256410256 0.00000000
## Galium.arvense              0.0256410256 0.00000000
## Galium.saxatile             0.0256410256 0.00000000
## Galium.verum                0.0038333759 0.47508306
## Geum.urbanum                0.0256410256 0.00000000
## Glechoma.hederacea          0.0256410256 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          0.0256410256 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       0.0769230769 0.00000000
## Hieracium.spp.              0.0256410256 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.5384615385 0.00000000
## Holcus.lanatus              0.2608566770 0.03757225
## Holcus.mollis               0.0039221454 0.48470363
## Homalothecium.lutescens     0.0512820513 0.00000000
## Hylocomium.splendens        0.0336324406 0.39069457
## Hypericum.perforatum        0.1538461538 0.00000000
## Hypnum.cupressiforme        0.1379857256 0.20103093
## Hypnum.imponens             0.0000000000 0.50000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0769230769 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        0.0256410256 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.0301659125 0.38235294
## Lathyrus.pratensis          0.0769230769 0.00000000
## Leontodon.hispidus          0.1282051282 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         0.0256410256 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.3589743590 0.00000000
## Linum.catharticum           0.1282051282 0.00000000
## Lolium.perenne              0.1025641026 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        0.0256410256 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.3218884940 0.13077496
## Luzula.multiflora           0.0256410256 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.0512820513 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.1282051282 0.00000000
## Myosotis.arvensis           0.1282051282 0.00000000
## Ononis.repens               0.2051282051 0.00000000
## Oxalis.acetosella           0.0256410256 0.00000000
## Pastinaca.sativa            0.0256410256 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0256410256 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.3076923077 0.00000000
## Plantago.coronopus          0.1025641026 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.3333333333 0.00000000
## Pleurozium.schreberi        0.0130932897 0.41489362
## Poa.annua                   0.0769230769 0.00000000
## Poa.spp.                    0.0256410256 0.00000000
## Polytrichum.commune         0.0000000000 0.50000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0000000000 0.50000000
## Polytrichum.formosum        0.0256410256 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.1025641026 0.00000000
## Prunella.vulgaris           0.1282051282 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.1375710118 0.11676647
## Pteridium.aquilinum         0.0769230769 0.00000000
## Ranunculus.acris            0.0256410256 0.00000000
## Ranunculus.repens           0.0769230769 0.00000000
## Reseda.lutea                0.0256410256 0.00000000
## Rhinanthus.minor            0.0256410256 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0256410256 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.1073888176 0.32549317
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0512820513 0.00000000
## Rubus.fruticosus            0.0512820513 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0038069645 0.42576419
## Saniona.uncinata            0.0012507817 0.47560976
## Sedum.anglicum              0.0256410256 0.00000000
## Senecio.jacobaea            0.0512820513 0.00000000
## Senecio.vulgaris            0.0256410256 0.00000000
## Sonchus.arvensis            0.0256410256 0.00000000
## Stachys.sylvatica           0.0512820513 0.00000000
## Stellaria.apetala           0.0256410256 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.1387631976 0.22941176
## Thuidium.tamariscinum       0.0104657248 0.39795918
## Thymus.polytrichus          0.2051282051 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      0.1538461538 0.00000000
## Trifolium.campestre         0.0278919554 0.40935115
## Trifolium.dubium            0.0512820513 0.00000000
## Trifolium.pratense          0.1025641026 0.00000000
## Trifolium.repens            0.0428626100 0.29104478
## Trisetum.flavescens         0.1025641026 0.00000000
## Tussilago.farfara           0.0769230769 0.00000000
## Urtica.diocia               0.1025641026 0.00000000
## Veronica.officinalis        0.0256410256 0.00000000
## Vicia.sativa                0.0256410256 0.00000000
## Viola.riviniana             0.0256410256 0.00000000
## Weissia.controversa         0.0256410256 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           0.0256410256 0.00000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           2                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           2 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           2                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           2                           2 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           2 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           2                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           2                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           2                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           2 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           2                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           2                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           2 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           2                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           2 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           2                           2 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           2                           2 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           2                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           2 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.20512821                  0.02564103 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.05128205                  0.15384615 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.44677972                  0.07692308 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.13806706                  0.05128205 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.02564103                  0.21990439 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.10256410                  0.36792453 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.49686115                  0.02564103 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.73083475                  0.42814371 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.17948718                  0.02564103 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.25641026                  0.05128205 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.05128205                  0.10256410 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.02564103                  0.30952381 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.07692308                  0.05128205 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.05128205                  0.07692308 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.15384615                  0.05128205 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.02564103                  0.46384396 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.07692308                  0.07692308 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.35921053                  0.17948718 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.34123038                  0.02564103 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.05128205                  0.02564103 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.15384615                  0.02564103 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.47508306                  0.02564103 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.53846154                  0.26085668 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.48470363                  0.05128205 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.39069457                  0.15384615 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.20103093                  0.50000000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.38235294                  0.07692308 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.12820513                  0.02564103 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.35897436                  0.12820513 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.32188849                  0.02564103 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.05128205                  0.12820513 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.12820513                  0.20512821 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.02564103                  0.30769231 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.10256410                  0.33333333 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.41489362                  0.07692308 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.02564103                  0.50000000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.50000000                  0.02564103 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.10256410                  0.12820513 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.13757101                  0.07692308 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.02564103                  0.32549317 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.05128205                  0.05128205 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.42576419                  0.47560976 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.05128205                  0.02564103 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.22941176                  0.39795918 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.20512821                  0.15384615 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.40935115                  0.05128205 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.10256410                  0.29104478 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.10256410                  0.07692308 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.02564103                  0.02564103 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.892                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.093                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       1.000                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.965 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       0.292 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       0.042                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.093                       0.116 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.874                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.871                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.333 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.911                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       0.066 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.223                       0.901 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.766                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.052                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.411                       0.815 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.067                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.179                       0.975 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.921                       0.061 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       0.186                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.655                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.802                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.799 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.682 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.942                       0.712 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.150                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       0.040 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       0.044                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       1.000                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.811 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       0.090                       0.101 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       0.165 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.900                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.108                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       0.161 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.923                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.952                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Polytrichum commune has an indval score of 0.500 and a p value of 0.048. This species is #the indicator species for Illite

clustLangite <-cut(PlantChemistry1$Langite, 5, labels=FALSE)
LangiteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustLangite, type= "long")
gr <- LangiteIndval$maxcls[LangiteIndval$pval<=0.05]
iv <- LangiteIndval$indcls[LangiteIndval$pval<=0.05]
pv <- LangiteIndval$pval[LangiteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[LangiteIndval$pval<=0.05]
LangiteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
LangiteIndvalsummary <- LangiteIndvalsummary[order(LangiteIndvalsummary$group, 
                                                 -LangiteIndvalsummary$indval),]
print(LangiteIndvalsummary)
##                       group    indval pvalue freq
## Thuidium.tamariscinum     2 0.9756098  0.027    8
## Anthoxanthum.odoratum     2 0.9510003  0.028    5
## Fragaria.vesca            2 0.9494827  0.031    1
## Hylocomium.splendens      2 0.9382788  0.027    6
## Bellis.perennis           2 0.9221902  0.027    1
## Crepis.capillaris         2 0.9090909  0.048    3
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustLangite))
##                           cluster indicator_value probability
## Rhytidadelphus.triquetris       2          0.9756       0.050
## Thuidium.tamariscinum           2          0.9756       0.026
## Anthoxanthum.odoratum           2          0.9510       0.031
## Fragaria.vesca                  2          0.9495       0.018
## Hylocomium.splendens            2          0.9383       0.024
## Bellis.perennis                 2          0.9222       0.029
## Crepis.capillaris               2          0.9091       0.048
## 
## Sum of probabilities                 =  126.529 
## 
## Sum of Indicator Values              =  23.62 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  6.62 
## 
## Number of Significant Indicators     =  7 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 7
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustLangite))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.200 0
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.025 0
## Alopercus.pratensis         0.025 0
## Angelica.sylvestris         0.050 0
## Anthoxanthum.odoratum       0.125 1
## Anthyllis.vulneraria        0.125 0
## Aphanes.arvensis            0.075 0
## Arrhenatherum.elatius       0.175 1
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.025 0
## Bellis.perennis             0.275 1
## Betula.pubescens            0.025 0
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.100 0
## Brachythecium.rutabulum     0.150 0
## Briza.media                 0.075 0
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025 0
## Bryum.c.f..pallescens       0.075 0
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.075 0
## Calliergonella.cupsidata    0.350 1
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.025 0
## Carex.distans               0.050 0
## Carex.flacca                0.175 0
## Carex.panicea               0.025 0
## Carlina.vulgaris            0.250 0
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.100 0
## Centaurium.pulchellum       0.025 0
## Cerastium.fontanum          0.175 0
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.025 0
## Cirsium.arvense             0.075 0
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.025 1
## Cynosurus.cristatus         0.075 0
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.050 0
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.100 1
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.075 0
## Equisteum.variegatum        0.025 0
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.275 0
## Festuca.ovina               0.175 0
## Festuca.rubra               0.375 0
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.075 0
## Fissidens.adianthoides      0.025 0
## Fissidens.dubius            0.050 0
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.125 1
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.100 0
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.025 0
## Holcus.spp.                 0.525 0
## Holcus.lanatus              0.275 1
## Holcus.mollis               0.150 0
## Homalothecium.lutescens     0.050 0
## Hylocomium.splendens        0.150 1
## Hypericum.perforatum        0.125 1
## Hypnum.cupressiforme        0.225 1
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.025 0
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.075 0
## Leontodon.hispidus          0.125 0
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.325 1
## Linum.catharticum           0.125 0
## Lolium.perenne              0.100 0
## Lophocolea.semiteres        0.025 0
## Lotus.corniculatus          0.425 1
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.050 0
## Medicago.lupulina           0.125 0
## Myosotis.arvensis           0.125 0
## Ononis.repens               0.200 0
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.300 0
## Plantago.coronopus          0.100 0
## Plantago.lanceolata         0.300 1
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.075 0
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.100 0
## Prunella.vulgaris           0.125 0
## Pseudoscleropidum.purum     0.175 1
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.075 0
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.300 1
## Rhytidadelphus.triquetris   0.025 1
## Rubus.fruticosus            0.050 0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050 0
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.050 0
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.050 0
## Stellaria.apetala           0.025 0
## Taraxacum.agg.              0.275 0
## Thuidium.tamariscinum       0.050 1
## Thymus.polytrichus          0.200 0
## Trichostomum.crispulum      0.150 0
## Trifolium.campestre         0.175 0
## Trifolium.dubium            0.050 0
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.125 0
## Trisetum.flavescens         0.100 0
## Tussilago.farfara           0.075 0
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.025 0
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.025 0
## Zygodon.stirtonii           0.025 0
## 
## $relabu
##                                      1          5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.00000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.04899971 0.95100029
## Anthyllis.vulneraria        1.00000000 0.00000000
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       0.44444444 0.55555556
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.00000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.00000000
## Bellis.perennis             0.07780980 0.92219020
## Betula.pubescens            1.00000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     1.00000000 0.00000000
## Briza.media                 1.00000000 0.00000000
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.00000000 0.00000000
## Bryum.capillare             1.00000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.68992248 0.31007752
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.00000000
## Carex.distans               1.00000000 0.00000000
## Carex.flacca                1.00000000 0.00000000
## Carex.panicea               1.00000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            1.00000000 0.00000000
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.00000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          1.00000000 0.00000000
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.00000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           0.09090909 0.90909091
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.00000000
## Dactylis.glomerata          1.00000000 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.00000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.00000000
## Daucus.carrota              1.00000000 0.00000000
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.22480620 0.77519380
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.00000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.00000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.00000000
## Euphrasia.agg               1.00000000 0.00000000
## Festuca.ovina               1.00000000 0.00000000
## Festuca.rubra               1.00000000 0.00000000
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.00000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.05051735 0.94948265
## Galium.aparine              1.00000000 0.00000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.00000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.00000000
## Galium.verum                1.00000000 0.00000000
## Geum.urbanum                1.00000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.00000000
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.00000000
## Holcus.spp.                 1.00000000 0.00000000
## Holcus.lanatus              0.15978995 0.84021005
## Holcus.mollis               1.00000000 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     1.00000000 0.00000000
## Hylocomium.splendens        0.06172116 0.93827884
## Hypericum.perforatum        0.27272727 0.72727273
## Hypnum.cupressiforme        0.59595960 0.40404040
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        1.00000000 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.00000000
## Leontodon.hispidus          1.00000000 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.24528302 0.75471698
## Linum.catharticum           1.00000000 0.00000000
## Lolium.perenne              1.00000000 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.96183206 0.03816794
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.00000000
## Medicago.lupulina           1.00000000 0.00000000
## Myosotis.arvensis           1.00000000 0.00000000
## Ononis.repens               1.00000000 0.00000000
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.00000000
## Pillosella.officinarum      1.00000000 0.00000000
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.12263210 0.87736790
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.00000000
## Poa.annua                   1.00000000 0.00000000
## Poa.spp.                    1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          1.00000000 0.00000000
## Prunella.vulgaris           1.00000000 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.07692308 0.92307692
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.00000000
## Ranunculus.repens           1.00000000 0.00000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.15611814 0.84388186
## Rhytidadelphus.triquetris   0.02439024 0.97560976
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.00000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.00000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.00000000
## Taraxacum.agg.              1.00000000 0.00000000
## Thuidium.tamariscinum       0.02439024 0.97560976
## Thymus.polytrichus          1.00000000 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      1.00000000 0.00000000
## Trifolium.campestre         1.00000000 0.00000000
## Trifolium.dubium            1.00000000 0.00000000
## Trifolium.pratense          1.00000000 0.00000000
## Trifolium.repens            1.00000000 0.00000000
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.00000000
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.00000000
## Urtica.diocia               1.00000000 0.00000000
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.00000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.00000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.00000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.00000000
## 
## $indval
##                                        1          5
## Agrostis.spp.               0.2000000000 0.00000000
## Agrostis.canina             0.0250000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           0.0250000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         0.0250000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         0.0500000000 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.0061249638 0.95100029
## Anthyllis.vulneraria        0.1250000000 0.00000000
## Aphanes.arvensis            0.0750000000 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       0.0777777778 0.55555556
## Atrichum.undulatum          0.0500000000 0.00000000
## Avenula.pratensis           0.0250000000 0.00000000
## Bellis.perennis             0.0213976945 0.92219020
## Betula.pubescens            0.0250000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0250000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.0250000000 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     0.0250000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     0.1000000000 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.1500000000 0.00000000
## Briza.media                 0.0750000000 0.00000000
## Bromus.hordeaceus           0.0250000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0250000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0750000000 0.00000000
## Bryum.capillare             0.0250000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  0.0750000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.2414728682 0.31007752
## Calypogeia.arguta           0.2000000000 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      0.0250000000 0.00000000
## Carex.distans               0.0500000000 0.00000000
## Carex.flacca                0.1750000000 0.00000000
## Carex.panicea               0.0250000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.2500000000 0.00000000
## Centaurea.nigra             0.0500000000 0.00000000
## Centaurium.erythraea        0.0500000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.1000000000 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       0.0250000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.1750000000 0.00000000
## Chamaenerion.angustifolium  0.0250000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0250000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             0.0750000000 0.00000000
## Cirsium.palustre            0.0500000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           0.0022727273 0.90909091
## Cynosurus.cristatus         0.0750000000 0.00000000
## Dactylis.glomerata          0.1500000000 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0500000000 0.00000000
## Danthonia.decumbens         0.0250000000 0.00000000
## Daucus.carrota              0.0500000000 0.00000000
## Dicranella.spp.             0.0250000000 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.0224806202 0.77519380
## Epilobium.montanum          0.0750000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           0.0750000000 0.00000000
## Equisteum.variegatum        0.0250000000 0.00000000
## Erigeron.acer               0.0500000000 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.2750000000 0.00000000
## Festuca.ovina               0.1750000000 0.00000000
## Festuca.rubra               0.3750000000 0.00000000
## Festuca.rubra.agg.          0.0250000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         0.0750000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      0.0250000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            0.0500000000 0.00000000
## Fissidens.exilis            0.0250000000 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.0063146683 0.94948265
## Galium.aparine              0.0250000000 0.00000000
## Galium.arvense              0.0250000000 0.00000000
## Galium.saxatile             0.0250000000 0.00000000
## Galium.verum                0.1000000000 0.00000000
## Geum.urbanum                0.0250000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          0.0250000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          0.0250000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       0.0750000000 0.00000000
## Hieracium.spp.              0.0250000000 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.5250000000 0.00000000
## Holcus.lanatus              0.0439422356 0.84021005
## Holcus.mollis               0.1500000000 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     0.0500000000 0.00000000
## Hylocomium.splendens        0.0092581733 0.93827884
## Hypericum.perforatum        0.0340909091 0.72727273
## Hypnum.cupressiforme        0.1340909091 0.40404040
## Hypnum.imponens             0.0250000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0750000000 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        0.0250000000 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.1500000000 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          0.0750000000 0.00000000
## Leontodon.hispidus          0.1250000000 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         0.0250000000 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.0797169811 0.75471698
## Linum.catharticum           0.1250000000 0.00000000
## Lolium.perenne              0.1000000000 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        0.0250000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.4087786260 0.03816794
## Luzula.multiflora           0.0250000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.0500000000 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.1250000000 0.00000000
## Myosotis.arvensis           0.1250000000 0.00000000
## Ononis.repens               0.2000000000 0.00000000
## Oxalis.acetosella           0.0250000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            0.0250000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0250000000 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.3000000000 0.00000000
## Plantago.coronopus          0.1000000000 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.0367896311 0.87736790
## Pleurozium.schreberi        0.1000000000 0.00000000
## Poa.annua                   0.0750000000 0.00000000
## Poa.spp.                    0.0250000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         0.0250000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0250000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        0.0250000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.1000000000 0.00000000
## Prunella.vulgaris           0.1250000000 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.0134615385 0.92307692
## Pteridium.aquilinum         0.0750000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            0.0250000000 0.00000000
## Ranunculus.repens           0.0750000000 0.00000000
## Reseda.lutea                0.0250000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            0.0250000000 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0250000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.0468354430 0.84388186
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0006097561 0.97560976
## Rubus.fruticosus            0.0500000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0500000000 0.00000000
## Saniona.uncinata            0.0500000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              0.0250000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            0.0500000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            0.0250000000 0.00000000
## Sonchus.arvensis            0.0250000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           0.0500000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           0.0250000000 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.2750000000 0.00000000
## Thuidium.tamariscinum       0.0012195122 0.97560976
## Thymus.polytrichus          0.2000000000 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      0.1500000000 0.00000000
## Trifolium.campestre         0.1750000000 0.00000000
## Trifolium.dubium            0.0500000000 0.00000000
## Trifolium.pratense          0.1000000000 0.00000000
## Trifolium.repens            0.1250000000 0.00000000
## Trisetum.flavescens         0.1000000000 0.00000000
## Tussilago.farfara           0.0750000000 0.00000000
## Urtica.diocia               0.1000000000 0.00000000
## Veronica.officinalis        0.0250000000 0.00000000
## Vicia.sativa                0.0250000000 0.00000000
## Viola.riviniana             0.0250000000 0.00000000
## Weissia.controversa         0.0250000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           0.0250000000 0.00000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           2 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           2                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           2 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           2                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           2                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           2 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           2                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           2                           2 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           2                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           2 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           2                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           2 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           2                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           2 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.2000000                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.0500000                   0.9510003 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.1250000                   0.0750000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.5555556                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   0.0250000                   0.9221902 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.1000000                   0.1500000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.3100775                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.1750000                   0.0250000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.2500000                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.1000000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   0.0250000                   0.1750000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.0750000                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.9090909                   0.0750000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.7751938 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.0750000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.2750000                   0.1750000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.3750000                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.9494827                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.5250000                   0.8402101 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.9382788                   0.7272727 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.4040404                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.0750000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.1250000                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.7547170                   0.1250000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.4087786                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.0500000                   0.1250000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.1250000                   0.2000000 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.1000000                   0.8773679 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.9230769                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.8438819 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.9756098                   0.0500000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.0500000                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.2750000                   0.9756098 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.2000000                   0.1500000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.1750000                   0.0500000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   0.0250000                   0.0250000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       1.000                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       0.023 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.149                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.014 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       1.000                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.976                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       1.000                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       1.000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       0.043                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       0.126 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.949                       1.000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.905                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.028                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       1.000                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.793                       0.095 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.983                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.018                       0.089 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.225                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.144                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.881                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.915 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.871 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       1.000                       0.069 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.078                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.061 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       0.052                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       0.027 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       1.000                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       1.000                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       1.000                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Thuidium tamarascinum has a high indval score of 0.976 and a p value of 0.032. This species #is the indicator species for Langite.

clustLinnaeite <-cut(PlantChemistry1$Linnaeite, 5, labels=FALSE)
LinnaeiteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustLinnaeite, type= "long")
gr <- LinnaeiteIndval$maxcls[LinnaeiteIndval$pval<=0.05]
iv <- LinnaeiteIndval$indcls[LinnaeiteIndval$pval<=0.05]
pv <- LinnaeiteIndval$pval[LinnaeiteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[LinnaeiteIndval$pval<=0.05]
LinnaeiteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
LinnaeiteIndvalsummary <- LinnaeiteIndvalsummary[order(LinnaeiteIndvalsummary$group, 
                                                   -LinnaeiteIndvalsummary$indval),]
print(LinnaeiteIndvalsummary)
##                   group indval pvalue freq
## Zygodon.stirtonii     2      1  0.027   NA
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustLinnaeite))
##                   cluster indicator_value probability
## Zygodon.stirtonii       2               1       0.021
## 
## Sum of probabilities                 =  134.93 
## 
## Sum of Indicator Values              =  16.72 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  1 
## 
## Number of Significant Indicators     =  1 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 1
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustLinnaeite))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.200 0
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.025 0
## Alopercus.pratensis         0.025 0
## Angelica.sylvestris         0.050 0
## Anthoxanthum.odoratum       0.150 0
## Anthyllis.vulneraria        0.125 0
## Aphanes.arvensis            0.075 0
## Arrhenatherum.elatius       0.200 0
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.025 0
## Bellis.perennis             0.300 0
## Betula.pubescens            0.025 0
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.100 0
## Brachythecium.rutabulum     0.150 0
## Briza.media                 0.075 0
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025 0
## Bryum.c.f..pallescens       0.075 0
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.075 0
## Calliergonella.cupsidata    0.375 0
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.025 0
## Carex.distans               0.050 0
## Carex.flacca                0.175 0
## Carex.panicea               0.025 0
## Carlina.vulgaris            0.225 1
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.100 0
## Centaurium.pulchellum       0.025 0
## Cerastium.fontanum          0.175 0
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.025 0
## Cirsium.arvense             0.075 0
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.050 0
## Cynosurus.cristatus         0.075 0
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.050 0
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.125 0
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.075 0
## Equisteum.variegatum        0.025 0
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.275 0
## Festuca.ovina               0.175 0
## Festuca.rubra               0.375 0
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.075 0
## Fissidens.adianthoides      0.025 0
## Fissidens.dubius            0.050 0
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.150 0
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.100 0
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.025 0
## Holcus.spp.                 0.500 1
## Holcus.lanatus              0.300 0
## Holcus.mollis               0.150 0
## Homalothecium.lutescens     0.050 0
## Hylocomium.splendens        0.175 0
## Hypericum.perforatum        0.150 0
## Hypnum.cupressiforme        0.250 0
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.025 0
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.075 0
## Leontodon.hispidus          0.100 1
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.350 0
## Linum.catharticum           0.100 1
## Lolium.perenne              0.100 0
## Lophocolea.semiteres        0.025 0
## Lotus.corniculatus          0.450 0
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.050 0
## Medicago.lupulina           0.125 0
## Myosotis.arvensis           0.125 0
## Ononis.repens               0.200 0
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.300 0
## Plantago.coronopus          0.100 0
## Plantago.lanceolata         0.325 0
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.075 0
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.100 0
## Prunella.vulgaris           0.125 0
## Pseudoscleropidum.purum     0.200 0
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.075 0
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325 0
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050 0
## Rubus.fruticosus            0.050 0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050 0
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.050 0
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.050 0
## Stellaria.apetala           0.025 0
## Taraxacum.agg.              0.250 1
## Thuidium.tamariscinum       0.075 0
## Thymus.polytrichus          0.175 1
## Trichostomum.crispulum      0.150 0
## Trifolium.campestre         0.175 0
## Trifolium.dubium            0.050 0
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.125 0
## Trisetum.flavescens         0.100 0
## Tussilago.farfara           0.075 0
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.025 0
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.025 0
## Zygodon.stirtonii           0.000 1
## 
## $relabu
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.0000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.00000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        1.00000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       1.00000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.0000000
## Bellis.perennis             1.00000000 0.0000000
## Betula.pubescens            1.00000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.00000000 0.0000000
## Briza.media                 1.00000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.00000000 0.0000000
## Bryum.capillare             1.00000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    1.00000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.0000000
## Carex.distans               1.00000000 0.0000000
## Carex.flacca                1.00000000 0.0000000
## Carex.panicea               1.00000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.51219512 0.4878049
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          1.00000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          1.00000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.0000000
## Daucus.carrota              1.00000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.00000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               1.00000000 0.0000000
## Festuca.ovina               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.00000000 0.0000000
## Galium.aparine              1.00000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.0000000
## Galium.verum                1.00000000 0.0000000
## Geum.urbanum                1.00000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.20081967 0.7991803
## Holcus.lanatus              1.00000000 0.0000000
## Holcus.mollis               1.00000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     1.00000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        1.00000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.00000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.57219251 0.4278075
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        1.00000000 0.0000000
## Linum.catharticum           0.05511811 0.9448819
## Lolium.perenne              1.00000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          1.00000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.00000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.00000000 0.0000000
## Ononis.repens               1.00000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      1.00000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         1.00000000 0.0000000
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.0000000
## Poa.annua                   1.00000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.00000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           1.00000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     1.00000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.00000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.21568627 0.7843137
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.77830562 0.2216944
## Trichostomum.crispulum      1.00000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         1.00000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            1.00000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.00000000 0.0000000
## Trifolium.repens            1.00000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.00000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.00000000 1.0000000
## 
## $indval
##                                       1         5
## Agrostis.spp.               0.200000000 0.0000000
## Agrostis.canina             0.025000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.025000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.025000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.050000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.150000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.125000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            0.075000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.200000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          0.050000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.025000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.300000000 0.0000000
## Betula.pubescens            0.025000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.100000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.150000000 0.0000000
## Briza.media                 0.075000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.075000000 0.0000000
## Bryum.capillare             0.025000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.075000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.375000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           0.200000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.025000000 0.0000000
## Carex.distans               0.050000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.175000000 0.0000000
## Carex.panicea               0.025000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.115243902 0.4878049
## Centaurea.nigra             0.050000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.050000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.100000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       0.025000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.175000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  0.025000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.025000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.075000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.050000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.050000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.075000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.150000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.025000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.050000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             0.025000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.125000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.075000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.075000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        0.025000000 0.0000000
## Erigeron.acer               0.050000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.275000000 0.0000000
## Festuca.ovina               0.175000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.375000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          0.025000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.075000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.025000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.050000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.025000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.150000000 0.0000000
## Galium.aparine              0.025000000 0.0000000
## Galium.arvense              0.025000000 0.0000000
## Galium.saxatile             0.025000000 0.0000000
## Galium.verum                0.100000000 0.0000000
## Geum.urbanum                0.025000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.025000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.025000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.075000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.025000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.100409836 0.7991803
## Holcus.lanatus              0.300000000 0.0000000
## Holcus.mollis               0.150000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.050000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.175000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.150000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.250000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             0.025000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.075000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.025000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.150000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.075000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.057219251 0.4278075
## Leontodon.saxatilis         0.025000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.350000000 0.0000000
## Linum.catharticum           0.005511811 0.9448819
## Lolium.perenne              0.100000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.025000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.450000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           0.025000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.050000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.125000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.125000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.200000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           0.025000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.025000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.025000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.300000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          0.100000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.325000000 0.0000000
## Pleurozium.schreberi        0.100000000 0.0000000
## Poa.annua                   0.075000000 0.0000000
## Poa.spp.                    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.025000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.100000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.125000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.200000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         0.075000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.025000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.075000000 0.0000000
## Reseda.lutea                0.025000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.025000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.025000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.050000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.050000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.025000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.050000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.025000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.025000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.050000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.025000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.053921569 0.7843137
## Thuidium.tamariscinum       0.075000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.136203484 0.2216944
## Trichostomum.crispulum      0.150000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.175000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.050000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          0.100000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.125000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.100000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.075000000 0.0000000
## Urtica.diocia               0.100000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.025000000 0.0000000
## Vicia.sativa                0.025000000 0.0000000
## Viola.riviniana             0.025000000 0.0000000
## Weissia.controversa         0.025000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.000000000 1.0000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           2                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           2                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           2                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           2 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           2                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           2                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           2 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.2000000                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.0500000                   0.1500000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.1250000                   0.0750000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.2000000                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.1000000                   0.1500000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.3750000                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.1750000                   0.0250000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.4878049                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.1000000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   0.0250000                   0.1750000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.0750000                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.0500000                   0.0750000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.1250000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.0750000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.2750000                   0.1750000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.3750000                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.1500000                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.7991803                   0.3000000 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.1750000                   0.1500000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.2500000                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.0750000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.4278075                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.3500000                   0.9448819 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.4500000                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.0500000                   0.1250000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.1250000                   0.2000000 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.1000000                   0.3250000 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.2000000                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.3250000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.0500000                   0.0500000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.0500000                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.7843137                   0.0750000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.2216944                   0.1500000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.1750000                   0.0500000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   0.0250000                   1.0000000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       1.000                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       1.000                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       1.000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.902                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.984                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.247                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       1.000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.947                       1.000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.902                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       1.000                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.066                       0.965 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.973                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.970                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       1.000                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       0.131                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.936                       0.056 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.795                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.880 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.894 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       1.000                       0.912 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       1.000                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       1.000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.150                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.221                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       1.000                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       1.000                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       0.021 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Zygodon stirtonii has an indval score of 1, the former has and a low p value of 0.029. #This is the indicator species for Linnaeite.

clustMagnesioferrite <-cut(PlantChemistry1$Magnesioferrite, 5, labels=FALSE)
MagnesioferriteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMagnesioferrite, type= "long")
gr <- MagnesioferriteIndval$maxcls[MagnesioferriteIndval$pval<=0.05]
iv <- MagnesioferriteIndval$indcls[MagnesioferriteIndval$pval<=0.05]
pv <- MagnesioferriteIndval$pval[MagnesioferriteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[MagnesioferriteIndval$pval<=0.05]
MagnesioferriteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
MagnesioferriteIndvalsummary <- MagnesioferriteIndvalsummary [order
          (MagnesioferriteIndvalsummary$group,   -MagnesioferriteIndvalsummary$indval),]
print(MagnesioferriteIndvalsummary)
##                   group indval pvalue freq
## Avenula.pratensis     2 0.5000  0.048   12
## Sonchus.arvensis      2 0.5000  0.050    2
## Centaurea.nigra       2 0.4875  0.042    2
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMagnesioferrite))
##                   cluster indicator_value probability
## Avenula.pratensis       2          0.5000       0.036
## Sonchus.arvensis        2          0.5000       0.042
## Centaurea.nigra         2          0.4875       0.048
## 
## Sum of probabilities                 =  122.412 
## 
## Sum of Indicator Values              =  19.06 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  1.49 
## 
## Number of Significant Indicators     =  3 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 3
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMagnesioferrite))
## $relfrq
##                                      1   5
## Agrostis.spp.               0.20512821 0.0
## Agrostis.canina             0.02564103 0.0
## Alchemilla.mollis           0.02564103 0.0
## Alopercus.pratensis         0.00000000 0.5
## Angelica.sylvestris         0.05128205 0.0
## Anthoxanthum.odoratum       0.15384615 0.0
## Anthyllis.vulneraria        0.12820513 0.0
## Aphanes.arvensis            0.07692308 0.0
## Arrhenatherum.elatius       0.20512821 0.0
## Atrichum.undulatum          0.05128205 0.0
## Avenula.pratensis           0.00000000 0.5
## Bellis.perennis             0.28205128 0.5
## Betula.pubescens            0.02564103 0.0
## Blackstonia.perfoliata      0.02564103 0.0
## Brachythecium.albicans      0.02564103 0.0
## Brachythecium.glareosum     0.02564103 0.0
## Brachythecium.mildeanum     0.07692308 0.5
## Brachythecium.rutabulum     0.15384615 0.0
## Briza.media                 0.07692308 0.0
## Bromus.hordeaceus           0.02564103 0.0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.02564103 0.0
## Bryum.c.f..pallescens       0.07692308 0.0
## Bryum.capillare             0.02564103 0.0
## Bryum.spp.                  0.07692308 0.0
## Calliergonella.cupsidata    0.33333333 1.0
## Calypogeia.arguta           0.17948718 0.5
## Campanula.rotundifolia      0.02564103 0.0
## Carex.distans               0.05128205 0.0
## Carex.flacca                0.17948718 0.0
## Carex.panicea               0.02564103 0.0
## Carlina.vulgaris            0.25641026 0.0
## Centaurea.nigra             0.02564103 0.5
## Centaurium.erythraea        0.05128205 0.0
## Centaurium.littorale        0.10256410 0.0
## Centaurium.pulchellum       0.02564103 0.0
## Cerastium.fontanum          0.17948718 0.0
## Chamaenerion.angustifolium  0.02564103 0.0
## Cirriphyllum.piliferum      0.02564103 0.0
## Cirsium.arvense             0.07692308 0.0
## Cirsium.palustre            0.05128205 0.0
## Crepis.capillaris           0.05128205 0.0
## Cynosurus.cristatus         0.07692308 0.0
## Dactylis.glomerata          0.15384615 0.0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.05128205 0.0
## Danthonia.decumbens         0.02564103 0.0
## Daucus.carrota              0.05128205 0.0
## Dicranella.spp.             0.02564103 0.0
## Dicranum.scoparium          0.12820513 0.0
## Epilobium.montanum          0.05128205 0.5
## Equisetum.arvense           0.07692308 0.0
## Equisteum.variegatum        0.02564103 0.0
## Erigeron.acer               0.05128205 0.0
## Euphrasia.agg               0.28205128 0.0
## Festuca.ovina               0.15384615 0.5
## Festuca.rubra               0.38461538 0.0
## Festuca.rubra.agg.          0.02564103 0.0
## Filipendula.ulmaria         0.07692308 0.0
## Fissidens.adianthoides      0.02564103 0.0
## Fissidens.dubius            0.05128205 0.0
## Fissidens.exilis            0.02564103 0.0
## Fragaria.vesca              0.15384615 0.0
## Galium.aparine              0.02564103 0.0
## Galium.arvense              0.02564103 0.0
## Galium.saxatile             0.02564103 0.0
## Galium.verum                0.10256410 0.0
## Geum.urbanum                0.02564103 0.0
## Glechoma.hederacea          0.02564103 0.0
## Helicotrichon.spp.          0.02564103 0.0
## Heracleum.sphondylium       0.05128205 0.5
## Hieracium.spp.              0.02564103 0.0
## Holcus.spp.                 0.48717949 1.0
## Holcus.lanatus              0.30769231 0.0
## Holcus.mollis               0.15384615 0.0
## Homalothecium.lutescens     0.02564103 0.5
## Hylocomium.splendens        0.17948718 0.0
## Hypericum.perforatum        0.15384615 0.0
## Hypnum.cupressiforme        0.25641026 0.0
## Hypnum.imponens             0.02564103 0.0
## Hypnum.jutlandicum          0.07692308 0.0
## Hypochaeris.radicata        0.02564103 0.0
## Kindbergia.praelonga        0.12820513 0.5
## Lathyrus.pratensis          0.07692308 0.0
## Leontodon.hispidus          0.12820513 0.0
## Leontodon.saxatilis         0.02564103 0.0
## Leucanthemum.vulgare        0.35897436 0.0
## Linum.catharticum           0.12820513 0.0
## Lolium.perenne              0.10256410 0.0
## Lophocolea.semiteres        0.02564103 0.0
## Lotus.corniculatus          0.46153846 0.0
## Luzula.multiflora           0.02564103 0.0
## Lysimachia.maritima         0.05128205 0.0
## Medicago.lupulina           0.12820513 0.0
## Myosotis.arvensis           0.10256410 0.5
## Ononis.repens               0.17948718 0.5
## Oxalis.acetosella           0.02564103 0.0
## Pastinaca.sativa            0.02564103 0.0
## Pentaglottis.sempervirens   0.02564103 0.0
## Pillosella.officinarum      0.30769231 0.0
## Plantago.coronopus          0.10256410 0.0
## Plantago.lanceolata         0.30769231 0.5
## Pleurozium.schreberi        0.10256410 0.0
## Poa.annua                   0.07692308 0.0
## Poa.spp.                    0.02564103 0.0
## Polytrichum.commune         0.02564103 0.0
## Polytrichum.commune.agg.    0.02564103 0.0
## Polytrichum.formosum        0.02564103 0.0
## Potentilla.reptans          0.10256410 0.0
## Prunella.vulgaris           0.12820513 0.0
## Pseudoscleropidum.purum     0.20512821 0.0
## Pteridium.aquilinum         0.05128205 0.5
## Ranunculus.acris            0.02564103 0.0
## Ranunculus.repens           0.07692308 0.0
## Reseda.lutea                0.02564103 0.0
## Rhinanthus.minor            0.02564103 0.0
## Rhizomnium.punctatum        0.02564103 0.0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.28205128 1.0
## Rhytidadelphus.triquetris   0.05128205 0.0
## Rubus.fruticosus            0.05128205 0.0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.05128205 0.0
## Saniona.uncinata            0.05128205 0.0
## Sedum.anglicum              0.02564103 0.0
## Senecio.jacobaea            0.05128205 0.0
## Senecio.vulgaris            0.02564103 0.0
## Sonchus.arvensis            0.00000000 0.5
## Stachys.sylvatica           0.05128205 0.0
## Stellaria.apetala           0.02564103 0.0
## Taraxacum.agg.              0.25641026 0.5
## Thuidium.tamariscinum       0.07692308 0.0
## Thymus.polytrichus          0.17948718 0.5
## Trichostomum.crispulum      0.15384615 0.0
## Trifolium.campestre         0.17948718 0.0
## Trifolium.dubium            0.05128205 0.0
## Trifolium.pratense          0.10256410 0.0
## Trifolium.repens            0.10256410 0.5
## Trisetum.flavescens         0.10256410 0.0
## Tussilago.farfara           0.07692308 0.0
## Urtica.diocia               0.10256410 0.0
## Veronica.officinalis        0.02564103 0.0
## Vicia.sativa                0.02564103 0.0
## Viola.riviniana             0.02564103 0.0
## Weissia.controversa         0.02564103 0.0
## Zygodon.stirtonii           0.02564103 0.0
## 
## $relabu
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.0000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.00000000 1.0000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.00000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        1.00000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       1.00000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.00000000 1.0000000
## Bellis.perennis             0.23529412 0.7647059
## Betula.pubescens            1.00000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.10344828 0.8965517
## Brachythecium.rutabulum     1.00000000 0.0000000
## Briza.media                 1.00000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.00000000 0.0000000
## Bryum.capillare             1.00000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.23298033 0.7670197
## Calypogeia.arguta           0.20000000 0.8000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.0000000
## Carex.distans               1.00000000 0.0000000
## Carex.flacca                1.00000000 0.0000000
## Carex.panicea               1.00000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             0.02500000 0.9750000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          1.00000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          1.00000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.0000000
## Daucus.carrota              1.00000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.00000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.36065574 0.6393443
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               1.00000000 0.0000000
## Festuca.ovina               0.66321244 0.3367876
## Festuca.rubra               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.00000000 0.0000000
## Galium.aparine              1.00000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.0000000
## Galium.verum                1.00000000 0.0000000
## Geum.urbanum                1.00000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.01265823 0.9873418
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.53346266 0.4665373
## Holcus.lanatus              1.00000000 0.0000000
## Holcus.mollis               1.00000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.45070423 0.5492958
## Hylocomium.splendens        1.00000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.00000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.11363636 0.8863636
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        1.00000000 0.0000000
## Linum.catharticum           1.00000000 0.0000000
## Lolium.perenne              1.00000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          1.00000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.00000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.13333333 0.8666667
## Ononis.repens               0.18344965 0.8165503
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      1.00000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.88073394 0.1192661
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.0000000
## Poa.annua                   1.00000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.00000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           1.00000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     1.00000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         0.13333333 0.8666667
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.00000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.23529412 0.7647059
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.00000000 1.0000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.54117647 0.4588235
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.71323529 0.2867647
## Trichostomum.crispulum      1.00000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         1.00000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            1.00000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.00000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.59793814 0.4020619
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.00000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                        1          5
## Agrostis.spp.               0.2051282051 0.00000000
## Agrostis.canina             0.0256410256 0.00000000
## Alchemilla.mollis           0.0256410256 0.00000000
## Alopercus.pratensis         0.0000000000 0.50000000
## Angelica.sylvestris         0.0512820513 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.1538461538 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        0.1282051282 0.00000000
## Aphanes.arvensis            0.0769230769 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       0.2051282051 0.00000000
## Atrichum.undulatum          0.0512820513 0.00000000
## Avenula.pratensis           0.0000000000 0.50000000
## Bellis.perennis             0.0663650075 0.38235294
## Betula.pubescens            0.0256410256 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0256410256 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.0256410256 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     0.0256410256 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     0.0079575597 0.44827586
## Brachythecium.rutabulum     0.1538461538 0.00000000
## Briza.media                 0.0769230769 0.00000000
## Bromus.hordeaceus           0.0256410256 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0256410256 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0769230769 0.00000000
## Bryum.capillare             0.0256410256 0.00000000
## Bryum.spp.                  0.0769230769 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.0776601109 0.76701967
## Calypogeia.arguta           0.0358974359 0.40000000
## Campanula.rotundifolia      0.0256410256 0.00000000
## Carex.distans               0.0512820513 0.00000000
## Carex.flacca                0.1794871795 0.00000000
## Carex.panicea               0.0256410256 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.2564102564 0.00000000
## Centaurea.nigra             0.0006410256 0.48750000
## Centaurium.erythraea        0.0512820513 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.1025641026 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       0.0256410256 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.1794871795 0.00000000
## Chamaenerion.angustifolium  0.0256410256 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0256410256 0.00000000
## Cirsium.arvense             0.0769230769 0.00000000
## Cirsium.palustre            0.0512820513 0.00000000
## Crepis.capillaris           0.0512820513 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         0.0769230769 0.00000000
## Dactylis.glomerata          0.1538461538 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0512820513 0.00000000
## Danthonia.decumbens         0.0256410256 0.00000000
## Daucus.carrota              0.0512820513 0.00000000
## Dicranella.spp.             0.0256410256 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.1282051282 0.00000000
## Epilobium.montanum          0.0184951660 0.31967213
## Equisetum.arvense           0.0769230769 0.00000000
## Equisteum.variegatum        0.0256410256 0.00000000
## Erigeron.acer               0.0512820513 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.2820512821 0.00000000
## Festuca.ovina               0.1020326823 0.16839378
## Festuca.rubra               0.3846153846 0.00000000
## Festuca.rubra.agg.          0.0256410256 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         0.0769230769 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      0.0256410256 0.00000000
## Fissidens.dubius            0.0512820513 0.00000000
## Fissidens.exilis            0.0256410256 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.1538461538 0.00000000
## Galium.aparine              0.0256410256 0.00000000
## Galium.arvense              0.0256410256 0.00000000
## Galium.saxatile             0.0256410256 0.00000000
## Galium.verum                0.1025641026 0.00000000
## Geum.urbanum                0.0256410256 0.00000000
## Glechoma.hederacea          0.0256410256 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          0.0256410256 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       0.0006491399 0.49367089
## Hieracium.spp.              0.0256410256 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.2598920640 0.46653734
## Holcus.lanatus              0.3076923077 0.00000000
## Holcus.mollis               0.1538461538 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     0.0115565186 0.27464789
## Hylocomium.splendens        0.1794871795 0.00000000
## Hypericum.perforatum        0.1538461538 0.00000000
## Hypnum.cupressiforme        0.2564102564 0.00000000
## Hypnum.imponens             0.0256410256 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0769230769 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        0.0256410256 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.0145687646 0.44318182
## Lathyrus.pratensis          0.0769230769 0.00000000
## Leontodon.hispidus          0.1282051282 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         0.0256410256 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.3589743590 0.00000000
## Linum.catharticum           0.1282051282 0.00000000
## Lolium.perenne              0.1025641026 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        0.0256410256 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.4615384615 0.00000000
## Luzula.multiflora           0.0256410256 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.0512820513 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.1282051282 0.00000000
## Myosotis.arvensis           0.0136752137 0.43333333
## Ononis.repens               0.0329268604 0.40827517
## Oxalis.acetosella           0.0256410256 0.00000000
## Pastinaca.sativa            0.0256410256 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0256410256 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.3076923077 0.00000000
## Plantago.coronopus          0.1025641026 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.2709950600 0.05963303
## Pleurozium.schreberi        0.1025641026 0.00000000
## Poa.annua                   0.0769230769 0.00000000
## Poa.spp.                    0.0256410256 0.00000000
## Polytrichum.commune         0.0256410256 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0256410256 0.00000000
## Polytrichum.formosum        0.0256410256 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.1025641026 0.00000000
## Prunella.vulgaris           0.1282051282 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.2051282051 0.00000000
## Pteridium.aquilinum         0.0068376068 0.43333333
## Ranunculus.acris            0.0256410256 0.00000000
## Ranunculus.repens           0.0769230769 0.00000000
## Reseda.lutea                0.0256410256 0.00000000
## Rhinanthus.minor            0.0256410256 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0256410256 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.0663650075 0.76470588
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0512820513 0.00000000
## Rubus.fruticosus            0.0512820513 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0512820513 0.00000000
## Saniona.uncinata            0.0512820513 0.00000000
## Sedum.anglicum              0.0256410256 0.00000000
## Senecio.jacobaea            0.0512820513 0.00000000
## Senecio.vulgaris            0.0256410256 0.00000000
## Sonchus.arvensis            0.0000000000 0.50000000
## Stachys.sylvatica           0.0512820513 0.00000000
## Stellaria.apetala           0.0256410256 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.1387631976 0.22941176
## Thuidium.tamariscinum       0.0769230769 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.1280165913 0.14338235
## Trichostomum.crispulum      0.1538461538 0.00000000
## Trifolium.campestre         0.1794871795 0.00000000
## Trifolium.dubium            0.0512820513 0.00000000
## Trifolium.pratense          0.1025641026 0.00000000
## Trifolium.repens            0.0613269892 0.20103093
## Trisetum.flavescens         0.1025641026 0.00000000
## Tussilago.farfara           0.0769230769 0.00000000
## Urtica.diocia               0.1025641026 0.00000000
## Veronica.officinalis        0.0256410256 0.00000000
## Vicia.sativa                0.0256410256 0.00000000
## Viola.riviniana             0.0256410256 0.00000000
## Weissia.controversa         0.0256410256 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           0.0256410256 0.00000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           2 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           2                           2 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           2                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           2                           2 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           2 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           2                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           2 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           2                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           2                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           2 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           2                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           2                           2 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           2 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           2 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           2 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           2                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           2                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           2 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.20512821                  0.02564103 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.02564103                  0.50000000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.05128205                  0.15384615 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.12820513                  0.07692308 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.20512821                  0.05128205 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.50000000                  0.38235294 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.44827586                  0.15384615 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.76701967                  0.40000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.17948718                  0.02564103 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.25641026                  0.48750000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.05128205                  0.10256410 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.02564103                  0.17948718 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.07692308                  0.05128205 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.05128205                  0.07692308 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.15384615                  0.05128205 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.02564103                  0.12820513 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.31967213                  0.07692308 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.28205128                  0.16839378 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.38461538                  0.02564103 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.05128205                  0.02564103 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.15384615                  0.02564103 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.49367089                  0.02564103 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.46653734                  0.30769231 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.15384615                  0.27464789 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.17948718                  0.15384615 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.25641026                  0.02564103 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.44318182                  0.07692308 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.12820513                  0.02564103 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.35897436                  0.12820513 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.46153846                  0.02564103 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.05128205                  0.12820513 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.43333333                  0.40827517 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.02564103                  0.30769231 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.10256410                  0.27099506 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.10256410                  0.07692308 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.10256410                  0.12820513 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.20512821                  0.43333333 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.02564103                  0.76470588 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.05128205                  0.05128205 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.05128205                  0.05128205 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.02564103                  0.50000000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.05128205                  0.02564103 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.22941176                  0.07692308 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.14338235                  0.15384615 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.17948718                  0.05128205 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.10256410                  0.20103093 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.10256410                  0.07692308 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.02564103                  0.02564103 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.885                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       0.052 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.947                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.878                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       0.051                       0.190 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       0.096                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.065                       0.143 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.895                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.884                       0.054 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       1.000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.921                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       0.133                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.737                       0.962 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.532                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.919                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       0.047                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.502                       0.750 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.917                       0.094 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.951                       0.961 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.856                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       0.063                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.662                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.462                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       0.103                       0.135 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.683 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.964                       0.837 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.916                       0.138 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.050 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       0.048 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       1.000                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.921                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       0.239 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.921                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.960                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Rhytidiadelphus squarrosus has an indicator score of 0.765 and a p value of 0.041. This is #the indicator species for Magnesioferrite.

clustMelilite <-cut(PlantChemistry1$Melilite, 5, labels=FALSE)
MeliliteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMelilite, type= "long")
gr <- MeliliteIndval$maxcls[MeliliteIndval$pval<=0.05]
iv <- MeliliteIndval$indcls[MeliliteIndval$pval<=0.05]
pv <- MeliliteIndval$pval[MeliliteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[MeliliteIndval$pval<=0.05]
MeliliteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
MeliliteIndvalsummary <- MeliliteIndvalsummary [order
         (MeliliteIndvalsummary$group,   -MeliliteIndvalsummary$indval),]
print(MeliliteIndvalsummary)
##                        group    indval pvalue freq
## Taraxacum.agg.             2 0.9069767  0.011    3
## Pillosella.officinarum     2 0.5768283  0.049    4
## Senecio.vulgaris           2 0.5000000  0.049    1
## Festuca.ovina              2 0.4538082  0.046   15
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMelilite))
##                        cluster indicator_value probability
## Taraxacum.agg.               2          0.9070       0.003
## Pillosella.officinarum       2          0.5768       0.046
## Senecio.vulgaris             2          0.5000       0.042
## 
## Sum of probabilities                 =  126.012 
## 
## Sum of Indicator Values              =  17.4 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  1.98 
## 
## Number of Significant Indicators     =  3 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 3
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMelilite))
## $relfrq
##                                      1   5
## Agrostis.spp.               0.20512821 0.0
## Agrostis.canina             0.02564103 0.0
## Alchemilla.mollis           0.02564103 0.0
## Alopercus.pratensis         0.02564103 0.0
## Angelica.sylvestris         0.05128205 0.0
## Anthoxanthum.odoratum       0.15384615 0.0
## Anthyllis.vulneraria        0.10256410 0.5
## Aphanes.arvensis            0.07692308 0.0
## Arrhenatherum.elatius       0.20512821 0.0
## Atrichum.undulatum          0.05128205 0.0
## Avenula.pratensis           0.02564103 0.0
## Bellis.perennis             0.25641026 1.0
## Betula.pubescens            0.02564103 0.0
## Blackstonia.perfoliata      0.02564103 0.0
## Brachythecium.albicans      0.02564103 0.0
## Brachythecium.glareosum     0.02564103 0.0
## Brachythecium.mildeanum     0.10256410 0.0
## Brachythecium.rutabulum     0.15384615 0.0
## Briza.media                 0.07692308 0.0
## Bromus.hordeaceus           0.02564103 0.0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.02564103 0.0
## Bryum.c.f..pallescens       0.07692308 0.0
## Bryum.capillare             0.02564103 0.0
## Bryum.spp.                  0.07692308 0.0
## Calliergonella.cupsidata    0.38461538 0.0
## Calypogeia.arguta           0.20512821 0.0
## Campanula.rotundifolia      0.02564103 0.0
## Carex.distans               0.05128205 0.0
## Carex.flacca                0.17948718 0.0
## Carex.panicea               0.02564103 0.0
## Carlina.vulgaris            0.23076923 0.5
## Centaurea.nigra             0.05128205 0.0
## Centaurium.erythraea        0.05128205 0.0
## Centaurium.littorale        0.10256410 0.0
## Centaurium.pulchellum       0.02564103 0.0
## Cerastium.fontanum          0.17948718 0.0
## Chamaenerion.angustifolium  0.02564103 0.0
## Cirriphyllum.piliferum      0.02564103 0.0
## Cirsium.arvense             0.07692308 0.0
## Cirsium.palustre            0.05128205 0.0
## Crepis.capillaris           0.05128205 0.0
## Cynosurus.cristatus         0.07692308 0.0
## Dactylis.glomerata          0.15384615 0.0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.05128205 0.0
## Danthonia.decumbens         0.02564103 0.0
## Daucus.carrota              0.05128205 0.0
## Dicranella.spp.             0.02564103 0.0
## Dicranum.scoparium          0.12820513 0.0
## Epilobium.montanum          0.07692308 0.0
## Equisetum.arvense           0.07692308 0.0
## Equisteum.variegatum        0.02564103 0.0
## Erigeron.acer               0.02564103 0.5
## Euphrasia.agg               0.25641026 0.5
## Festuca.ovina               0.15384615 0.5
## Festuca.rubra               0.35897436 0.5
## Festuca.rubra.agg.          0.02564103 0.0
## Filipendula.ulmaria         0.07692308 0.0
## Fissidens.adianthoides      0.02564103 0.0
## Fissidens.dubius            0.05128205 0.0
## Fissidens.exilis            0.02564103 0.0
## Fragaria.vesca              0.15384615 0.0
## Galium.aparine              0.02564103 0.0
## Galium.arvense              0.02564103 0.0
## Galium.saxatile             0.02564103 0.0
## Galium.verum                0.10256410 0.0
## Geum.urbanum                0.02564103 0.0
## Glechoma.hederacea          0.02564103 0.0
## Helicotrichon.spp.          0.02564103 0.0
## Heracleum.sphondylium       0.07692308 0.0
## Hieracium.spp.              0.02564103 0.0
## Holcus.spp.                 0.51282051 0.5
## Holcus.lanatus              0.30769231 0.0
## Holcus.mollis               0.15384615 0.0
## Homalothecium.lutescens     0.05128205 0.0
## Hylocomium.splendens        0.17948718 0.0
## Hypericum.perforatum        0.12820513 0.5
## Hypnum.cupressiforme        0.25641026 0.0
## Hypnum.imponens             0.02564103 0.0
## Hypnum.jutlandicum          0.07692308 0.0
## Hypochaeris.radicata        0.02564103 0.0
## Kindbergia.praelonga        0.15384615 0.0
## Lathyrus.pratensis          0.07692308 0.0
## Leontodon.hispidus          0.10256410 0.5
## Leontodon.saxatilis         0.00000000 0.5
## Leucanthemum.vulgare        0.33333333 0.5
## Linum.catharticum           0.12820513 0.0
## Lolium.perenne              0.10256410 0.0
## Lophocolea.semiteres        0.02564103 0.0
## Lotus.corniculatus          0.43589744 0.5
## Luzula.multiflora           0.02564103 0.0
## Lysimachia.maritima         0.05128205 0.0
## Medicago.lupulina           0.10256410 0.5
## Myosotis.arvensis           0.12820513 0.0
## Ononis.repens               0.20512821 0.0
## Oxalis.acetosella           0.02564103 0.0
## Pastinaca.sativa            0.02564103 0.0
## Pentaglottis.sempervirens   0.02564103 0.0
## Pillosella.officinarum      0.25641026 1.0
## Plantago.coronopus          0.10256410 0.0
## Plantago.lanceolata         0.30769231 0.5
## Pleurozium.schreberi        0.10256410 0.0
## Poa.annua                   0.07692308 0.0
## Poa.spp.                    0.02564103 0.0
## Polytrichum.commune         0.02564103 0.0
## Polytrichum.commune.agg.    0.02564103 0.0
## Polytrichum.formosum        0.02564103 0.0
## Potentilla.reptans          0.07692308 0.5
## Prunella.vulgaris           0.12820513 0.0
## Pseudoscleropidum.purum     0.20512821 0.0
## Pteridium.aquilinum         0.07692308 0.0
## Ranunculus.acris            0.02564103 0.0
## Ranunculus.repens           0.07692308 0.0
## Reseda.lutea                0.02564103 0.0
## Rhinanthus.minor            0.02564103 0.0
## Rhizomnium.punctatum        0.02564103 0.0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.33333333 0.0
## Rhytidadelphus.triquetris   0.05128205 0.0
## Rubus.fruticosus            0.05128205 0.0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.05128205 0.0
## Saniona.uncinata            0.05128205 0.0
## Sedum.anglicum              0.02564103 0.0
## Senecio.jacobaea            0.05128205 0.0
## Senecio.vulgaris            0.00000000 0.5
## Sonchus.arvensis            0.02564103 0.0
## Stachys.sylvatica           0.05128205 0.0
## Stellaria.apetala           0.02564103 0.0
## Taraxacum.agg.              0.23076923 1.0
## Thuidium.tamariscinum       0.07692308 0.0
## Thymus.polytrichus          0.20512821 0.0
## Trichostomum.crispulum      0.15384615 0.0
## Trifolium.campestre         0.15384615 0.5
## Trifolium.dubium            0.05128205 0.0
## Trifolium.pratense          0.10256410 0.0
## Trifolium.repens            0.12820513 0.0
## Trisetum.flavescens         0.10256410 0.0
## Tussilago.farfara           0.07692308 0.0
## Urtica.diocia               0.10256410 0.0
## Veronica.officinalis        0.02564103 0.0
## Vicia.sativa                0.02564103 0.0
## Viola.riviniana             0.02564103 0.0
## Weissia.controversa         0.02564103 0.0
## Zygodon.stirtonii           0.02564103 0.0
## 
## $relabu
##                                      1          5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.00000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.00000000 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        0.84274194 0.15725806
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       1.00000000 0.00000000
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.00000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.00000000
## Bellis.perennis             0.28440367 0.71559633
## Betula.pubescens            1.00000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     1.00000000 0.00000000
## Briza.media                 1.00000000 0.00000000
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.00000000 0.00000000
## Bryum.capillare             1.00000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    1.00000000 0.00000000
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.00000000
## Carex.distans               1.00000000 0.00000000
## Carex.flacca                1.00000000 0.00000000
## Carex.panicea               1.00000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.28044280 0.71955720
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.00000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          1.00000000 0.00000000
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.00000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.00000000
## Dactylis.glomerata          1.00000000 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.00000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.00000000
## Daucus.carrota              1.00000000 0.00000000
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.00000000
## Dicranum.scoparium          1.00000000 0.00000000
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.00000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.00000000
## Erigeron.acer               0.17605634 0.82394366
## Euphrasia.agg               0.60000000 0.40000000
## Festuca.ovina               0.09238364 0.90761636
## Festuca.rubra               0.27899160 0.72100840
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.00000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.00000000
## Fragaria.vesca              1.00000000 0.00000000
## Galium.aparine              1.00000000 0.00000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.00000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.00000000
## Galium.verum                1.00000000 0.00000000
## Geum.urbanum                1.00000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.00000000
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.91666667 0.08333333
## Holcus.lanatus              1.00000000 0.00000000
## Holcus.mollis               1.00000000 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     1.00000000 0.00000000
## Hylocomium.splendens        1.00000000 0.00000000
## Hypericum.perforatum        0.08917197 0.91082803
## Hypnum.cupressiforme        1.00000000 0.00000000
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        1.00000000 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.00000000
## Leontodon.hispidus          0.20588235 0.79411765
## Leontodon.saxatilis         0.00000000 1.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.13653137 0.86346863
## Linum.catharticum           1.00000000 0.00000000
## Lolium.perenne              1.00000000 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.74952777 0.25047223
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.63551402 0.36448598
## Myosotis.arvensis           1.00000000 0.00000000
## Ononis.repens               1.00000000 0.00000000
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.42317173 0.57682827
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.70822943 0.29177057
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.00000000
## Poa.annua                   1.00000000 0.00000000
## Poa.spp.                    1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.51851852 0.48148148
## Prunella.vulgaris           1.00000000 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     1.00000000 0.00000000
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.00000000
## Ranunculus.repens           1.00000000 0.00000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   1.00000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.00000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.00000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            0.00000000 1.00000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.09302326 0.90697674
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.00000000
## Thymus.polytrichus          1.00000000 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      1.00000000 0.00000000
## Trifolium.campestre         0.41132075 0.58867925
## Trifolium.dubium            1.00000000 0.00000000
## Trifolium.pratense          1.00000000 0.00000000
## Trifolium.repens            1.00000000 0.00000000
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.00000000
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.00000000
## Urtica.diocia               1.00000000 0.00000000
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.00000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.00000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.00000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.00000000
## 
## $indval
##                                       1          5
## Agrostis.spp.               0.205128205 0.00000000
## Agrostis.canina             0.025641026 0.00000000
## Alchemilla.mollis           0.025641026 0.00000000
## Alopercus.pratensis         0.025641026 0.00000000
## Angelica.sylvestris         0.051282051 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.153846154 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        0.086435070 0.07862903
## Aphanes.arvensis            0.076923077 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       0.205128205 0.00000000
## Atrichum.undulatum          0.051282051 0.00000000
## Avenula.pratensis           0.025641026 0.00000000
## Bellis.perennis             0.072924018 0.71559633
## Betula.pubescens            0.025641026 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      0.025641026 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.025641026 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     0.025641026 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     0.102564103 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.153846154 0.00000000
## Briza.media                 0.076923077 0.00000000
## Bromus.hordeaceus           0.025641026 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025641026 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.076923077 0.00000000
## Bryum.capillare             0.025641026 0.00000000
## Bryum.spp.                  0.076923077 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.384615385 0.00000000
## Calypogeia.arguta           0.205128205 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      0.025641026 0.00000000
## Carex.distans               0.051282051 0.00000000
## Carex.flacca                0.179487179 0.00000000
## Carex.panicea               0.025641026 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.064717570 0.35977860
## Centaurea.nigra             0.051282051 0.00000000
## Centaurium.erythraea        0.051282051 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.102564103 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       0.025641026 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.179487179 0.00000000
## Chamaenerion.angustifolium  0.025641026 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.025641026 0.00000000
## Cirsium.arvense             0.076923077 0.00000000
## Cirsium.palustre            0.051282051 0.00000000
## Crepis.capillaris           0.051282051 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         0.076923077 0.00000000
## Dactylis.glomerata          0.153846154 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.051282051 0.00000000
## Danthonia.decumbens         0.025641026 0.00000000
## Daucus.carrota              0.051282051 0.00000000
## Dicranella.spp.             0.025641026 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.128205128 0.00000000
## Epilobium.montanum          0.076923077 0.00000000
## Equisetum.arvense           0.076923077 0.00000000
## Equisteum.variegatum        0.025641026 0.00000000
## Erigeron.acer               0.004514265 0.41197183
## Euphrasia.agg               0.153846154 0.20000000
## Festuca.ovina               0.014212868 0.45380818
## Festuca.rubra               0.100150830 0.36050420
## Festuca.rubra.agg.          0.025641026 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         0.076923077 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      0.025641026 0.00000000
## Fissidens.dubius            0.051282051 0.00000000
## Fissidens.exilis            0.025641026 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.153846154 0.00000000
## Galium.aparine              0.025641026 0.00000000
## Galium.arvense              0.025641026 0.00000000
## Galium.saxatile             0.025641026 0.00000000
## Galium.verum                0.102564103 0.00000000
## Geum.urbanum                0.025641026 0.00000000
## Glechoma.hederacea          0.025641026 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          0.025641026 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       0.076923077 0.00000000
## Hieracium.spp.              0.025641026 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.470085470 0.04166667
## Holcus.lanatus              0.307692308 0.00000000
## Holcus.mollis               0.153846154 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     0.051282051 0.00000000
## Hylocomium.splendens        0.179487179 0.00000000
## Hypericum.perforatum        0.011432304 0.45541401
## Hypnum.cupressiforme        0.256410256 0.00000000
## Hypnum.imponens             0.025641026 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.076923077 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        0.025641026 0.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.153846154 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          0.076923077 0.00000000
## Leontodon.hispidus          0.021116139 0.39705882
## Leontodon.saxatilis         0.000000000 0.50000000
## Leucanthemum.vulgare        0.045510455 0.43173432
## Linum.catharticum           0.128205128 0.00000000
## Lolium.perenne              0.102564103 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        0.025641026 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.326717232 0.12523612
## Luzula.multiflora           0.025641026 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.051282051 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.065180925 0.18224299
## Myosotis.arvensis           0.128205128 0.00000000
## Ononis.repens               0.205128205 0.00000000
## Oxalis.acetosella           0.025641026 0.00000000
## Pastinaca.sativa            0.025641026 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.025641026 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.108505573 0.57682827
## Plantago.coronopus          0.102564103 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.217916747 0.14588529
## Pleurozium.schreberi        0.102564103 0.00000000
## Poa.annua                   0.076923077 0.00000000
## Poa.spp.                    0.025641026 0.00000000
## Polytrichum.commune         0.025641026 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.025641026 0.00000000
## Polytrichum.formosum        0.025641026 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.039886040 0.24074074
## Prunella.vulgaris           0.128205128 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.205128205 0.00000000
## Pteridium.aquilinum         0.076923077 0.00000000
## Ranunculus.acris            0.025641026 0.00000000
## Ranunculus.repens           0.076923077 0.00000000
## Reseda.lutea                0.025641026 0.00000000
## Rhinanthus.minor            0.025641026 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        0.025641026 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.333333333 0.00000000
## Rhytidadelphus.triquetris   0.051282051 0.00000000
## Rubus.fruticosus            0.051282051 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.051282051 0.00000000
## Saniona.uncinata            0.051282051 0.00000000
## Sedum.anglicum              0.025641026 0.00000000
## Senecio.jacobaea            0.051282051 0.00000000
## Senecio.vulgaris            0.000000000 0.50000000
## Sonchus.arvensis            0.025641026 0.00000000
## Stachys.sylvatica           0.051282051 0.00000000
## Stellaria.apetala           0.025641026 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.021466905 0.90697674
## Thuidium.tamariscinum       0.076923077 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.205128205 0.00000000
## Trichostomum.crispulum      0.153846154 0.00000000
## Trifolium.campestre         0.063280116 0.29433962
## Trifolium.dubium            0.051282051 0.00000000
## Trifolium.pratense          0.102564103 0.00000000
## Trifolium.repens            0.128205128 0.00000000
## Trisetum.flavescens         0.102564103 0.00000000
## Tussilago.farfara           0.076923077 0.00000000
## Urtica.diocia               0.102564103 0.00000000
## Veronica.officinalis        0.025641026 0.00000000
## Vicia.sativa                0.025641026 0.00000000
## Viola.riviniana             0.025641026 0.00000000
## Weissia.controversa         0.025641026 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           0.025641026 0.00000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           2 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           2                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           2 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           2 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           2                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           2 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           2                           2 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           2                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           2 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           2 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           2                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           2                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           2                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           2                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.20512821                  0.02564103 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.05128205                  0.15384615 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.08643507                  0.07692308 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.20512821                  0.05128205 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.02564103                  0.71559633 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.10256410                  0.15384615 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.38461538                  0.20512821 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.17948718                  0.02564103 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.35977860                  0.05128205 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.05128205                  0.10256410 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.02564103                  0.17948718 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.07692308                  0.05128205 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.05128205                  0.07692308 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.15384615                  0.05128205 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.02564103                  0.12820513 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.07692308                  0.07692308 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.02564103                  0.41197183 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.20000000                  0.45380818 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.36050420                  0.02564103 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.05128205                  0.02564103 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.15384615                  0.02564103 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.47008547                  0.30769231 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.15384615                  0.05128205 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.17948718                  0.45541401 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.25641026                  0.02564103 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.15384615                  0.07692308 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.39705882                  0.50000000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.43173432                  0.12820513 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.32671723                  0.02564103 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.05128205                  0.18224299 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.12820513                  0.20512821 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.02564103                  0.57682827 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.10256410                  0.21791675 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.10256410                  0.07692308 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.24074074                  0.12820513 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.20512821                  0.07692308 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.02564103                  0.33333333 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.05128205                  0.05128205 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.05128205                  0.05128205 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.50000000                  0.02564103 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.05128205                  0.02564103 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.90697674                  0.07692308 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.20512821                  0.15384615 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.29433962                  0.05128205 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.10256410                  0.12820513 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.10256410                  0.07692308 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.02564103                  0.02564103 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.858                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.877                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.063 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.552                       0.956 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.871                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.227                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       1.000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.904                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       0.095 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.928                       0.065 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.628                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.909                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.493                       0.737 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.912                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.966                       0.116 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.862                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       0.147                       0.039 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.110                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.805                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       0.232 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.812 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.061 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.960                       0.958 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.137                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.924                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.775 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       0.047                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.010                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.857                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.241                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.918                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.946                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Taraxacum agg. has a high indval score of 0.907 and a low p value of 0.008. Taraxacum #agg. is the indicator species for Melilite.

clustMerwinite <-cut(PlantChemistry1$Merwinite, 5, labels=FALSE)
MerwiniteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMerwinite, type= "long")
gr <- MerwiniteIndval$maxcls[MerwiniteIndval$pval<=0.05]
iv <- MerwiniteIndval$indcls[MerwiniteIndval$pval<=0.05]
pv <- MerwiniteIndval$pval[MerwiniteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[MerwiniteIndval$pval<=0.05]
MerwiniteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
MerwiniteIndvalsummary <- MerwiniteIndvalsummary [order
                      (MerwiniteIndvalsummary$group,   -MerwiniteIndvalsummary$indval),]
print(MerwiniteIndvalsummary)
##                         group    indval pvalue freq
## Alopercus.pratensis         2 1.0000000  0.029    2
## Avenula.pratensis           2 1.0000000  0.036   12
## Homalothecium.lutescens     2 0.7142857  0.039    7
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMerwinite))
##                         cluster indicator_value probability
## Alopercus.pratensis           2          1.0000       0.023
## Avenula.pratensis             2          1.0000       0.026
## Homalothecium.lutescens       2          0.7143       0.044
## 
## Sum of probabilities                 =  132.203 
## 
## Sum of Indicator Values              =  19.22 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  2.71 
## 
## Number of Significant Indicators     =  3 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 3
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMerwinite))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.200 0
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.025 0
## Alopercus.pratensis         0.000 1
## Angelica.sylvestris         0.050 0
## Anthoxanthum.odoratum       0.150 0
## Anthyllis.vulneraria        0.125 0
## Aphanes.arvensis            0.075 0
## Arrhenatherum.elatius       0.200 0
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.000 1
## Bellis.perennis             0.275 1
## Betula.pubescens            0.025 0
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.100 0
## Brachythecium.rutabulum     0.150 0
## Briza.media                 0.075 0
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025 0
## Bryum.c.f..pallescens       0.075 0
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.075 0
## Calliergonella.cupsidata    0.350 1
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.025 0
## Carex.distans               0.050 0
## Carex.flacca                0.175 0
## Carex.panicea               0.025 0
## Carlina.vulgaris            0.250 0
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.100 0
## Centaurium.pulchellum       0.025 0
## Cerastium.fontanum          0.175 0
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.025 0
## Cirsium.arvense             0.075 0
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.050 0
## Cynosurus.cristatus         0.075 0
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.050 0
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.125 0
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.075 0
## Equisteum.variegatum        0.025 0
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.275 0
## Festuca.ovina               0.150 1
## Festuca.rubra               0.375 0
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.075 0
## Fissidens.adianthoides      0.025 0
## Fissidens.dubius            0.050 0
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.150 0
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.100 0
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.025 0
## Holcus.spp.                 0.500 1
## Holcus.lanatus              0.300 0
## Holcus.mollis               0.150 0
## Homalothecium.lutescens     0.025 1
## Hylocomium.splendens        0.175 0
## Hypericum.perforatum        0.150 0
## Hypnum.cupressiforme        0.250 0
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.025 0
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.075 0
## Leontodon.hispidus          0.125 0
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.350 0
## Linum.catharticum           0.125 0
## Lolium.perenne              0.100 0
## Lophocolea.semiteres        0.025 0
## Lotus.corniculatus          0.450 0
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.050 0
## Medicago.lupulina           0.125 0
## Myosotis.arvensis           0.100 1
## Ononis.repens               0.175 1
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.300 0
## Plantago.coronopus          0.100 0
## Plantago.lanceolata         0.300 1
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.075 0
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.100 0
## Prunella.vulgaris           0.125 0
## Pseudoscleropidum.purum     0.200 0
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.075 0
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.300 1
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050 0
## Rubus.fruticosus            0.050 0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050 0
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.050 0
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.050 0
## Stellaria.apetala           0.025 0
## Taraxacum.agg.              0.275 0
## Thuidium.tamariscinum       0.075 0
## Thymus.polytrichus          0.175 1
## Trichostomum.crispulum      0.150 0
## Trifolium.campestre         0.175 0
## Trifolium.dubium            0.050 0
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.100 1
## Trisetum.flavescens         0.100 0
## Tussilago.farfara           0.075 0
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.025 0
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.025 0
## Zygodon.stirtonii           0.025 0
## 
## $relabu
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.0000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.00000000 1.0000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.00000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        1.00000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       1.00000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.00000000 1.0000000
## Bellis.perennis             0.13043478 0.8695652
## Betula.pubescens            1.00000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.00000000 0.0000000
## Briza.media                 1.00000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.00000000 0.0000000
## Bryum.capillare             1.00000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.68992248 0.3100775
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.0000000
## Carex.distans               1.00000000 0.0000000
## Carex.flacca                1.00000000 0.0000000
## Carex.panicea               1.00000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          1.00000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          1.00000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.0000000
## Daucus.carrota              1.00000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.00000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               1.00000000 0.0000000
## Festuca.ovina               0.48979592 0.5102041
## Festuca.rubra               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.00000000 0.0000000
## Galium.aparine              1.00000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.0000000
## Galium.verum                1.00000000 0.0000000
## Geum.urbanum                1.00000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.47697555 0.5230244
## Holcus.lanatus              1.00000000 0.0000000
## Holcus.mollis               1.00000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.28571429 0.7142857
## Hylocomium.splendens        1.00000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.00000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        1.00000000 0.0000000
## Linum.catharticum           1.00000000 0.0000000
## Lolium.perenne              1.00000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          1.00000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.00000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.06976744 0.9302326
## Ononis.repens               0.09871245 0.9012876
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      1.00000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.78260870 0.2173913
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.0000000
## Poa.annua                   1.00000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.00000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           1.00000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     1.00000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.00000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.60784314 0.3921569
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              1.00000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.54802260 0.4519774
## Trichostomum.crispulum      1.00000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         1.00000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            1.00000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.00000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.42028986 0.5797101
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.00000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                       1         5
## Agrostis.spp.               0.200000000 0.0000000
## Agrostis.canina             0.025000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.025000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.000000000 1.0000000
## Angelica.sylvestris         0.050000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.150000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.125000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            0.075000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.200000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          0.050000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.000000000 1.0000000
## Bellis.perennis             0.035869565 0.8695652
## Betula.pubescens            0.025000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.100000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.150000000 0.0000000
## Briza.media                 0.075000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.075000000 0.0000000
## Bryum.capillare             0.025000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.075000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.241472868 0.3100775
## Calypogeia.arguta           0.200000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.025000000 0.0000000
## Carex.distans               0.050000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.175000000 0.0000000
## Carex.panicea               0.025000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.250000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             0.050000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.050000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.100000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       0.025000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.175000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  0.025000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.025000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.075000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.050000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.050000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.075000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.150000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.025000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.050000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             0.025000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.125000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.075000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.075000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        0.025000000 0.0000000
## Erigeron.acer               0.050000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.275000000 0.0000000
## Festuca.ovina               0.073469388 0.5102041
## Festuca.rubra               0.375000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          0.025000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.075000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.025000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.050000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.025000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.150000000 0.0000000
## Galium.aparine              0.025000000 0.0000000
## Galium.arvense              0.025000000 0.0000000
## Galium.saxatile             0.025000000 0.0000000
## Galium.verum                0.100000000 0.0000000
## Geum.urbanum                0.025000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.025000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.025000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.075000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.025000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.238487777 0.5230244
## Holcus.lanatus              0.300000000 0.0000000
## Holcus.mollis               0.150000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.007142857 0.7142857
## Hylocomium.splendens        0.175000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.150000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.250000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             0.025000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.075000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.025000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.150000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.075000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.125000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         0.025000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.350000000 0.0000000
## Linum.catharticum           0.125000000 0.0000000
## Lolium.perenne              0.100000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.025000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.450000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           0.025000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.050000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.125000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.006976744 0.9302326
## Ononis.repens               0.017274678 0.9012876
## Oxalis.acetosella           0.025000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.025000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.025000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.300000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          0.100000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.234782609 0.2173913
## Pleurozium.schreberi        0.100000000 0.0000000
## Poa.annua                   0.075000000 0.0000000
## Poa.spp.                    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.025000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.100000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.125000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.200000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         0.075000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.025000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.075000000 0.0000000
## Reseda.lutea                0.025000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.025000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.025000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.182352941 0.3921569
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.050000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.050000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.025000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.050000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.025000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.025000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.050000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.025000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.275000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       0.075000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.095903955 0.4519774
## Trichostomum.crispulum      0.150000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.175000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.050000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          0.100000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.042028986 0.5797101
## Trisetum.flavescens         0.100000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.075000000 0.0000000
## Urtica.diocia               0.100000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.025000000 0.0000000
## Vicia.sativa                0.025000000 0.0000000
## Viola.riviniana             0.025000000 0.0000000
## Weissia.controversa         0.025000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.025000000 0.0000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           2 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           2                           2 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           2                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           2 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           2                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           2 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           2                           2 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           2 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           2                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           2 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.2000000                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   0.0250000                   1.0000000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.0500000                   0.1500000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.1250000                   0.0750000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.2000000                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   1.0000000                   0.8695652 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.1000000                   0.1500000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.3100775                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.1750000                   0.0250000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.2500000                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.1000000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   0.0250000                   0.1750000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.0750000                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.0500000                   0.0750000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.1250000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.0750000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.2750000                   0.5102041 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.3750000                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.1500000                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.5230244                   0.3000000 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.1500000                   0.7142857 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.1750000                   0.1500000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.2500000                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.0750000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.1250000                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.3500000                   0.1250000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.4500000                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.0500000                   0.1250000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.9302326                   0.9012876 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.1000000                   0.2347826 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.2000000                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.3921569 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.0500000                   0.0500000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.0500000                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.2750000                   0.0750000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.4519774                   0.1500000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.1750000                   0.0500000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.5797101 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   0.0250000                   0.0250000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       1.000                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       0.022 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       1.000                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       0.035                       0.075 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       1.000                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.969                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       1.000                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       1.000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.950                       0.149 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.914                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       1.000                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.840                       0.947 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.972                       0.050 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.985                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       1.000                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.931                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.781                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       0.049                       0.076 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.869 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       1.000                       1.000 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       1.000                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.309 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.160                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       1.000                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       0.120 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       1.000                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Both Alopercus pratensis and Avenula pratensis have high indval scores of 1, the former has #a p value of 0.022 and the latter has a p value of 0.028. Both species are reported as #indicator species for Merwinite.

clustMicrocline <-cut(PlantChemistry1$Microcline, 5, labels=FALSE)
MicroclineIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMicrocline, type= "long")
gr <- MicroclineIndval$maxcls[MicroclineIndval$pval<=0.05]
iv <- MicroclineIndval$indcls[MicroclineIndval$pval<=0.05]
pv <- MicroclineIndval$pval[MicroclineIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[MicroclineIndval$pval<=0.05]
MicroclineIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
MicroclineIndvalsummary <- MicroclineIndvalsummary [order
                (MicroclineIndvalsummary$group,   -MicroclineIndvalsummary$indval),]
print(MicroclineIndvalsummary)
##                     group    indval pvalue freq
## Stellaria.apetala       2 1.0000000  0.030   11
## Potentilla.reptans      2 0.9952925  0.022    5
## Cynosurus.cristatus     2 0.9858512  0.023    6
## Carex.flacca            2 0.9838082  0.027    1
## Lathyrus.pratensis      2 0.9722222  0.026    5
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMicrocline))
##                     cluster indicator_value probability
## Stellaria.apetala         2          1.0000       0.029
## Potentilla.reptans        2          0.9953       0.035
## Cynosurus.cristatus       2          0.9859       0.023
## Carex.flacca              2          0.9838       0.029
## Lathyrus.pratensis        2          0.9722       0.024
## 
## Sum of probabilities                 =  130.376 
## 
## Sum of Indicator Values              =  21.23 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  4.94 
## 
## Number of Significant Indicators     =  5 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 5
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMicrocline))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.200 0
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.025 0
## Alopercus.pratensis         0.025 0
## Angelica.sylvestris         0.050 0
## Anthoxanthum.odoratum       0.150 0
## Anthyllis.vulneraria        0.125 0
## Aphanes.arvensis            0.050 1
## Arrhenatherum.elatius       0.200 0
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.025 0
## Bellis.perennis             0.300 0
## Betula.pubescens            0.025 0
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.100 0
## Brachythecium.rutabulum     0.150 0
## Briza.media                 0.075 0
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025 0
## Bryum.c.f..pallescens       0.075 0
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.075 0
## Calliergonella.cupsidata    0.350 1
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.025 0
## Carex.distans               0.050 0
## Carex.flacca                0.150 1
## Carex.panicea               0.025 0
## Carlina.vulgaris            0.250 0
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.100 0
## Centaurium.pulchellum       0.025 0
## Cerastium.fontanum          0.150 1
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.025 0
## Cirsium.arvense             0.075 0
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.050 0
## Cynosurus.cristatus         0.050 1
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.050 0
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.125 0
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.075 0
## Equisteum.variegatum        0.025 0
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.275 0
## Festuca.ovina               0.175 0
## Festuca.rubra               0.350 1
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.075 0
## Fissidens.adianthoides      0.025 0
## Fissidens.dubius            0.050 0
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.150 0
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.100 0
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.025 0
## Holcus.spp.                 0.500 1
## Holcus.lanatus              0.300 0
## Holcus.mollis               0.150 0
## Homalothecium.lutescens     0.050 0
## Hylocomium.splendens        0.175 0
## Hypericum.perforatum        0.150 0
## Hypnum.cupressiforme        0.250 0
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.025 0
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.050 1
## Leontodon.hispidus          0.125 0
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.350 0
## Linum.catharticum           0.125 0
## Lolium.perenne              0.075 1
## Lophocolea.semiteres        0.025 0
## Lotus.corniculatus          0.450 0
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.050 0
## Medicago.lupulina           0.125 0
## Myosotis.arvensis           0.125 0
## Ononis.repens               0.200 0
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.300 0
## Plantago.coronopus          0.100 0
## Plantago.lanceolata         0.300 1
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.075 0
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.075 1
## Prunella.vulgaris           0.100 1
## Pseudoscleropidum.purum     0.200 0
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.075 0
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325 0
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050 0
## Rubus.fruticosus            0.050 0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050 0
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.050 0
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.050 0
## Stellaria.apetala           0.000 1
## Taraxacum.agg.              0.275 0
## Thuidium.tamariscinum       0.075 0
## Thymus.polytrichus          0.200 0
## Trichostomum.crispulum      0.150 0
## Trifolium.campestre         0.150 1
## Trifolium.dubium            0.050 0
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.100 1
## Trisetum.flavescens         0.100 0
## Tussilago.farfara           0.075 0
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.025 0
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.025 0
## Zygodon.stirtonii           0.025 0
## 
## $relabu
##                                       1         5
## Agrostis.spp.               1.000000000 0.0000000
## Agrostis.canina             1.000000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.000000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         1.000000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         1.000000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.000000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        1.000000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            0.285714286 0.7142857
## Arrhenatherum.elatius       1.000000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          1.000000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.000000000 0.0000000
## Bellis.perennis             1.000000000 0.0000000
## Betula.pubescens            1.000000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.000000000 0.0000000
## Briza.media                 1.000000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           1.000000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.000000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.000000000 0.0000000
## Bryum.capillare             1.000000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.000000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.689922481 0.3100775
## Calypogeia.arguta           1.000000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      1.000000000 0.0000000
## Carex.distans               1.000000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.016191843 0.9838082
## Carex.panicea               1.000000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            1.000000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             1.000000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.000000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        1.000000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       1.000000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.230769231 0.7692308
## Chamaenerion.angustifolium  1.000000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.000000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.000000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.000000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.000000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.014148791 0.9858512
## Dactylis.glomerata          1.000000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.000000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.000000000 0.0000000
## Daucus.carrota              1.000000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             1.000000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.000000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          1.000000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           1.000000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.000000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.000000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               1.000000000 0.0000000
## Festuca.ovina               1.000000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.165839126 0.8341609
## Festuca.rubra.agg.          1.000000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.000000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.000000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.000000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.000000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.000000000 0.0000000
## Galium.aparine              1.000000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.000000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.000000000 0.0000000
## Galium.verum                1.000000000 0.0000000
## Geum.urbanum                1.000000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.000000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.000000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.000000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              1.000000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.680511182 0.3194888
## Holcus.lanatus              1.000000000 0.0000000
## Holcus.mollis               1.000000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     1.000000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        1.000000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.000000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        1.000000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             1.000000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.000000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.000000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.000000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.027777778 0.9722222
## Leontodon.hispidus          1.000000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         1.000000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        1.000000000 0.0000000
## Linum.catharticum           1.000000000 0.0000000
## Lolium.perenne              0.534883721 0.4651163
## Lophocolea.semiteres        1.000000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          1.000000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           1.000000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.000000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.000000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.000000000 0.0000000
## Ononis.repens               1.000000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           1.000000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.000000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.000000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      1.000000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          1.000000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.782608696 0.2173913
## Pleurozium.schreberi        1.000000000 0.0000000
## Poa.annua                   1.000000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.000000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.000000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.000000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.000000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.004707465 0.9952925
## Prunella.vulgaris           0.111111111 0.8888889
## Pseudoscleropidum.purum     1.000000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         1.000000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.000000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.000000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.000000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.000000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.000000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   1.000000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   1.000000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.000000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.000000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.000000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.000000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.000000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.000000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.000000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.000000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.000000000 1.0000000
## Taraxacum.agg.              1.000000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       1.000000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          1.000000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      1.000000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.589743590 0.4102564
## Trifolium.dubium            1.000000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.000000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.420289855 0.5797101
## Trisetum.flavescens         1.000000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           1.000000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.000000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.000000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.000000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.000000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.000000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.000000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                        1         5
## Agrostis.spp.               0.2000000000 0.0000000
## Agrostis.canina             0.0250000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.0250000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.0250000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.0500000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.1500000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.1250000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            0.0142857143 0.7142857
## Arrhenatherum.elatius       0.2000000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          0.0500000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.0250000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.3000000000 0.0000000
## Betula.pubescens            0.0250000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0250000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.0250000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.0250000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.1000000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.1500000000 0.0000000
## Briza.media                 0.0750000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           0.0250000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0250000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0750000000 0.0000000
## Bryum.capillare             0.0250000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.0750000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.2414728682 0.3100775
## Calypogeia.arguta           0.2000000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.0250000000 0.0000000
## Carex.distans               0.0500000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.0024287764 0.9838082
## Carex.panicea               0.0250000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.2500000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             0.0500000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.0500000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.1000000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       0.0250000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.0346153846 0.7692308
## Chamaenerion.angustifolium  0.0250000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0250000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.0750000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.0500000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.0500000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.0007074395 0.9858512
## Dactylis.glomerata          0.1500000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0500000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.0250000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.0500000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             0.0250000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.1250000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.0750000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.0750000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        0.0250000000 0.0000000
## Erigeron.acer               0.0500000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.2750000000 0.0000000
## Festuca.ovina               0.1750000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.0580436941 0.8341609
## Festuca.rubra.agg.          0.0250000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.0750000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.0250000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.0500000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.0250000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.1500000000 0.0000000
## Galium.aparine              0.0250000000 0.0000000
## Galium.arvense              0.0250000000 0.0000000
## Galium.saxatile             0.0250000000 0.0000000
## Galium.verum                0.1000000000 0.0000000
## Geum.urbanum                0.0250000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.0250000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.0250000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.0750000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.0250000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.3402555911 0.3194888
## Holcus.lanatus              0.3000000000 0.0000000
## Holcus.mollis               0.1500000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.0500000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.1750000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.1500000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.2500000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             0.0250000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0750000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.0250000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.1500000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.0013888889 0.9722222
## Leontodon.hispidus          0.1250000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         0.0250000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.3500000000 0.0000000
## Linum.catharticum           0.1250000000 0.0000000
## Lolium.perenne              0.0401162791 0.4651163
## Lophocolea.semiteres        0.0250000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.4500000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           0.0250000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.0500000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.1250000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.1250000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.2000000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           0.0250000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.0250000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0250000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.3000000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          0.1000000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.2347826087 0.2173913
## Pleurozium.schreberi        0.1000000000 0.0000000
## Poa.annua                   0.0750000000 0.0000000
## Poa.spp.                    0.0250000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.0250000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0250000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.0250000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.0003530599 0.9952925
## Prunella.vulgaris           0.0111111111 0.8888889
## Pseudoscleropidum.purum     0.2000000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         0.0750000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.0250000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.0750000000 0.0000000
## Reseda.lutea                0.0250000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.0250000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0250000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.3250000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0500000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.0500000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0500000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.0500000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.0250000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.0500000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.0250000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.0250000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.0500000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.0000000000 1.0000000
## Taraxacum.agg.              0.2750000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       0.0750000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.2000000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      0.1500000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.0884615385 0.4102564
## Trifolium.dubium            0.0500000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          0.1000000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.0420289855 0.5797101
## Trisetum.flavescens         0.1000000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.0750000000 0.0000000
## Urtica.diocia               0.1000000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.0250000000 0.0000000
## Vicia.sativa                0.0250000000 0.0000000
## Viola.riviniana             0.0250000000 0.0000000
## Weissia.controversa         0.0250000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.0250000000 0.0000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           2 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           2                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           2                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           2 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           2                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           2 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           2                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           2                           2 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           2 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           2                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           2 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.2000000                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.0500000                   0.1500000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.1250000                   0.7142857 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.2000000                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.1000000                   0.1500000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.3100775                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.9838082                   0.0250000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.2500000                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.1000000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   0.0250000                   0.7692308 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.0750000                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.0500000                   0.9858512 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.1250000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.0750000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.2750000                   0.1750000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.8341609                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.1500000                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.3402556                   0.3000000 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.1750000                   0.1500000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.2500000                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.9722222 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.1250000                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.3500000                   0.1250000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.4651163                   0.0250000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.4500000                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.0500000                   0.1250000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.1250000                   0.2000000 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.1000000                   0.2347826 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.9952925                   0.8888889 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.2000000                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.3250000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.0500000                   0.0500000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.0500000                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.0500000                   1.0000000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.2750000                   0.0750000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.2000000                   0.1500000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.4102564                   0.0500000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.5797101 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   0.0250000                   0.0250000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       1.000                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       1.000                       0.070 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       1.000                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       1.000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       1.000                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.027                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       1.000                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.166 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       0.017 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.953                       1.000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.086                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       1.000                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       1.000                       0.955 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.977                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.977                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       1.000                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       0.026 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.924                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       0.101                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.777                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.898 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.877 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       1.000                       1.000 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.032                       0.098 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       1.000                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       1.000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       0.027 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       1.000                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.182                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       0.120 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       1.000                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Stellaria apetala has a high indval score of 1, with a low p value of 0.026. Stellaria #apetala is the indicator species for Microcline.

clustMullite <-cut(PlantChemistry1$Mullite, 5, labels=FALSE)
MulliteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMullite, type= "long")
gr <- MulliteIndval$maxcls[MulliteIndval$pval<=0.05]
iv <- MulliteIndval$indcls[MulliteIndval$pval<=0.05]
pv <- MulliteIndval$pval[MulliteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[MulliteIndval$pval<=0.05]
MulliteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
MulliteIndvalsummary <- MulliteIndvalsummary [order
                (MulliteIndvalsummary$group,   -MulliteIndvalsummary$indval),]
print(MulliteIndvalsummary)
##                         group    indval pvalue freq
## Hieracium.spp.              2 1.0000000  0.027   21
## Daucus.carrota              2 0.9876543  0.028    1
## Leontodon.hispidus          2 0.9382330  0.046    1
## Pseudoscleropidum.purum     2 0.9288824  0.029    3
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMullite))
##                         cluster indicator_value probability
## Hieracium.spp.                2          1.0000       0.022
## Daucus.carrota                2          0.9877       0.027
## Leontodon.hispidus            2          0.9382       0.046
## Pseudoscleropidum.purum       2          0.9289       0.035
## 
## Sum of probabilities                 =  129.008 
## 
## Sum of Indicator Values              =  20.11 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  3.85 
## 
## Number of Significant Indicators     =  4 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 4
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustMullite))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.200 0
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.025 0
## Alopercus.pratensis         0.025 0
## Angelica.sylvestris         0.050 0
## Anthoxanthum.odoratum       0.150 0
## Anthyllis.vulneraria        0.100 1
## Aphanes.arvensis            0.075 0
## Arrhenatherum.elatius       0.200 0
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.025 0
## Bellis.perennis             0.275 1
## Betula.pubescens            0.025 0
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.100 0
## Brachythecium.rutabulum     0.150 0
## Briza.media                 0.050 1
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025 0
## Bryum.c.f..pallescens       0.075 0
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.075 0
## Calliergonella.cupsidata    0.375 0
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.025 0
## Carex.distans               0.050 0
## Carex.flacca                0.175 0
## Carex.panicea               0.025 0
## Carlina.vulgaris            0.250 0
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.100 0
## Centaurium.pulchellum       0.025 0
## Cerastium.fontanum          0.150 1
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.025 0
## Cirsium.arvense             0.075 0
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.050 0
## Cynosurus.cristatus         0.075 0
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.025 1
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.125 0
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.075 0
## Equisteum.variegatum        0.025 0
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.275 0
## Festuca.ovina               0.150 1
## Festuca.rubra               0.350 1
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.075 0
## Fissidens.adianthoides      0.025 0
## Fissidens.dubius            0.050 0
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.150 0
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.075 1
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.000 1
## Holcus.spp.                 0.500 1
## Holcus.lanatus              0.275 1
## Holcus.mollis               0.150 0
## Homalothecium.lutescens     0.050 0
## Hylocomium.splendens        0.175 0
## Hypericum.perforatum        0.150 0
## Hypnum.cupressiforme        0.250 0
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.025 0
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.075 0
## Leontodon.hispidus          0.100 1
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.325 1
## Linum.catharticum           0.125 0
## Lolium.perenne              0.100 0
## Lophocolea.semiteres        0.025 0
## Lotus.corniculatus          0.425 1
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.050 0
## Medicago.lupulina           0.125 0
## Myosotis.arvensis           0.125 0
## Ononis.repens               0.200 0
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.275 1
## Plantago.coronopus          0.100 0
## Plantago.lanceolata         0.300 1
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.075 0
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.100 0
## Prunella.vulgaris           0.125 0
## Pseudoscleropidum.purum     0.175 1
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.075 0
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325 0
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050 0
## Rubus.fruticosus            0.050 0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050 0
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.050 0
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.050 0
## Stellaria.apetala           0.025 0
## Taraxacum.agg.              0.275 0
## Thuidium.tamariscinum       0.075 0
## Thymus.polytrichus          0.200 0
## Trichostomum.crispulum      0.150 0
## Trifolium.campestre         0.150 1
## Trifolium.dubium            0.050 0
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.125 0
## Trisetum.flavescens         0.075 1
## Tussilago.farfara           0.075 0
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.025 0
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.025 0
## Zygodon.stirtonii           0.025 0
## 
## $relabu
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.0000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.00000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.23353293 0.7664671
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       1.00000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.21052632 0.7894737
## Betula.pubescens            1.00000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.00000000 0.0000000
## Briza.media                 0.31477516 0.6852248
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.00000000 0.0000000
## Bryum.capillare             1.00000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    1.00000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.0000000
## Carex.distans               1.00000000 0.0000000
## Carex.flacca                1.00000000 0.0000000
## Carex.panicea               1.00000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.23076923 0.7692308
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          1.00000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.01234568 0.9876543
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.00000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               1.00000000 0.0000000
## Festuca.ovina               0.70909091 0.2909091
## Festuca.rubra               0.82378855 0.1762115
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.00000000 0.0000000
## Galium.aparine              1.00000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.0000000
## Galium.verum                0.81566820 0.1843318
## Geum.urbanum                1.00000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.00000000 1.0000000
## Holcus.spp.                 0.87742594 0.1225741
## Holcus.lanatus              0.74921630 0.2507837
## Holcus.mollis               1.00000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     1.00000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        1.00000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.00000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.06176701 0.9382330
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.44186047 0.5581395
## Linum.catharticum           1.00000000 0.0000000
## Lolium.perenne              1.00000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.67501693 0.3249831
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.00000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.00000000 0.0000000
## Ononis.repens               1.00000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.77369165 0.2263083
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.54198473 0.4580153
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.0000000
## Poa.annua                   1.00000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.00000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           1.00000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.07111756 0.9288824
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.00000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              1.00000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          1.00000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      1.00000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.58974359 0.4102564
## Trifolium.dubium            1.00000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.00000000 0.0000000
## Trifolium.repens            1.00000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.51020408 0.4897959
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.00000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                       1         5
## Agrostis.spp.               0.200000000 0.0000000
## Agrostis.canina             0.025000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.025000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.025000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.050000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.150000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.023353293 0.7664671
## Aphanes.arvensis            0.075000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.200000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          0.050000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.025000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.057894737 0.7894737
## Betula.pubescens            0.025000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.100000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.150000000 0.0000000
## Briza.media                 0.015738758 0.6852248
## Bromus.hordeaceus           0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.075000000 0.0000000
## Bryum.capillare             0.025000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.075000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.375000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           0.200000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.025000000 0.0000000
## Carex.distans               0.050000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.175000000 0.0000000
## Carex.panicea               0.025000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.250000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             0.050000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.050000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.100000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       0.025000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.034615385 0.7692308
## Chamaenerion.angustifolium  0.025000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.025000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.075000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.050000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.050000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.075000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.150000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.025000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.000308642 0.9876543
## Dicranella.spp.             0.025000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.125000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.075000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.075000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        0.025000000 0.0000000
## Erigeron.acer               0.050000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.275000000 0.0000000
## Festuca.ovina               0.106363636 0.2909091
## Festuca.rubra               0.288325991 0.1762115
## Festuca.rubra.agg.          0.025000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.075000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.025000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.050000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.025000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.150000000 0.0000000
## Galium.aparine              0.025000000 0.0000000
## Galium.arvense              0.025000000 0.0000000
## Galium.saxatile             0.025000000 0.0000000
## Galium.verum                0.061175115 0.1843318
## Geum.urbanum                0.025000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.025000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.025000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.075000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.000000000 1.0000000
## Holcus.spp.                 0.438712972 0.1225741
## Holcus.lanatus              0.206034483 0.2507837
## Holcus.mollis               0.150000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.050000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.175000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.150000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.250000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             0.025000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.075000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.025000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.150000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.075000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.006176701 0.9382330
## Leontodon.saxatilis         0.025000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.143604651 0.5581395
## Linum.catharticum           0.125000000 0.0000000
## Lolium.perenne              0.100000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.025000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.286882194 0.3249831
## Luzula.multiflora           0.025000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.050000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.125000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.125000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.200000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           0.025000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.025000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.025000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.212765205 0.2263083
## Plantago.coronopus          0.100000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.162595420 0.4580153
## Pleurozium.schreberi        0.100000000 0.0000000
## Poa.annua                   0.075000000 0.0000000
## Poa.spp.                    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.025000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.100000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.125000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.012445573 0.9288824
## Pteridium.aquilinum         0.075000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.025000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.075000000 0.0000000
## Reseda.lutea                0.025000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.025000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.025000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.050000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.050000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.025000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.050000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.025000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.025000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.050000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.025000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.275000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       0.075000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.200000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      0.150000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.088461538 0.4102564
## Trifolium.dubium            0.050000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          0.100000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.125000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.038265306 0.4897959
## Tussilago.farfara           0.075000000 0.0000000
## Urtica.diocia               0.100000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.025000000 0.0000000
## Vicia.sativa                0.025000000 0.0000000
## Viola.riviniana             0.025000000 0.0000000
## Weissia.controversa         0.025000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.025000000 0.0000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           2                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           2 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           2                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           2 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           2 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           2                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           2 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           2                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           2                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           2                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           2 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           2 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           2                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           2                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           2                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.2000000                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.0500000                   0.1500000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.7664671                   0.0750000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.2000000                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   0.0250000                   0.7894737 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.1000000                   0.1500000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.6852248                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.3750000                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.1750000                   0.0250000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.2500000                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.1000000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   0.0250000                   0.7692308 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.0750000                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.0500000                   0.0750000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.9876543 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.1250000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.0750000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.2750000                   0.2909091 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.2883260                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.1500000                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.1843318                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   1.0000000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.4387130                   0.2507837 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.1750000                   0.1500000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.2500000                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.0750000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.9382330                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.5581395                   0.1250000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.3249831                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.0500000                   0.1250000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.1250000                   0.2000000 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.2263083 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.1000000                   0.4580153 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.9288824                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.3250000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.0500000                   0.0500000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.0500000                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.2750000                   0.0750000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.2000000                   0.1500000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.4102564                   0.0500000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.4897959                   0.0750000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   0.0250000                   0.0250000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       1.000                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.108                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       1.000                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.147 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       0.078                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.912                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.978                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       1.000                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.168 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       0.016 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.951                       0.163 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       1.000                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.096                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       0.027 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.844                       0.972 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.971                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.976                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       1.000                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       0.045                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.200                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       1.000                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.905 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.982 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       1.000                       0.242 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.015                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       1.000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       1.000                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.140                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.060                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Hieracium spp. has a high indval score of 1, with a low p value of 0.025. Hieracium spp. #is the indicator species for Mullite.

clustNitratine <-cut(PlantChemistry1$Nitratine, 5, labels=FALSE)
NitratineIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustNitratine, type= "long")
gr <- NitratineIndval$maxcls[NitratineIndval$pval<=0.05]
iv <- NitratineIndval$indcls[NitratineIndval$pval<=0.05]
pv <- NitratineIndval$pval[NitratineIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[NitratineIndval$pval<=0.05]
NitratineIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
NitratineIndvalsummary <- NitratineIndvalsummary [order
                (NitratineIndvalsummary$group,   -NitratineIndvalsummary$indval),]
print(NitratineIndvalsummary)
##                        group    indval pvalue freq
## Holcus.spp.                2 0.6593943  0.004   12
## Pillosella.officinarum     2 0.5649271  0.009    4
## Festuca.rubra              2 0.4618213  0.034    1
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustNitratine))
##                        cluster indicator_value probability
## Holcus.spp.                  2          0.6594       0.006
## Pillosella.officinarum       2          0.5649       0.011
## Festuca.rubra                2          0.4618       0.045
## 
## Sum of probabilities                 =  107.644 
## 
## Sum of Indicator Values              =  14.38 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  1.69 
## 
## Number of Significant Indicators     =  3 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 3
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustNitratine))
## $relfrq
##                                      1     5
## Agrostis.spp.               0.24242424 0.000
## Agrostis.canina             0.03030303 0.000
## Alchemilla.mollis           0.03030303 0.000
## Alopercus.pratensis         0.03030303 0.000
## Angelica.sylvestris         0.06060606 0.000
## Anthoxanthum.odoratum       0.18181818 0.000
## Anthyllis.vulneraria        0.15151515 0.000
## Aphanes.arvensis            0.09090909 0.000
## Arrhenatherum.elatius       0.21212121 0.125
## Atrichum.undulatum          0.06060606 0.000
## Avenula.pratensis           0.03030303 0.000
## Bellis.perennis             0.30303030 0.250
## Betula.pubescens            0.03030303 0.000
## Blackstonia.perfoliata      0.03030303 0.000
## Brachythecium.albicans      0.00000000 0.125
## Brachythecium.glareosum     0.03030303 0.000
## Brachythecium.mildeanum     0.12121212 0.000
## Brachythecium.rutabulum     0.15151515 0.125
## Briza.media                 0.06060606 0.125
## Bromus.hordeaceus           0.03030303 0.000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.03030303 0.000
## Bryum.c.f..pallescens       0.09090909 0.000
## Bryum.capillare             0.03030303 0.000
## Bryum.spp.                  0.09090909 0.000
## Calliergonella.cupsidata    0.39393939 0.250
## Calypogeia.arguta           0.24242424 0.000
## Campanula.rotundifolia      0.03030303 0.000
## Carex.distans               0.03030303 0.125
## Carex.flacca                0.18181818 0.125
## Carex.panicea               0.03030303 0.000
## Carlina.vulgaris            0.21212121 0.375
## Centaurea.nigra             0.03030303 0.125
## Centaurium.erythraea        0.06060606 0.000
## Centaurium.littorale        0.09090909 0.125
## Centaurium.pulchellum       0.03030303 0.000
## Cerastium.fontanum          0.18181818 0.125
## Chamaenerion.angustifolium  0.03030303 0.000
## Cirriphyllum.piliferum      0.03030303 0.000
## Cirsium.arvense             0.09090909 0.000
## Cirsium.palustre            0.06060606 0.000
## Crepis.capillaris           0.06060606 0.000
## Cynosurus.cristatus         0.09090909 0.000
## Dactylis.glomerata          0.18181818 0.000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.06060606 0.000
## Danthonia.decumbens         0.03030303 0.000
## Daucus.carrota              0.03030303 0.125
## Dicranella.spp.             0.03030303 0.000
## Dicranum.scoparium          0.15151515 0.000
## Epilobium.montanum          0.09090909 0.000
## Equisetum.arvense           0.09090909 0.000
## Equisteum.variegatum        0.03030303 0.000
## Erigeron.acer               0.06060606 0.000
## Euphrasia.agg               0.27272727 0.250
## Festuca.ovina               0.15151515 0.250
## Festuca.rubra               0.30303030 0.625
## Festuca.rubra.agg.          0.03030303 0.000
## Filipendula.ulmaria         0.09090909 0.000
## Fissidens.adianthoides      0.03030303 0.000
## Fissidens.dubius            0.06060606 0.000
## Fissidens.exilis            0.03030303 0.000
## Fragaria.vesca              0.18181818 0.000
## Galium.aparine              0.03030303 0.000
## Galium.arvense              0.03030303 0.000
## Galium.saxatile             0.00000000 0.125
## Galium.verum                0.06060606 0.250
## Geum.urbanum                0.03030303 0.000
## Glechoma.hederacea          0.03030303 0.000
## Helicotrichon.spp.          0.03030303 0.000
## Heracleum.sphondylium       0.09090909 0.000
## Hieracium.spp.              0.03030303 0.000
## Holcus.spp.                 0.42424242 0.875
## Holcus.lanatus              0.24242424 0.500
## Holcus.mollis               0.15151515 0.125
## Homalothecium.lutescens     0.03030303 0.125
## Hylocomium.splendens        0.21212121 0.000
## Hypericum.perforatum        0.18181818 0.000
## Hypnum.cupressiforme        0.24242424 0.250
## Hypnum.imponens             0.03030303 0.000
## Hypnum.jutlandicum          0.09090909 0.000
## Hypochaeris.radicata        0.00000000 0.125
## Kindbergia.praelonga        0.18181818 0.000
## Lathyrus.pratensis          0.09090909 0.000
## Leontodon.hispidus          0.12121212 0.125
## Leontodon.saxatilis         0.03030303 0.000
## Leucanthemum.vulgare        0.30303030 0.500
## Linum.catharticum           0.12121212 0.125
## Lolium.perenne              0.09090909 0.125
## Lophocolea.semiteres        0.03030303 0.000
## Lotus.corniculatus          0.39393939 0.625
## Luzula.multiflora           0.03030303 0.000
## Lysimachia.maritima         0.03030303 0.125
## Medicago.lupulina           0.09090909 0.250
## Myosotis.arvensis           0.09090909 0.250
## Ononis.repens               0.18181818 0.250
## Oxalis.acetosella           0.03030303 0.000
## Pastinaca.sativa            0.03030303 0.000
## Pentaglottis.sempervirens   0.03030303 0.000
## Pillosella.officinarum      0.21212121 0.625
## Plantago.coronopus          0.06060606 0.250
## Plantago.lanceolata         0.36363636 0.125
## Pleurozium.schreberi        0.12121212 0.000
## Poa.annua                   0.06060606 0.125
## Poa.spp.                    0.03030303 0.000
## Polytrichum.commune         0.03030303 0.000
## Polytrichum.commune.agg.    0.03030303 0.000
## Polytrichum.formosum        0.03030303 0.000
## Potentilla.reptans          0.12121212 0.000
## Prunella.vulgaris           0.15151515 0.000
## Pseudoscleropidum.purum     0.21212121 0.125
## Pteridium.aquilinum         0.09090909 0.000
## Ranunculus.acris            0.03030303 0.000
## Ranunculus.repens           0.06060606 0.125
## Reseda.lutea                0.03030303 0.000
## Rhinanthus.minor            0.03030303 0.000
## Rhizomnium.punctatum        0.03030303 0.000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.36363636 0.125
## Rhytidadelphus.triquetris   0.06060606 0.000
## Rubus.fruticosus            0.06060606 0.000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.03030303 0.125
## Saniona.uncinata            0.06060606 0.000
## Sedum.anglicum              0.03030303 0.000
## Senecio.jacobaea            0.06060606 0.000
## Senecio.vulgaris            0.03030303 0.000
## Sonchus.arvensis            0.03030303 0.000
## Stachys.sylvatica           0.06060606 0.000
## Stellaria.apetala           0.03030303 0.000
## Taraxacum.agg.              0.24242424 0.375
## Thuidium.tamariscinum       0.09090909 0.000
## Thymus.polytrichus          0.18181818 0.250
## Trichostomum.crispulum      0.12121212 0.250
## Trifolium.campestre         0.15151515 0.250
## Trifolium.dubium            0.03030303 0.125
## Trifolium.pratense          0.09090909 0.125
## Trifolium.repens            0.12121212 0.125
## Trisetum.flavescens         0.12121212 0.000
## Tussilago.farfara           0.06060606 0.125
## Urtica.diocia               0.09090909 0.125
## Veronica.officinalis        0.03030303 0.000
## Vicia.sativa                0.03030303 0.000
## Viola.riviniana             0.03030303 0.000
## Weissia.controversa         0.03030303 0.000
## Zygodon.stirtonii           0.03030303 0.000
## 
## $relabu
##                                      1          5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.00000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.00000000 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        1.00000000 0.00000000
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       0.74732006 0.25267994
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.00000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.00000000
## Bellis.perennis             0.43045685 0.56954315
## Betula.pubescens            1.00000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.00000000 1.00000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.28776978 0.71223022
## Briza.media                 0.79726962 0.20273038
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.00000000 0.00000000
## Bryum.capillare             1.00000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.56822430 0.43177570
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.00000000
## Carex.distans               0.35404255 0.64595745
## Carex.flacca                0.94061188 0.05938812
## Carex.panicea               1.00000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.41357027 0.58642973
## Centaurea.nigra             0.32653061 0.67346939
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.30379747 0.69620253
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.57142857 0.42857143
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.00000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.00000000
## Dactylis.glomerata          1.00000000 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.00000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.00000000
## Daucus.carrota              0.32653061 0.67346939
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.00000000
## Dicranum.scoparium          1.00000000 0.00000000
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.00000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.00000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.35499208 0.64500792
## Festuca.ovina               0.45739910 0.54260090
## Festuca.rubra               0.26108591 0.73891409
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.00000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.00000000
## Fragaria.vesca              1.00000000 0.00000000
## Galium.aparine              1.00000000 0.00000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.00000000
## Galium.saxatile             0.00000000 1.00000000
## Galium.verum                0.19512195 0.80487805
## Geum.urbanum                1.00000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.00000000
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.24640657 0.75359343
## Holcus.lanatus              0.52747253 0.47252747
## Holcus.mollis               0.84270734 0.15729266
## Homalothecium.lutescens     0.01492537 0.98507463
## Hylocomium.splendens        1.00000000 0.00000000
## Hypericum.perforatum        1.00000000 0.00000000
## Hypnum.cupressiforme        0.31044776 0.68955224
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        0.00000000 1.00000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.00000000
## Leontodon.hispidus          0.58490566 0.41509434
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.47058824 0.52941176
## Linum.catharticum           0.82162162 0.17837838
## Lolium.perenne              0.81185861 0.18814139
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.21550988 0.78449012
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.90651558 0.09348442
## Medicago.lupulina           0.74615385 0.25384615
## Myosotis.arvensis           0.23762376 0.76237624
## Ononis.repens               0.95305832 0.04694168
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.09611671 0.90388329
## Plantago.coronopus          0.28776978 0.71223022
## Plantago.lanceolata         0.60240964 0.39759036
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.00000000
## Poa.annua                   0.33638026 0.66361974
## Poa.spp.                    1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          1.00000000 0.00000000
## Prunella.vulgaris           1.00000000 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.83361345 0.16638655
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.00000000
## Ranunculus.repens           0.87159533 0.12840467
## Reseda.lutea                1.00000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.65979381 0.34020619
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.00000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.06655574 0.93344426
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.00000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.47949527 0.52050473
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.54614747 0.45385253
## Trichostomum.crispulum      0.22269807 0.77730193
## Trifolium.campestre         0.13157895 0.86842105
## Trifolium.dubium            0.24971098 0.75028902
## Trifolium.pratense          0.76595745 0.23404255
## Trifolium.repens            0.38011050 0.61988950
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.00000000
## Tussilago.farfara           0.60557769 0.39442231
## Urtica.diocia               0.78904110 0.21095890
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.00000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.00000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.00000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.00000000
## 
## $indval
##                                       1           5
## Agrostis.spp.               0.242424242 0.000000000
## Agrostis.canina             0.030303030 0.000000000
## Alchemilla.mollis           0.030303030 0.000000000
## Alopercus.pratensis         0.030303030 0.000000000
## Angelica.sylvestris         0.060606061 0.000000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.181818182 0.000000000
## Anthyllis.vulneraria        0.151515152 0.000000000
## Aphanes.arvensis            0.090909091 0.000000000
## Arrhenatherum.elatius       0.158522437 0.031584992
## Atrichum.undulatum          0.060606061 0.000000000
## Avenula.pratensis           0.030303030 0.000000000
## Bellis.perennis             0.130441471 0.142385787
## Betula.pubescens            0.030303030 0.000000000
## Blackstonia.perfoliata      0.030303030 0.000000000
## Brachythecium.albicans      0.000000000 0.125000000
## Brachythecium.glareosum     0.030303030 0.000000000
## Brachythecium.mildeanum     0.121212121 0.000000000
## Brachythecium.rutabulum     0.043601482 0.089028777
## Briza.media                 0.048319371 0.025341297
## Bromus.hordeaceus           0.030303030 0.000000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.030303030 0.000000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.090909091 0.000000000
## Bryum.capillare             0.030303030 0.000000000
## Bryum.spp.                  0.090909091 0.000000000
## Calliergonella.cupsidata    0.223845936 0.107943925
## Calypogeia.arguta           0.242424242 0.000000000
## Campanula.rotundifolia      0.030303030 0.000000000
## Carex.distans               0.010728562 0.080744681
## Carex.flacca                0.171020341 0.007423515
## Carex.panicea               0.030303030 0.000000000
## Carlina.vulgaris            0.087727028 0.219911147
## Centaurea.nigra             0.009894867 0.084183673
## Centaurium.erythraea        0.060606061 0.000000000
## Centaurium.littorale        0.027617952 0.087025316
## Centaurium.pulchellum       0.030303030 0.000000000
## Cerastium.fontanum          0.103896104 0.053571429
## Chamaenerion.angustifolium  0.030303030 0.000000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.030303030 0.000000000
## Cirsium.arvense             0.090909091 0.000000000
## Cirsium.palustre            0.060606061 0.000000000
## Crepis.capillaris           0.060606061 0.000000000
## Cynosurus.cristatus         0.090909091 0.000000000
## Dactylis.glomerata          0.181818182 0.000000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.060606061 0.000000000
## Danthonia.decumbens         0.030303030 0.000000000
## Daucus.carrota              0.009894867 0.084183673
## Dicranella.spp.             0.030303030 0.000000000
## Dicranum.scoparium          0.151515152 0.000000000
## Epilobium.montanum          0.090909091 0.000000000
## Equisetum.arvense           0.090909091 0.000000000
## Equisteum.variegatum        0.030303030 0.000000000
## Erigeron.acer               0.060606061 0.000000000
## Euphrasia.agg               0.096816021 0.161251981
## Festuca.ovina               0.069302894 0.135650224
## Festuca.rubra               0.079116941 0.461821308
## Festuca.rubra.agg.          0.030303030 0.000000000
## Filipendula.ulmaria         0.090909091 0.000000000
## Fissidens.adianthoides      0.030303030 0.000000000
## Fissidens.dubius            0.060606061 0.000000000
## Fissidens.exilis            0.030303030 0.000000000
## Fragaria.vesca              0.181818182 0.000000000
## Galium.aparine              0.030303030 0.000000000
## Galium.arvense              0.030303030 0.000000000
## Galium.saxatile             0.000000000 0.125000000
## Galium.verum                0.011825573 0.201219512
## Geum.urbanum                0.030303030 0.000000000
## Glechoma.hederacea          0.030303030 0.000000000
## Helicotrichon.spp.          0.030303030 0.000000000
## Heracleum.sphondylium       0.090909091 0.000000000
## Hieracium.spp.              0.030303030 0.000000000
## Holcus.spp.                 0.104536121 0.659394251
## Holcus.lanatus              0.127872128 0.236263736
## Holcus.mollis               0.127682930 0.019661582
## Homalothecium.lutescens     0.000452284 0.123134328
## Hylocomium.splendens        0.212121212 0.000000000
## Hypericum.perforatum        0.181818182 0.000000000
## Hypnum.cupressiforme        0.075260063 0.172388060
## Hypnum.imponens             0.030303030 0.000000000
## Hypnum.jutlandicum          0.090909091 0.000000000
## Hypochaeris.radicata        0.000000000 0.125000000
## Kindbergia.praelonga        0.181818182 0.000000000
## Lathyrus.pratensis          0.090909091 0.000000000
## Leontodon.hispidus          0.070897656 0.051886792
## Leontodon.saxatilis         0.030303030 0.000000000
## Leucanthemum.vulgare        0.142602496 0.264705882
## Linum.catharticum           0.099590500 0.022297297
## Lolium.perenne              0.073805328 0.023517674
## Lophocolea.semiteres        0.030303030 0.000000000
## Lotus.corniculatus          0.084897830 0.490306328
## Luzula.multiflora           0.030303030 0.000000000
## Lysimachia.maritima         0.027470169 0.011685552
## Medicago.lupulina           0.067832168 0.063461538
## Myosotis.arvensis           0.021602160 0.190594059
## Ononis.repens               0.173283331 0.011735420
## Oxalis.acetosella           0.030303030 0.000000000
## Pastinaca.sativa            0.030303030 0.000000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.030303030 0.000000000
## Pillosella.officinarum      0.020388394 0.564927054
## Plantago.coronopus          0.017440593 0.178057554
## Plantago.lanceolata         0.219058050 0.049698795
## Pleurozium.schreberi        0.121212121 0.000000000
## Poa.annua                   0.020386682 0.082952468
## Poa.spp.                    0.030303030 0.000000000
## Polytrichum.commune         0.030303030 0.000000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.030303030 0.000000000
## Polytrichum.formosum        0.030303030 0.000000000
## Potentilla.reptans          0.121212121 0.000000000
## Prunella.vulgaris           0.151515152 0.000000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.176827094 0.020798319
## Pteridium.aquilinum         0.090909091 0.000000000
## Ranunculus.acris            0.030303030 0.000000000
## Ranunculus.repens           0.052823959 0.016050584
## Reseda.lutea                0.030303030 0.000000000
## Rhinanthus.minor            0.030303030 0.000000000
## Rhizomnium.punctatum        0.030303030 0.000000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.239925023 0.042525773
## Rhytidadelphus.triquetris   0.060606061 0.000000000
## Rubus.fruticosus            0.060606061 0.000000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.002016841 0.116680532
## Saniona.uncinata            0.060606061 0.000000000
## Sedum.anglicum              0.030303030 0.000000000
## Senecio.jacobaea            0.060606061 0.000000000
## Senecio.vulgaris            0.030303030 0.000000000
## Sonchus.arvensis            0.030303030 0.000000000
## Stachys.sylvatica           0.060606061 0.000000000
## Stellaria.apetala           0.030303030 0.000000000
## Taraxacum.agg.              0.116241277 0.195189274
## Thuidium.tamariscinum       0.090909091 0.000000000
## Thymus.polytrichus          0.099299541 0.113463132
## Trichostomum.crispulum      0.026993706 0.194325482
## Trifolium.campestre         0.019936204 0.217105263
## Trifolium.dubium            0.007566999 0.093786127
## Trifolium.pratense          0.069632495 0.029255319
## Trifolium.repens            0.046074000 0.077486188
## Trisetum.flavescens         0.121212121 0.000000000
## Tussilago.farfara           0.036701678 0.049302789
## Urtica.diocia               0.071731009 0.026369863
## Veronica.officinalis        0.030303030 0.000000000
## Vicia.sativa                0.030303030 0.000000000
## Viola.riviniana             0.030303030 0.000000000
## Weissia.controversa         0.030303030 0.000000000
## Zygodon.stirtonii           0.030303030 0.000000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           2 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           2                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           2 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           2 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           2                           2 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           2 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           2 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           2 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           2                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           2 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           2                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           2                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           2 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           2 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           2                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           2                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           2                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           2 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           2                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           2 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           2                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           2                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           2                           2 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           2                           2 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           2 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           2 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.24242424                  0.03030303 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.03030303                  0.03030303 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.06060606                  0.18181818 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.15151515                  0.09090909 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.15852244                  0.06060606 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.03030303                  0.14238579 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.03030303                  0.03030303 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.12500000                  0.03030303 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.12121212                  0.08902878 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.04831937                  0.03030303 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.03030303                  0.09090909 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.03030303                  0.09090909 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.22384594                  0.24242424 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.03030303                  0.08074468 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.17102034                  0.03030303 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.21991115                  0.08418367 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.06060606                  0.08702532 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.03030303                  0.10389610 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.03030303                  0.03030303 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.09090909                  0.06060606 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.06060606                  0.09090909 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.18181818                  0.06060606 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.03030303                  0.08418367 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.03030303                  0.15151515 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.09090909                  0.09090909 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.03030303                  0.06060606 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.16125198                  0.13565022 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.46182131                  0.03030303 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.09090909                  0.03030303 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.06060606                  0.03030303 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.18181818                  0.03030303 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.03030303                  0.12500000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.20121951                  0.03030303 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.03030303                  0.03030303 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.09090909                  0.03030303 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.65939425                  0.23626374 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.12768293                  0.12313433 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.21212121                  0.18181818 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.17238806                  0.03030303 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.09090909                  0.12500000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.18181818                  0.09090909 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.07089766                  0.03030303 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.26470588                  0.09959050 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.07380533                  0.03030303 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.49030633                  0.03030303 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.02747017                  0.06783217 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.19059406                  0.17328333 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.03030303                  0.03030303 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.03030303                  0.56492705 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.17805755                  0.21905805 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.12121212                  0.08295247 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.03030303                  0.03030303 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.03030303                  0.03030303 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.12121212                  0.15151515 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.17682709                  0.09090909 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.03030303                  0.05282396 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.03030303                  0.03030303 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.03030303                  0.23992502 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.06060606                  0.06060606 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.11668053                  0.06060606 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.03030303                  0.06060606 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.03030303                  0.03030303 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.06060606                  0.03030303 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.19518927                  0.09090909 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.11346313                  0.19432548 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.21710526                  0.09378613 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.06963250                  0.07748619 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.12121212                  0.04930279 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.07173101                  0.03030303 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.03030303                  0.03030303 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.03030303                  0.03030303 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.247                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       0.399 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.505                       0.741 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.642                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.989 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       0.180                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       0.546                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       0.873 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       0.762 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.745                       0.265 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       0.360 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.542                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.371                       0.382 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       0.833                       0.690 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.937 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       0.726                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       0.751 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.375                       0.806 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       0.341 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       0.530 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       0.737                       0.732 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.865                       0.607 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.035                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       0.724                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.410                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       0.205 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.133                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       0.733                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.008                       0.452 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.689                       0.213 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.313                       0.460 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.649                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       0.743                       0.188 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       0.440                       0.732 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       0.910                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.468                       0.624 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       0.932                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.059                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       0.140                       0.669 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.012 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.117                       0.662 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.571                       0.871 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.501                       0.509 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.505                       0.728 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.442 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       0.209                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.595                       0.734 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.865                       0.116 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.143                       0.356 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       0.875                       0.975 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.591                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.968                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Holcus spp. has an indval score of 0.659 and a low p value of 0.008. This is the indicator #species for Nitratine.

clustOrthoclase <-cut(PlantChemistry1$Orthoclase, 5, labels=FALSE)
OrthoclaseIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustOrthoclase, type= "long")
gr <- OrthoclaseIndval$maxcls[OrthoclaseIndval$pval<=0.05]
iv <- OrthoclaseIndval$indcls[OrthoclaseIndval$pval<=0.05]
pv <- OrthoclaseIndval$pval[OrthoclaseIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[OrthoclaseIndval$pval<=0.05]
OrthoclaseIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
OrthoclaseIndvalsummary <- OrthoclaseIndvalsummary [order
                   (OrthoclaseIndvalsummary$group,   -OrthoclaseIndvalsummary$indval),]
print(OrthoclaseIndvalsummary)
##                        group    indval pvalue freq
## Campanula.rotundifolia     2 1.0000000  0.028    2
## Equisteum.variegatum       2 1.0000000  0.026    2
## Medicago.lupulina          2 0.9961686  0.016    5
## Ononis.repens              2 0.9511568  0.045    1
## Hypnum.cupressiforme       2 0.9356725  0.024    1
## Pillosella.officinarum     2 0.8878049  0.048    4
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustOrthoclase))
##                        cluster indicator_value probability
## Campanula.rotundifolia       2          1.0000       0.025
## Equisteum.variegatum         2          1.0000       0.022
## Medicago.lupulina            2          0.9962       0.023
## Ononis.repens                2          0.9512       0.047
## Hypnum.cupressiforme         2          0.9357       0.021
## Pillosella.officinarum       2          0.8878       0.046
## Equisetum.arvense            2          0.8830       0.045
## 
## Sum of probabilities                 =  129.491 
## 
## Sum of Indicator Values              =  22.13 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  6.65 
## 
## Number of Significant Indicators     =  7 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 7
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustOrthoclase))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.200 0
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.025 0
## Alopercus.pratensis         0.025 0
## Angelica.sylvestris         0.050 0
## Anthoxanthum.odoratum       0.125 1
## Anthyllis.vulneraria        0.125 0
## Aphanes.arvensis            0.075 0
## Arrhenatherum.elatius       0.200 0
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.025 0
## Bellis.perennis             0.300 0
## Betula.pubescens            0.025 0
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.100 0
## Brachythecium.rutabulum     0.150 0
## Briza.media                 0.075 0
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025 0
## Bryum.c.f..pallescens       0.075 0
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.075 0
## Calliergonella.cupsidata    0.375 0
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.000 1
## Carex.distans               0.050 0
## Carex.flacca                0.175 0
## Carex.panicea               0.025 0
## Carlina.vulgaris            0.225 1
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.075 1
## Centaurium.pulchellum       0.025 0
## Cerastium.fontanum          0.150 1
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.025 0
## Cirsium.arvense             0.075 0
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.050 0
## Cynosurus.cristatus         0.075 0
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.050 0
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.125 0
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.050 1
## Equisteum.variegatum        0.000 1
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.275 0
## Festuca.ovina               0.175 0
## Festuca.rubra               0.350 1
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.075 0
## Fissidens.adianthoides      0.025 0
## Fissidens.dubius            0.050 0
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.150 0
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.100 0
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.025 0
## Holcus.spp.                 0.525 0
## Holcus.lanatus              0.275 1
## Holcus.mollis               0.150 0
## Homalothecium.lutescens     0.050 0
## Hylocomium.splendens        0.175 0
## Hypericum.perforatum        0.150 0
## Hypnum.cupressiforme        0.225 1
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.025 0
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.075 0
## Leontodon.hispidus          0.125 0
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.325 1
## Linum.catharticum           0.125 0
## Lolium.perenne              0.100 0
## Lophocolea.semiteres        0.025 0
## Lotus.corniculatus          0.450 0
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.050 0
## Medicago.lupulina           0.100 1
## Myosotis.arvensis           0.125 0
## Ononis.repens               0.175 1
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.275 1
## Plantago.coronopus          0.100 0
## Plantago.lanceolata         0.300 1
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.075 0
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.100 0
## Prunella.vulgaris           0.125 0
## Pseudoscleropidum.purum     0.200 0
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.075 0
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325 0
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050 0
## Rubus.fruticosus            0.050 0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050 0
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.050 0
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.050 0
## Stellaria.apetala           0.025 0
## Taraxacum.agg.              0.275 0
## Thuidium.tamariscinum       0.075 0
## Thymus.polytrichus          0.200 0
## Trichostomum.crispulum      0.150 0
## Trifolium.campestre         0.175 0
## Trifolium.dubium            0.050 0
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.125 0
## Trisetum.flavescens         0.100 0
## Tussilago.farfara           0.075 0
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.025 0
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.025 0
## Zygodon.stirtonii           0.025 0
## 
## $relabu
##                                       1         5
## Agrostis.spp.               1.000000000 0.0000000
## Agrostis.canina             1.000000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.000000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         1.000000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         1.000000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.465648855 0.5343511
## Anthyllis.vulneraria        1.000000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            1.000000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       1.000000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          1.000000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.000000000 0.0000000
## Bellis.perennis             1.000000000 0.0000000
## Betula.pubescens            1.000000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.000000000 0.0000000
## Briza.media                 1.000000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           1.000000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.000000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.000000000 0.0000000
## Bryum.capillare             1.000000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.000000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    1.000000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           1.000000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.000000000 1.0000000
## Carex.distans               1.000000000 0.0000000
## Carex.flacca                1.000000000 0.0000000
## Carex.panicea               1.000000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.250000000 0.7500000
## Centaurea.nigra             1.000000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.000000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.058823529 0.9411765
## Centaurium.pulchellum       1.000000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.230769231 0.7692308
## Chamaenerion.angustifolium  1.000000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.000000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.000000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.000000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.000000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         1.000000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          1.000000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.000000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.000000000 0.0000000
## Daucus.carrota              1.000000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             1.000000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.000000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          1.000000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.116997792 0.8830022
## Equisteum.variegatum        0.000000000 1.0000000
## Erigeron.acer               1.000000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               1.000000000 0.0000000
## Festuca.ovina               1.000000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.823788546 0.1762115
## Festuca.rubra.agg.          1.000000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.000000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.000000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.000000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.000000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.000000000 0.0000000
## Galium.aparine              1.000000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.000000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.000000000 0.0000000
## Galium.verum                1.000000000 0.0000000
## Geum.urbanum                1.000000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.000000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.000000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.000000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              1.000000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 1.000000000 0.0000000
## Holcus.lanatus              0.236479321 0.7635207
## Holcus.mollis               1.000000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     1.000000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        1.000000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.000000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.064327485 0.9356725
## Hypnum.imponens             1.000000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.000000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.000000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.000000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.000000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          1.000000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         1.000000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.708029197 0.2919708
## Linum.catharticum           1.000000000 0.0000000
## Lolium.perenne              1.000000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        1.000000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          1.000000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           1.000000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.000000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.003831418 0.9961686
## Myosotis.arvensis           1.000000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.048843188 0.9511568
## Oxalis.acetosella           1.000000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.000000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.000000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.112195122 0.8878049
## Plantago.coronopus          1.000000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.411764706 0.5882353
## Pleurozium.schreberi        1.000000000 0.0000000
## Poa.annua                   1.000000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.000000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.000000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.000000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.000000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.000000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           1.000000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     1.000000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         1.000000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.000000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.000000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.000000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.000000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.000000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   1.000000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   1.000000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.000000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.000000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.000000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.000000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.000000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.000000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.000000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.000000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.000000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              1.000000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       1.000000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          1.000000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      1.000000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         1.000000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            1.000000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.000000000 0.0000000
## Trifolium.repens            1.000000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         1.000000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           1.000000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.000000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.000000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.000000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.000000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.000000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.000000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                        1         5
## Agrostis.spp.               0.2000000000 0.0000000
## Agrostis.canina             0.0250000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.0250000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.0250000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.0500000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.0582061069 0.5343511
## Anthyllis.vulneraria        0.1250000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            0.0750000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.2000000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          0.0500000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.0250000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.3000000000 0.0000000
## Betula.pubescens            0.0250000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0250000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.0250000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.0250000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.1000000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.1500000000 0.0000000
## Briza.media                 0.0750000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           0.0250000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0250000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0750000000 0.0000000
## Bryum.capillare             0.0250000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.0750000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.3750000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           0.2000000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.0000000000 1.0000000
## Carex.distans               0.0500000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.1750000000 0.0000000
## Carex.panicea               0.0250000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.0562500000 0.7500000
## Centaurea.nigra             0.0500000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.0500000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.0044117647 0.9411765
## Centaurium.pulchellum       0.0250000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.0346153846 0.7692308
## Chamaenerion.angustifolium  0.0250000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0250000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.0750000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.0500000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.0500000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.0750000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.1500000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0500000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.0250000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.0500000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             0.0250000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.1250000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.0750000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.0058498896 0.8830022
## Equisteum.variegatum        0.0000000000 1.0000000
## Erigeron.acer               0.0500000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.2750000000 0.0000000
## Festuca.ovina               0.1750000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.2883259912 0.1762115
## Festuca.rubra.agg.          0.0250000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.0750000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.0250000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.0500000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.0250000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.1500000000 0.0000000
## Galium.aparine              0.0250000000 0.0000000
## Galium.arvense              0.0250000000 0.0000000
## Galium.saxatile             0.0250000000 0.0000000
## Galium.verum                0.1000000000 0.0000000
## Geum.urbanum                0.0250000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.0250000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.0250000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.0750000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.0250000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.5250000000 0.0000000
## Holcus.lanatus              0.0650318134 0.7635207
## Holcus.mollis               0.1500000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.0500000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.1750000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.1500000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.0144736842 0.9356725
## Hypnum.imponens             0.0250000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0750000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.0250000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.1500000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.0750000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.1250000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         0.0250000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.2301094891 0.2919708
## Linum.catharticum           0.1250000000 0.0000000
## Lolium.perenne              0.1000000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.0250000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.4500000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           0.0250000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.0500000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.0003831418 0.9961686
## Myosotis.arvensis           0.1250000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.0085475578 0.9511568
## Oxalis.acetosella           0.0250000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.0250000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0250000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.0308536585 0.8878049
## Plantago.coronopus          0.1000000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.1235294118 0.5882353
## Pleurozium.schreberi        0.1000000000 0.0000000
## Poa.annua                   0.0750000000 0.0000000
## Poa.spp.                    0.0250000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.0250000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0250000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.0250000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.1000000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.1250000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.2000000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         0.0750000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.0250000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.0750000000 0.0000000
## Reseda.lutea                0.0250000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.0250000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0250000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.3250000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0500000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.0500000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0500000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.0500000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.0250000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.0500000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.0250000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.0250000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.0500000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.0250000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.2750000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       0.0750000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.2000000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      0.1500000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         0.1750000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.0500000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          0.1000000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.1250000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.1000000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.0750000000 0.0000000
## Urtica.diocia               0.1000000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.0250000000 0.0000000
## Vicia.sativa                0.0250000000 0.0000000
## Viola.riviniana             0.0250000000 0.0000000
## Weissia.controversa         0.0250000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.0250000000 0.0000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           2 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           2                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           2                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           2 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           2 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           2                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           2                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           2 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           2 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           2 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           2 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.2000000                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.0500000                   0.5343511 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.1250000                   0.0750000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.2000000                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.1000000                   0.1500000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.3750000                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   1.0000000                   0.0500000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.1750000                   0.0250000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.7500000                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.9411765 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   0.0250000                   0.7692308 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.0750000                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.0500000                   0.0750000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.1250000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.8830022 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   1.0000000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.2750000                   0.1750000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.2883260                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.1500000                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.5250000                   0.7635207 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.1750000                   0.1500000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.9356725                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.0750000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.1250000                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.2919708                   0.1250000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.4500000                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.0500000                   0.9961686 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.1250000                   0.9511568 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.8878049 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.1000000                   0.5882353 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.2000000                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.3250000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.0500000                   0.0500000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.0500000                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.2750000                   0.0750000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.2000000                   0.1500000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.1750000                   0.0500000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   0.0250000                   0.0250000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       1.000                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       0.152 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       1.000                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       1.000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.900                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       0.033                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.961                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.181                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       0.071 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.185 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       0.052 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       0.030                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.946                       1.000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       1.000                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       1.000                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.781                       0.144 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.976                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.979                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.029                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       1.000                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.777                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       0.019 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.039 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.045 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       1.000                       0.178 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       1.000                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       1.000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       1.000                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       1.000                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       1.000                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Both Campanula rotundifolia and Equisetum arvense have indval scores of 1, they both #have p values of 0.025. Both of these species are reported as indicator species for #Orthoclase.

clustOrthopyroxene <-cut(PlantChemistry1$Orthopyroxene, 5, labels=FALSE)
OrthopyroxeneIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustOrthopyroxene, type= "long")
gr <- OrthopyroxeneIndval$maxcls[OrthopyroxeneIndval$pval<=0.05]
iv <- OrthopyroxeneIndval$indcls[OrthopyroxeneIndval$pval<=0.05]
pv <- OrthopyroxeneIndval$pval[OrthopyroxeneIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[OrthopyroxeneIndval$pval<=0.05]
OrthopyroxeneIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
OrthopyroxeneIndvalsummary <- OrthopyroxeneIndvalsummary [order
            (OrthopyroxeneIndvalsummary$group,   -OrthopyroxeneIndvalsummary$indval),]
print(OrthopyroxeneIndvalsummary)
##           group    indval pvalue freq
## Poa.annua     2 0.9646977  0.028    1
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustOrthopyroxene))
##           cluster indicator_value probability
## Poa.annua       2          0.9647       0.026
## 
## Sum of probabilities                 =  134.515 
## 
## Sum of Indicator Values              =  18.23 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  0.96 
## 
## Number of Significant Indicators     =  1 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 1
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustOrthopyroxene))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.200 0
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.025 0
## Alopercus.pratensis         0.025 0
## Angelica.sylvestris         0.050 0
## Anthoxanthum.odoratum       0.150 0
## Anthyllis.vulneraria        0.100 1
## Aphanes.arvensis            0.075 0
## Arrhenatherum.elatius       0.200 0
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.025 0
## Bellis.perennis             0.300 0
## Betula.pubescens            0.025 0
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.100 0
## Brachythecium.rutabulum     0.150 0
## Briza.media                 0.075 0
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025 0
## Bryum.c.f..pallescens       0.075 0
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.075 0
## Calliergonella.cupsidata    0.375 0
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.025 0
## Carex.distans               0.050 0
## Carex.flacca                0.175 0
## Carex.panicea               0.025 0
## Carlina.vulgaris            0.250 0
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.075 1
## Centaurium.pulchellum       0.025 0
## Cerastium.fontanum          0.175 0
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.025 0
## Cirsium.arvense             0.075 0
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.050 0
## Cynosurus.cristatus         0.075 0
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.050 0
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.125 0
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.075 0
## Equisteum.variegatum        0.025 0
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.275 0
## Festuca.ovina               0.175 0
## Festuca.rubra               0.375 0
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.075 0
## Fissidens.adianthoides      0.025 0
## Fissidens.dubius            0.050 0
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.150 0
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.100 0
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.025 0
## Holcus.spp.                 0.525 0
## Holcus.lanatus              0.300 0
## Holcus.mollis               0.150 0
## Homalothecium.lutescens     0.050 0
## Hylocomium.splendens        0.175 0
## Hypericum.perforatum        0.150 0
## Hypnum.cupressiforme        0.250 0
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.025 0
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.075 0
## Leontodon.hispidus          0.125 0
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.350 0
## Linum.catharticum           0.100 1
## Lolium.perenne              0.100 0
## Lophocolea.semiteres        0.025 0
## Lotus.corniculatus          0.450 0
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.050 0
## Medicago.lupulina           0.125 0
## Myosotis.arvensis           0.125 0
## Ononis.repens               0.175 1
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.300 0
## Plantago.coronopus          0.100 0
## Plantago.lanceolata         0.325 0
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.050 1
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.100 0
## Prunella.vulgaris           0.125 0
## Pseudoscleropidum.purum     0.200 0
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.075 0
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325 0
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050 0
## Rubus.fruticosus            0.050 0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050 0
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.050 0
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.050 0
## Stellaria.apetala           0.025 0
## Taraxacum.agg.              0.275 0
## Thuidium.tamariscinum       0.075 0
## Thymus.polytrichus          0.175 1
## Trichostomum.crispulum      0.125 1
## Trifolium.campestre         0.175 0
## Trifolium.dubium            0.050 0
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.125 0
## Trisetum.flavescens         0.100 0
## Tussilago.farfara           0.075 0
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.025 0
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.025 0
## Zygodon.stirtonii           0.025 0
## 
## $relabu
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.0000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.00000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.11167513 0.8883249
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       1.00000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.0000000
## Bellis.perennis             1.00000000 0.0000000
## Betula.pubescens            1.00000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.00000000 0.0000000
## Briza.media                 1.00000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.00000000 0.0000000
## Bryum.capillare             1.00000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    1.00000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.0000000
## Carex.distans               1.00000000 0.0000000
## Carex.flacca                1.00000000 0.0000000
## Carex.panicea               1.00000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.05882353 0.9411765
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          1.00000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          1.00000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.0000000
## Daucus.carrota              1.00000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.00000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               1.00000000 0.0000000
## Festuca.ovina               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.00000000 0.0000000
## Galium.aparine              1.00000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.0000000
## Galium.verum                1.00000000 0.0000000
## Geum.urbanum                1.00000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 1.00000000 0.0000000
## Holcus.lanatus              1.00000000 0.0000000
## Holcus.mollis               1.00000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     1.00000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        1.00000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.00000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        1.00000000 0.0000000
## Linum.catharticum           0.18367347 0.8163265
## Lolium.perenne              1.00000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          1.00000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.00000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.00000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.62546816 0.3745318
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      1.00000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         1.00000000 0.0000000
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.0000000
## Poa.annua                   0.03530234 0.9646977
## Poa.spp.                    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.00000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           1.00000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     1.00000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.00000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              1.00000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.08221797 0.9177820
## Trichostomum.crispulum      0.27272727 0.7272727
## Trifolium.campestre         1.00000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            1.00000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.00000000 0.0000000
## Trifolium.repens            1.00000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.00000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                       1         5
## Agrostis.spp.               0.200000000 0.0000000
## Agrostis.canina             0.025000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.025000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.025000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.050000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.150000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.011167513 0.8883249
## Aphanes.arvensis            0.075000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.200000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          0.050000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.025000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.300000000 0.0000000
## Betula.pubescens            0.025000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.100000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.150000000 0.0000000
## Briza.media                 0.075000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.075000000 0.0000000
## Bryum.capillare             0.025000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.075000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.375000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           0.200000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.025000000 0.0000000
## Carex.distans               0.050000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.175000000 0.0000000
## Carex.panicea               0.025000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.250000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             0.050000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.050000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.004411765 0.9411765
## Centaurium.pulchellum       0.025000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.175000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  0.025000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.025000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.075000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.050000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.050000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.075000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.150000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.025000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.050000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             0.025000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.125000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.075000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.075000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        0.025000000 0.0000000
## Erigeron.acer               0.050000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.275000000 0.0000000
## Festuca.ovina               0.175000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.375000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          0.025000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.075000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.025000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.050000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.025000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.150000000 0.0000000
## Galium.aparine              0.025000000 0.0000000
## Galium.arvense              0.025000000 0.0000000
## Galium.saxatile             0.025000000 0.0000000
## Galium.verum                0.100000000 0.0000000
## Geum.urbanum                0.025000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.025000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.025000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.075000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.025000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.525000000 0.0000000
## Holcus.lanatus              0.300000000 0.0000000
## Holcus.mollis               0.150000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.050000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.175000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.150000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.250000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             0.025000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.075000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.025000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.150000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.075000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.125000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         0.025000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.350000000 0.0000000
## Linum.catharticum           0.018367347 0.8163265
## Lolium.perenne              0.100000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.025000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.450000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           0.025000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.050000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.125000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.125000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.109456929 0.3745318
## Oxalis.acetosella           0.025000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.025000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.025000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.300000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          0.100000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.325000000 0.0000000
## Pleurozium.schreberi        0.100000000 0.0000000
## Poa.annua                   0.001765117 0.9646977
## Poa.spp.                    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.025000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.100000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.125000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.200000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         0.075000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.025000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.075000000 0.0000000
## Reseda.lutea                0.025000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.025000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.025000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.050000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.050000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.025000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.050000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.025000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.025000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.050000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.025000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.275000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       0.075000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.014388145 0.9177820
## Trichostomum.crispulum      0.034090909 0.7272727
## Trifolium.campestre         0.175000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.050000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          0.100000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.125000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.100000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.075000000 0.0000000
## Urtica.diocia               0.100000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.025000000 0.0000000
## Vicia.sativa                0.025000000 0.0000000
## Viola.riviniana             0.025000000 0.0000000
## Weissia.controversa         0.025000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.025000000 0.0000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           2                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           2 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           2 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           2 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           2 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           2                           2 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.2000000                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.0500000                   0.1500000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.8883249                   0.0750000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.2000000                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.1000000                   0.1500000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.3750000                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.1750000                   0.0250000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.2500000                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.9411765 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   0.0250000                   0.1750000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.0750000                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.0500000                   0.0750000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.1250000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.0750000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.2750000                   0.1750000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.3750000                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.1500000                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.5250000                   0.3000000 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.1750000                   0.1500000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.2500000                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.0750000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.1250000                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.3500000                   0.8163265 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.4500000                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.0500000                   0.1250000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.1250000                   0.3745318 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.1000000                   0.3250000 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.9646977 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.2000000                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.3250000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.0500000                   0.0500000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.0500000                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.2750000                   0.0750000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.9177820                   0.7272727 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.1750000                   0.0500000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   0.0250000                   0.0250000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       1.000                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.068                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       1.000                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       1.000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.922                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.979                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       1.000                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       0.064 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       1.000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.954                       1.000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.900                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       1.000                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.777                       0.965 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.978                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.974                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       1.000                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.923                       0.097 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.746                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.100 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.872 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       1.000                       0.917 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       0.022 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       1.000                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       1.000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.082                       0.160 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       1.000                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       1.000                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Poa annua has a high indval value of 0.965 and a low p value of 0.016. This is the #indicator species for Orthopyroxene.

clustPericlase <-cut(PlantChemistry1$Periclase, 5, labels=FALSE)
PericlaseIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustPericlase, type= "long")
gr <- PericlaseIndval$maxcls[PericlaseIndval$pval<=0.05]
iv <- PericlaseIndval$indcls[PericlaseIndval$pval<=0.05]
pv <- PericlaseIndval$pval[PericlaseIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[PericlaseIndval$pval<=0.05]
PericlaseIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
PericlaseIndvalsummary <- PericlaseIndvalsummary [order
                 (PericlaseIndvalsummary$group,   -PericlaseIndvalsummary$indval),]
print(PericlaseIndvalsummary)
##                        group    indval pvalue freq
## Pillosella.officinarum     2 0.5527240  0.020    4
## Myosotis.arvensis          2 0.3393939  0.046    8
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustPericlase))
##                        cluster indicator_value probability
## Pillosella.officinarum       2          0.5527       0.026
## 
## Sum of probabilities                 =  117.276 
## 
## Sum of Indicator Values              =  14.22 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  0.55 
## 
## Number of Significant Indicators     =  1 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 1
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustPericlase))
## $relfrq
##                                      1   5
## Agrostis.spp.               0.19444444 0.2
## Agrostis.canina             0.02777778 0.0
## Alchemilla.mollis           0.02777778 0.0
## Alopercus.pratensis         0.02777778 0.0
## Angelica.sylvestris         0.02777778 0.2
## Anthoxanthum.odoratum       0.16666667 0.0
## Anthyllis.vulneraria        0.13888889 0.0
## Aphanes.arvensis            0.08333333 0.0
## Arrhenatherum.elatius       0.22222222 0.0
## Atrichum.undulatum          0.05555556 0.0
## Avenula.pratensis           0.02777778 0.0
## Bellis.perennis             0.33333333 0.0
## Betula.pubescens            0.02777778 0.0
## Blackstonia.perfoliata      0.02777778 0.0
## Brachythecium.albicans      0.02777778 0.0
## Brachythecium.glareosum     0.02777778 0.0
## Brachythecium.mildeanum     0.11111111 0.0
## Brachythecium.rutabulum     0.13888889 0.2
## Briza.media                 0.05555556 0.2
## Bromus.hordeaceus           0.02777778 0.0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.02777778 0.0
## Bryum.c.f..pallescens       0.05555556 0.2
## Bryum.capillare             0.02777778 0.0
## Bryum.spp.                  0.08333333 0.0
## Calliergonella.cupsidata    0.36111111 0.4
## Calypogeia.arguta           0.19444444 0.2
## Campanula.rotundifolia      0.02777778 0.0
## Carex.distans               0.05555556 0.0
## Carex.flacca                0.19444444 0.0
## Carex.panicea               0.02777778 0.0
## Carlina.vulgaris            0.22222222 0.4
## Centaurea.nigra             0.05555556 0.0
## Centaurium.erythraea        0.05555556 0.0
## Centaurium.littorale        0.11111111 0.0
## Centaurium.pulchellum       0.02777778 0.0
## Cerastium.fontanum          0.16666667 0.2
## Chamaenerion.angustifolium  0.02777778 0.0
## Cirriphyllum.piliferum      0.02777778 0.0
## Cirsium.arvense             0.05555556 0.2
## Cirsium.palustre            0.05555556 0.0
## Crepis.capillaris           0.05555556 0.0
## Cynosurus.cristatus         0.08333333 0.0
## Dactylis.glomerata          0.13888889 0.2
## Dactylorhiza.fuchsii        0.05555556 0.0
## Danthonia.decumbens         0.02777778 0.0
## Daucus.carrota              0.05555556 0.0
## Dicranella.spp.             0.00000000 0.2
## Dicranum.scoparium          0.13888889 0.0
## Epilobium.montanum          0.08333333 0.0
## Equisetum.arvense           0.05555556 0.2
## Equisteum.variegatum        0.02777778 0.0
## Erigeron.acer               0.05555556 0.0
## Euphrasia.agg               0.30555556 0.0
## Festuca.ovina               0.16666667 0.2
## Festuca.rubra               0.38888889 0.2
## Festuca.rubra.agg.          0.02777778 0.0
## Filipendula.ulmaria         0.08333333 0.0
## Fissidens.adianthoides      0.02777778 0.0
## Fissidens.dubius            0.05555556 0.0
## Fissidens.exilis            0.00000000 0.2
## Fragaria.vesca              0.16666667 0.0
## Galium.aparine              0.02777778 0.0
## Galium.arvense              0.02777778 0.0
## Galium.saxatile             0.00000000 0.2
## Galium.verum                0.11111111 0.0
## Geum.urbanum                0.02777778 0.0
## Glechoma.hederacea          0.02777778 0.0
## Helicotrichon.spp.          0.02777778 0.0
## Heracleum.sphondylium       0.08333333 0.0
## Hieracium.spp.              0.02777778 0.0
## Holcus.spp.                 0.52777778 0.4
## Holcus.lanatus              0.30555556 0.2
## Holcus.mollis               0.13888889 0.2
## Homalothecium.lutescens     0.02777778 0.2
## Hylocomium.splendens        0.19444444 0.0
## Hypericum.perforatum        0.16666667 0.0
## Hypnum.cupressiforme        0.25000000 0.2
## Hypnum.imponens             0.02777778 0.0
## Hypnum.jutlandicum          0.08333333 0.0
## Hypochaeris.radicata        0.00000000 0.2
## Kindbergia.praelonga        0.13888889 0.2
## Lathyrus.pratensis          0.08333333 0.0
## Leontodon.hispidus          0.13888889 0.0
## Leontodon.saxatilis         0.02777778 0.0
## Leucanthemum.vulgare        0.36111111 0.2
## Linum.catharticum           0.13888889 0.0
## Lolium.perenne              0.11111111 0.0
## Lophocolea.semiteres        0.02777778 0.0
## Lotus.corniculatus          0.44444444 0.4
## Luzula.multiflora           0.02777778 0.0
## Lysimachia.maritima         0.05555556 0.0
## Medicago.lupulina           0.13888889 0.0
## Myosotis.arvensis           0.08333333 0.4
## Ononis.repens               0.19444444 0.2
## Oxalis.acetosella           0.02777778 0.0
## Pastinaca.sativa            0.02777778 0.0
## Pentaglottis.sempervirens   0.02777778 0.0
## Pillosella.officinarum      0.25000000 0.6
## Plantago.coronopus          0.08333333 0.2
## Plantago.lanceolata         0.36111111 0.0
## Pleurozium.schreberi        0.11111111 0.0
## Poa.annua                   0.08333333 0.0
## Poa.spp.                    0.02777778 0.0
## Polytrichum.commune         0.02777778 0.0
## Polytrichum.commune.agg.    0.02777778 0.0
## Polytrichum.formosum        0.02777778 0.0
## Potentilla.reptans          0.11111111 0.0
## Prunella.vulgaris           0.13888889 0.0
## Pseudoscleropidum.purum     0.19444444 0.2
## Pteridium.aquilinum         0.08333333 0.0
## Ranunculus.acris            0.02777778 0.0
## Ranunculus.repens           0.05555556 0.2
## Reseda.lutea                0.02777778 0.0
## Rhinanthus.minor            0.02777778 0.0
## Rhizomnium.punctatum        0.02777778 0.0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.30555556 0.4
## Rhytidadelphus.triquetris   0.05555556 0.0
## Rubus.fruticosus            0.05555556 0.0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.05555556 0.0
## Saniona.uncinata            0.05555556 0.0
## Sedum.anglicum              0.02777778 0.0
## Senecio.jacobaea            0.05555556 0.0
## Senecio.vulgaris            0.02777778 0.0
## Sonchus.arvensis            0.02777778 0.0
## Stachys.sylvatica           0.05555556 0.0
## Stellaria.apetala           0.02777778 0.0
## Taraxacum.agg.              0.25000000 0.4
## Thuidium.tamariscinum       0.08333333 0.0
## Thymus.polytrichus          0.16666667 0.4
## Trichostomum.crispulum      0.13888889 0.2
## Trifolium.campestre         0.16666667 0.2
## Trifolium.dubium            0.02777778 0.2
## Trifolium.pratense          0.11111111 0.0
## Trifolium.repens            0.11111111 0.2
## Trisetum.flavescens         0.11111111 0.0
## Tussilago.farfara           0.05555556 0.2
## Urtica.diocia               0.08333333 0.2
## Veronica.officinalis        0.02777778 0.0
## Vicia.sativa                0.02777778 0.0
## Viola.riviniana             0.02777778 0.0
## Weissia.controversa         0.02777778 0.0
## Zygodon.stirtonii           0.02777778 0.0
## 
## $relabu
##                                       1          5
## Agrostis.spp.               0.238095238 0.76190476
## Agrostis.canina             1.000000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           1.000000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         1.000000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         0.121951220 0.87804878
## Anthoxanthum.odoratum       1.000000000 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        1.000000000 0.00000000
## Aphanes.arvensis            1.000000000 0.00000000
## Arrhenatherum.elatius       1.000000000 0.00000000
## Atrichum.undulatum          1.000000000 0.00000000
## Avenula.pratensis           1.000000000 0.00000000
## Bellis.perennis             1.000000000 0.00000000
## Betula.pubescens            1.000000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.glareosum     1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     1.000000000 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.492957746 0.50704225
## Briza.media                 0.692599620 0.30740038
## Bromus.hordeaceus           1.000000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.000000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.162790698 0.83720930
## Bryum.capillare             1.000000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  1.000000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.300353357 0.69964664
## Calypogeia.arguta           0.486935867 0.51306413
## Campanula.rotundifolia      1.000000000 0.00000000
## Carex.distans               1.000000000 0.00000000
## Carex.flacca                1.000000000 0.00000000
## Carex.panicea               1.000000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.377969762 0.62203024
## Centaurea.nigra             1.000000000 0.00000000
## Centaurium.erythraea        1.000000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        1.000000000 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       1.000000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.433070866 0.56692913
## Chamaenerion.angustifolium  1.000000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.000000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             0.108359133 0.89164087
## Cirsium.palustre            1.000000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           1.000000000 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         1.000000000 0.00000000
## Dactylis.glomerata          0.730337079 0.26966292
## Dactylorhiza.fuchsii        1.000000000 0.00000000
## Danthonia.decumbens         1.000000000 0.00000000
## Daucus.carrota              1.000000000 0.00000000
## Dicranella.spp.             0.000000000 1.00000000
## Dicranum.scoparium          1.000000000 0.00000000
## Epilobium.montanum          1.000000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           0.671981777 0.32801822
## Equisteum.variegatum        1.000000000 0.00000000
## Erigeron.acer               1.000000000 0.00000000
## Euphrasia.agg               1.000000000 0.00000000
## Festuca.ovina               0.466520307 0.53347969
## Festuca.rubra               0.545483975 0.45451602
## Festuca.rubra.agg.          1.000000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         1.000000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      1.000000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            1.000000000 0.00000000
## Fissidens.exilis            0.000000000 1.00000000
## Fragaria.vesca              1.000000000 0.00000000
## Galium.aparine              1.000000000 0.00000000
## Galium.arvense              1.000000000 0.00000000
## Galium.saxatile             0.000000000 1.00000000
## Galium.verum                1.000000000 0.00000000
## Geum.urbanum                1.000000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          1.000000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          1.000000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       1.000000000 0.00000000
## Hieracium.spp.              1.000000000 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.462017435 0.53798257
## Holcus.lanatus              0.545454545 0.45454545
## Holcus.mollis               0.887412041 0.11258796
## Homalothecium.lutescens     0.008605852 0.99139415
## Hylocomium.splendens        1.000000000 0.00000000
## Hypericum.perforatum        1.000000000 0.00000000
## Hypnum.cupressiforme        0.294117647 0.70588235
## Hypnum.imponens             1.000000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          1.000000000 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        0.000000000 1.00000000
## Kindbergia.praelonga        0.307692308 0.69230769
## Lathyrus.pratensis          1.000000000 0.00000000
## Leontodon.hispidus          1.000000000 0.00000000
## Leontodon.saxatilis         1.000000000 0.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.930902111 0.06909789
## Linum.catharticum           1.000000000 0.00000000
## Lolium.perenne              1.000000000 0.00000000
## Lophocolea.semiteres        1.000000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.757290687 0.24270931
## Luzula.multiflora           1.000000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         1.000000000 0.00000000
## Medicago.lupulina           1.000000000 0.00000000
## Myosotis.arvensis           0.151515152 0.84848485
## Ononis.repens               0.959021059 0.04097894
## Oxalis.acetosella           1.000000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            1.000000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.000000000 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.078793336 0.92120666
## Plantago.coronopus          0.546719682 0.45328032
## Plantago.lanceolata         1.000000000 0.00000000
## Pleurozium.schreberi        1.000000000 0.00000000
## Poa.annua                   1.000000000 0.00000000
## Poa.spp.                    1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.000000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        1.000000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          1.000000000 0.00000000
## Prunella.vulgaris           1.000000000 0.00000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.741626794 0.25837321
## Pteridium.aquilinum         1.000000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            1.000000000 0.00000000
## Ranunculus.repens           0.795454545 0.20454545
## Reseda.lutea                1.000000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            1.000000000 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        1.000000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.488454707 0.51154529
## Rhytidadelphus.triquetris   1.000000000 0.00000000
## Rubus.fruticosus            1.000000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.000000000 0.00000000
## Saniona.uncinata            1.000000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              1.000000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            1.000000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            1.000000000 0.00000000
## Sonchus.arvensis            1.000000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           1.000000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           1.000000000 0.00000000
## Taraxacum.agg.              0.604395604 0.39560440
## Thuidium.tamariscinum       1.000000000 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.714721122 0.28527888
## Trichostomum.crispulum      0.318416523 0.68158348
## Trifolium.campestre         0.654261705 0.34573830
## Trifolium.dubium            0.160142349 0.83985765
## Trifolium.pratense          1.000000000 0.00000000
## Trifolium.repens            0.259975816 0.74002418
## Trisetum.flavescens         1.000000000 0.00000000
## Tussilago.farfara           0.384615385 0.61538462
## Urtica.diocia               0.681818182 0.31818182
## Veronica.officinalis        1.000000000 0.00000000
## Vicia.sativa                1.000000000 0.00000000
## Viola.riviniana             1.000000000 0.00000000
## Weissia.controversa         1.000000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           1.000000000 0.00000000
## 
## $indval
##                                        1           5
## Agrostis.spp.               0.0462962963 0.152380952
## Agrostis.canina             0.0277777778 0.000000000
## Alchemilla.mollis           0.0277777778 0.000000000
## Alopercus.pratensis         0.0277777778 0.000000000
## Angelica.sylvestris         0.0033875339 0.175609756
## Anthoxanthum.odoratum       0.1666666667 0.000000000
## Anthyllis.vulneraria        0.1388888889 0.000000000
## Aphanes.arvensis            0.0833333333 0.000000000
## Arrhenatherum.elatius       0.2222222222 0.000000000
## Atrichum.undulatum          0.0555555556 0.000000000
## Avenula.pratensis           0.0277777778 0.000000000
## Bellis.perennis             0.3333333333 0.000000000
## Betula.pubescens            0.0277777778 0.000000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0277777778 0.000000000
## Brachythecium.albicans      0.0277777778 0.000000000
## Brachythecium.glareosum     0.0277777778 0.000000000
## Brachythecium.mildeanum     0.1111111111 0.000000000
## Brachythecium.rutabulum     0.0684663537 0.101408451
## Briza.media                 0.0384777567 0.061480076
## Bromus.hordeaceus           0.0277777778 0.000000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0277777778 0.000000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0090439276 0.167441860
## Bryum.capillare             0.0277777778 0.000000000
## Bryum.spp.                  0.0833333333 0.000000000
## Calliergonella.cupsidata    0.1084609344 0.279858657
## Calypogeia.arguta           0.0946819741 0.102612827
## Campanula.rotundifolia      0.0277777778 0.000000000
## Carex.distans               0.0555555556 0.000000000
## Carex.flacca                0.1944444444 0.000000000
## Carex.panicea               0.0277777778 0.000000000
## Carlina.vulgaris            0.0839932805 0.248812095
## Centaurea.nigra             0.0555555556 0.000000000
## Centaurium.erythraea        0.0555555556 0.000000000
## Centaurium.littorale        0.1111111111 0.000000000
## Centaurium.pulchellum       0.0277777778 0.000000000
## Cerastium.fontanum          0.0721784777 0.113385827
## Chamaenerion.angustifolium  0.0277777778 0.000000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0277777778 0.000000000
## Cirsium.arvense             0.0060199518 0.178328173
## Cirsium.palustre            0.0555555556 0.000000000
## Crepis.capillaris           0.0555555556 0.000000000
## Cynosurus.cristatus         0.0833333333 0.000000000
## Dactylis.glomerata          0.1014357054 0.053932584
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0555555556 0.000000000
## Danthonia.decumbens         0.0277777778 0.000000000
## Daucus.carrota              0.0555555556 0.000000000
## Dicranella.spp.             0.0000000000 0.200000000
## Dicranum.scoparium          0.1388888889 0.000000000
## Epilobium.montanum          0.0833333333 0.000000000
## Equisetum.arvense           0.0373323209 0.065603645
## Equisteum.variegatum        0.0277777778 0.000000000
## Erigeron.acer               0.0555555556 0.000000000
## Euphrasia.agg               0.3055555556 0.000000000
## Festuca.ovina               0.0777533846 0.106695939
## Festuca.rubra               0.2121326571 0.090903205
## Festuca.rubra.agg.          0.0277777778 0.000000000
## Filipendula.ulmaria         0.0833333333 0.000000000
## Fissidens.adianthoides      0.0277777778 0.000000000
## Fissidens.dubius            0.0555555556 0.000000000
## Fissidens.exilis            0.0000000000 0.200000000
## Fragaria.vesca              0.1666666667 0.000000000
## Galium.aparine              0.0277777778 0.000000000
## Galium.arvense              0.0277777778 0.000000000
## Galium.saxatile             0.0000000000 0.200000000
## Galium.verum                0.1111111111 0.000000000
## Geum.urbanum                0.0277777778 0.000000000
## Glechoma.hederacea          0.0277777778 0.000000000
## Helicotrichon.spp.          0.0277777778 0.000000000
## Heracleum.sphondylium       0.0833333333 0.000000000
## Hieracium.spp.              0.0277777778 0.000000000
## Holcus.spp.                 0.2438425349 0.215193026
## Holcus.lanatus              0.1666666667 0.090909091
## Holcus.mollis               0.1232516723 0.022517592
## Homalothecium.lutescens     0.0002390514 0.198278830
## Hylocomium.splendens        0.1944444444 0.000000000
## Hypericum.perforatum        0.1666666667 0.000000000
## Hypnum.cupressiforme        0.0735294118 0.141176471
## Hypnum.imponens             0.0277777778 0.000000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0833333333 0.000000000
## Hypochaeris.radicata        0.0000000000 0.200000000
## Kindbergia.praelonga        0.0427350427 0.138461538
## Lathyrus.pratensis          0.0833333333 0.000000000
## Leontodon.hispidus          0.1388888889 0.000000000
## Leontodon.saxatilis         0.0277777778 0.000000000
## Leucanthemum.vulgare        0.3361590958 0.013819578
## Linum.catharticum           0.1388888889 0.000000000
## Lolium.perenne              0.1111111111 0.000000000
## Lophocolea.semiteres        0.0277777778 0.000000000
## Lotus.corniculatus          0.3365736385 0.097083725
## Luzula.multiflora           0.0277777778 0.000000000
## Lysimachia.maritima         0.0555555556 0.000000000
## Medicago.lupulina           0.1388888889 0.000000000
## Myosotis.arvensis           0.0126262626 0.339393939
## Ononis.repens               0.1864763170 0.008195788
## Oxalis.acetosella           0.0277777778 0.000000000
## Pastinaca.sativa            0.0277777778 0.000000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0277777778 0.000000000
## Pillosella.officinarum      0.0196983341 0.552723998
## Plantago.coronopus          0.0455599735 0.090656064
## Plantago.lanceolata         0.3611111111 0.000000000
## Pleurozium.schreberi        0.1111111111 0.000000000
## Poa.annua                   0.0833333333 0.000000000
## Poa.spp.                    0.0277777778 0.000000000
## Polytrichum.commune         0.0277777778 0.000000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0277777778 0.000000000
## Polytrichum.formosum        0.0277777778 0.000000000
## Potentilla.reptans          0.1111111111 0.000000000
## Prunella.vulgaris           0.1388888889 0.000000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.1442052100 0.051674641
## Pteridium.aquilinum         0.0833333333 0.000000000
## Ranunculus.acris            0.0277777778 0.000000000
## Ranunculus.repens           0.0441919192 0.040909091
## Reseda.lutea                0.0277777778 0.000000000
## Rhinanthus.minor            0.0277777778 0.000000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0277777778 0.000000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.1492500493 0.204618117
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0555555556 0.000000000
## Rubus.fruticosus            0.0555555556 0.000000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0555555556 0.000000000
## Saniona.uncinata            0.0555555556 0.000000000
## Sedum.anglicum              0.0277777778 0.000000000
## Senecio.jacobaea            0.0555555556 0.000000000
## Senecio.vulgaris            0.0277777778 0.000000000
## Sonchus.arvensis            0.0277777778 0.000000000
## Stachys.sylvatica           0.0555555556 0.000000000
## Stellaria.apetala           0.0277777778 0.000000000
## Taraxacum.agg.              0.1510989011 0.158241758
## Thuidium.tamariscinum       0.0833333333 0.000000000
## Thymus.polytrichus          0.1191201869 0.114111551
## Trichostomum.crispulum      0.0442245171 0.136316695
## Trifolium.campestre         0.1090436174 0.069147659
## Trifolium.dubium            0.0044483986 0.167971530
## Trifolium.pratense          0.1111111111 0.000000000
## Trifolium.repens            0.0288862018 0.148004837
## Trisetum.flavescens         0.1111111111 0.000000000
## Tussilago.farfara           0.0213675214 0.123076923
## Urtica.diocia               0.0568181818 0.063636364
## Veronica.officinalis        0.0277777778 0.000000000
## Vicia.sativa                0.0277777778 0.000000000
## Viola.riviniana             0.0277777778 0.000000000
## Weissia.controversa         0.0277777778 0.000000000
## Zygodon.stirtonii           0.0277777778 0.000000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           2                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           2                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           2 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           2                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           2 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           2                           2 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           2                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           2                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           2                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           2 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           2 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           2 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           2 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           2 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           2 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           2                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           2                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           2 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           2                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           2 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           2                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           2 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           2 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           2 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           2 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           2                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.15238095                  0.02777778 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.17560976                  0.16666667 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.13888889                  0.08333333 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.22222222                  0.05555556 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.02777778                  0.33333333 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.11111111                  0.10140845 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.06148008                  0.02777778 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.02777778                  0.16744186 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.02777778                  0.08333333 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.27985866                  0.10261283 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.02777778                  0.05555556 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.19444444                  0.02777778 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.24881210                  0.05555556 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.05555556                  0.11111111 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.02777778                  0.11338583 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.17832817                  0.05555556 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.05555556                  0.08333333 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.10143571                  0.05555556 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.02777778                  0.05555556 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.20000000                  0.13888889 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.08333333                  0.06560364 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.02777778                  0.05555556 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.30555556                  0.10669594 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.21213266                  0.02777778 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.08333333                  0.02777778 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.05555556                  0.20000000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.16666667                  0.02777778 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.02777778                  0.20000000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.11111111                  0.02777778 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.08333333                  0.02777778 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.24384253                  0.16666667 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.12325167                  0.19827883 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.19444444                  0.16666667 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.14117647                  0.02777778 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.08333333                  0.20000000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.13846154                  0.08333333 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.13888889                  0.02777778 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.33615910                  0.13888889 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.11111111                  0.02777778 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.33657364                  0.02777778 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.05555556                  0.13888889 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.33939394                  0.18647632 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.02777778                  0.55272400 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.09065606                  0.36111111 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.11111111                  0.08333333 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.11111111                  0.13888889 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.14420521                  0.08333333 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.02777778                  0.04419192 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.02777778                  0.20461812 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.05555556                  0.05555556 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.05555556                  0.05555556 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.02777778                  0.05555556 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.05555556                  0.02777778 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.15824176                  0.08333333 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.11912019                  0.13631670 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.10904362                  0.16797153 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.11111111                  0.14800484 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.11111111                  0.12307692 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.06363636                  0.02777778 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.02777778                  0.02777778 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.773                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       0.227                       0.569 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.763                       0.912 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.437                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.273 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       0.814                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       0.904                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       0.235 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.523                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.508                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.437                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       0.916 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.700 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       0.133                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.925                       0.881 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       0.103                       0.687 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       0.906                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.328                       0.867 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.801                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       0.138 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.574                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       0.116 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.814                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.976                       0.855 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.856                       0.136 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.558                       0.576 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.867                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       0.901                       0.127 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       0.801                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       0.758                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.330                       0.841 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       0.714                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.519                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       0.890                       0.670 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       0.069                       0.727 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.018 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.930                       0.237 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.907                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.749                       0.698 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.713                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.727 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.878                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.950                       0.722 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.944                       0.226 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       0.839                       0.246 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.722                       0.220 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Blackstonia perfoliata, Bryum capillare, Festuca rubra agg. and Polytrichum formosum all #have indval scores of 0.5, and they all have similar p values. These four species are all #reported as indicator species for Phengite.

clustPhengite <-cut(PlantChemistry1$Phengite, 5, labels=FALSE)
PhengiteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustPhengite, type= "long")
gr <- PhengiteIndval$maxcls[PhengiteIndval$pval<=0.05]
iv <- PhengiteIndval$indcls[PhengiteIndval$pval<=0.05]
pv <- PhengiteIndval$pval[PhengiteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[PhengiteIndval$pval<=0.05]
PhengiteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
PhengiteIndvalsummary <- PhengiteIndvalsummary [order
               (PhengiteIndvalsummary$group,   -PhengiteIndvalsummary$indval),]
print(PhengiteIndvalsummary)
##                        group    indval pvalue freq
## Blackstonia.perfoliata     2 0.5000000  0.041    1
## Bryum.capillare            2 0.5000000  0.042    3
## Festuca.rubra.agg.         2 0.5000000  0.046    3
## Trisetum.flavescens        2 0.4989599  0.044    3
## Centaurium.erythraea       2 0.4981752  0.048    4
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustPhengite))
##                        cluster indicator_value probability
## Blackstonia.perfoliata       2          0.5000       0.050
## Bryum.capillare              2          0.5000       0.049
## Trisetum.flavescens          2          0.4990       0.042
## Centaurium.erythraea         2          0.4982       0.045
## 
## Sum of probabilities                 =  118.424 
## 
## Sum of Indicator Values              =  19.62 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  2 
## 
## Number of Significant Indicators     =  4 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 4
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustPhengite))
## $relfrq
##                                      1   5
## Agrostis.spp.               0.17948718 0.5
## Agrostis.canina             0.02564103 0.0
## Alchemilla.mollis           0.02564103 0.0
## Alopercus.pratensis         0.02564103 0.0
## Angelica.sylvestris         0.05128205 0.0
## Anthoxanthum.odoratum       0.12820513 0.5
## Anthyllis.vulneraria        0.12820513 0.0
## Aphanes.arvensis            0.05128205 0.5
## Arrhenatherum.elatius       0.20512821 0.0
## Atrichum.undulatum          0.05128205 0.0
## Avenula.pratensis           0.02564103 0.0
## Bellis.perennis             0.28205128 0.5
## Betula.pubescens            0.02564103 0.0
## Blackstonia.perfoliata      0.00000000 0.5
## Brachythecium.albicans      0.02564103 0.0
## Brachythecium.glareosum     0.02564103 0.0
## Brachythecium.mildeanum     0.10256410 0.0
## Brachythecium.rutabulum     0.15384615 0.0
## Briza.media                 0.07692308 0.0
## Bromus.hordeaceus           0.02564103 0.0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.02564103 0.0
## Bryum.c.f..pallescens       0.07692308 0.0
## Bryum.capillare             0.00000000 0.5
## Bryum.spp.                  0.07692308 0.0
## Calliergonella.cupsidata    0.38461538 0.0
## Calypogeia.arguta           0.17948718 0.5
## Campanula.rotundifolia      0.02564103 0.0
## Carex.distans               0.05128205 0.0
## Carex.flacca                0.15384615 0.5
## Carex.panicea               0.02564103 0.0
## Carlina.vulgaris            0.25641026 0.0
## Centaurea.nigra             0.05128205 0.0
## Centaurium.erythraea        0.02564103 0.5
## Centaurium.littorale        0.10256410 0.0
## Centaurium.pulchellum       0.02564103 0.0
## Cerastium.fontanum          0.15384615 0.5
## Chamaenerion.angustifolium  0.02564103 0.0
## Cirriphyllum.piliferum      0.02564103 0.0
## Cirsium.arvense             0.07692308 0.0
## Cirsium.palustre            0.05128205 0.0
## Crepis.capillaris           0.05128205 0.0
## Cynosurus.cristatus         0.05128205 0.5
## Dactylis.glomerata          0.15384615 0.0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.05128205 0.0
## Danthonia.decumbens         0.02564103 0.0
## Daucus.carrota              0.05128205 0.0
## Dicranella.spp.             0.02564103 0.0
## Dicranum.scoparium          0.10256410 0.5
## Epilobium.montanum          0.07692308 0.0
## Equisetum.arvense           0.07692308 0.0
## Equisteum.variegatum        0.02564103 0.0
## Erigeron.acer               0.05128205 0.0
## Euphrasia.agg               0.25641026 0.5
## Festuca.ovina               0.17948718 0.0
## Festuca.rubra               0.35897436 0.5
## Festuca.rubra.agg.          0.00000000 0.5
## Filipendula.ulmaria         0.07692308 0.0
## Fissidens.adianthoides      0.02564103 0.0
## Fissidens.dubius            0.05128205 0.0
## Fissidens.exilis            0.02564103 0.0
## Fragaria.vesca              0.12820513 0.5
## Galium.aparine              0.02564103 0.0
## Galium.arvense              0.02564103 0.0
## Galium.saxatile             0.02564103 0.0
## Galium.verum                0.10256410 0.0
## Geum.urbanum                0.02564103 0.0
## Glechoma.hederacea          0.02564103 0.0
## Helicotrichon.spp.          0.02564103 0.0
## Heracleum.sphondylium       0.07692308 0.0
## Hieracium.spp.              0.02564103 0.0
## Holcus.spp.                 0.51282051 0.5
## Holcus.lanatus              0.28205128 0.5
## Holcus.mollis               0.15384615 0.0
## Homalothecium.lutescens     0.05128205 0.0
## Hylocomium.splendens        0.15384615 0.5
## Hypericum.perforatum        0.12820513 0.5
## Hypnum.cupressiforme        0.23076923 0.5
## Hypnum.imponens             0.02564103 0.0
## Hypnum.jutlandicum          0.05128205 0.5
## Hypochaeris.radicata        0.02564103 0.0
## Kindbergia.praelonga        0.15384615 0.0
## Lathyrus.pratensis          0.07692308 0.0
## Leontodon.hispidus          0.12820513 0.0
## Leontodon.saxatilis         0.02564103 0.0
## Leucanthemum.vulgare        0.33333333 0.5
## Linum.catharticum           0.12820513 0.0
## Lolium.perenne              0.10256410 0.0
## Lophocolea.semiteres        0.02564103 0.0
## Lotus.corniculatus          0.41025641 1.0
## Luzula.multiflora           0.02564103 0.0
## Lysimachia.maritima         0.05128205 0.0
## Medicago.lupulina           0.12820513 0.0
## Myosotis.arvensis           0.12820513 0.0
## Ononis.repens               0.17948718 0.5
## Oxalis.acetosella           0.02564103 0.0
## Pastinaca.sativa            0.02564103 0.0
## Pentaglottis.sempervirens   0.02564103 0.0
## Pillosella.officinarum      0.30769231 0.0
## Plantago.coronopus          0.10256410 0.0
## Plantago.lanceolata         0.30769231 0.5
## Pleurozium.schreberi        0.07692308 0.5
## Poa.annua                   0.07692308 0.0
## Poa.spp.                    0.02564103 0.0
## Polytrichum.commune         0.02564103 0.0
## Polytrichum.commune.agg.    0.02564103 0.0
## Polytrichum.formosum        0.00000000 0.5
## Potentilla.reptans          0.07692308 0.5
## Prunella.vulgaris           0.12820513 0.0
## Pseudoscleropidum.purum     0.20512821 0.0
## Pteridium.aquilinum         0.07692308 0.0
## Ranunculus.acris            0.02564103 0.0
## Ranunculus.repens           0.07692308 0.0
## Reseda.lutea                0.02564103 0.0
## Rhinanthus.minor            0.02564103 0.0
## Rhizomnium.punctatum        0.02564103 0.0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.33333333 0.0
## Rhytidadelphus.triquetris   0.05128205 0.0
## Rubus.fruticosus            0.05128205 0.0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.05128205 0.0
## Saniona.uncinata            0.05128205 0.0
## Sedum.anglicum              0.02564103 0.0
## Senecio.jacobaea            0.05128205 0.0
## Senecio.vulgaris            0.02564103 0.0
## Sonchus.arvensis            0.02564103 0.0
## Stachys.sylvatica           0.05128205 0.0
## Stellaria.apetala           0.02564103 0.0
## Taraxacum.agg.              0.28205128 0.0
## Thuidium.tamariscinum       0.07692308 0.0
## Thymus.polytrichus          0.20512821 0.0
## Trichostomum.crispulum      0.15384615 0.0
## Trifolium.campestre         0.17948718 0.0
## Trifolium.dubium            0.05128205 0.0
## Trifolium.pratense          0.10256410 0.0
## Trifolium.repens            0.12820513 0.0
## Trisetum.flavescens         0.07692308 0.5
## Tussilago.farfara           0.07692308 0.0
## Urtica.diocia               0.10256410 0.0
## Veronica.officinalis        0.02564103 0.0
## Vicia.sativa                0.02564103 0.0
## Viola.riviniana             0.02564103 0.0
## Weissia.controversa         0.02564103 0.0
## Zygodon.stirtonii           0.02564103 0.0
## 
## $relabu
##                                       1         5
## Agrostis.spp.               0.351201479 0.6487985
## Agrostis.canina             1.000000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.000000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         1.000000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         1.000000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.398972603 0.6010274
## Anthyllis.vulneraria        1.000000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            0.109589041 0.8904110
## Arrhenatherum.elatius       1.000000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          1.000000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.000000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.635514019 0.3644860
## Betula.pubescens            1.000000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.000000000 1.0000000
## Brachythecium.albicans      1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.000000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.000000000 0.0000000
## Briza.media                 1.000000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           1.000000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.000000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.000000000 0.0000000
## Bryum.capillare             0.000000000 1.0000000
## Bryum.spp.                  1.000000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    1.000000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           0.535714286 0.4642857
## Campanula.rotundifolia      1.000000000 0.0000000
## Carex.distans               1.000000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.169329073 0.8306709
## Carex.panicea               1.000000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            1.000000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             1.000000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.003649635 0.9963504
## Centaurium.littorale        1.000000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       1.000000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.056451613 0.9435484
## Chamaenerion.angustifolium  1.000000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.000000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.000000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.000000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.000000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.193103448 0.8068966
## Dactylis.glomerata          1.000000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.000000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.000000000 0.0000000
## Daucus.carrota              1.000000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             1.000000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.213709677 0.7862903
## Epilobium.montanum          1.000000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           1.000000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.000000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.000000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.455089820 0.5449102
## Festuca.ovina               1.000000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.490721649 0.5092784
## Festuca.rubra.agg.          0.000000000 1.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.000000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.000000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.000000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.000000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.306828812 0.6931712
## Galium.aparine              1.000000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.000000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.000000000 0.0000000
## Galium.verum                1.000000000 0.0000000
## Geum.urbanum                1.000000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.000000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.000000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.000000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              1.000000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.587155963 0.4128440
## Holcus.lanatus              0.093550261 0.9064497
## Holcus.mollis               1.000000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     1.000000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.243085881 0.7569141
## Hypericum.perforatum        0.078740157 0.9212598
## Hypnum.cupressiforme        0.751592357 0.2484076
## Hypnum.imponens             1.000000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.250000000 0.7500000
## Hypochaeris.radicata        1.000000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.000000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.000000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          1.000000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         1.000000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.221038615 0.7789614
## Linum.catharticum           1.000000000 0.0000000
## Lolium.perenne              1.000000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        1.000000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.250860092 0.7491399
## Luzula.multiflora           1.000000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.000000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.000000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.000000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.058684335 0.9413157
## Oxalis.acetosella           1.000000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.000000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.000000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      1.000000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          1.000000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.708229426 0.2917706
## Pleurozium.schreberi        0.597938144 0.4020619
## Poa.annua                   1.000000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.000000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.000000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.000000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.000000000 1.0000000
## Potentilla.reptans          0.688000000 0.3120000
## Prunella.vulgaris           1.000000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     1.000000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         1.000000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.000000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.000000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.000000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.000000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.000000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   1.000000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   1.000000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.000000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.000000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.000000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.000000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.000000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.000000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.000000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.000000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.000000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              1.000000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       1.000000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          1.000000000 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      1.000000000 0.0000000
## Trifolium.campestre         1.000000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            1.000000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.000000000 0.0000000
## Trifolium.repens            1.000000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.002080300 0.9979197
## Tussilago.farfara           1.000000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.000000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.000000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.000000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.000000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.000000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.000000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                        1         5
## Agrostis.spp.               6.303616e-02 0.3243993
## Agrostis.canina             2.564103e-02 0.0000000
## Alchemilla.mollis           2.564103e-02 0.0000000
## Alopercus.pratensis         2.564103e-02 0.0000000
## Angelica.sylvestris         5.128205e-02 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       5.115033e-02 0.3005137
## Anthyllis.vulneraria        1.282051e-01 0.0000000
## Aphanes.arvensis            5.619951e-03 0.4452055
## Arrhenatherum.elatius       2.051282e-01 0.0000000
## Atrichum.undulatum          5.128205e-02 0.0000000
## Avenula.pratensis           2.564103e-02 0.0000000
## Bellis.perennis             1.792475e-01 0.1822430
## Betula.pubescens            2.564103e-02 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.000000e+00 0.5000000
## Brachythecium.albicans      2.564103e-02 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     2.564103e-02 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.025641e-01 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.538462e-01 0.0000000
## Briza.media                 7.692308e-02 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           2.564103e-02 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     2.564103e-02 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       7.692308e-02 0.0000000
## Bryum.capillare             0.000000e+00 0.5000000
## Bryum.spp.                  7.692308e-02 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    3.846154e-01 0.0000000
## Calypogeia.arguta           9.615385e-02 0.2321429
## Campanula.rotundifolia      2.564103e-02 0.0000000
## Carex.distans               5.128205e-02 0.0000000
## Carex.flacca                2.605063e-02 0.4153355
## Carex.panicea               2.564103e-02 0.0000000
## Carlina.vulgaris            2.564103e-01 0.0000000
## Centaurea.nigra             5.128205e-02 0.0000000
## Centaurium.erythraea        9.358039e-05 0.4981752
## Centaurium.littorale        1.025641e-01 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       2.564103e-02 0.0000000
## Cerastium.fontanum          8.684864e-03 0.4717742
## Chamaenerion.angustifolium  2.564103e-02 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      2.564103e-02 0.0000000
## Cirsium.arvense             7.692308e-02 0.0000000
## Cirsium.palustre            5.128205e-02 0.0000000
## Crepis.capillaris           5.128205e-02 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         9.902741e-03 0.4034483
## Dactylis.glomerata          1.538462e-01 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        5.128205e-02 0.0000000
## Danthonia.decumbens         2.564103e-02 0.0000000
## Daucus.carrota              5.128205e-02 0.0000000
## Dicranella.spp.             2.564103e-02 0.0000000
## Dicranum.scoparium          2.191894e-02 0.3931452
## Epilobium.montanum          7.692308e-02 0.0000000
## Equisetum.arvense           7.692308e-02 0.0000000
## Equisteum.variegatum        2.564103e-02 0.0000000
## Erigeron.acer               5.128205e-02 0.0000000
## Euphrasia.agg               1.166897e-01 0.2724551
## Festuca.ovina               1.794872e-01 0.0000000
## Festuca.rubra               1.761565e-01 0.2546392
## Festuca.rubra.agg.          0.000000e+00 0.5000000
## Filipendula.ulmaria         7.692308e-02 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      2.564103e-02 0.0000000
## Fissidens.dubius            5.128205e-02 0.0000000
## Fissidens.exilis            2.564103e-02 0.0000000
## Fragaria.vesca              3.933703e-02 0.3465856
## Galium.aparine              2.564103e-02 0.0000000
## Galium.arvense              2.564103e-02 0.0000000
## Galium.saxatile             2.564103e-02 0.0000000
## Galium.verum                1.025641e-01 0.0000000
## Geum.urbanum                2.564103e-02 0.0000000
## Glechoma.hederacea          2.564103e-02 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          2.564103e-02 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       7.692308e-02 0.0000000
## Hieracium.spp.              2.564103e-02 0.0000000
## Holcus.spp.                 3.011056e-01 0.2064220
## Holcus.lanatus              2.638597e-02 0.4532249
## Holcus.mollis               1.538462e-01 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     5.128205e-02 0.0000000
## Hylocomium.splendens        3.739783e-02 0.3784571
## Hypericum.perforatum        1.009489e-02 0.4606299
## Hypnum.cupressiforme        1.734444e-01 0.1242038
## Hypnum.imponens             2.564103e-02 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.282051e-02 0.3750000
## Hypochaeris.radicata        2.564103e-02 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.538462e-01 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          7.692308e-02 0.0000000
## Leontodon.hispidus          1.282051e-01 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         2.564103e-02 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        7.367954e-02 0.3894807
## Linum.catharticum           1.282051e-01 0.0000000
## Lolium.perenne              1.025641e-01 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        2.564103e-02 0.0000000
## Lotus.corniculatus          1.029170e-01 0.7491399
## Luzula.multiflora           2.564103e-02 0.0000000
## Lysimachia.maritima         5.128205e-02 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.282051e-01 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.282051e-01 0.0000000
## Ononis.repens               1.053309e-02 0.4706578
## Oxalis.acetosella           2.564103e-02 0.0000000
## Pastinaca.sativa            2.564103e-02 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   2.564103e-02 0.0000000
## Pillosella.officinarum      3.076923e-01 0.0000000
## Plantago.coronopus          1.025641e-01 0.0000000
## Plantago.lanceolata         2.179167e-01 0.1458853
## Pleurozium.schreberi        4.599524e-02 0.2010309
## Poa.annua                   7.692308e-02 0.0000000
## Poa.spp.                    2.564103e-02 0.0000000
## Polytrichum.commune         2.564103e-02 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    2.564103e-02 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.000000e+00 0.5000000
## Potentilla.reptans          5.292308e-02 0.1560000
## Prunella.vulgaris           1.282051e-01 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     2.051282e-01 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         7.692308e-02 0.0000000
## Ranunculus.acris            2.564103e-02 0.0000000
## Ranunculus.repens           7.692308e-02 0.0000000
## Reseda.lutea                2.564103e-02 0.0000000
## Rhinanthus.minor            2.564103e-02 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        2.564103e-02 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   3.333333e-01 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   5.128205e-02 0.0000000
## Rubus.fruticosus            5.128205e-02 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 5.128205e-02 0.0000000
## Saniona.uncinata            5.128205e-02 0.0000000
## Sedum.anglicum              2.564103e-02 0.0000000
## Senecio.jacobaea            5.128205e-02 0.0000000
## Senecio.vulgaris            2.564103e-02 0.0000000
## Sonchus.arvensis            2.564103e-02 0.0000000
## Stachys.sylvatica           5.128205e-02 0.0000000
## Stellaria.apetala           2.564103e-02 0.0000000
## Taraxacum.agg.              2.820513e-01 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       7.692308e-02 0.0000000
## Thymus.polytrichus          2.051282e-01 0.0000000
## Trichostomum.crispulum      1.538462e-01 0.0000000
## Trifolium.campestre         1.794872e-01 0.0000000
## Trifolium.dubium            5.128205e-02 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.025641e-01 0.0000000
## Trifolium.repens            1.282051e-01 0.0000000
## Trisetum.flavescens         1.600230e-04 0.4989599
## Tussilago.farfara           7.692308e-02 0.0000000
## Urtica.diocia               1.025641e-01 0.0000000
## Veronica.officinalis        2.564103e-02 0.0000000
## Vicia.sativa                2.564103e-02 0.0000000
## Viola.riviniana             2.564103e-02 0.0000000
## Weissia.controversa         2.564103e-02 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           2.564103e-02 0.0000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           2                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           2 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           2 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           2 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           2 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           2                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           2 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           2                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           2                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           2 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           2 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           2                           2 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           2                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           2                           2 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           2                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           2                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           2                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           2 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           2                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           2 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           2                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           2                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.32439926                  0.02564103 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.05128205                  0.30051370 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.12820513                  0.44520548 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.20512821                  0.05128205 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.02564103                  0.18224299 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.02564103                  0.50000000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.10256410                  0.15384615 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.50000000                  0.07692308 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.38461538                  0.23214286 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.41533546                  0.02564103 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.25641026                  0.05128205 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.49817518                  0.10256410 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.02564103                  0.47177419 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.07692308                  0.05128205 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.05128205                  0.40344828 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.15384615                  0.05128205 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.02564103                  0.39314516 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.07692308                  0.07692308 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.27245509                  0.17948718 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.25463918                  0.50000000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.05128205                  0.02564103 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.34658559                  0.02564103 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.07692308                  0.02564103 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.30110562                  0.45322487 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.15384615                  0.05128205 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.37845706                  0.46062992 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.17344439                  0.02564103 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.37500000                  0.02564103 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.15384615                  0.07692308 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.12820513                  0.02564103 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.38948069                  0.12820513 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.74913991                  0.02564103 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.05128205                  0.12820513 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.12820513                  0.47065783 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.02564103                  0.30769231 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.10256410                  0.21791675 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.20103093                  0.07692308 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.02564103                  0.50000000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.15600000                  0.12820513 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.20512821                  0.07692308 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.02564103                  0.07692308 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.02564103                  0.33333333 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.05128205                  0.05128205 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.05128205                  0.05128205 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.02564103                  0.05128205 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.05128205                  0.02564103 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.28205128                  0.07692308 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.20512821                  0.15384615 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.17948718                  0.05128205 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.10256410                  0.12820513 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.49895985                  0.07692308 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.10256410                  0.02564103 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.02564103                  0.02564103 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.02564103                  0.02564103 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.197                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       0.196 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.953                       0.080 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.887                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       1.000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       0.063 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       0.045                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.554                       0.300 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.105                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.885                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       0.046                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.061 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       0.185 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.909                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       0.157 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.767                       0.926 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.953                       0.050 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.237                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.912                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.835                       0.102 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.907                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.222                       0.058 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       1.000                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       0.085                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.195                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.054                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.075 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.662 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.948                       0.963 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.178                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       0.045 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.174                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.914                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.771 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.816                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.890                       1.000 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.915                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.060                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.960                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Blackstonia perfoliata, Bryum capillare, Festuca rubra agg. and Polytrichum formosum all #have indval scores of 0.5, and they all have similar p values. These four species are all #reported as indicator species for Phengite.

clustPigeonite <-cut(PlantChemistry1$Pigeonite, 5, labels=FALSE)
PigeoniteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustPigeonite, type= "long")
gr <- PigeoniteIndval$maxcls[PigeoniteIndval$pval<=0.05]
iv <- PigeoniteIndval$indcls[PigeoniteIndval$pval<=0.05]
pv <- PigeoniteIndval$pval[PigeoniteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[PigeoniteIndval$pval<=0.05]
PigeoniteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
PigeoniteIndvalsummary <- PigeoniteIndvalsummary [order
                   (PigeoniteIndvalsummary$group,   -PigeoniteIndvalsummary$indval),]
print(PigeoniteIndvalsummary)
##                     group    indval pvalue freq
## Trifolium.campestre     2 0.7552287  0.001    2
## Cerastium.fontanum      2 0.4571429  0.019    1
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustPigeonite))
##                     cluster indicator_value probability
## Trifolium.campestre       2          0.7552       0.002
## Cerastium.fontanum        2          0.4571       0.022
## 
## Sum of probabilities                 =  113.639 
## 
## Sum of Indicator Values              =  15.38 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  1.21 
## 
## Number of Significant Indicators     =  2 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 2
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustPigeonite))
## $relfrq
##                                      1   5
## Agrostis.spp.               0.22222222 0.0
## Agrostis.canina             0.02777778 0.0
## Alchemilla.mollis           0.02777778 0.0
## Alopercus.pratensis         0.02777778 0.0
## Angelica.sylvestris         0.05555556 0.0
## Anthoxanthum.odoratum       0.16666667 0.0
## Anthyllis.vulneraria        0.11111111 0.2
## Aphanes.arvensis            0.05555556 0.2
## Arrhenatherum.elatius       0.19444444 0.2
## Atrichum.undulatum          0.05555556 0.0
## Avenula.pratensis           0.02777778 0.0
## Bellis.perennis             0.27777778 0.4
## Betula.pubescens            0.02777778 0.0
## Blackstonia.perfoliata      0.02777778 0.0
## Brachythecium.albicans      0.00000000 0.2
## Brachythecium.glareosum     0.02777778 0.0
## Brachythecium.mildeanum     0.11111111 0.0
## Brachythecium.rutabulum     0.13888889 0.2
## Briza.media                 0.05555556 0.2
## Bromus.hordeaceus           0.02777778 0.0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.02777778 0.0
## Bryum.c.f..pallescens       0.05555556 0.2
## Bryum.capillare             0.02777778 0.0
## Bryum.spp.                  0.08333333 0.0
## Calliergonella.cupsidata    0.33333333 0.6
## Calypogeia.arguta           0.22222222 0.0
## Campanula.rotundifolia      0.02777778 0.0
## Carex.distans               0.05555556 0.0
## Carex.flacca                0.16666667 0.2
## Carex.panicea               0.02777778 0.0
## Carlina.vulgaris            0.25000000 0.2
## Centaurea.nigra             0.05555556 0.0
## Centaurium.erythraea        0.05555556 0.0
## Centaurium.littorale        0.11111111 0.0
## Centaurium.pulchellum       0.02777778 0.0
## Cerastium.fontanum          0.11111111 0.6
## Chamaenerion.angustifolium  0.02777778 0.0
## Cirriphyllum.piliferum      0.02777778 0.0
## Cirsium.arvense             0.08333333 0.0
## Cirsium.palustre            0.05555556 0.0
## Crepis.capillaris           0.05555556 0.0
## Cynosurus.cristatus         0.05555556 0.2
## Dactylis.glomerata          0.16666667 0.0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.05555556 0.0
## Danthonia.decumbens         0.02777778 0.0
## Daucus.carrota              0.05555556 0.0
## Dicranella.spp.             0.02777778 0.0
## Dicranum.scoparium          0.13888889 0.0
## Epilobium.montanum          0.08333333 0.0
## Equisetum.arvense           0.08333333 0.0
## Equisteum.variegatum        0.02777778 0.0
## Erigeron.acer               0.05555556 0.0
## Euphrasia.agg               0.27777778 0.2
## Festuca.ovina               0.16666667 0.2
## Festuca.rubra               0.33333333 0.6
## Festuca.rubra.agg.          0.02777778 0.0
## Filipendula.ulmaria         0.08333333 0.0
## Fissidens.adianthoides      0.02777778 0.0
## Fissidens.dubius            0.05555556 0.0
## Fissidens.exilis            0.02777778 0.0
## Fragaria.vesca              0.16666667 0.0
## Galium.aparine              0.02777778 0.0
## Galium.arvense              0.02777778 0.0
## Galium.saxatile             0.02777778 0.0
## Galium.verum                0.08333333 0.2
## Geum.urbanum                0.02777778 0.0
## Glechoma.hederacea          0.02777778 0.0
## Helicotrichon.spp.          0.02777778 0.0
## Heracleum.sphondylium       0.08333333 0.0
## Hieracium.spp.              0.02777778 0.0
## Holcus.spp.                 0.47222222 0.8
## Holcus.lanatus              0.27777778 0.4
## Holcus.mollis               0.16666667 0.0
## Homalothecium.lutescens     0.05555556 0.0
## Hylocomium.splendens        0.19444444 0.0
## Hypericum.perforatum        0.16666667 0.0
## Hypnum.cupressiforme        0.25000000 0.2
## Hypnum.imponens             0.02777778 0.0
## Hypnum.jutlandicum          0.08333333 0.0
## Hypochaeris.radicata        0.00000000 0.2
## Kindbergia.praelonga        0.16666667 0.0
## Lathyrus.pratensis          0.05555556 0.2
## Leontodon.hispidus          0.11111111 0.2
## Leontodon.saxatilis         0.00000000 0.2
## Leucanthemum.vulgare        0.33333333 0.4
## Linum.catharticum           0.11111111 0.2
## Lolium.perenne              0.08333333 0.2
## Lophocolea.semiteres        0.02777778 0.0
## Lotus.corniculatus          0.44444444 0.4
## Luzula.multiflora           0.02777778 0.0
## Lysimachia.maritima         0.05555556 0.0
## Medicago.lupulina           0.08333333 0.4
## Myosotis.arvensis           0.13888889 0.0
## Ononis.repens               0.22222222 0.0
## Oxalis.acetosella           0.02777778 0.0
## Pastinaca.sativa            0.02777778 0.0
## Pentaglottis.sempervirens   0.02777778 0.0
## Pillosella.officinarum      0.27777778 0.4
## Plantago.coronopus          0.11111111 0.0
## Plantago.lanceolata         0.30555556 0.4
## Pleurozium.schreberi        0.11111111 0.0
## Poa.annua                   0.08333333 0.0
## Poa.spp.                    0.02777778 0.0
## Polytrichum.commune         0.02777778 0.0
## Polytrichum.commune.agg.    0.02777778 0.0
## Polytrichum.formosum        0.02777778 0.0
## Potentilla.reptans          0.08333333 0.2
## Prunella.vulgaris           0.11111111 0.2
## Pseudoscleropidum.purum     0.22222222 0.0
## Pteridium.aquilinum         0.08333333 0.0
## Ranunculus.acris            0.02777778 0.0
## Ranunculus.repens           0.05555556 0.2
## Reseda.lutea                0.02777778 0.0
## Rhinanthus.minor            0.02777778 0.0
## Rhizomnium.punctatum        0.02777778 0.0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.33333333 0.2
## Rhytidadelphus.triquetris   0.05555556 0.0
## Rubus.fruticosus            0.05555556 0.0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.02777778 0.2
## Saniona.uncinata            0.05555556 0.0
## Sedum.anglicum              0.02777778 0.0
## Senecio.jacobaea            0.05555556 0.0
## Senecio.vulgaris            0.00000000 0.2
## Sonchus.arvensis            0.02777778 0.0
## Stachys.sylvatica           0.05555556 0.0
## Stellaria.apetala           0.00000000 0.2
## Taraxacum.agg.              0.27777778 0.2
## Thuidium.tamariscinum       0.08333333 0.0
## Thymus.polytrichus          0.19444444 0.2
## Trichostomum.crispulum      0.13888889 0.2
## Trifolium.campestre         0.08333333 0.8
## Trifolium.dubium            0.02777778 0.2
## Trifolium.pratense          0.08333333 0.2
## Trifolium.repens            0.08333333 0.4
## Trisetum.flavescens         0.11111111 0.0
## Tussilago.farfara           0.08333333 0.0
## Urtica.diocia               0.11111111 0.0
## Veronica.officinalis        0.02777778 0.0
## Vicia.sativa                0.02777778 0.0
## Viola.riviniana             0.02777778 0.0
## Weissia.controversa         0.02777778 0.0
## Zygodon.stirtonii           0.02777778 0.0
## 
## $relabu
##                                      1          5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.00000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.00000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.00000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.00000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.00000000 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        0.93554163 0.06445837
## Aphanes.arvensis            0.68965517 0.31034483
## Arrhenatherum.elatius       0.90027701 0.09972299
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.00000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.00000000
## Bellis.perennis             0.45454545 0.54545455
## Betula.pubescens            1.00000000 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.00000000 1.00000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.18796992 0.81203008
## Briza.media                 0.69259962 0.30740038
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.12195122 0.87804878
## Bryum.capillare             1.00000000 0.00000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.40983607 0.59016393
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.00000000
## Carex.distans               1.00000000 0.00000000
## Carex.flacca                0.08377519 0.91622481
## Carex.panicea               1.00000000 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.28776978 0.71223022
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.00000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.00000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.23809524 0.76190476
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.00000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.00000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.00000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         0.07384469 0.92615531
## Dactylis.glomerata          1.00000000 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.00000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.00000000
## Daucus.carrota              1.00000000 0.00000000
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.00000000
## Dicranum.scoparium          1.00000000 0.00000000
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.00000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.00000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.00000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.47683924 0.52316076
## Festuca.ovina               0.21610030 0.78389970
## Festuca.rubra               0.27710843 0.72289157
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.00000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.00000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.00000000
## Fragaria.vesca              1.00000000 0.00000000
## Galium.aparine              1.00000000 0.00000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.00000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.00000000
## Galium.verum                0.12684695 0.87315305
## Geum.urbanum                1.00000000 0.00000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.00000000
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.38411246 0.61588754
## Holcus.lanatus              0.49414520 0.50585480
## Holcus.mollis               1.00000000 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     1.00000000 0.00000000
## Hylocomium.splendens        1.00000000 0.00000000
## Hypericum.perforatum        1.00000000 0.00000000
## Hypnum.cupressiforme        0.55555556 0.44444444
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        0.00000000 1.00000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          0.13698630 0.86301370
## Leontodon.hispidus          0.41251133 0.58748867
## Leontodon.saxatilis         0.00000000 1.00000000
## Leucanthemum.vulgare        0.47592385 0.52407615
## Linum.catharticum           0.29411765 0.70588235
## Lolium.perenne              0.86466165 0.13533835
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.56352839 0.43647161
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.00000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.69620253 0.30379747
## Myosotis.arvensis           1.00000000 0.00000000
## Ononis.repens               1.00000000 0.00000000
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.00000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.55605381 0.44394619
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.90851334 0.09148666
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.00000000
## Poa.annua                   1.00000000 0.00000000
## Poa.spp.                    1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.00000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.02560351 0.97439649
## Prunella.vulgaris           0.40983607 0.59016393
## Pseudoscleropidum.purum     1.00000000 0.00000000
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.00000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.00000000
## Ranunculus.repens           0.79545455 0.20454545
## Reseda.lutea                1.00000000 0.00000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.73529412 0.26470588
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.00000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.03924647 0.96075353
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.00000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.00000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.00000000
## Senecio.vulgaris            0.00000000 1.00000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.00000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.00000000
## Stellaria.apetala           0.00000000 1.00000000
## Taraxacum.agg.              0.60439560 0.39560440
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.25759674 0.74240326
## Trichostomum.crispulum      0.49295775 0.50704225
## Trifolium.campestre         0.05596418 0.94403582
## Trifolium.dubium            0.09187169 0.90812831
## Trifolium.pratense          0.65217391 0.34782609
## Trifolium.repens            0.23059618 0.76940382
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.00000000
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.00000000
## Urtica.diocia               1.00000000 0.00000000
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.00000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.00000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.00000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.00000000
## 
## $indval
##                                       1          5
## Agrostis.spp.               0.222222222 0.00000000
## Agrostis.canina             0.027777778 0.00000000
## Alchemilla.mollis           0.027777778 0.00000000
## Alopercus.pratensis         0.027777778 0.00000000
## Angelica.sylvestris         0.055555556 0.00000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.166666667 0.00000000
## Anthyllis.vulneraria        0.103949070 0.01289167
## Aphanes.arvensis            0.038314176 0.06206897
## Arrhenatherum.elatius       0.175053863 0.01994460
## Atrichum.undulatum          0.055555556 0.00000000
## Avenula.pratensis           0.027777778 0.00000000
## Bellis.perennis             0.126262626 0.21818182
## Betula.pubescens            0.027777778 0.00000000
## Blackstonia.perfoliata      0.027777778 0.00000000
## Brachythecium.albicans      0.000000000 0.20000000
## Brachythecium.glareosum     0.027777778 0.00000000
## Brachythecium.mildeanum     0.111111111 0.00000000
## Brachythecium.rutabulum     0.026106934 0.16240602
## Briza.media                 0.038477757 0.06148008
## Bromus.hordeaceus           0.027777778 0.00000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.027777778 0.00000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.006775068 0.17560976
## Bryum.capillare             0.027777778 0.00000000
## Bryum.spp.                  0.083333333 0.00000000
## Calliergonella.cupsidata    0.136612022 0.35409836
## Calypogeia.arguta           0.222222222 0.00000000
## Campanula.rotundifolia      0.027777778 0.00000000
## Carex.distans               0.055555556 0.00000000
## Carex.flacca                0.013962531 0.18324496
## Carex.panicea               0.027777778 0.00000000
## Carlina.vulgaris            0.071942446 0.14244604
## Centaurea.nigra             0.055555556 0.00000000
## Centaurium.erythraea        0.055555556 0.00000000
## Centaurium.littorale        0.111111111 0.00000000
## Centaurium.pulchellum       0.027777778 0.00000000
## Cerastium.fontanum          0.026455026 0.45714286
## Chamaenerion.angustifolium  0.027777778 0.00000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.027777778 0.00000000
## Cirsium.arvense             0.083333333 0.00000000
## Cirsium.palustre            0.055555556 0.00000000
## Crepis.capillaris           0.055555556 0.00000000
## Cynosurus.cristatus         0.004102483 0.18523106
## Dactylis.glomerata          0.166666667 0.00000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.055555556 0.00000000
## Danthonia.decumbens         0.027777778 0.00000000
## Daucus.carrota              0.055555556 0.00000000
## Dicranella.spp.             0.027777778 0.00000000
## Dicranum.scoparium          0.138888889 0.00000000
## Epilobium.montanum          0.083333333 0.00000000
## Equisetum.arvense           0.083333333 0.00000000
## Equisteum.variegatum        0.027777778 0.00000000
## Erigeron.acer               0.055555556 0.00000000
## Euphrasia.agg               0.132455344 0.10463215
## Festuca.ovina               0.036016716 0.15677994
## Festuca.rubra               0.092369478 0.43373494
## Festuca.rubra.agg.          0.027777778 0.00000000
## Filipendula.ulmaria         0.083333333 0.00000000
## Fissidens.adianthoides      0.027777778 0.00000000
## Fissidens.dubius            0.055555556 0.00000000
## Fissidens.exilis            0.027777778 0.00000000
## Fragaria.vesca              0.166666667 0.00000000
## Galium.aparine              0.027777778 0.00000000
## Galium.arvense              0.027777778 0.00000000
## Galium.saxatile             0.027777778 0.00000000
## Galium.verum                0.010570579 0.17463061
## Geum.urbanum                0.027777778 0.00000000
## Glechoma.hederacea          0.027777778 0.00000000
## Helicotrichon.spp.          0.027777778 0.00000000
## Heracleum.sphondylium       0.083333333 0.00000000
## Hieracium.spp.              0.027777778 0.00000000
## Holcus.spp.                 0.181386437 0.49271004
## Holcus.lanatus              0.137262555 0.20234192
## Holcus.mollis               0.166666667 0.00000000
## Homalothecium.lutescens     0.055555556 0.00000000
## Hylocomium.splendens        0.194444444 0.00000000
## Hypericum.perforatum        0.166666667 0.00000000
## Hypnum.cupressiforme        0.138888889 0.08888889
## Hypnum.imponens             0.027777778 0.00000000
## Hypnum.jutlandicum          0.083333333 0.00000000
## Hypochaeris.radicata        0.000000000 0.20000000
## Kindbergia.praelonga        0.166666667 0.00000000
## Lathyrus.pratensis          0.007610350 0.17260274
## Leontodon.hispidus          0.045834593 0.11749773
## Leontodon.saxatilis         0.000000000 0.20000000
## Leucanthemum.vulgare        0.158641284 0.20963046
## Linum.catharticum           0.032679739 0.14117647
## Lolium.perenne              0.072055138 0.02706767
## Lophocolea.semiteres        0.027777778 0.00000000
## Lotus.corniculatus          0.250457064 0.17458864
## Luzula.multiflora           0.027777778 0.00000000
## Lysimachia.maritima         0.055555556 0.00000000
## Medicago.lupulina           0.058016878 0.12151899
## Myosotis.arvensis           0.138888889 0.00000000
## Ononis.repens               0.222222222 0.00000000
## Oxalis.acetosella           0.027777778 0.00000000
## Pastinaca.sativa            0.027777778 0.00000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.027777778 0.00000000
## Pillosella.officinarum      0.154459392 0.17757848
## Plantago.coronopus          0.111111111 0.00000000
## Plantago.lanceolata         0.277601299 0.03659466
## Pleurozium.schreberi        0.111111111 0.00000000
## Poa.annua                   0.083333333 0.00000000
## Poa.spp.                    0.027777778 0.00000000
## Polytrichum.commune         0.027777778 0.00000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.027777778 0.00000000
## Polytrichum.formosum        0.027777778 0.00000000
## Potentilla.reptans          0.002133626 0.19487930
## Prunella.vulgaris           0.045537341 0.11803279
## Pseudoscleropidum.purum     0.222222222 0.00000000
## Pteridium.aquilinum         0.083333333 0.00000000
## Ranunculus.acris            0.027777778 0.00000000
## Ranunculus.repens           0.044191919 0.04090909
## Reseda.lutea                0.027777778 0.00000000
## Rhinanthus.minor            0.027777778 0.00000000
## Rhizomnium.punctatum        0.027777778 0.00000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.245098039 0.05294118
## Rhytidadelphus.triquetris   0.055555556 0.00000000
## Rubus.fruticosus            0.055555556 0.00000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.001090180 0.19215071
## Saniona.uncinata            0.055555556 0.00000000
## Sedum.anglicum              0.027777778 0.00000000
## Senecio.jacobaea            0.055555556 0.00000000
## Senecio.vulgaris            0.000000000 0.20000000
## Sonchus.arvensis            0.027777778 0.00000000
## Stachys.sylvatica           0.055555556 0.00000000
## Stellaria.apetala           0.000000000 0.20000000
## Taraxacum.agg.              0.167887668 0.07912088
## Thuidium.tamariscinum       0.083333333 0.00000000
## Thymus.polytrichus          0.050088254 0.14848065
## Trichostomum.crispulum      0.068466354 0.10140845
## Trifolium.campestre         0.004663682 0.75522865
## Trifolium.dubium            0.002551991 0.18162566
## Trifolium.pratense          0.054347826 0.06956522
## Trifolium.repens            0.019216348 0.30776153
## Trisetum.flavescens         0.111111111 0.00000000
## Tussilago.farfara           0.083333333 0.00000000
## Urtica.diocia               0.111111111 0.00000000
## Veronica.officinalis        0.027777778 0.00000000
## Vicia.sativa                0.027777778 0.00000000
## Viola.riviniana             0.027777778 0.00000000
## Weissia.controversa         0.027777778 0.00000000
## Zygodon.stirtonii           0.027777778 0.00000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           2 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           2 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           2                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           2 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           2                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           2 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           2                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           2                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           2                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           2 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           2 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           2                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           2                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           2                           2 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           2 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           2 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           2                           2 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           2                           2 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           2 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           2 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           2                           2 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           2                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           2                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           2 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           2                           2 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           2                           2 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           2                           2 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.22222222                  0.02777778 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.05555556                  0.16666667 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.10394907                  0.06206897 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.17505386                  0.05555556 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.02777778                  0.21818182 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.20000000                  0.02777778 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.11111111                  0.16240602 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.06148008                  0.02777778 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.02777778                  0.17560976 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.02777778                  0.08333333 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.35409836                  0.22222222 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.02777778                  0.05555556 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.18324496                  0.02777778 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.14244604                  0.05555556 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.05555556                  0.11111111 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.02777778                  0.45714286 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.08333333                  0.05555556 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.05555556                  0.18523106 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.16666667                  0.05555556 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.02777778                  0.05555556 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.02777778                  0.13888889 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.08333333                  0.08333333 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.02777778                  0.05555556 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.13245534                  0.15677994 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.43373494                  0.02777778 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.08333333                  0.02777778 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.05555556                  0.02777778 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.16666667                  0.02777778 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.17463061                  0.02777778 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.08333333                  0.02777778 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.49271004                  0.20234192 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.16666667                  0.05555556 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.19444444                  0.16666667 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.13888889                  0.02777778 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.08333333                  0.20000000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.16666667                  0.17260274 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.11749773                  0.20000000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.20963046                  0.14117647 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.07205514                  0.02777778 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.25045706                  0.02777778 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.05555556                  0.12151899 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.13888889                  0.22222222 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.02777778                  0.17757848 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.11111111                  0.27760130 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.11111111                  0.08333333 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.19487930                  0.11803279 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.22222222                  0.08333333 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.02777778                  0.04419192 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.02777778                  0.24509804 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.05555556                  0.05555556 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.19215071                  0.05555556 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.02777778                  0.05555556 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.20000000                  0.02777778 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.05555556                  0.20000000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.16788767                  0.08333333 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.14848065                  0.10140845 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.75522865                  0.18162566 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.06956522                  0.30776153 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.11111111                  0.08333333 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.11111111                  0.02777778 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.02777778                  0.02777778 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.02777778                  0.02777778 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       0.435                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       0.566 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.926                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.670                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.612 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       0.139                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       0.817                       0.638 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       0.893                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       0.122 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.350                       0.487 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.580                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.894                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       0.925 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.022 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       0.144 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       0.623                       0.890 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       0.658 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       0.903                       0.891 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       1.000                       0.570 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.106                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       0.560                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       0.230                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.157                       0.733 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.598                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.527                       0.589 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       1.000                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       0.909                       0.106 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       0.573                       0.113 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       0.828                       0.134 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.824                       0.340 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       0.922                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.826                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       0.899                       0.678 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       0.777                       0.509 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.887 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       0.830                       0.527 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       0.905                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       0.145                       0.911 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       0.527                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.557 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       0.130                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       0.116                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       0.128 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       0.828                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.745                       0.915 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       0.001                       0.114 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       0.896                       0.093 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       0.702                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       0.820                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Trifolium campestre has a high indval score of 0.755 and a low p value of 0.001. This #species is the indicator species for Pigeonite.

clustPseudowollastonite <-cut(PlantChemistry1$Pseudowollastonite, 5, labels=FALSE)
PseudowollastoniteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), 
                                   clustPseudowollastonite, type= "long")
gr <- PseudowollastoniteIndval$maxcls[PseudowollastoniteIndval$pval<=0.05]
iv <- PseudowollastoniteIndval$indcls[PseudowollastoniteIndval$pval<=0.05]
pv <- PseudowollastoniteIndval$pval[PseudowollastoniteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[PseudowollastoniteIndval$pval<=0.05]
PseudowollastoniteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
PseudowollastoniteIndvalsummary <- PseudowollastoniteIndvalsummary [order
     (PseudowollastoniteIndvalsummary$group,   -PseudowollastoniteIndvalsummary$indval),]
print(PseudowollastoniteIndvalsummary)
##                       group    indval pvalue freq
## Trifolium.dubium          2 0.9821158  0.022    4
## Bryum.c.f..pallescens     2 0.9756098  0.024    1
## Thymus.polytrichus        2 0.9412156  0.028    6
## Carlina.vulgaris          2 0.9322034  0.030    2
## Linum.catharticum         2 0.9302326  0.049    4
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustPseudowollastonite))
##                       cluster indicator_value probability
## Trifolium.dubium            2          0.9821       0.014
## Bryum.c.f..pallescens       2          0.9756       0.020
## Thymus.polytrichus          2          0.9412       0.026
## Carlina.vulgaris            2          0.9322       0.020
## 
## Sum of probabilities                 =  129.601 
## 
## Sum of Indicator Values              =  21.08 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  3.83 
## 
## Number of Significant Indicators     =  4 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 4
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustPseudowollastonite))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.200 0
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.025 0
## Alopercus.pratensis         0.025 0
## Angelica.sylvestris         0.050 0
## Anthoxanthum.odoratum       0.150 0
## Anthyllis.vulneraria        0.125 0
## Aphanes.arvensis            0.075 0
## Arrhenatherum.elatius       0.175 1
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.025 0
## Bellis.perennis             0.300 0
## Betula.pubescens            0.025 0
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.100 0
## Brachythecium.rutabulum     0.150 0
## Briza.media                 0.075 0
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025 0
## Bryum.c.f..pallescens       0.050 1
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.075 0
## Calliergonella.cupsidata    0.375 0
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.025 0
## Carex.distans               0.050 0
## Carex.flacca                0.175 0
## Carex.panicea               0.025 0
## Carlina.vulgaris            0.225 1
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.100 0
## Centaurium.pulchellum       0.025 0
## Cerastium.fontanum          0.150 1
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.025 0
## Cirsium.arvense             0.075 0
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.050 0
## Cynosurus.cristatus         0.075 0
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.050 0
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.125 0
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.075 0
## Equisteum.variegatum        0.025 0
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.250 1
## Festuca.ovina               0.175 0
## Festuca.rubra               0.375 0
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.075 0
## Fissidens.adianthoides      0.025 0
## Fissidens.dubius            0.050 0
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.150 0
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.100 0
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.025 0
## Holcus.spp.                 0.500 1
## Holcus.lanatus              0.300 0
## Holcus.mollis               0.150 0
## Homalothecium.lutescens     0.050 0
## Hylocomium.splendens        0.175 0
## Hypericum.perforatum        0.150 0
## Hypnum.cupressiforme        0.225 1
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.025 0
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.075 0
## Leontodon.hispidus          0.125 0
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.350 0
## Linum.catharticum           0.100 1
## Lolium.perenne              0.100 0
## Lophocolea.semiteres        0.025 0
## Lotus.corniculatus          0.450 0
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.050 0
## Medicago.lupulina           0.125 0
## Myosotis.arvensis           0.125 0
## Ononis.repens               0.200 0
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.275 1
## Plantago.coronopus          0.100 0
## Plantago.lanceolata         0.300 1
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.075 0
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.100 0
## Prunella.vulgaris           0.125 0
## Pseudoscleropidum.purum     0.200 0
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.075 0
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.300 1
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050 0
## Rubus.fruticosus            0.050 0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050 0
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.050 0
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.050 0
## Stellaria.apetala           0.025 0
## Taraxacum.agg.              0.275 0
## Thuidium.tamariscinum       0.075 0
## Thymus.polytrichus          0.175 1
## Trichostomum.crispulum      0.125 1
## Trifolium.campestre         0.175 0
## Trifolium.dubium            0.025 1
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.125 0
## Trisetum.flavescens         0.100 0
## Tussilago.farfara           0.075 0
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.025 0
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.025 0
## Zygodon.stirtonii           0.025 0
## 
## $relabu
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.0000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.00000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        1.00000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.61904762 0.3809524
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.0000000
## Bellis.perennis             1.00000000 0.0000000
## Betula.pubescens            1.00000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.00000000 0.0000000
## Briza.media                 1.00000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.02439024 0.9756098
## Bryum.capillare             1.00000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    1.00000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.0000000
## Carex.distans               1.00000000 0.0000000
## Carex.flacca                1.00000000 0.0000000
## Carex.panicea               1.00000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.06779661 0.9322034
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.23076923 0.7692308
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          1.00000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.0000000
## Daucus.carrota              1.00000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.00000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.14093960 0.8590604
## Festuca.ovina               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.00000000 0.0000000
## Galium.aparine              1.00000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.0000000
## Galium.verum                1.00000000 0.0000000
## Geum.urbanum                1.00000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.32800000 0.6720000
## Holcus.lanatus              1.00000000 0.0000000
## Holcus.mollis               1.00000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     1.00000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        1.00000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.18367347 0.8163265
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.00000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        1.00000000 0.0000000
## Linum.catharticum           0.06976744 0.9302326
## Lolium.perenne              1.00000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          1.00000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.00000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.00000000 0.0000000
## Ononis.repens               1.00000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.28182807 0.7181719
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.78260870 0.2173913
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.0000000
## Poa.annua                   1.00000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.00000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           1.00000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     1.00000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.00000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.33333333 0.6666667
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              1.00000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.05878440 0.9412156
## Trichostomum.crispulum      0.14893617 0.8510638
## Trifolium.campestre         1.00000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.01788421 0.9821158
## Trifolium.pratense          1.00000000 0.0000000
## Trifolium.repens            1.00000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.00000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                        1         5
## Agrostis.spp.               0.2000000000 0.0000000
## Agrostis.canina             0.0250000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.0250000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.0250000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.0500000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.1500000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.1250000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            0.0750000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.1083333333 0.3809524
## Atrichum.undulatum          0.0500000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.0250000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.3000000000 0.0000000
## Betula.pubescens            0.0250000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0250000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.0250000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.0250000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.1000000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.1500000000 0.0000000
## Briza.media                 0.0750000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           0.0250000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0250000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0012195122 0.9756098
## Bryum.capillare             0.0250000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.0750000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.3750000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           0.2000000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.0250000000 0.0000000
## Carex.distans               0.0500000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.1750000000 0.0000000
## Carex.panicea               0.0250000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.0152542373 0.9322034
## Centaurea.nigra             0.0500000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.0500000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.1000000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       0.0250000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.0346153846 0.7692308
## Chamaenerion.angustifolium  0.0250000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0250000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.0750000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.0500000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.0500000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.0750000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.1500000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0500000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.0250000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.0500000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             0.0250000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.1250000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.0750000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.0750000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        0.0250000000 0.0000000
## Erigeron.acer               0.0500000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.0352348993 0.8590604
## Festuca.ovina               0.1750000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.3750000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          0.0250000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.0750000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.0250000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.0500000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.0250000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.1500000000 0.0000000
## Galium.aparine              0.0250000000 0.0000000
## Galium.arvense              0.0250000000 0.0000000
## Galium.saxatile             0.0250000000 0.0000000
## Galium.verum                0.1000000000 0.0000000
## Geum.urbanum                0.0250000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.0250000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.0250000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.0750000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.0250000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.1640000000 0.6720000
## Holcus.lanatus              0.3000000000 0.0000000
## Holcus.mollis               0.1500000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.0500000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.1750000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.1500000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.0413265306 0.8163265
## Hypnum.imponens             0.0250000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0750000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.0250000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.1500000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.0750000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.1250000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         0.0250000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.3500000000 0.0000000
## Linum.catharticum           0.0069767442 0.9302326
## Lolium.perenne              0.1000000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.0250000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.4500000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           0.0250000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.0500000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.1250000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.1250000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.2000000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           0.0250000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.0250000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0250000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.0775027203 0.7181719
## Plantago.coronopus          0.1000000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.2347826087 0.2173913
## Pleurozium.schreberi        0.1000000000 0.0000000
## Poa.annua                   0.0750000000 0.0000000
## Poa.spp.                    0.0250000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.0250000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0250000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.0250000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.1000000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.1250000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.2000000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         0.0750000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.0250000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.0750000000 0.0000000
## Reseda.lutea                0.0250000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.0250000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0250000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.1000000000 0.6666667
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0500000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.0500000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0500000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.0500000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.0250000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.0500000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.0250000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.0250000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.0500000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.0250000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.2750000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       0.0750000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.0102872703 0.9412156
## Trichostomum.crispulum      0.0186170213 0.8510638
## Trifolium.campestre         0.1750000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.0004471052 0.9821158
## Trifolium.pratense          0.1000000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.1250000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.1000000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.0750000000 0.0000000
## Urtica.diocia               0.1000000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.0250000000 0.0000000
## Vicia.sativa                0.0250000000 0.0000000
## Viola.riviniana             0.0250000000 0.0000000
## Weissia.controversa         0.0250000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.0250000000 0.0000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           2                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           2 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           2                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           2                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           2 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           2 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           2 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           2                           2 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           2 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.2000000                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.0500000                   0.1500000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.1250000                   0.0750000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.3809524                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.1000000                   0.1500000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   0.0250000                   0.9756098 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.3750000                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.1750000                   0.0250000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.9322034                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.1000000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   0.0250000                   0.7692308 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.0750000                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.0500000                   0.0750000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.1250000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.0750000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.8590604                   0.1750000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.3750000                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.1500000                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.6720000                   0.3000000 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.1750000                   0.1500000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.8163265                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.0750000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.1250000                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.3500000                   0.9302326 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.4500000                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.0500000                   0.1250000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.1250000                   0.2000000 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.7181719 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.1000000                   0.2347826 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.2000000                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.6666667 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.0500000                   0.0500000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.0500000                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.2750000                   0.0750000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.9412156                   0.8510638 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.1750000                   0.9821158 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   0.0250000                   0.0250000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       1.000                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.219                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       1.000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       0.029 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.907                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.975                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.018                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.168 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.069                       1.000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.891                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       1.000                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.203                       0.958 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.977                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.974                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.116                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.923                       0.071 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.764                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.896 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.143 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       1.000                       1.000 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       1.000                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.213 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.022                       0.123 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       1.000                       0.033 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       1.000                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Trifolium dubium has a high indval score of 0.982 and a low p value of 0.020. This is the #indicator species for Pseudowollastonite.

clustSpinel <-cut(PlantChemistry1$Spinel, 5, labels=FALSE)
SpinelIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustSpinel, type= "long")
gr <- SpinelIndval$maxcls[SpinelIndval$pval<=0.05]
iv <- SpinelIndval$indcls[SpinelIndval$pval<=0.05]
pv <- SpinelIndval$pval[SpinelIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[SpinelIndval$pval<=0.05]
SpinelIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
SpinelIndvalsummary <- SpinelIndvalsummary [order
    (SpinelIndvalsummary$group,   -SpinelIndvalsummary$indval),]
print(SpinelIndvalsummary)
##                       group    indval pvalue freq
## Trifolium.dubium          2 0.9821158  0.033    4
## Bryum.c.f..pallescens     2 0.9756098  0.019    1
## Thymus.polytrichus        2 0.9412156  0.024    6
## Carlina.vulgaris          2 0.9322034  0.028    2
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustSpinel))
##                       cluster indicator_value probability
## Trifolium.dubium            2          0.9821       0.023
## Bryum.c.f..pallescens       2          0.9756       0.030
## Thymus.polytrichus          2          0.9412       0.016
## Carlina.vulgaris            2          0.9322       0.017
## 
## Sum of probabilities                 =  129.705 
## 
## Sum of Indicator Values              =  21.08 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  3.83 
## 
## Number of Significant Indicators     =  4 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 4
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustSpinel))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.200 0
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.025 0
## Alopercus.pratensis         0.025 0
## Angelica.sylvestris         0.050 0
## Anthoxanthum.odoratum       0.150 0
## Anthyllis.vulneraria        0.125 0
## Aphanes.arvensis            0.075 0
## Arrhenatherum.elatius       0.175 1
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.025 0
## Bellis.perennis             0.300 0
## Betula.pubescens            0.025 0
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.100 0
## Brachythecium.rutabulum     0.150 0
## Briza.media                 0.075 0
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025 0
## Bryum.c.f..pallescens       0.050 1
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.075 0
## Calliergonella.cupsidata    0.375 0
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.025 0
## Carex.distans               0.050 0
## Carex.flacca                0.175 0
## Carex.panicea               0.025 0
## Carlina.vulgaris            0.225 1
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.100 0
## Centaurium.pulchellum       0.025 0
## Cerastium.fontanum          0.150 1
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.025 0
## Cirsium.arvense             0.075 0
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.050 0
## Cynosurus.cristatus         0.075 0
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.050 0
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.125 0
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.075 0
## Equisteum.variegatum        0.025 0
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.250 1
## Festuca.ovina               0.175 0
## Festuca.rubra               0.375 0
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.075 0
## Fissidens.adianthoides      0.025 0
## Fissidens.dubius            0.050 0
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.150 0
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.100 0
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.025 0
## Holcus.spp.                 0.500 1
## Holcus.lanatus              0.300 0
## Holcus.mollis               0.150 0
## Homalothecium.lutescens     0.050 0
## Hylocomium.splendens        0.175 0
## Hypericum.perforatum        0.150 0
## Hypnum.cupressiforme        0.225 1
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.025 0
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.075 0
## Leontodon.hispidus          0.125 0
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.350 0
## Linum.catharticum           0.100 1
## Lolium.perenne              0.100 0
## Lophocolea.semiteres        0.025 0
## Lotus.corniculatus          0.450 0
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.050 0
## Medicago.lupulina           0.125 0
## Myosotis.arvensis           0.125 0
## Ononis.repens               0.200 0
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.275 1
## Plantago.coronopus          0.100 0
## Plantago.lanceolata         0.300 1
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.075 0
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.100 0
## Prunella.vulgaris           0.125 0
## Pseudoscleropidum.purum     0.200 0
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.075 0
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.300 1
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050 0
## Rubus.fruticosus            0.050 0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050 0
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.050 0
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.050 0
## Stellaria.apetala           0.025 0
## Taraxacum.agg.              0.275 0
## Thuidium.tamariscinum       0.075 0
## Thymus.polytrichus          0.175 1
## Trichostomum.crispulum      0.125 1
## Trifolium.campestre         0.175 0
## Trifolium.dubium            0.025 1
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.125 0
## Trisetum.flavescens         0.100 0
## Tussilago.farfara           0.075 0
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.025 0
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.025 0
## Zygodon.stirtonii           0.025 0
## 
## $relabu
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.0000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.00000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        1.00000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.61904762 0.3809524
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.0000000
## Bellis.perennis             1.00000000 0.0000000
## Betula.pubescens            1.00000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.00000000 0.0000000
## Briza.media                 1.00000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.02439024 0.9756098
## Bryum.capillare             1.00000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  1.00000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    1.00000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.0000000
## Carex.distans               1.00000000 0.0000000
## Carex.flacca                1.00000000 0.0000000
## Carex.panicea               1.00000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.06779661 0.9322034
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.23076923 0.7692308
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          1.00000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.0000000
## Daucus.carrota              1.00000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.00000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.14093960 0.8590604
## Festuca.ovina               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.00000000 0.0000000
## Galium.aparine              1.00000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.0000000
## Galium.verum                1.00000000 0.0000000
## Geum.urbanum                1.00000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.32800000 0.6720000
## Holcus.lanatus              1.00000000 0.0000000
## Holcus.mollis               1.00000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     1.00000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        1.00000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.18367347 0.8163265
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.00000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        1.00000000 0.0000000
## Linum.catharticum           0.06976744 0.9302326
## Lolium.perenne              1.00000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          1.00000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.00000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.00000000 0.0000000
## Ononis.repens               1.00000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.28182807 0.7181719
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.78260870 0.2173913
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.0000000
## Poa.annua                   1.00000000 0.0000000
## Poa.spp.                    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.00000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           1.00000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     1.00000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.00000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.33333333 0.6666667
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              1.00000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.05878440 0.9412156
## Trichostomum.crispulum      0.14893617 0.8510638
## Trifolium.campestre         1.00000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.01788421 0.9821158
## Trifolium.pratense          1.00000000 0.0000000
## Trifolium.repens            1.00000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.00000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                        1         5
## Agrostis.spp.               0.2000000000 0.0000000
## Agrostis.canina             0.0250000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.0250000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.0250000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.0500000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.1500000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.1250000000 0.0000000
## Aphanes.arvensis            0.0750000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.1083333333 0.3809524
## Atrichum.undulatum          0.0500000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.0250000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.3000000000 0.0000000
## Betula.pubescens            0.0250000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.0250000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.0250000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.0250000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.1000000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.1500000000 0.0000000
## Briza.media                 0.0750000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           0.0250000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.0250000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.0012195122 0.9756098
## Bryum.capillare             0.0250000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.0750000000 0.0000000
## Calliergonella.cupsidata    0.3750000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           0.2000000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.0250000000 0.0000000
## Carex.distans               0.0500000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.1750000000 0.0000000
## Carex.panicea               0.0250000000 0.0000000
## Carlina.vulgaris            0.0152542373 0.9322034
## Centaurea.nigra             0.0500000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.0500000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.1000000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       0.0250000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.0346153846 0.7692308
## Chamaenerion.angustifolium  0.0250000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.0250000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.0750000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.0500000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.0500000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.0750000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.1500000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.0500000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.0250000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.0500000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             0.0250000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.1250000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.0750000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.0750000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        0.0250000000 0.0000000
## Erigeron.acer               0.0500000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.0352348993 0.8590604
## Festuca.ovina               0.1750000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.3750000000 0.0000000
## Festuca.rubra.agg.          0.0250000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.0750000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.0250000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.0500000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.0250000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.1500000000 0.0000000
## Galium.aparine              0.0250000000 0.0000000
## Galium.arvense              0.0250000000 0.0000000
## Galium.saxatile             0.0250000000 0.0000000
## Galium.verum                0.1000000000 0.0000000
## Geum.urbanum                0.0250000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.0250000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.0250000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.0750000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.0250000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.1640000000 0.6720000
## Holcus.lanatus              0.3000000000 0.0000000
## Holcus.mollis               0.1500000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.0500000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.1750000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.1500000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.0413265306 0.8163265
## Hypnum.imponens             0.0250000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.0750000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.0250000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.1500000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.0750000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.1250000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         0.0250000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.3500000000 0.0000000
## Linum.catharticum           0.0069767442 0.9302326
## Lolium.perenne              0.1000000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.0250000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.4500000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           0.0250000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.0500000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.1250000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.1250000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.2000000000 0.0000000
## Oxalis.acetosella           0.0250000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.0250000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.0250000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.0775027203 0.7181719
## Plantago.coronopus          0.1000000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.2347826087 0.2173913
## Pleurozium.schreberi        0.1000000000 0.0000000
## Poa.annua                   0.0750000000 0.0000000
## Poa.spp.                    0.0250000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.0250000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.0250000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.0250000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.1000000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.1250000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.2000000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         0.0750000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.0250000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.0750000000 0.0000000
## Reseda.lutea                0.0250000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.0250000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.0250000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.1000000000 0.6666667
## Rhytidadelphus.triquetris   0.0500000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.0500000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.0500000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.0500000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.0250000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.0500000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.0250000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.0250000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.0500000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.0250000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.2750000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       0.0750000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.0102872703 0.9412156
## Trichostomum.crispulum      0.0186170213 0.8510638
## Trifolium.campestre         0.1750000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.0004471052 0.9821158
## Trifolium.pratense          0.1000000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.1250000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.1000000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.0750000000 0.0000000
## Urtica.diocia               0.1000000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.0250000000 0.0000000
## Vicia.sativa                0.0250000000 0.0000000
## Viola.riviniana             0.0250000000 0.0000000
## Weissia.controversa         0.0250000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.0250000000 0.0000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           2                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           2 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           2                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           2 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           2                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           2                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           2                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           2 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           2 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           2 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           2                           2 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           2 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.2000000                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.0500000                   0.1500000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.1250000                   0.0750000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.3809524                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.1000000                   0.1500000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   0.0250000                   0.9756098 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.3750000                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.1750000                   0.0250000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.9322034                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.1000000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   0.0250000                   0.7692308 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.0750000                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.0500000                   0.0750000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.1250000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.0750000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.8590604                   0.1750000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.3750000                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.1500000                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.6720000                   0.3000000 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.1750000                   0.1500000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.8163265                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.0750000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.1250000                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.3500000                   0.9302326 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.4500000                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.0500000                   0.1250000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.1250000                   0.2000000 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.7181719 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.1000000                   0.2347826 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.2000000                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.6666667 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.0500000                   0.0500000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.0500000                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.2750000                   0.0750000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.9412156                   0.8510638 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.1750000                   0.9821158 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   0.0250000                   0.0250000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       1.000                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       0.198                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       1.000 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       0.020 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.908                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.987                       1.000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       0.028                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       0.168 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.075                       1.000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.899                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       1.000                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.236                       0.948 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.967                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.977                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       0.140                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.936                       0.060 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.764                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       0.905 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.118 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       1.000                       1.000 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       1.000 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       1.000                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       0.200 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.024                       0.118 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       1.000                       0.023 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       1.000                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Trifolium dubium has a high indval score of 0.982 and a low p value of 0.021. This is #the indicator species for Spinel.

clustStaurolite <-cut(PlantChemistry1$Staurolite, 5, labels=FALSE)
StauroliteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustStaurolite, type= "long")
gr <- StauroliteIndval$maxcls[StauroliteIndval$pval<=0.05]
iv <- StauroliteIndval$indcls[StauroliteIndval$pval<=0.05]
pv <- StauroliteIndval$pval[StauroliteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[StauroliteIndval$pval<=0.05]
StauroliteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
StauroliteIndvalsummary <- StauroliteIndvalsummary [order
            (StauroliteIndvalsummary$group,   -StauroliteIndvalsummary$indval),]
print(StauroliteIndvalsummary)
## [1] group  indval pvalue freq  
## <0 rows> (or 0-length row.names)
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustStaurolite))
## [1] cluster         indicator_value probability    
## <0 rows> (or 0-length row.names)
## 
## Sum of probabilities                 =  142 
## 
## Sum of Indicator Values              =  13.24 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  0 
## 
## Number of Significant Indicators     =  0 
## 
## Significant Indicator Distribution
## < table of extent 0 >
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustStaurolite))
## $relfrq
##                                      3
## Agrostis.spp.               0.19512195
## Agrostis.canina             0.02439024
## Alchemilla.mollis           0.02439024
## Alopercus.pratensis         0.02439024
## Angelica.sylvestris         0.04878049
## Anthoxanthum.odoratum       0.14634146
## Anthyllis.vulneraria        0.12195122
## Aphanes.arvensis            0.07317073
## Arrhenatherum.elatius       0.19512195
## Atrichum.undulatum          0.04878049
## Avenula.pratensis           0.02439024
## Bellis.perennis             0.29268293
## Betula.pubescens            0.02439024
## Blackstonia.perfoliata      0.02439024
## Brachythecium.albicans      0.02439024
## Brachythecium.glareosum     0.02439024
## Brachythecium.mildeanum     0.09756098
## Brachythecium.rutabulum     0.14634146
## Briza.media                 0.07317073
## Bromus.hordeaceus           0.02439024
## Bryum.c.f..caespiticium     0.02439024
## Bryum.c.f..pallescens       0.07317073
## Bryum.capillare             0.02439024
## Bryum.spp.                  0.07317073
## Calliergonella.cupsidata    0.36585366
## Calypogeia.arguta           0.19512195
## Campanula.rotundifolia      0.02439024
## Carex.distans               0.04878049
## Carex.flacca                0.17073171
## Carex.panicea               0.02439024
## Carlina.vulgaris            0.24390244
## Centaurea.nigra             0.04878049
## Centaurium.erythraea        0.04878049
## Centaurium.littorale        0.09756098
## Centaurium.pulchellum       0.02439024
## Cerastium.fontanum          0.17073171
## Chamaenerion.angustifolium  0.02439024
## Cirriphyllum.piliferum      0.02439024
## Cirsium.arvense             0.07317073
## Cirsium.palustre            0.04878049
## Crepis.capillaris           0.04878049
## Cynosurus.cristatus         0.07317073
## Dactylis.glomerata          0.14634146
## Dactylorhiza.fuchsii        0.04878049
## Danthonia.decumbens         0.02439024
## Daucus.carrota              0.04878049
## Dicranella.spp.             0.02439024
## Dicranum.scoparium          0.12195122
## Epilobium.montanum          0.07317073
## Equisetum.arvense           0.07317073
## Equisteum.variegatum        0.02439024
## Erigeron.acer               0.04878049
## Euphrasia.agg               0.26829268
## Festuca.ovina               0.17073171
## Festuca.rubra               0.36585366
## Festuca.rubra.agg.          0.02439024
## Filipendula.ulmaria         0.07317073
## Fissidens.adianthoides      0.02439024
## Fissidens.dubius            0.04878049
## Fissidens.exilis            0.02439024
## Fragaria.vesca              0.14634146
## Galium.aparine              0.02439024
## Galium.arvense              0.02439024
## Galium.saxatile             0.02439024
## Galium.verum                0.09756098
## Geum.urbanum                0.02439024
## Glechoma.hederacea          0.02439024
## Helicotrichon.spp.          0.02439024
## Heracleum.sphondylium       0.07317073
## Hieracium.spp.              0.02439024
## Holcus.spp.                 0.51219512
## Holcus.lanatus              0.29268293
## Holcus.mollis               0.14634146
## Homalothecium.lutescens     0.04878049
## Hylocomium.splendens        0.17073171
## Hypericum.perforatum        0.14634146
## Hypnum.cupressiforme        0.24390244
## Hypnum.imponens             0.02439024
## Hypnum.jutlandicum          0.07317073
## Hypochaeris.radicata        0.02439024
## Kindbergia.praelonga        0.14634146
## Lathyrus.pratensis          0.07317073
## Leontodon.hispidus          0.12195122
## Leontodon.saxatilis         0.02439024
## Leucanthemum.vulgare        0.34146341
## Linum.catharticum           0.12195122
## Lolium.perenne              0.09756098
## Lophocolea.semiteres        0.02439024
## Lotus.corniculatus          0.43902439
## Luzula.multiflora           0.02439024
## Lysimachia.maritima         0.04878049
## Medicago.lupulina           0.12195122
## Myosotis.arvensis           0.12195122
## Ononis.repens               0.19512195
## Oxalis.acetosella           0.02439024
## Pastinaca.sativa            0.02439024
## Pentaglottis.sempervirens   0.02439024
## Pillosella.officinarum      0.29268293
## Plantago.coronopus          0.09756098
## Plantago.lanceolata         0.31707317
## Pleurozium.schreberi        0.09756098
## Poa.annua                   0.07317073
## Poa.spp.                    0.02439024
## Polytrichum.commune         0.02439024
## Polytrichum.commune.agg.    0.02439024
## Polytrichum.formosum        0.02439024
## Potentilla.reptans          0.09756098
## Prunella.vulgaris           0.12195122
## Pseudoscleropidum.purum     0.19512195
## Pteridium.aquilinum         0.07317073
## Ranunculus.acris            0.02439024
## Ranunculus.repens           0.07317073
## Reseda.lutea                0.02439024
## Rhinanthus.minor            0.02439024
## Rhizomnium.punctatum        0.02439024
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.31707317
## Rhytidadelphus.triquetris   0.04878049
## Rubus.fruticosus            0.04878049
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.04878049
## Saniona.uncinata            0.04878049
## Sedum.anglicum              0.02439024
## Senecio.jacobaea            0.04878049
## Senecio.vulgaris            0.02439024
## Sonchus.arvensis            0.02439024
## Stachys.sylvatica           0.04878049
## Stellaria.apetala           0.02439024
## Taraxacum.agg.              0.26829268
## Thuidium.tamariscinum       0.07317073
## Thymus.polytrichus          0.19512195
## Trichostomum.crispulum      0.14634146
## Trifolium.campestre         0.17073171
## Trifolium.dubium            0.04878049
## Trifolium.pratense          0.09756098
## Trifolium.repens            0.12195122
## Trisetum.flavescens         0.09756098
## Tussilago.farfara           0.07317073
## Urtica.diocia               0.09756098
## Veronica.officinalis        0.02439024
## Vicia.sativa                0.02439024
## Viola.riviniana             0.02439024
## Weissia.controversa         0.02439024
## Zygodon.stirtonii           0.02439024
## 
## $relabu
##                             3
## Agrostis.spp.               1
## Agrostis.canina             1
## Alchemilla.mollis           1
## Alopercus.pratensis         1
## Angelica.sylvestris         1
## Anthoxanthum.odoratum       1
## Anthyllis.vulneraria        1
## Aphanes.arvensis            1
## Arrhenatherum.elatius       1
## Atrichum.undulatum          1
## Avenula.pratensis           1
## Bellis.perennis             1
## Betula.pubescens            1
## Blackstonia.perfoliata      1
## Brachythecium.albicans      1
## Brachythecium.glareosum     1
## Brachythecium.mildeanum     1
## Brachythecium.rutabulum     1
## Briza.media                 1
## Bromus.hordeaceus           1
## Bryum.c.f..caespiticium     1
## Bryum.c.f..pallescens       1
## Bryum.capillare             1
## Bryum.spp.                  1
## Calliergonella.cupsidata    1
## Calypogeia.arguta           1
## Campanula.rotundifolia      1
## Carex.distans               1
## Carex.flacca                1
## Carex.panicea               1
## Carlina.vulgaris            1
## Centaurea.nigra             1
## Centaurium.erythraea        1
## Centaurium.littorale        1
## Centaurium.pulchellum       1
## Cerastium.fontanum          1
## Chamaenerion.angustifolium  1
## Cirriphyllum.piliferum      1
## Cirsium.arvense             1
## Cirsium.palustre            1
## Crepis.capillaris           1
## Cynosurus.cristatus         1
## Dactylis.glomerata          1
## Dactylorhiza.fuchsii        1
## Danthonia.decumbens         1
## Daucus.carrota              1
## Dicranella.spp.             1
## Dicranum.scoparium          1
## Epilobium.montanum          1
## Equisetum.arvense           1
## Equisteum.variegatum        1
## Erigeron.acer               1
## Euphrasia.agg               1
## Festuca.ovina               1
## Festuca.rubra               1
## Festuca.rubra.agg.          1
## Filipendula.ulmaria         1
## Fissidens.adianthoides      1
## Fissidens.dubius            1
## Fissidens.exilis            1
## Fragaria.vesca              1
## Galium.aparine              1
## Galium.arvense              1
## Galium.saxatile             1
## Galium.verum                1
## Geum.urbanum                1
## Glechoma.hederacea          1
## Helicotrichon.spp.          1
## Heracleum.sphondylium       1
## Hieracium.spp.              1
## Holcus.spp.                 1
## Holcus.lanatus              1
## Holcus.mollis               1
## Homalothecium.lutescens     1
## Hylocomium.splendens        1
## Hypericum.perforatum        1
## Hypnum.cupressiforme        1
## Hypnum.imponens             1
## Hypnum.jutlandicum          1
## Hypochaeris.radicata        1
## Kindbergia.praelonga        1
## Lathyrus.pratensis          1
## Leontodon.hispidus          1
## Leontodon.saxatilis         1
## Leucanthemum.vulgare        1
## Linum.catharticum           1
## Lolium.perenne              1
## Lophocolea.semiteres        1
## Lotus.corniculatus          1
## Luzula.multiflora           1
## Lysimachia.maritima         1
## Medicago.lupulina           1
## Myosotis.arvensis           1
## Ononis.repens               1
## Oxalis.acetosella           1
## Pastinaca.sativa            1
## Pentaglottis.sempervirens   1
## Pillosella.officinarum      1
## Plantago.coronopus          1
## Plantago.lanceolata         1
## Pleurozium.schreberi        1
## Poa.annua                   1
## Poa.spp.                    1
## Polytrichum.commune         1
## Polytrichum.commune.agg.    1
## Polytrichum.formosum        1
## Potentilla.reptans          1
## Prunella.vulgaris           1
## Pseudoscleropidum.purum     1
## Pteridium.aquilinum         1
## Ranunculus.acris            1
## Ranunculus.repens           1
## Reseda.lutea                1
## Rhinanthus.minor            1
## Rhizomnium.punctatum        1
## Rhytidadelphus.squarrosus   1
## Rhytidadelphus.triquetris   1
## Rubus.fruticosus            1
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1
## Saniona.uncinata            1
## Sedum.anglicum              1
## Senecio.jacobaea            1
## Senecio.vulgaris            1
## Sonchus.arvensis            1
## Stachys.sylvatica           1
## Stellaria.apetala           1
## Taraxacum.agg.              1
## Thuidium.tamariscinum       1
## Thymus.polytrichus          1
## Trichostomum.crispulum      1
## Trifolium.campestre         1
## Trifolium.dubium            1
## Trifolium.pratense          1
## Trifolium.repens            1
## Trisetum.flavescens         1
## Tussilago.farfara           1
## Urtica.diocia               1
## Veronica.officinalis        1
## Vicia.sativa                1
## Viola.riviniana             1
## Weissia.controversa         1
## Zygodon.stirtonii           1
## 
## $indval
##                                      3
## Agrostis.spp.               0.19512195
## Agrostis.canina             0.02439024
## Alchemilla.mollis           0.02439024
## Alopercus.pratensis         0.02439024
## Angelica.sylvestris         0.04878049
## Anthoxanthum.odoratum       0.14634146
## Anthyllis.vulneraria        0.12195122
## Aphanes.arvensis            0.07317073
## Arrhenatherum.elatius       0.19512195
## Atrichum.undulatum          0.04878049
## Avenula.pratensis           0.02439024
## Bellis.perennis             0.29268293
## Betula.pubescens            0.02439024
## Blackstonia.perfoliata      0.02439024
## Brachythecium.albicans      0.02439024
## Brachythecium.glareosum     0.02439024
## Brachythecium.mildeanum     0.09756098
## Brachythecium.rutabulum     0.14634146
## Briza.media                 0.07317073
## Bromus.hordeaceus           0.02439024
## Bryum.c.f..caespiticium     0.02439024
## Bryum.c.f..pallescens       0.07317073
## Bryum.capillare             0.02439024
## Bryum.spp.                  0.07317073
## Calliergonella.cupsidata    0.36585366
## Calypogeia.arguta           0.19512195
## Campanula.rotundifolia      0.02439024
## Carex.distans               0.04878049
## Carex.flacca                0.17073171
## Carex.panicea               0.02439024
## Carlina.vulgaris            0.24390244
## Centaurea.nigra             0.04878049
## Centaurium.erythraea        0.04878049
## Centaurium.littorale        0.09756098
## Centaurium.pulchellum       0.02439024
## Cerastium.fontanum          0.17073171
## Chamaenerion.angustifolium  0.02439024
## Cirriphyllum.piliferum      0.02439024
## Cirsium.arvense             0.07317073
## Cirsium.palustre            0.04878049
## Crepis.capillaris           0.04878049
## Cynosurus.cristatus         0.07317073
## Dactylis.glomerata          0.14634146
## Dactylorhiza.fuchsii        0.04878049
## Danthonia.decumbens         0.02439024
## Daucus.carrota              0.04878049
## Dicranella.spp.             0.02439024
## Dicranum.scoparium          0.12195122
## Epilobium.montanum          0.07317073
## Equisetum.arvense           0.07317073
## Equisteum.variegatum        0.02439024
## Erigeron.acer               0.04878049
## Euphrasia.agg               0.26829268
## Festuca.ovina               0.17073171
## Festuca.rubra               0.36585366
## Festuca.rubra.agg.          0.02439024
## Filipendula.ulmaria         0.07317073
## Fissidens.adianthoides      0.02439024
## Fissidens.dubius            0.04878049
## Fissidens.exilis            0.02439024
## Fragaria.vesca              0.14634146
## Galium.aparine              0.02439024
## Galium.arvense              0.02439024
## Galium.saxatile             0.02439024
## Galium.verum                0.09756098
## Geum.urbanum                0.02439024
## Glechoma.hederacea          0.02439024
## Helicotrichon.spp.          0.02439024
## Heracleum.sphondylium       0.07317073
## Hieracium.spp.              0.02439024
## Holcus.spp.                 0.51219512
## Holcus.lanatus              0.29268293
## Holcus.mollis               0.14634146
## Homalothecium.lutescens     0.04878049
## Hylocomium.splendens        0.17073171
## Hypericum.perforatum        0.14634146
## Hypnum.cupressiforme        0.24390244
## Hypnum.imponens             0.02439024
## Hypnum.jutlandicum          0.07317073
## Hypochaeris.radicata        0.02439024
## Kindbergia.praelonga        0.14634146
## Lathyrus.pratensis          0.07317073
## Leontodon.hispidus          0.12195122
## Leontodon.saxatilis         0.02439024
## Leucanthemum.vulgare        0.34146341
## Linum.catharticum           0.12195122
## Lolium.perenne              0.09756098
## Lophocolea.semiteres        0.02439024
## Lotus.corniculatus          0.43902439
## Luzula.multiflora           0.02439024
## Lysimachia.maritima         0.04878049
## Medicago.lupulina           0.12195122
## Myosotis.arvensis           0.12195122
## Ononis.repens               0.19512195
## Oxalis.acetosella           0.02439024
## Pastinaca.sativa            0.02439024
## Pentaglottis.sempervirens   0.02439024
## Pillosella.officinarum      0.29268293
## Plantago.coronopus          0.09756098
## Plantago.lanceolata         0.31707317
## Pleurozium.schreberi        0.09756098
## Poa.annua                   0.07317073
## Poa.spp.                    0.02439024
## Polytrichum.commune         0.02439024
## Polytrichum.commune.agg.    0.02439024
## Polytrichum.formosum        0.02439024
## Potentilla.reptans          0.09756098
## Prunella.vulgaris           0.12195122
## Pseudoscleropidum.purum     0.19512195
## Pteridium.aquilinum         0.07317073
## Ranunculus.acris            0.02439024
## Ranunculus.repens           0.07317073
## Reseda.lutea                0.02439024
## Rhinanthus.minor            0.02439024
## Rhizomnium.punctatum        0.02439024
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.31707317
## Rhytidadelphus.triquetris   0.04878049
## Rubus.fruticosus            0.04878049
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.04878049
## Saniona.uncinata            0.04878049
## Sedum.anglicum              0.02439024
## Senecio.jacobaea            0.04878049
## Senecio.vulgaris            0.02439024
## Sonchus.arvensis            0.02439024
## Stachys.sylvatica           0.04878049
## Stellaria.apetala           0.02439024
## Taraxacum.agg.              0.26829268
## Thuidium.tamariscinum       0.07317073
## Thymus.polytrichus          0.19512195
## Trichostomum.crispulum      0.14634146
## Trifolium.campestre         0.17073171
## Trifolium.dubium            0.04878049
## Trifolium.pratense          0.09756098
## Trifolium.repens            0.12195122
## Trisetum.flavescens         0.09756098
## Tussilago.farfara           0.07317073
## Urtica.diocia               0.09756098
## Veronica.officinalis        0.02439024
## Vicia.sativa                0.02439024
## Viola.riviniana             0.02439024
## Weissia.controversa         0.02439024
## Zygodon.stirtonii           0.02439024
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                  0.19512195                  0.02439024 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                  0.02439024                  0.02439024 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                  0.04878049                  0.14634146 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                  0.12195122                  0.07317073 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                  0.19512195                  0.04878049 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                  0.02439024                  0.29268293 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                  0.02439024                  0.02439024 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                  0.02439024                  0.02439024 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                  0.09756098                  0.14634146 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                  0.07317073                  0.02439024 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                  0.02439024                  0.07317073 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                  0.02439024                  0.07317073 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                  0.36585366                  0.19512195 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                  0.02439024                  0.04878049 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                  0.17073171                  0.02439024 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                  0.24390244                  0.04878049 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                  0.04878049                  0.09756098 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                  0.02439024                  0.17073171 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                  0.02439024                  0.02439024 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                  0.07317073                  0.04878049 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                  0.04878049                  0.07317073 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                  0.14634146                  0.04878049 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                  0.02439024                  0.04878049 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                  0.02439024                  0.12195122 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                  0.07317073                  0.07317073 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                  0.02439024                  0.04878049 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                  0.26829268                  0.17073171 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                  0.36585366                  0.02439024 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                  0.07317073                  0.02439024 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                  0.04878049                  0.02439024 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                  0.14634146                  0.02439024 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                  0.02439024                  0.02439024 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                  0.09756098                  0.02439024 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                  0.02439024                  0.02439024 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                  0.07317073                  0.02439024 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                  0.51219512                  0.29268293 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                  0.14634146                  0.04878049 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                  0.17073171                  0.14634146 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                  0.24390244                  0.02439024 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                  0.07317073                  0.02439024 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                  0.14634146                  0.07317073 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                  0.12195122                  0.02439024 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                  0.34146341                  0.12195122 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                  0.09756098                  0.02439024 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                  0.43902439                  0.02439024 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                  0.04878049                  0.12195122 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                  0.12195122                  0.19512195 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                  0.02439024                  0.02439024 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                  0.02439024                  0.29268293 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                  0.09756098                  0.31707317 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                  0.09756098                  0.07317073 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                  0.02439024                  0.02439024 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                  0.02439024                  0.02439024 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                  0.09756098                  0.12195122 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                  0.19512195                  0.07317073 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                  0.02439024                  0.07317073 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                  0.02439024                  0.02439024 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                  0.02439024                  0.31707317 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                  0.04878049                  0.04878049 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                  0.04878049                  0.04878049 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                  0.02439024                  0.04878049 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                  0.02439024                  0.02439024 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                  0.04878049                  0.02439024 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                  0.26829268                  0.07317073 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                  0.19512195                  0.14634146 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                  0.17073171                  0.04878049 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                  0.09756098                  0.12195122 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                  0.09756098                  0.07317073 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                  0.09756098                  0.02439024 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                  0.02439024                  0.02439024 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                  0.02439024                  0.02439024 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           1                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           1 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           1 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           1 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           1                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           1                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           1 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           1                           1 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#This analysis was unsuccessful, will not report an indicator species for Staurolite.

clustValentinite <-cut(PlantChemistry1$Valentinite, 5, labels=FALSE)
ValentiniteIndval <- indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustValentinite, type= "long")
gr <- ValentiniteIndval$maxcls[ValentiniteIndval$pval<=0.05]
iv <- ValentiniteIndval$indcls[ValentiniteIndval$pval<=0.05]
pv <- ValentiniteIndval$pval[ValentiniteIndval$pval<=0.05]
fr <- apply(PlantSpecies1[,-1]>0, 2, sum)[ValentiniteIndval$pval<=0.05]
ValentiniteIndvalsummary <- data.frame(group=gr, indval=iv, pvalue=pv, freq=fr)
ValentiniteIndvalsummary <- ValentiniteIndvalsummary [order
                (ValentiniteIndvalsummary$group,   -ValentiniteIndvalsummary$indval),]
print(ValentiniteIndvalsummary)
##                      group    indval pvalue freq
## Carex.panicea            2 1.0000000  0.028   10
## Bryum.spp.               2 0.9876543  0.021   15
## Anthyllis.vulneraria     2 0.9701014  0.019    3
summary(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustValentinite))
##                      cluster indicator_value probability
## Carex.panicea              2          1.0000       0.016
## Bryum.spp.                 2          0.9877       0.029
## Anthyllis.vulneraria       2          0.9701       0.032
## 
## Sum of probabilities                 =  133.918 
## 
## Sum of Indicator Values              =  18.66 
## 
## Sum of Significant Indicator Values  =  2.96 
## 
## Number of Significant Indicators     =  3 
## 
## Significant Indicator Distribution
## 
## 2 
## 3
print(indval(as.matrix(PlantSpecies1), clustValentinite))
## $relfrq
##                                 1 5
## Agrostis.spp.               0.200 0
## Agrostis.canina             0.025 0
## Alchemilla.mollis           0.025 0
## Alopercus.pratensis         0.025 0
## Angelica.sylvestris         0.050 0
## Anthoxanthum.odoratum       0.150 0
## Anthyllis.vulneraria        0.100 1
## Aphanes.arvensis            0.075 0
## Arrhenatherum.elatius       0.200 0
## Atrichum.undulatum          0.050 0
## Avenula.pratensis           0.025 0
## Bellis.perennis             0.275 1
## Betula.pubescens            0.025 0
## Blackstonia.perfoliata      0.025 0
## Brachythecium.albicans      0.025 0
## Brachythecium.glareosum     0.025 0
## Brachythecium.mildeanum     0.100 0
## Brachythecium.rutabulum     0.150 0
## Briza.media                 0.075 0
## Bromus.hordeaceus           0.025 0
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025 0
## Bryum.c.f..pallescens       0.075 0
## Bryum.capillare             0.025 0
## Bryum.spp.                  0.050 1
## Calliergonella.cupsidata    0.375 0
## Calypogeia.arguta           0.200 0
## Campanula.rotundifolia      0.025 0
## Carex.distans               0.050 0
## Carex.flacca                0.175 0
## Carex.panicea               0.000 1
## Carlina.vulgaris            0.250 0
## Centaurea.nigra             0.050 0
## Centaurium.erythraea        0.050 0
## Centaurium.littorale        0.100 0
## Centaurium.pulchellum       0.025 0
## Cerastium.fontanum          0.175 0
## Chamaenerion.angustifolium  0.025 0
## Cirriphyllum.piliferum      0.025 0
## Cirsium.arvense             0.075 0
## Cirsium.palustre            0.050 0
## Crepis.capillaris           0.050 0
## Cynosurus.cristatus         0.075 0
## Dactylis.glomerata          0.150 0
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050 0
## Danthonia.decumbens         0.025 0
## Daucus.carrota              0.050 0
## Dicranella.spp.             0.025 0
## Dicranum.scoparium          0.125 0
## Epilobium.montanum          0.075 0
## Equisetum.arvense           0.075 0
## Equisteum.variegatum        0.025 0
## Erigeron.acer               0.050 0
## Euphrasia.agg               0.275 0
## Festuca.ovina               0.175 0
## Festuca.rubra               0.350 1
## Festuca.rubra.agg.          0.025 0
## Filipendula.ulmaria         0.075 0
## Fissidens.adianthoides      0.025 0
## Fissidens.dubius            0.050 0
## Fissidens.exilis            0.025 0
## Fragaria.vesca              0.150 0
## Galium.aparine              0.025 0
## Galium.arvense              0.025 0
## Galium.saxatile             0.025 0
## Galium.verum                0.100 0
## Geum.urbanum                0.025 0
## Glechoma.hederacea          0.025 0
## Helicotrichon.spp.          0.025 0
## Heracleum.sphondylium       0.075 0
## Hieracium.spp.              0.025 0
## Holcus.spp.                 0.525 0
## Holcus.lanatus              0.300 0
## Holcus.mollis               0.150 0
## Homalothecium.lutescens     0.050 0
## Hylocomium.splendens        0.175 0
## Hypericum.perforatum        0.150 0
## Hypnum.cupressiforme        0.250 0
## Hypnum.imponens             0.025 0
## Hypnum.jutlandicum          0.075 0
## Hypochaeris.radicata        0.025 0
## Kindbergia.praelonga        0.150 0
## Lathyrus.pratensis          0.075 0
## Leontodon.hispidus          0.125 0
## Leontodon.saxatilis         0.025 0
## Leucanthemum.vulgare        0.325 1
## Linum.catharticum           0.125 0
## Lolium.perenne              0.100 0
## Lophocolea.semiteres        0.025 0
## Lotus.corniculatus          0.450 0
## Luzula.multiflora           0.025 0
## Lysimachia.maritima         0.050 0
## Medicago.lupulina           0.125 0
## Myosotis.arvensis           0.125 0
## Ononis.repens               0.175 1
## Oxalis.acetosella           0.025 0
## Pastinaca.sativa            0.025 0
## Pentaglottis.sempervirens   0.025 0
## Pillosella.officinarum      0.300 0
## Plantago.coronopus          0.100 0
## Plantago.lanceolata         0.325 0
## Pleurozium.schreberi        0.100 0
## Poa.annua                   0.050 1
## Poa.spp.                    0.025 0
## Polytrichum.commune         0.025 0
## Polytrichum.commune.agg.    0.025 0
## Polytrichum.formosum        0.025 0
## Potentilla.reptans          0.100 0
## Prunella.vulgaris           0.125 0
## Pseudoscleropidum.purum     0.200 0
## Pteridium.aquilinum         0.075 0
## Ranunculus.acris            0.025 0
## Ranunculus.repens           0.075 0
## Reseda.lutea                0.025 0
## Rhinanthus.minor            0.025 0
## Rhizomnium.punctatum        0.025 0
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325 0
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050 0
## Rubus.fruticosus            0.050 0
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050 0
## Saniona.uncinata            0.050 0
## Sedum.anglicum              0.025 0
## Senecio.jacobaea            0.050 0
## Senecio.vulgaris            0.025 0
## Sonchus.arvensis            0.025 0
## Stachys.sylvatica           0.050 0
## Stellaria.apetala           0.025 0
## Taraxacum.agg.              0.275 0
## Thuidium.tamariscinum       0.075 0
## Thymus.polytrichus          0.175 1
## Trichostomum.crispulum      0.125 1
## Trifolium.campestre         0.175 0
## Trifolium.dubium            0.050 0
## Trifolium.pratense          0.100 0
## Trifolium.repens            0.125 0
## Trisetum.flavescens         0.100 0
## Tussilago.farfara           0.075 0
## Urtica.diocia               0.100 0
## Veronica.officinalis        0.025 0
## Vicia.sativa                0.025 0
## Viola.riviniana             0.025 0
## Weissia.controversa         0.025 0
## Zygodon.stirtonii           0.025 0
## 
## $relabu
##                                      1         5
## Agrostis.spp.               1.00000000 0.0000000
## Agrostis.canina             1.00000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           1.00000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         1.00000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         1.00000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       1.00000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.02989863 0.9701014
## Aphanes.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       1.00000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          1.00000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           1.00000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.63302752 0.3669725
## Betula.pubescens            1.00000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     1.00000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     1.00000000 0.0000000
## Briza.media                 1.00000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     1.00000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       1.00000000 0.0000000
## Bryum.capillare             1.00000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.01234568 0.9876543
## Calliergonella.cupsidata    1.00000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           1.00000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      1.00000000 0.0000000
## Carex.distans               1.00000000 0.0000000
## Carex.flacca                1.00000000 0.0000000
## Carex.panicea               0.00000000 1.0000000
## Carlina.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             1.00000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        1.00000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       1.00000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          1.00000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  1.00000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      1.00000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             1.00000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            1.00000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           1.00000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         1.00000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          1.00000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        1.00000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         1.00000000 0.0000000
## Daucus.carrota              1.00000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             1.00000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          1.00000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          1.00000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           1.00000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        1.00000000 0.0000000
## Erigeron.acer               1.00000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               1.00000000 0.0000000
## Festuca.ovina               1.00000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.69924812 0.3007519
## Festuca.rubra.agg.          1.00000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         1.00000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      1.00000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            1.00000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            1.00000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              1.00000000 0.0000000
## Galium.aparine              1.00000000 0.0000000
## Galium.arvense              1.00000000 0.0000000
## Galium.saxatile             1.00000000 0.0000000
## Galium.verum                1.00000000 0.0000000
## Geum.urbanum                1.00000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          1.00000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          1.00000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       1.00000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              1.00000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 1.00000000 0.0000000
## Holcus.lanatus              1.00000000 0.0000000
## Holcus.mollis               1.00000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     1.00000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        1.00000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        1.00000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             1.00000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          1.00000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        1.00000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        1.00000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          1.00000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         1.00000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.54545455 0.4545455
## Linum.catharticum           1.00000000 0.0000000
## Lolium.perenne              1.00000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        1.00000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          1.00000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           1.00000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         1.00000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           1.00000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           1.00000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.89417989 0.1058201
## Oxalis.acetosella           1.00000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            1.00000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   1.00000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      1.00000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          1.00000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         1.00000000 0.0000000
## Pleurozium.schreberi        1.00000000 0.0000000
## Poa.annua                   0.06313646 0.9368635
## Poa.spp.                    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    1.00000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        1.00000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          1.00000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           1.00000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     1.00000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            1.00000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           1.00000000 0.0000000
## Reseda.lutea                1.00000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            1.00000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   1.00000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   1.00000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            1.00000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 1.00000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            1.00000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              1.00000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            1.00000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            1.00000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            1.00000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           1.00000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           1.00000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              1.00000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       1.00000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.06788247 0.9321175
## Trichostomum.crispulum      0.14893617 0.8510638
## Trifolium.campestre         1.00000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            1.00000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          1.00000000 0.0000000
## Trifolium.repens            1.00000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         1.00000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           1.00000000 0.0000000
## Urtica.diocia               1.00000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        1.00000000 0.0000000
## Vicia.sativa                1.00000000 0.0000000
## Viola.riviniana             1.00000000 0.0000000
## Weissia.controversa         1.00000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           1.00000000 0.0000000
## 
## $indval
##                                       1         5
## Agrostis.spp.               0.200000000 0.0000000
## Agrostis.canina             0.025000000 0.0000000
## Alchemilla.mollis           0.025000000 0.0000000
## Alopercus.pratensis         0.025000000 0.0000000
## Angelica.sylvestris         0.050000000 0.0000000
## Anthoxanthum.odoratum       0.150000000 0.0000000
## Anthyllis.vulneraria        0.002989863 0.9701014
## Aphanes.arvensis            0.075000000 0.0000000
## Arrhenatherum.elatius       0.200000000 0.0000000
## Atrichum.undulatum          0.050000000 0.0000000
## Avenula.pratensis           0.025000000 0.0000000
## Bellis.perennis             0.174082569 0.3669725
## Betula.pubescens            0.025000000 0.0000000
## Blackstonia.perfoliata      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.albicans      0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.glareosum     0.025000000 0.0000000
## Brachythecium.mildeanum     0.100000000 0.0000000
## Brachythecium.rutabulum     0.150000000 0.0000000
## Briza.media                 0.075000000 0.0000000
## Bromus.hordeaceus           0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..caespiticium     0.025000000 0.0000000
## Bryum.c.f..pallescens       0.075000000 0.0000000
## Bryum.capillare             0.025000000 0.0000000
## Bryum.spp.                  0.000617284 0.9876543
## Calliergonella.cupsidata    0.375000000 0.0000000
## Calypogeia.arguta           0.200000000 0.0000000
## Campanula.rotundifolia      0.025000000 0.0000000
## Carex.distans               0.050000000 0.0000000
## Carex.flacca                0.175000000 0.0000000
## Carex.panicea               0.000000000 1.0000000
## Carlina.vulgaris            0.250000000 0.0000000
## Centaurea.nigra             0.050000000 0.0000000
## Centaurium.erythraea        0.050000000 0.0000000
## Centaurium.littorale        0.100000000 0.0000000
## Centaurium.pulchellum       0.025000000 0.0000000
## Cerastium.fontanum          0.175000000 0.0000000
## Chamaenerion.angustifolium  0.025000000 0.0000000
## Cirriphyllum.piliferum      0.025000000 0.0000000
## Cirsium.arvense             0.075000000 0.0000000
## Cirsium.palustre            0.050000000 0.0000000
## Crepis.capillaris           0.050000000 0.0000000
## Cynosurus.cristatus         0.075000000 0.0000000
## Dactylis.glomerata          0.150000000 0.0000000
## Dactylorhiza.fuchsii        0.050000000 0.0000000
## Danthonia.decumbens         0.025000000 0.0000000
## Daucus.carrota              0.050000000 0.0000000
## Dicranella.spp.             0.025000000 0.0000000
## Dicranum.scoparium          0.125000000 0.0000000
## Epilobium.montanum          0.075000000 0.0000000
## Equisetum.arvense           0.075000000 0.0000000
## Equisteum.variegatum        0.025000000 0.0000000
## Erigeron.acer               0.050000000 0.0000000
## Euphrasia.agg               0.275000000 0.0000000
## Festuca.ovina               0.175000000 0.0000000
## Festuca.rubra               0.244736842 0.3007519
## Festuca.rubra.agg.          0.025000000 0.0000000
## Filipendula.ulmaria         0.075000000 0.0000000
## Fissidens.adianthoides      0.025000000 0.0000000
## Fissidens.dubius            0.050000000 0.0000000
## Fissidens.exilis            0.025000000 0.0000000
## Fragaria.vesca              0.150000000 0.0000000
## Galium.aparine              0.025000000 0.0000000
## Galium.arvense              0.025000000 0.0000000
## Galium.saxatile             0.025000000 0.0000000
## Galium.verum                0.100000000 0.0000000
## Geum.urbanum                0.025000000 0.0000000
## Glechoma.hederacea          0.025000000 0.0000000
## Helicotrichon.spp.          0.025000000 0.0000000
## Heracleum.sphondylium       0.075000000 0.0000000
## Hieracium.spp.              0.025000000 0.0000000
## Holcus.spp.                 0.525000000 0.0000000
## Holcus.lanatus              0.300000000 0.0000000
## Holcus.mollis               0.150000000 0.0000000
## Homalothecium.lutescens     0.050000000 0.0000000
## Hylocomium.splendens        0.175000000 0.0000000
## Hypericum.perforatum        0.150000000 0.0000000
## Hypnum.cupressiforme        0.250000000 0.0000000
## Hypnum.imponens             0.025000000 0.0000000
## Hypnum.jutlandicum          0.075000000 0.0000000
## Hypochaeris.radicata        0.025000000 0.0000000
## Kindbergia.praelonga        0.150000000 0.0000000
## Lathyrus.pratensis          0.075000000 0.0000000
## Leontodon.hispidus          0.125000000 0.0000000
## Leontodon.saxatilis         0.025000000 0.0000000
## Leucanthemum.vulgare        0.177272727 0.4545455
## Linum.catharticum           0.125000000 0.0000000
## Lolium.perenne              0.100000000 0.0000000
## Lophocolea.semiteres        0.025000000 0.0000000
## Lotus.corniculatus          0.450000000 0.0000000
## Luzula.multiflora           0.025000000 0.0000000
## Lysimachia.maritima         0.050000000 0.0000000
## Medicago.lupulina           0.125000000 0.0000000
## Myosotis.arvensis           0.125000000 0.0000000
## Ononis.repens               0.156481481 0.1058201
## Oxalis.acetosella           0.025000000 0.0000000
## Pastinaca.sativa            0.025000000 0.0000000
## Pentaglottis.sempervirens   0.025000000 0.0000000
## Pillosella.officinarum      0.300000000 0.0000000
## Plantago.coronopus          0.100000000 0.0000000
## Plantago.lanceolata         0.325000000 0.0000000
## Pleurozium.schreberi        0.100000000 0.0000000
## Poa.annua                   0.003156823 0.9368635
## Poa.spp.                    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune         0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.commune.agg.    0.025000000 0.0000000
## Polytrichum.formosum        0.025000000 0.0000000
## Potentilla.reptans          0.100000000 0.0000000
## Prunella.vulgaris           0.125000000 0.0000000
## Pseudoscleropidum.purum     0.200000000 0.0000000
## Pteridium.aquilinum         0.075000000 0.0000000
## Ranunculus.acris            0.025000000 0.0000000
## Ranunculus.repens           0.075000000 0.0000000
## Reseda.lutea                0.025000000 0.0000000
## Rhinanthus.minor            0.025000000 0.0000000
## Rhizomnium.punctatum        0.025000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.squarrosus   0.325000000 0.0000000
## Rhytidadelphus.triquetris   0.050000000 0.0000000
## Rubus.fruticosus            0.050000000 0.0000000
## Sanguisorba.minor.spp.minor 0.050000000 0.0000000
## Saniona.uncinata            0.050000000 0.0000000
## Sedum.anglicum              0.025000000 0.0000000
## Senecio.jacobaea            0.050000000 0.0000000
## Senecio.vulgaris            0.025000000 0.0000000
## Sonchus.arvensis            0.025000000 0.0000000
## Stachys.sylvatica           0.050000000 0.0000000
## Stellaria.apetala           0.025000000 0.0000000
## Taraxacum.agg.              0.275000000 0.0000000
## Thuidium.tamariscinum       0.075000000 0.0000000
## Thymus.polytrichus          0.011879433 0.9321175
## Trichostomum.crispulum      0.018617021 0.8510638
## Trifolium.campestre         0.175000000 0.0000000
## Trifolium.dubium            0.050000000 0.0000000
## Trifolium.pratense          0.100000000 0.0000000
## Trifolium.repens            0.125000000 0.0000000
## Trisetum.flavescens         0.100000000 0.0000000
## Tussilago.farfara           0.075000000 0.0000000
## Urtica.diocia               0.100000000 0.0000000
## Veronica.officinalis        0.025000000 0.0000000
## Vicia.sativa                0.025000000 0.0000000
## Viola.riviniana             0.025000000 0.0000000
## Weissia.controversa         0.025000000 0.0000000
## Zygodon.stirtonii           0.025000000 0.0000000
## 
## $maxcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                           1                           1 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                           1                           1 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                           1                           1 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                           2                           1 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                           1                           1 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                           1                           2 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                           1                           1 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                           1                           1 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                           1                           1 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                           1                           1 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                           1                           1 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                           1                           2 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                           1                           1 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                           1                           1 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                           1                           2 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                           1                           1 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                           1                           1 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                           1                           1 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                           1                           1 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                           1                           1 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                           1                           1 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                           1                           1 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                           1                           1 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                           1                           1 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                           1                           1 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                           1                           1 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                           1                           1 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                           2                           1 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                           1                           1 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                           1                           1 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                           1                           1 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                           1                           1 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                           1                           1 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                           1                           1 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                           1                           1 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                           1                           1 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                           1                           1 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                           1                           1 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                           1                           1 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                           1                           1 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                           1                           1 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                           1                           1 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                           2                           1 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                           1                           1 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                           1                           1 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                           1                           1 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                           1                           1 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                           1                           1 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                           1                           1 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                           1                           1 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                           1                           2 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                           1                           1 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                           1                           1 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                           1                           1 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                           1                           1 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                           1                           1 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                           1                           1 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                           1                           1 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                           1                           1 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                           1                           1 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                           1                           1 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                           1                           1 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                           1                           1 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                           1                           1 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                           2                           2 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                           1                           1 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                           1                           1 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                           1                           1 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                           1                           1 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                           1                           1 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                           1                           1 
## 
## $indcls
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                   0.2000000                   0.0250000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                   0.0500000                   0.1500000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                   0.9701014                   0.0750000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                   0.2000000                   0.0500000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                   0.0250000                   0.3669725 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                   0.1000000                   0.1500000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                   0.0250000                   0.9876543 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                   0.3750000                   0.2000000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                   0.1750000                   1.0000000 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                   0.2500000                   0.0500000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                   0.0500000                   0.1000000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                   0.0250000                   0.1750000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                   0.0750000                   0.0500000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                   0.0500000                   0.0750000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                   0.0250000                   0.1250000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                   0.0750000                   0.0750000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                   0.2750000                   0.1750000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                   0.3007519                   0.0250000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                   0.1500000                   0.0250000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                   0.5250000                   0.3000000 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                   0.1500000                   0.0500000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                   0.1750000                   0.1500000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                   0.2500000                   0.0250000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                   0.0750000                   0.0250000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                   0.1500000                   0.0750000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                   0.1250000                   0.0250000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                   0.4545455                   0.1250000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                   0.4500000                   0.0250000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                   0.0500000                   0.1250000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                   0.1250000                   0.1564815 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                   0.0250000                   0.3000000 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                   0.1000000                   0.3250000 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                   0.1000000                   0.9368635 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                   0.2000000                   0.0750000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                   0.0250000                   0.0750000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                   0.0250000                   0.3250000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                   0.0500000                   0.0500000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                   0.0500000                   0.0500000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                   0.0250000                   0.0500000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                   0.0500000                   0.0250000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                   0.2750000                   0.0750000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                   0.9321175                   0.8510638 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                   0.1750000                   0.0500000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                   0.1000000                   0.1250000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                   0.1000000                   0.0750000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                   0.1000000                   0.0250000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                   0.0250000                   0.0250000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                   0.0250000                   0.0250000 
## 
## $pval
##               Agrostis.spp.             Agrostis.canina 
##                       1.000                       1.000 
##           Alchemilla.mollis         Alopercus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##         Angelica.sylvestris       Anthoxanthum.odoratum 
##                       1.000                       1.000 
##        Anthyllis.vulneraria            Aphanes.arvensis 
##                       0.021                       1.000 
##       Arrhenatherum.elatius          Atrichum.undulatum 
##                       1.000                       1.000 
##           Avenula.pratensis             Bellis.perennis 
##                       1.000                       0.292 
##            Betula.pubescens      Blackstonia.perfoliata 
##                       1.000                       1.000 
##      Brachythecium.albicans     Brachythecium.glareosum 
##                       1.000                       1.000 
##     Brachythecium.mildeanum     Brachythecium.rutabulum 
##                       1.000                       1.000 
##                 Briza.media           Bromus.hordeaceus 
##                       1.000                       1.000 
##     Bryum.c.f..caespiticium       Bryum.c.f..pallescens 
##                       1.000                       1.000 
##             Bryum.capillare                  Bryum.spp. 
##                       1.000                       0.021 
##    Calliergonella.cupsidata           Calypogeia.arguta 
##                       0.925                       1.000 
##      Campanula.rotundifolia               Carex.distans 
##                       1.000                       1.000 
##                Carex.flacca               Carex.panicea 
##                       0.980                       0.033 
##            Carlina.vulgaris             Centaurea.nigra 
##                       1.000                       1.000 
##        Centaurium.erythraea        Centaurium.littorale 
##                       1.000                       1.000 
##       Centaurium.pulchellum          Cerastium.fontanum 
##                       1.000                       1.000 
##  Chamaenerion.angustifolium      Cirriphyllum.piliferum 
##                       1.000                       1.000 
##             Cirsium.arvense            Cirsium.palustre 
##                       1.000                       1.000 
##           Crepis.capillaris         Cynosurus.cristatus 
##                       1.000                       1.000 
##          Dactylis.glomerata        Dactylorhiza.fuchsii 
##                       1.000                       1.000 
##         Danthonia.decumbens              Daucus.carrota 
##                       1.000                       1.000 
##             Dicranella.spp.          Dicranum.scoparium 
##                       1.000                       1.000 
##          Epilobium.montanum           Equisetum.arvense 
##                       1.000                       1.000 
##        Equisteum.variegatum               Erigeron.acer 
##                       1.000                       1.000 
##               Euphrasia.agg               Festuca.ovina 
##                       0.950                       1.000 
##               Festuca.rubra          Festuca.rubra.agg. 
##                       0.936                       1.000 
##         Filipendula.ulmaria      Fissidens.adianthoides 
##                       1.000                       1.000 
##            Fissidens.dubius            Fissidens.exilis 
##                       1.000                       1.000 
##              Fragaria.vesca              Galium.aparine 
##                       1.000                       1.000 
##              Galium.arvense             Galium.saxatile 
##                       1.000                       1.000 
##                Galium.verum                Geum.urbanum 
##                       1.000                       1.000 
##          Glechoma.hederacea          Helicotrichon.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##       Heracleum.sphondylium              Hieracium.spp. 
##                       1.000                       1.000 
##                 Holcus.spp.              Holcus.lanatus 
##                       0.790                       0.938 
##               Holcus.mollis     Homalothecium.lutescens 
##                       0.984                       1.000 
##        Hylocomium.splendens        Hypericum.perforatum 
##                       0.979                       1.000 
##        Hypnum.cupressiforme             Hypnum.imponens 
##                       1.000                       1.000 
##          Hypnum.jutlandicum        Hypochaeris.radicata 
##                       1.000                       1.000 
##        Kindbergia.praelonga          Lathyrus.pratensis 
##                       1.000                       1.000 
##          Leontodon.hispidus         Leontodon.saxatilis 
##                       1.000                       1.000 
##        Leucanthemum.vulgare           Linum.catharticum 
##                       0.253                       1.000 
##              Lolium.perenne        Lophocolea.semiteres 
##                       1.000                       1.000 
##          Lotus.corniculatus           Luzula.multiflora 
##                       0.778                       1.000 
##         Lysimachia.maritima           Medicago.lupulina 
##                       1.000                       1.000 
##           Myosotis.arvensis               Ononis.repens 
##                       1.000                       1.000 
##           Oxalis.acetosella            Pastinaca.sativa 
##                       1.000                       1.000 
##   Pentaglottis.sempervirens      Pillosella.officinarum 
##                       1.000                       0.889 
##          Plantago.coronopus         Plantago.lanceolata 
##                       1.000                       0.928 
##        Pleurozium.schreberi                   Poa.annua 
##                       1.000                       0.063 
##                    Poa.spp.         Polytrichum.commune 
##                       1.000                       1.000 
##    Polytrichum.commune.agg.        Polytrichum.formosum 
##                       1.000                       1.000 
##          Potentilla.reptans           Prunella.vulgaris 
##                       1.000                       1.000 
##     Pseudoscleropidum.purum         Pteridium.aquilinum 
##                       1.000                       1.000 
##            Ranunculus.acris           Ranunculus.repens 
##                       1.000                       1.000 
##                Reseda.lutea            Rhinanthus.minor 
##                       1.000                       1.000 
##        Rhizomnium.punctatum   Rhytidadelphus.squarrosus 
##                       1.000                       1.000 
##   Rhytidadelphus.triquetris            Rubus.fruticosus 
##                       1.000                       1.000 
## Sanguisorba.minor.spp.minor            Saniona.uncinata 
##                       1.000                       1.000 
##              Sedum.anglicum            Senecio.jacobaea 
##                       1.000                       1.000 
##            Senecio.vulgaris            Sonchus.arvensis 
##                       1.000                       1.000 
##           Stachys.sylvatica           Stellaria.apetala 
##                       1.000                       1.000 
##              Taraxacum.agg.       Thuidium.tamariscinum 
##                       1.000                       1.000 
##          Thymus.polytrichus      Trichostomum.crispulum 
##                       0.045                       0.129 
##         Trifolium.campestre            Trifolium.dubium 
##                       1.000                       1.000 
##          Trifolium.pratense            Trifolium.repens 
##                       1.000                       1.000 
##         Trisetum.flavescens           Tussilago.farfara 
##                       1.000                       1.000 
##               Urtica.diocia        Veronica.officinalis 
##                       1.000                       1.000 
##                Vicia.sativa             Viola.riviniana 
##                       1.000                       1.000 
##         Weissia.controversa           Zygodon.stirtonii 
##                       1.000                       1.000 
## 
## $error
## [1] 0
## 
## attr(,"class")
## [1] "indval"

#Carex panicea has a high indval score of 1 and a low p value of 0.022. This is the #indicator species for Valentinite.